Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.69 0.50 2 L -2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -3 1 3 -5 -1 6 -5 -3 -3 -1 5 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 6 32 0 0 34 0 1 0 0 21 2 0.88 0.69 3 P 3 -4 -3 -2 -4 -3 -3 -2 -4 -4 -5 -2 -4 -5 7 1 -2 -5 -5 -3 31 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 53 11 1 0 0 0 1.28 0.70 4 W -5 -4 -6 -7 -5 -4 -5 -5 -5 -5 -2 -5 -4 0 -6 -5 -5 13 1 -5 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 0 93 1 0 3.46 0.83 5 Y -5 -2 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -3 -4 -1 -5 -3 2 -6 -5 -4 12 6 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 58 29 0 2.32 0.85 6 R 5 4 -3 -3 -3 0 -3 -2 2 -3 -4 -2 -3 -5 -4 1 -2 -5 -4 -1 53 21 1 1 0 3 0 1 5 1 0 0 0 0 0 9 1 0 0 5 0.71 0.87 7 V -1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 7 -5 -1 -4 -3 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -5 3 2 1 0 0 0 0 1 68 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 23 1.17 0.87 8 H -4 -3 8 -1 -5 -2 -2 -3 7 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -2 -3 -6 -3 -5 0 0 75 0 0 0 0 0 23 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.64 0.88 9 T 4 -4 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -4 -1 -4 -3 -1 -2 -3 3 4 -5 -4 -1 42 0 1 1 0 0 0 2 0 3 0 0 2 2 0 23 22 0 0 3 0.67 0.92 10 V -3 7 -3 -5 -2 -1 -3 -1 -3 0 -3 -1 -2 -3 -5 -3 -3 -5 -4 3 1 63 0 0 1 1 0 5 0 5 1 0 1 1 0 1 0 0 0 21 1.04 0.92 11 L -2 -5 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 0 4 -5 1 5 -4 -4 -3 -3 0 4 3 0 1 0 0 1 2 0 0 1 38 0 2 23 1 0 1 0 2 25 0.74 0.96 12 I 2 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 2 -3 -1 -1 -3 -1 3 -5 -2 0 17 1 0 0 0 0 0 0 0 30 19 1 1 2 1 3 19 0 1 4 0.52 0.95 13 N -3 -3 8 3 -5 -2 1 -2 0 -6 -5 -1 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -5 1 0 63 17 0 0 7 3 2 0 1 2 0 0 0 2 1 0 1 0 1.23 0.96 14 D -4 1 -2 4 -5 0 -1 -5 -4 -2 4 0 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -1 0 8 1 27 0 4 2 0 0 1 40 5 1 2 1 2 1 1 2 5 0.50 0.89 15 P 0 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 0 4 6 0 -5 -2 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 4 20 59 2 0 1 0 0.82 0.82 16 G -1 -3 -2 -2 -5 -2 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -5 2 1 1 2 0 2 1 84 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.45 0.81 17 R -3 5 -3 -3 -2 1 -1 -4 1 -4 -1 5 -1 -3 -4 -2 -1 -5 -2 -4 0 35 0 0 1 6 1 0 4 0 6 32 2 1 0 2 3 0 1 0 0.66 0.81 18 L -3 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 -1 5 -2 -1 -3 2 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 51 0 0 22 2 5 0 3 2 0 0.61 0.76 19 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 4 -4 -1 1 0 -4 -2 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 43 0 0 5 5 0 2 0 0 2 0.57 0.76 20 A 2 -4 -3 -3 -4 -3 -1 4 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -1 2 1 -4 -4 -2 19 0 0 0 0 0 3 32 0 0 0 0 0 4 2 17 8 0 0 2 0.40 0.78 21 A 4 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 0 2 -5 -4 3 44 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 4 11 0 0 25 0.47 0.78 22 H -1 -2 -2 -1 -4 -2 -2 -4 10 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 1 -4 7 0 0 3 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1.38 0.74 23 L 0 -4 -1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 3 2 -4 1 -3 -1 -2 -1 -4 -3 4 6 0 4 0 0 0 0 0 0 15 21 0 3 0 3 3 3 0 0 27 0.31 0.85 24 M 3 -3 -3 -3 3 -3 -3 2 -3 0 -1 -3 3 -3 -3 0 -2 -3 -3 0 25 1 1 1 5 1 1 17 0 6 6 1 8 1 1 6 1 0 0 6 0.18 0.67 25 H -2 -2 -2 -2 -3 3 -1 -3 5 -3 -3 -2 -2 -1 4 -2 -2 -2 4 -3 1 1 1 1 0 17 1 1 17 1 2 1 0 1 18 1 1 0 17 1 0.42 0.46 26 T 4 -3 -1 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -1 -3 -3 -3 -4 -3 0 4 -4 -2 -2 40 0 3 0 0 1 1 1 0 3 1 0 0 0 0 3 31 0 1 1 0.54 0.92 27 A 4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 5 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -1 -4 -4 -3 36 0 0 0 0 0 1 39 0 0 1 0 0 0 0 2 4 0 0 1 0.69 0.92 28 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 0 0 -3 -1 -3 -4 -3 -1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 5 66 0 1 3 1 5 0 0 0 2 0.70 0.92 29 V -2 -4 -4 -5 0 -4 -4 -5 -4 6 -1 -4 4 -3 -4 -4 -1 -4 -3 3 1 0 0 0 2 0 0 1 0 42 2 0 11 0 0 1 3 0 0 22 0.68 0.96 30 A 3 -4 -3 -4 2 -3 -3 -3 -4 -1 -1 -3 4 -3 -4 2 0 -4 -4 3 21 0 0 0 4 0 0 1 0 2 3 0 12 0 0 15 4 0 0 21 0.32 0.98 31 G -3 -3 -4 -4 0 -4 -4 3 -4 -3 0 -4 -3 7 -5 -3 -4 -2 0 -1 1 1 0 0 2 0 0 22 0 0 8 0 0 42 0 1 0 0 1 5 0.69 0.98 32 W -2 0 -4 -5 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -4 -3 -1 -5 -2 -3 12 0 -1 4 5 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 2 0 3 2 59 1 4 1.86 0.98 33 A 6 -4 -4 -4 2 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -3 -2 0 0 -1 -4 -4 -1 59 0 0 0 4 0 0 1 0 3 1 0 0 2 4 4 3 0 0 2 0.61 0.98 34 G -1 -3 -3 -1 -4 -3 -2 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 3 1 0 3 0 0 2 70 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.12 0.98 35 S 5 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -2 3 1 -4 -4 -1 41 1 0 0 0 0 0 4 0 2 3 0 0 0 1 23 6 0 0 3 0.45 0.98 36 M -2 -4 -1 -4 -4 -3 -4 -4 -4 0 -1 -4 8 3 -4 -2 0 -3 -1 -1 3 0 4 0 0 0 0 0 0 4 3 0 45 10 0 3 6 0 2 3 0.72 1.03 37 A 2 -4 1 -3 0 -3 -3 -2 -4 0 -1 -3 0 -4 -3 -1 5 -4 -4 -2 18 0 5 0 2 0 0 2 0 5 4 0 2 0 0 2 37 0 0 2 0.35 1.03 38 L -3 -4 -4 -5 0 -2 -4 -5 -4 1 5 -4 1 2 -2 -3 -3 1 -2 0 1 1 0 1 2 2 1 1 0 6 53 1 2 8 2 2 1 2 0 6 0.56 0.98 39 Y -3 -4 -4 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -1 -4 1 6 -4 0 -2 3 6 -2 1 1 0 1 0 4 1 1 0 3 5 1 3 32 1 9 2 3 24 2 0.71 0.98 40 E -3 -2 -2 -1 -4 3 6 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -4 1 1 1 1 0 11 59 1 0 1 1 8 0 1 1 1 1 0 0 1 0.85 0.83 41 L -1 2 0 -4 -3 -3 -3 -4 -3 1 3 -3 1 0 -4 -1 0 -4 -3 2 4 11 5 1 0 0 1 1 0 6 24 1 3 3 1 4 4 0 0 17 0.15 0.86 42 A 3 -3 -1 -1 -3 1 -3 0 -3 -1 -2 -3 -3 -4 -3 2 0 -4 -4 1 21 0 3 3 0 6 0 7 0 3 4 0 0 0 0 15 4 0 0 13 0.09 0.90 43 T -1 3 -1 -4 -1 -1 -3 -3 6 0 -2 -1 -3 -4 -4 -2 -1 1 -1 3 4 18 3 0 2 3 0 2 17 5 3 3 0 0 0 2 3 2 2 21 0.35 1.09 44 F -4 -4 -4 -5 -5 0 -4 -5 2 0 -1 -4 -3 6 -5 -1 -1 4 6 -1 0 0 0 0 0 4 0 0 4 4 6 0 0 31 0 5 5 4 21 5 0.79 1.36 45 D -1 -1 2 5 -5 0 -1 -2 1 0 -2 -1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 1 4 4 9 29 0 4 4 4 3 5 4 4 0 0 0 4 4 0 0 11 0.33 1.34 46 P -1 -1 0 -4 -5 0 -1 -1 -4 -5 -2 -1 -4 0 7 0 0 -5 -4 -4 5 4 4 0 0 4 4 4 0 0 4 4 0 4 44 6 5 0 0 0 0.81 1.30 47 S 0 0 0 2 -4 0 3 -1 -3 -5 -5 0 -4 -5 0 3 1 -5 -4 -4 6 4 4 10 0 4 18 5 0 0 1 4 0 0 4 22 8 0 0 0 0.32 1.29 48 D -3 0 -2 4 -4 1 2 -4 4 1 -1 0 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 1 1 6 0 26 0 5 11 1 10 7 7 5 0 0 1 1 1 0 0 9 0.33 0.95 49 P 2 0 -2 -3 -3 1 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -3 3 1 2 -3 -3 0 17 6 1 1 0 7 1 2 1 1 7 1 1 1 16 8 11 0 1 7 0.18 0.81 50 V -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 2 1 -2 1 0 -2 -2 -1 -2 -2 4 5 2 2 2 1 1 4 3 1 8 10 2 3 4 2 2 4 0 1 32 0.19 0.70 51 L -1 -2 0 0 -2 -2 -1 1 -2 -2 2 -2 -1 1 0 -1 -1 -2 0 -1 6 2 5 5 1 1 5 10 1 2 19 2 1 7 5 5 5 0 4 5 -0.01 0.73 52 N -3 1 3 3 -4 1 -2 -3 -3 -1 -1 3 0 -1 -3 -1 -3 -4 0 -3 1 8 13 16 0 5 1 1 0 4 7 18 3 3 1 4 1 0 3 1 0.23 0.97 53 P 0 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 8 0 -3 -4 -4 -3 7 1 1 1 0 1 1 1 0 1 7 1 0 1 59 7 1 0 0 1 1.24 0.97 54 M -1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 0 1 -4 9 0 -4 -3 -1 -3 1 0 4 1 0 1 0 0 1 1 0 5 11 1 50 4 1 1 4 0 4 4 0.93 1.06 55 W -1 0 0 -4 -4 -3 -4 2 3 -4 -4 -4 -4 1 -4 -1 -4 7 6 -4 5 5 5 0 0 0 1 17 6 0 1 0 0 5 0 5 0 13 26 1 0.70 1.17 56 R -1 3 0 1 -5 1 4 -4 2 -4 -4 0 -4 -5 0 -1 -1 -5 -4 -1 4 13 4 7 0 4 31 1 5 0 1 4 0 0 4 4 4 0 0 6 0.39 1.19 57 Q -3 0 -3 -3 -5 8 0 -4 2 -5 -5 0 -3 -5 -1 -3 -3 -5 -4 -5 0 3 0 0 0 71 3 0 4 0 0 4 0 0 4 0 0 0 0 0 1.32 1.12 58 G -2 -2 1 -1 -5 -1 -1 6 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -1 1 -2 -5 -5 -5 2 2 6 4 0 2 3 56 0 0 0 3 0 0 3 8 2 0 0 0 0.84 1.14 59 M -1 -4 -4 -1 3 -4 -4 -1 -4 0 2 -4 6 1 -1 0 -1 -4 -3 0 5 0 0 4 6 0 0 5 0 4 19 0 18 7 4 8 4 0 0 7 0.31 1.29 60 F 0 -4 -4 -4 -4 -4 -4 0 3 1 0 -4 3 2 -4 0 1 -4 3 1 8 0 0 0 0 0 0 8 8 8 8 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0.21 1.23 61 V 0 -4 -4 -4 5 -4 -4 -4 -4 0 2 -4 -2 2 -4 0 0 -3 1 3 6 0 0 1 12 0 1 1 0 5 18 1 0 9 1 8 5 0 5 18 0.33 1.10 62 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 4 4 -3 4 2 -4 -3 -3 -3 -2 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 26 34 1 12 9 1 1 1 0 0 1 0.51 0.68 63 P -1 -3 0 -3 -4 0 -2 0 2 -4 -4 -2 -3 -4 7 0 -2 -4 -3 -3 5 1 4 1 0 5 1 8 5 1 1 1 0 0 50 6 1 0 0 1 0.93 0.68 64 F -3 1 0 -3 -4 0 -2 -4 8 -3 -1 -2 1 4 -4 -3 -3 -3 0 -1 1 9 5 1 0 5 1 1 39 1 5 1 4 21 1 1 1 0 0 5 0.80 0.68 65 M -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 1 -3 2 1 -3 4 -2 -3 -2 2 -3 3 2 1 1 1 1 0 1 1 13 0 13 14 1 13 0 1 1 13 0 13 13 0.36 0.68 66 A 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 3 1 -3 2 3 -3 -2 1 33 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 7 8 1 16 18 0 0 8 0.40 0.63 67 R -1 5 0 -3 1 0 1 -1 1 -3 -3 0 1 -4 -3 0 2 -4 -3 -2 5 36 4 1 3 3 8 4 3 1 1 3 4 0 1 5 15 0 0 3 0.48 0.81 68 L -2 -4 -4 -4 1 -1 -2 -4 -4 1 5 -4 -1 2 1 -4 -3 -3 0 -1 3 1 1 1 3 3 3 1 0 5 56 1 0 9 6 1 1 0 3 3 0.60 0.86 69 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -1 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 0 -3 -4 -4 -4 5 1 0 1 0 0 5 78 0 1 1 1 0 0 1 5 1 0 0 1 1.32 0.78 70 V 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