Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 5 1 -3 1 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 6 0 2 0 0 0 0 0 0 32 0.73 0.33 2 T -2 -1 0 0 0 -1 -1 -3 9 -4 -4 -2 -3 -3 -3 0 0 -4 0 -4 0 0 3 6 2 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 7 6 0 0 0 1.21 0.37 3 A 2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 0 -4 -3 -2 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0.83 0.38 4 K -2 2 -1 -2 -4 0 1 -3 -2 -4 -3 6 0 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 0 9 0 0 0 0 9 0 0 0 0 73 4 0 0 5 0 0 0 0 0.81 0.38 5 P 0 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 0 8 -2 -2 -4 -3 -3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 6 83 0 0 0 0 0 1.85 0.38 6 A 1 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -4 7 -1 -2 -4 -4 -1 18 0 0 0 0 0 0 5 0 0 6 0 0 0 68 0 0 0 0 4 1.41 0.38 7 K -2 6 -2 -2 -4 2 0 -3 -1 -4 -2 2 -2 -3 -3 -2 -2 5 -2 -3 0 61 0 0 0 7 4 0 0 0 5 13 0 0 0 0 0 10 0 0 0.88 0.38 8 T -2 0 -1 0 -4 2 5 -3 -1 -3 -3 0 -3 -4 -2 -1 1 -4 -3 -1 0 5 0 0 0 9 69 0 0 0 0 2 0 0 0 0 10 0 0 4 0.82 0.38 9 P -2 -1 -1 -1 -4 5 2 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 4 0 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 53 14 0 0 0 0 5 0 0 25 3 0 0 0 0 0.92 0.38 10 T -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 4 -3 1 0 -4 -1 1 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 67 0 0 2 0 3 10 0 0 10 0.59 0.38 11 S -1 -1 -1 -2 -3 -2 -2 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 -1 -4 -4 -4 0 3 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 1.01 0.37 12 P -1 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 1 0 -2 -1 -2 1 0 5 -3 1 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 6 5 0 0 0 8 0 58 0 5 15 0.52 0.37 13 K -2 -2 -3 -3 -3 0 -2 0 -3 1 1 0 7 -2 -3 -2 1 -3 -2 0 0 0 0 0 0 4 0 7 0 10 7 9 49 0 0 0 10 0 0 5 0.49 0.37 14 E -2 -2 0 6 -5 0 4 -3 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 63 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.34 15 Q -1 -2 -3 -3 4 1 -2 -4 -2 1 0 0 1 -1 -3 -1 -1 -3 1 4 0 0 0 0 13 9 0 0 0 7 1 7 5 0 0 4 0 0 8 46 0.38 0.34 16 A 4 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 2 0 -2 -1 -2 -2 0 2 -4 -2 2 48 0 0 0 0 0 0 0 0 14 5 0 0 0 0 2 14 0 0 17 0.40 0.34 17 I -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -4 5 0 -3 0 1 -3 -2 1 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 0 0 0 6 0 0 14 0 0 22 0.58 0.31 18 G 3 -3 -2 -2 -3 -2 0 5 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 33 0 0 0 0 0 6 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.31 19 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 1 5 -3 2 2 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 4 11 0 0 0 0 0 0 0.77 0.31 20 S 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 1 6 -3 -2 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 78 0 0 12 0.72 0.31 21 V 1 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -2 -3 -2 4 3 -4 -2 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 21 0 0 16 0.50 0.31 22 T -1 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -3 0 -2 -4 -2 3 -4 0 0 -2 -1 -1 0 0 0 0 68 0 0 0 0 5 0 0 0 17 0 6 4 0 0 0 1.24 0.31 23 F -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 0 0 -4 -1 7 -4 -3 -3 0 2 -1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 1.19 0.31 24 L -2 -3 -4 -4 2 -3 -3 -4 -4 2 4 -3 1 -1 -3 -2 1 -3 -2 1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 7 66 0 0 0 0 0 12 0 0 10 0.55 0.31 25 S 1 -3 -3 -4 9 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -3 0 0 -3 1 -2 12 0 0 0 69 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 6 5 0 6 0 1.21 0.31 26 F -3 -4 -4 -4 4 -4 -4 -4 -3 0 1 -4 0 7 -4 -3 -3 -1 1 -1 0 0 0 0 11 0 0 0 0 5 15 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0.92 0.31 27 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -3 1 5 -3 1 3 -4 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0.77 0.31 28 L -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -1 -4 1 4 -3 1 -1 -3 -2 1 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 54 0 0 0 0 0 12 0 0 29 0.47 0.31 29 P -1 -1 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 0 -2 -5 -4 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 7 0 0 0 0 2.07 0.31 30 A 2 1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -2 -1 -2 -3 3 4 0 -4 -3 -2 26 12 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 14 44 0 0 0 0 0.49 0.31 31 G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 0 -2 -3 -4 -4 5 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.25 0.31 32 W -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -2 0 -5 -4 -3 11 3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 12 0 2.67 0.31 33 V -1 -3 -3 0 -2 -3 -3 -4 -4 4 0 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0.62 0.29 34 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 1 5 -3 4 0 -4 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.29 35 Y 1 -2 0 -1 -2 -1 0 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 0 5 1 -3 0 -2 5 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 3 78 3 0 4 0 0.62 0.29 36 H -2 -1 2 -1 -4 0 1 -3 9 -4 -4 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 1 -4 0 0 12 0 0 0 6 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.29 37 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 1 5 -3 4 0 -4 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0.79 0.29 38 D -2 -1 -1 4 -4 1 5 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 27 0 0 69 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.29 39 N -1 -1 4 1 -2 2 -1 -1 1 -3 -3 -1 -2 -3 -2 4 1 -4 -2 -3 0 0 26 4 0 10 0 0 4 0 0 0 0 0 0 47 8 0 0 0 0.53 0.29 40 Y -3 -3 -3 -4 0 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 87 0 1.33 0.30 41 K -2 3 -1 -2 -4 0 0 -3 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.30 42 K -2 3 -1 -2 -4 1 0 -2 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.29 43 S -1 0 -1 0 -3 5 3 -2 -1 -3 -3 2 -2 -4 -2 2 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 45 19 0 0 0 0 15 0 0 0 22 0 0 0 0 0.59 0.21 K Lambda Standard Ungapped 0.1321 0.3161 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1701 0.3171 PSI Gapped 0.0521 0.2670