Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 2 5 -4 4 -1 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 62 0 15 0 0 0 0 0 0 13 0.93 0.69 2 S 1 -2 -1 -3 -4 3 1 -3 -3 -4 -3 1 -3 -5 4 2 2 -5 -4 -2 12 0 2 0 0 15 8 0 0 0 2 9 0 0 20 17 13 0 0 2 0.54 0.94 3 D 1 -3 -2 6 -4 0 1 -3 -3 -4 -2 -1 -4 -5 -4 1 1 -6 -5 -4 14 0 0 51 0 3 6 0 0 0 4 4 0 0 0 8 9 0 0 0 0.86 0.99 4 P -2 -3 -3 0 6 0 0 -4 -4 -4 -5 1 -4 -6 6 -3 -2 -6 -5 -2 2 1 1 5 21 5 6 1 0 0 0 8 0 0 46 0 2 0 0 3 1.28 1.11 5 Y 3 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -2 2 0 -2 -1 -2 0 -1 3 -1 -5 0 2 26 0 1 1 0 1 2 2 5 4 4 5 1 4 3 20 3 0 3 15 0.33 1.22 6 H 0 -4 -4 -3 -2 -1 -2 -5 3 2 3 -3 1 2 -1 -3 -2 2 -2 2 7 0 0 1 1 3 3 0 9 10 27 1 2 9 4 1 1 3 0 16 0.40 1.17 7 F 0 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 -1 -3 -2 1 5 0 -3 -5 -1 3 10 1 2 0 0 4 0 0 1 5 4 1 0 6 33 6 0 0 2 26 0.72 1.19 8 T 2 -2 -1 -3 -4 0 1 -1 -4 -1 -1 -1 -2 -4 -2 2 2 -5 -4 2 17 1 2 1 0 3 9 4 0 4 5 4 1 0 1 18 15 0 0 15 0.30 1.23 9 V 0 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -4 -6 3 0 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -5 -4 6 7 0 0 0 0 0 0 1 0 16 7 2 0 1 1 2 0 0 0 64 1.07 1.27 10 N 1 0 0 -3 -5 2 1 -2 1 -3 -1 2 0 -4 3 0 2 -5 -2 -2 11 4 4 0 0 10 9 2 3 1 7 11 2 0 13 5 15 0 1 2 0.28 1.30 11 A 5 -4 -4 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -5 6 -2 -2 -6 -3 0 49 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 38 1 2 0 1 6 1.29 1.30 12 A 1 1 -2 1 -4 -1 -1 -4 -3 0 -1 1 0 -2 -4 1 2 1 -1 2 12 7 1 8 0 2 2 0 1 4 5 9 2 2 0 12 14 2 2 15 0.21 1.31 13 A 3 -1 -4 -4 -3 -3 -4 0 0 0 0 -3 0 1 -3 -1 -2 -4 2 3 29 4 0 1 0 1 1 7 2 3 8 1 2 6 1 3 1 0 8 21 0.38 1.31 14 E -2 -2 -3 -1 -5 4 6 -5 -2 -1 -3 -2 -4 -5 -2 -3 -3 -5 -4 -1 3 1 0 0 0 16 65 0 0 5 2 0 0 0 1 0 1 0 0 6 1.18 1.27 15 T -1 -4 -2 -2 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -4 1 7 -5 -4 -1 2 0 1 2 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 6 83 0 0 4 1.48 1.26 16 E 1 -1 -3 2 -4 2 3 -3 0 -3 -3 -2 -3 -4 3 -2 1 -5 -4 0 10 4 0 11 0 9 22 2 2 1 3 2 0 0 13 1 11 0 0 9 0.41 1.19 17 P 2 -3 -3 -3 -4 0 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -3 -3 7 1 -1 -5 -4 -1 15 1 1 1 0 4 1 2 1 2 2 2 0 1 48 10 3 0 0 4 1.03 1.17 18 V 0 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -3 0 0 0 -3 2 -2 -1 -2 1 -4 -3 5 7 1 1 2 0 1 2 2 2 3 8 1 5 2 3 2 9 0 0 49 0.59 1.14 19 D 1 -2 0 3 -4 0 2 1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 2 0 0 -5 -4 -2 13 2 3 18 0 3 12 9 1 3 8 3 1 1 10 5 6 0 0 2 0.26 1.19 20 T 2 2 0 1 -4 0 0 0 -1 -2 -3 -2 -3 -2 -3 2 3 -4 -4 -3 16 12 4 7 0 4 5 7 2 2 2 1 0 2 1 13 20 0 0 1 0.32 1.19 21 A 1 0 2 -1 -4 0 -2 1 -2 -1 -2 -1 -3 1 3 0 0 -4 -1 0 11 5 10 3 0 4 2 10 1 3 4 3 0 5 18 6 7 0 2 8 0.23 1.12 22 G 1 -1 0 0 -4 0 0 6 -3 -3 -4 -2 -4 -5 -2 -1 -3 -5 -4 -4 10 3 5 6 0 4 7 55 0 2 1 1 0 0 1 3 1 0 0 1 0.87 1.18 23 D -1 -4 1 7 -5 -3 -1 2 2 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -3 -6 -2 -4 4 0 5 64 0 0 1 16 5 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 1 1.30 1.25 24 A 4 -3 3 4 -4 -3 0 -2 -3 -3 -4 -3 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -2 45 1 13 24 0 0 6 2 0 2 1 1 0 0 0 2 2 0 0 3 0.78 1.23 25 A 5 -4 -4 -4 -3 -4 -4 0 -5 1 0 -4 -1 -4 -3 0 1 -5 -4 0 58 0 0 0 0 0 0 8 0 7 7 0 1 0 0 5 9 0 0 5 0.79 1.29 26 D -3 -3 -1 8 -6 -1 -1 -4 -3 -5 -6 -2 -5 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -5 2 1 1 89 0 2 1 0 0 0 0 1 0 0 2 1 0 0 0 0 1.93 1.25 27 D -3 -4 -1 7 -5 -3 0 -2 -3 -4 -5 -3 -5 -5 -4 2 -3 -6 -5 -4 0 0 1 74 0 0 3 2 0 1 0 0 0 0 0 17 0 0 0 1 1.59 1.25 28 P -2 -3 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -2 -2 -4 -4 -5 8 -3 -4 -6 -5 -1 2 1 0 3 1 0 0 3 0 2 4 0 0 0 77 1 0 0 0 5 1.95 1.28 29 A 7 -4 -4 -4 -1 -3 -2 -1 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 90 0 0 0 1 0 2 2 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1.47 1.30 30 I -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -6 -5 6 0 -5 -1 0 -5 -1 -1 -1 -4 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 49 7 0 0 3 0 6 4 1 0 27 1.03 1.31 31 W -5 -5 -6 -7 -5 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -6 -4 -2 -6 -5 -5 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 0 0 88 5 1 3.60 1.31 32 L -1 1 -3 -5 -4 -3 -3 -4 1 4 0 -4 0 -1 -1 -3 -1 -4 0 4 6 9 1 0 0 1 1 1 3 24 7 0 2 2 3 1 3 0 4 32 0.56 1.27 33 D -1 -2 5 2 -4 -2 -2 -2 7 -4 -5 -3 -4 -4 -4 1 -1 -5 -2 -4 6 1 31 13 0 0 0 3 27 1 1 0 0 0 0 11 3 0 1 0 1.03 1.26 34 P 1 -1 -1 -3 -5 -2 -1 -2 -2 -5 -4 -1 -4 -4 7 -1 -1 -5 -4 -4 13 4 2 1 0 1 4 3 1 0 1 4 0 1 57 5 3 0 1 1 1.32 1.29 35 K 2 0 1 1 -4 1 1 -1 -2 -3 -3 0 -2 -4 -3 1 3 -4 -1 -1 17 6 7 6 0 6 8 3 1 1 2 6 1 0 0 7 22 0 2 4 0.31 1.25 36 T -1 -1 4 6 -5 1 0 -2 -1 -4 -5 -2 -4 -3 -4 0 -1 -5 -3 -4 5 3 18 46 0 6 3 2 1 1 0 2 0 1 0 7 4 0 1 1 0.90 1.28 37 P 1 -2 -4 -1 -4 -3 -3 0 -2 -3 -4 -2 -4 -4 7 0 -2 -3 -5 -3 10 2 0 4 0 1 1 8 1 1 1 2 0 1 57 8 2 0 0 2 1.28 1.27 38 Q 3 -1 1 1 -4 0 1 1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -4 3 0 -2 -3 -4 25 3 5 9 0 4 11 11 0 0 1 2 0 0 0 24 4 1 0 0 0.49 1.32 39 N 0 4 1 -1 -5 3 -1 -1 -1 -4 1 3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -3 9 19 7 3 0 12 3 4 1 0 15 20 0 0 1 3 2 0 0 1 0.44 1.27 40 S 0 -2 -2 -3 -4 -3 -3 -1 0 -4 -3 -3 -1 -3 -4 6 0 4 -4 -2 4 1 1 0 0 0 0 4 2 0 2 0 1 1 0 72 3 6 0 3 1.10 1.27 41 K -2 2 -5 -5 -4 -3 -4 -4 -5 1 4 -1 1 -1 -4 -4 1 3 -3 1 3 14 0 0 0 1 0 1 0 7 44 3 2 2 0 0 8 5 0 10 0.62 1.28 42 L -3 -2 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 0 -1 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 3 0 0 0 0 0 0 0 47 9 0 1 2 0 0 1 0 0 37 1.17 1.28 43 I 1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 0 2 -5 -4 -3 -4 -1 2 11 0 0 0 0 0 0 0 0 40 28 0 1 8 0 0 0 0 2 10 0.92 1.32 44 T 3 -5 -3 -4 0 -4 -4 5 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -4 -1 3 -5 -5 -2 21 0 0 0 2 0 0 48 0 1 0 0 0 0 0 4 20 0 0 3 1.02 1.32 45 T 1 -4 -1 -3 -4 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -4 0 7 -5 -4 -1 13 0 3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 76 0 0 2 1.38 1.32 46 N 1 -3 3 6 -5 -2 -2 -3 -3 -3 -2 0 -3 -5 -2 -1 0 -6 -5 -1 12 0 15 43 0 1 1 1 0 1 5 6 0 0 2 2 7 0 0 4 0.76 1.32 47 K -1 0 -3 -1 -6 -1 -1 -4 -3 -4 -5 7 -4 -6 -1 -2 -3 -6 -5 -5 4 2 0 2 0 1 2 1 0 1 0 82 0 0 3 1 1 0 0 0 1.52 1.36 48 K -2 1 2 2 -5 2 1 -2 -1 -4 -3 4 -4 -5 -3 2 1 -6 -3 -4 1 5 10 10 0 8 7 2 1 1 3 25 0 0 1 16 8 0 1 1 0.48 1.38 49 S 2 -1 0 -1 -4 1 -2 5 1 -5 -3 -3 -4 -4 -4 0 0 0 -2 -4 19 3 4 3 0 6 2 39 4 0 2 1 0 1 0 8 5 1 2 1 0.60 1.30 50 G 0 -1 -1 -1 -5 -3 -2 6 -4 -5 -5 -2 -5 -5 -2 -2 -4 -5 -5 -5 8 3 3 4 0 1 2 71 0 0 1 2 0 0 2 2 0 0 0 0 1.32 1.28 51 L -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 0 0 -5 -5 -3 -4 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 10 70 0 1 4 0 0 0 0 0 11 1.15 1.30 52 V 0 1 -1 -2 -3 -2 -1 0 3 0 0 -2 0 0 -4 -3 -1 -3 5 1 9 8 3 3 0 1 4 7 6 4 10 1 2 3 0 1 3 0 22 12 0.33 1.30 53 V 0 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 1 0 -4 -1 -2 -4 -1 0 -5 -4 6 9 0 1 0 0 1 0 1 0 6 6 0 1 1 0 4 7 0 0 63 0.97 1.30 54 Y -4 -4 -3 -5 -3 -4 -4 -5 1 -3 -1 -4 -3 5 -5 -3 -4 -1 8 -3 0 0 1 0 1 0 0 0 2 0 5 0 0 24 0 1 0 0 63 1 1.79 1.30 55 S -3 -2 3 7 -5 -2 -2 2 -2 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -5 2 2 11 63 0 1 0 13 1 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 1.31 1.30 56 L 0 -4 -5 -3 -4 -4 -3 0 -5 -1 5 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -4 -1 7 1 0 1 0 0 2 8 0 1 67 0 6 1 0 0 1 0 0 3 0.93 1.30 57 D 0 -1 2 5 -5 3 0 -2 -1 -5 -4 1 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -5 7 2 10 35 0 15 5 3 1 0 1 7 0 0 0 9 4 0 0 0 0.70 1.30 58 G -1 -3 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 4 1 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.90 1.30 59 K -1 3 1 -2 -5 2 2 -2 0 -4 -5 5 -4 -5 -4 -1 0 -2 -4 -3 6 13 8 1 0 8 13 3 2 1 0 35 0 0 0 3 5 0 0 1 0.63 1.30 60 M -3 2 -3 -3 -4 3 3 -4 -1 2 1 -1 -1 -2 -2 -3 0 -5 -4 1 1 11 0 1 0 14 18 1 2 11 17 3 1 2 2 1 7 0 0 9 0.36 1.30 61 L -2 1 -4 -5 -4 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1.27 311 I 1 0 -1 1 -2 -1 0 -2 -2 0 -1 -1 1 -2 1 0 2 -2 -2 2 11 5 2 9 1 2 5 3 1 6 5 3 3 2 7 6 11 0 2 16 0.13 0.92 312 D 0 -2 -1 2 -2 -1 0 0 -1 -1 -1 -1 1 0 3 0 0 -2 0 0 9 2 3 11 1 3 6 8 2 3 6 3 3 4 16 7 5 1 3 6 0.16 0.85 313 H 2 2 0 1 -3 -1 -1 2 2 -3 -3 -1 -2 -3 2 -1 -1 -3 -2 -1 15 14 4 8 1 3 4 13 5 2 3 3 1 1 11 5 3 0 1 4 0.23 0.99 314 G 0 -2 1 0 -2 -1 0 3 -2 -1 0 -1 4 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -1 6 2 6 4 1 3 7 21 1 3 10 3 12 2 3 5 3 0 2 5 0.21 0.92 315 Q -1 -1 -2 2 -3 1 2 0 -2 -2 -2 0 -2 -3 4 -1 1 -3 -2 -2 5 3 2 13 1 5 13 7 1 3 4 7 1 1 19 5 7 0 2 3 0.31 0.94 316 K 0 2 1 1 -2 0 2 0 -2 -2 -2 0 -1 -3 -1 1 0 -3 -2 0 8 13 7 9 1 3 12 7 1 3 5 5 1 1 3 10 4 0 1 6 0.14 0.95 317 A 2 -2 0 1 -3 1 1 2 -2 -1 -2 0 -2 -1 0 -1 -1 -3 -2 -1 16 2 5 7 1 6 10 18 1 4 5 6 1 2 4 4 3 0 1 5 0.17 1.00 318 N 1 0 4 1 -3 -1 0 0 -1 -2 -2 -1 -3 0 1 1 1 -3 -3 -1 13 4 18 7 0 3 5 6 1 2 3 3 1 5 8 9 8 0 1 4 0.22 1.08 319 Q 0 -1 -1 -2 -2 6 -1 -3 2 -3 -3 0 -2 -3 -3 0 3 -3 -3 -2 9 3 2 2 1 41 2 2 4 1 2 4 0 1 1 5 17 0 1 3 0.72 1.13 320 N -1 0 7 0 -4 -2 -2 0 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 0 1 -4 -4 -4 4 4 58 3 0 1 1 6 0 1 1 2 0 0 1 6 10 0 0 1 1.12 1.25 321 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -5 -4 -3 -2 3 -3 1 0 0 0 0 0 1 1 0 2 5 1 0 76 0 1 2 0 8 1 1.81 1.30 322 K -1 -1 -2 -3 -4 1 -2 -3 3 -4 -3 7 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -4 5 1 1 1 0 6 1 1 8 1 2 67 0 1 1 2 1 0 2 1 1.19 1.26 323 I -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -3 2 3 -4 1 5 -4 -4 -3 4 5 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 10 27 1 4 21 1 1 1 5 20 5 0.83 1.26 324 V -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 2 1 -5 -2 3 -5 -3 -2 -3 4 5 3 0 0 0 0 0 0 0 1 9 10 0 0 10 0 2 2 0 14 49 0.91 1.38 325 P 0 1 -1 5 -5 -2 -2 -2 -3 -6 -6 -3 -5 -6 4 3 -2 -6 -5 -5 7 10 1 34 0 1 1 2 1 0 0 0 0 0 19 24 1 0 0 0 0.91 1.41 326 W -4 -3 -6 -7 -5 -5 -6 -4 -5 -3 2 -6 -2 2 -6 -5 -5 11 0 -4 1 1 0 0 0 0 0 1 0 1 22 0 1 7 0 0 0 67 1 0 2.67 1.41 327 E 1 3 -1 2 -5 0 4 0 -3 -5 -5 0 -3 -6 -2 1 -2 -6 -5 -3 12 20 1 11 0 4 25 8 0 0 0 6 0 0 2 9 2 0 0 1 0.54 1.40 328 R 1 0 1 5 -5 0 2 -3 -3 -4 -3 1 -3 -5 -3 0 -2 -4 -2 -5 13 5 7 35 0 5 14 0 0 1 3 7 0 0 1 5 2 0 1 0 0.65 1.39 329 I -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 50 8 0 1 1 0 0 0 0 0 38 1.33 1.39 330 A 4 0 -3 -4 -4 0 0 -4 -4 -1 2 0 -1 -2 -3 0 -1 -5 -4 0 40 5 1 0 0 5 6 0 0 3 17 5 1 1 1 7 2 0 0 5 0.45 1.37 331 D 1 2 0 2 -5 1 2 0 -2 -5 -5 4 -4 -6 -3 -1 -1 -6 -4 -3 14 12 5 10 0 6 14 6 1 0 0 24 0 0 1 3 4 0 0 1 0.49 1.38 332 Q 5 0 -4 -3 -4 0 -1 -1 0 -2 -3 1 -3 -2 -2 0 0 -5 -1 -2 51 5 0 0 0 4 4 3 2 2 2 7 0 1 1 6 6 0 2 2 0.60 1.36 333 I -1 -5 -5 -5 -4 -4 -2 -5 -5 3 5 -5 0 3 -4 -4 -2 -4 -2 -1 6 0 0 0 0 0 3 1 0 15 55 0 1 12 1 1 2 0 1 3 0.87 1.34 334 G 0 -1 2 2 -3 0 -1 3 0 -5 -5 2 -4 -6 2 1 -2 -6 -5 -4 6 4 11 10 1 5 2 25 2 0 1 13 0 0 9 9 1 0 0 1 0.47 1.33 335 F -3 -2 -3 -2 -4 -3 -1 -3 -5 1 5 -2 -1 -1 1 -3 -2 -4 -4 0 2 2 2 2 0 0 4 2 0 8 57 2 1 2 8 2 2 0 0 4 0.67 1.29 336 R -1 1 -3 -1 -5 1 1 -4 -4 -3 -2 3 -2 -2 5 0 -2 -3 -4 -4 6 8 0 3 0 6 10 0 0 2 5 22 1 2 29 5 1 0 0 0 0.66 1.27 337 P -2 -3 -4 -2 -4 -3 0 -1 -4 0 4 2 -2 -2 4 -2 -2 -4 -4 -2 1 0 0 3 0 0 5 4 0 4 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89 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 1 0 3 0 0 0 0 1.66 0.92 347 K -1 1 3 0 -5 0 2 -2 -1 -5 -5 4 -4 -5 -3 1 -1 4 -3 -4 3 7 19 3 0 3 12 2 1 0 0 30 0 0 0 11 2 6 0 0 0.59 0.86 348 L -3 -4 -4 -4 0 -4 -4 -1 -4 0 3 -4 0 -2 5 -3 -1 3 1 1 0 0 0 0 3 0 0 6 0 4 32 0 2 0 29 0 3 4 5 13 0.66 0.76 349 T -1 -2 1 -2 -4 -2 0 -4 4 -2 1 3 -2 -3 -3 -1 0 -4 -3 2 4 0 6 1 0 0 5 0 14 0 13 26 0 0 0 2 7 0 0 21 0.37 0.71 350 D -2 -1 3 4 -4 -2 0 -3 -2 -4 -4 0 -4 -2 5 -1 0 -5 -2 -4 2 3 17 30 0 0 2 0 0 0 0 5 0 2 28 3 7 0 2 0 0.77 0.57 351 R -3 7 1 -2 -5 1 0 -4 -1 -5 -4 1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 87 5 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.30 0.50 352 S 2 -2 2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 4 3 -4 -3 -2 19 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 20 0 0 0 0.59 0.38 K Lambda Standard Ungapped 0.1336 0.3125 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1686 0.3177 PSI Gapped 0.0516 0.2670