Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T 0 -2 2 -1 -2 -1 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 3 -5 -3 -3 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 19 0 0 0 0.74 0.38 2 T -1 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -1 -4 -3 1 8 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 99 0 0 0 1.06 0.39 3 G -1 -3 -2 -3 -4 -3 -3 8 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 1 0 0 0 0 1 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 0.39 4 E -2 -1 -2 1 -6 1 8 -4 -1 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.30 0.39 5 R -3 8 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.39 6 P -1 -3 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 8 4 -1 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 34 0 0 0 0 1.56 0.41 7 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 0 -5 -1 9 -5 -2 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 92 0 5 0 0 0 0 1.36 0.41 8 S 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 2 -3 -3 -3 -2 -3 0 -3 4 1 -4 -3 -2 43 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 5 0 34 6 0 0 1 0.52 0.41 9 D -3 -3 0 8 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -2 -5 0 0 0 82 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1.26 0.41 10 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 8 1 -4 0 -1 -5 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.41 11 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 7 1 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 4 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0.84 0.41 12 T -1 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 1 7 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 93 0 0 0 0.99 0.41 13 S 0 -2 0 1 -2 -1 -1 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 7 0 -5 -3 -3 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0.89 0.41 14 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 0 0 -2 -4 -1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 4 0 0 3 2 0 3 0 0 18 0.63 0.41 15 R -3 8 -2 -3 -5 2 -1 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -1 -2 -4 -3 -4 0 87 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.18 0.41 16 Y -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -2 -3 -2 1 -3 -3 -3 0 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 42 0 0.22 0.43 17 W -3 1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -3 -3 11 0 -3 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0 0 0.60 0.42 18 V -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -3 1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 7 0 5 0 3 0 0 0 0 0 0 0 32 -0.12 0.43 19 I -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 3 -3 3 -1 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 20 0 24 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.09 0.43 20 H -3 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 8 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -2 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0.25 0.46 21 S -1 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 4 -1 -3 -3 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 0 0 0 0 0.02 0.46 22 I -2 -3 -3 -2 -3 -2 3 -3 -3 3 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 -0.14 0.46 23 T 2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -1 3 -3 -3 -2 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 -0.10 0.46 24 I -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 4 -1 -3 -2 -2 -3 1 -2 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 -0.11 0.46 25 P -2 0 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 7 -2 -3 -4 -3 -3 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0 0.39 0.46 26 A -1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 -2 4 -3 -3 3 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 21 0 6 0 0 -0.12 0.50 27 L -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 1 2 1 -3 -1 -1 -2 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 18 4 0 2 4 0 0 0 0 -0.21 0.51 28 F -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 -2 -3 -2 5 -3 -1 -3 -2 -1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 22 0 4 0 0 0 0 -0.15 0.52 29 I -3 -3 -3 -3 -3 0 -3 -3 -3 4 0 -3 -1 -2 -3 -3 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 24 5 0 0 0 0 0 0 0 0 3 -0.20 0.52 30 A 1 -2 -3 -2 -3 0 2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 15 0 0 0 0 4 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.23 0.53 31 G -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 -3 -2 0 -3 -2 -3 0 -3 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 11 0 0 0 4 0 0 0 0 4 -0.27 0.53 32 W -3 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 7 -2 -3 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 12 0 0 -0.14 0.53 33 L -3 -3 -3 -3 0 -3 -3 -3 -3 -1 1 -3 -2 3 -3 -3 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2 15 0 0 11 0 0 0 0 0 0 -0.28 0.55 34 F -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 -1 -3 -2 3 -3 -3 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 3 0 0 14 0 0 0 0 0 0 -0.26 0.55 35 V -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 -0.23 0.55 36 S -2 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 1 -3 -1 -2 -3 -3 2 -2 -3 -3 -2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 11 0 3 0 0 0 20 0 0 0 0 -0.25 0.55 37 T -1 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -1 5 -3 -3 -2 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 -0.05 0.55 38 G -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.16 0.55 39 L -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 1 -3 -2 3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 -0.13 0.55 40 A 3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 3 -2 0 -4 -3 -3 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 6 0 0 0 -0.00 0.55 41 Y -3 -3 -3 -3 -4 -2 1 -4 -1 -3 -3 -3 -3 0 -4 -3 -3 -1 7 -3 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 0 0.28 0.55 42 D -4 -3 -1 8 -6 -2 1 0 -3 -6 -6 0 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 76 0 0 4 8 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.69 43 V 2 -4 -2 -5 -3 -4 -4 1 -5 2 0 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -5 -4 5 16 0 3 0 0 0 0 10 0 10 5 0 0 0 0 0 3 0 0 47 0.48 0.69 44 F -4 -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -3 -2 -2 0 -2 9 -5 -2 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 79 0 3 0 0 2 0 1.34 0.69 45 G -2 -1 -2 -3 -5 -4 -4 8 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 0 3 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.36 0.69 46 T -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 4 7 -5 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 57 0 0 0 0.84 0.74 47 P -3 -4 -4 -4 -5 0 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 2.09 0.77 48 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -2 -1 2 -5 -5 0 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 0 81 0 0 0 0 0 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.31 0.77 49 P -3 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 0 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 8 0 0 0 0 2.12 0.77 50 D -4 -3 7 5 -5 -2 -2 -3 -2 -5 -5 0 0 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -5 0 0 52 26 0 0 0 0 0 0 0 7 4 0 0 1 3 0 0 0 0.97 0.77 51 S -2 -3 -3 2 -6 1 7 -5 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 0 0 -6 -5 -5 2 0 0 6 0 5 74 0 0 0 0 2 0 0 0 6 4 0 0 0 1.25 0.95 52 Y -4 -4 -4 1 -5 -4 -4 -6 -1 -4 -4 -4 -4 1 -6 -2 -4 0 10 -4 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 88 0 1.99 0.95 53 Y -5 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -3 -1 -2 -5 -3 8 -6 -2 0 -1 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 60 0 3 8 0 27 0 1.51 0.95 54 A -1 -3 1 -2 -4 2 -3 -2 3 -4 -2 -3 -1 -5 0 1 6 -6 -4 -3 5 0 5 1 0 9 0 4 8 0 3 0 1 0 5 6 54 0 0 0 0.75 0.95 55 Q 1 -2 0 0 -4 5 5 -3 -3 -5 -3 -1 -3 -5 0 1 -1 -5 -4 -4 12 0 3 4 0 23 31 1 0 0 2 2 0 0 3 9 3 0 0 1 0.56 0.87 56 E 0 -2 2 3 -5 0 2 -1 -3 -4 -3 -2 -4 -5 -2 4 0 -5 0 -3 7 1 7 14 0 4 12 5 0 1 2 1 0 0 1 33 4 0 3 1 0.40 0.95 57 Q -4 7 -1 -1 -6 4 1 -3 -3 -6 -5 1 -4 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -5 0 59 2 2 0 15 9 2 0 0 0 3 0 0 0 1 2 0 0 0 1.08 0.95 58 R -3 1 -3 -3 -5 7 0 -2 -3 0 -3 -1 0 -5 -4 1 -1 -5 -4 -1 0 6 0 0 0 53 4 3 0 5 2 1 3 0 0 11 3 0 0 6 0.77 0.95 59 S -2 -1 -1 1 -6 4 5 3 -3 -6 -6 3 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 2 2 2 5 0 14 30 22 0 0 0 16 0 0 0 3 2 0 0 0 0.68 0.95 60 I 2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 5 2 -1 4 -3 -1 -4 -2 -5 -4 3 19 0 0 0 0 0 0 0 0 26 17 5 9 0 3 0 2 0 0 19 0.56 0.93 61 P -3 -5 -5 -4 -6 -2 -2 -5 -5 -6 -6 -3 -5 -2 10 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 2 93 0 0 0 0 0 2.50 0.84 62 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 5 -5 0 2 -6 -5 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 43 0 0 6 0 0 0 0 0 14 0.85 0.84 63 V -3 0 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 6 1 -4 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 6 0 6 0 0 0 0 0 0 0 36 8 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0.98 0.84 64 T 0 -2 3 -2 -4 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -1 -2 -5 -4 3 5 -6 -4 -2 7 1 15 1 0 3 3 1 0 2 2 2 1 0 0 24 37 0 0 2 0.60 0.84 65 D -3 -3 2 7 -5 2 0 4 -3 -5 -5 0 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 8 47 0 8 2 25 0 0 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.78 66 R -4 9 -3 -4 -6 -1 -2 -5 1 -6 -5 0 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -5 0 97 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.79 0.79 67 F -3 -5 -5 -6 -5 -3 -5 -6 -2 -3 -1 -5 0 9 -6 -3 -4 -1 6 -3 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 2 66 0 2 0 0 25 0 1.49 0.78 68 E -2 -3 4 6 -6 1 4 -2 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 4 0 17 41 0 5 26 3 0 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 0.93 0.79 69 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 -2 -4 -3 -3 1 3 3 -1 -5 -4 0 41 0 0 0 0 0 0 6 0 1 0 0 0 6 13 25 1 0 0 5 0.61 0.79 70 K -2 0 -1 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -1 3 6 -2 -3 -4 -2 -2 5 -3 -2 2 3 3 3 0 0 0 0 0 2 30 43 0 0 0 2 2 7 0 1 0.60 0.80 71 Q -1 0 0 1 -6 6 5 -4 -2 -5 -3 1 -3 -6 -4 0 -1 -5 -4 -5 4 2 3 5 0 34 35 1 0 0 4 6 0 0 0 5 2 0 0 0 0.78 0.78 72 Q -3 -1 -2 0 -6 9 3 -4 -2 -5 -5 0 -3 -6 -4 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 3 0 76 15 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 2 1.36 0.78 73 V -3 -5 -6 -6 -3 -2 -5 -6 -5 5 4 -5 2 -2 -5 -5 -3 -5 -3 3 1 0 0 0 0 3 0 0 0 36 40 0 4 0 0 0 0 0 0 16 0.83 0.73 74 E -4 -3 2 7 -6 2 4 -3 -3 -6 -6 1 -5 -6 -1 -1 -1 -6 -3 -5 0 0 8 49 0 7 21 1 0 0 0 7 0 0 2 2 3 0 1 0 0.95 0.74 75 T -2 -1 0 3 -6 4 6 -4 -1 -4 -2 0 -2 -5 -4 -2 0 -5 -2 -4 2 1 3 13 0 18 44 1 1 1 4 3 1 0 0 1 6 0 2 1 0.70 0.76 76 F -3 1 -5 -6 -5 -5 -5 -3 -3 -2 1 -3 -2 8 -6 -4 -4 -2 3 -3 2 9 0 0 0 0 0 3 0 1 14 1 0 64 0 0 0 0 6 0 1.14 0.76 77 L -2 -4 3 -2 -4 -2 -3 -4 -4 2 1 -3 1 -1 -4 1 5 -5 -4 -1 2 0 14 1 0 1 0 0 0 14 15 0 3 3 0 10 34 0 0 3 0.45 0.75 78 E -3 5 0 -1 -6 4 1 -4 -2 -3 -5 6 -4 -6 -4 -1 -3 -5 -4 -5 0 23 3 3 0 15 7 0 0 3 0 43 0 0 0 3 0 0 0 0 0.82 0.73 79 Q -1 -2 3 2 -4 2 0 3 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 4 -2 2 -4 -5 2 0 15 9 0 11 3 18 0 0 0 5 0 0 0 34 0 3 0 0 0.52 0.60 80 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 2 4 -5 0 5 -5 -4 -3 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 48 0 0 29 0 0 0 0 0 15 0.72 0.44 81 K -2 1 5 0 -4 1 0 -2 0 -4 -4 5 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -4 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0.56 0.10 K Lambda Standard Ungapped 0.1378 0.3229 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2036 0.3177 PSI Gapped 0.0623 0.2670