Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 4 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 0 0 -4 -3 -2 48 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0 0 0 5 7 0 0 0 0.74 0.42 2 A 1 -2 -2 1 -3 -2 1 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 3 1 1 -4 -4 -2 14 2 0 8 0 0 10 32 0 0 0 0 0 0 13 9 9 0 0 2 0.49 0.53 3 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 0 -4 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -1 0 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 84 2 8 0 0 0 2.05 0.57 4 E 0 3 -2 3 -4 1 3 2 0 -4 -3 -1 -3 -4 -2 -1 0 -4 -4 -4 7 18 0 16 0 7 22 19 2 0 3 0 0 0 1 1 5 0 0 0 0.47 0.67 5 S 2 1 -2 1 -3 -1 1 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 2 2 1 -5 -4 0 18 8 1 7 0 1 11 6 0 0 0 0 0 0 12 16 10 0 0 10 0.32 0.69 6 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -5 2 -1 -1 -4 -2 7 -5 -4 -4 -1 4 -1 0 0 0 0 0 0 2 0 5 2 0 0 0 73 0 0 0 0 13 4 1.43 0.70 7 D 1 -3 -1 6 -4 -2 0 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -3 1 2 -5 -4 -4 11 0 0 59 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 11 16 0 0 0 1.01 0.71 8 E -1 -2 -2 0 -5 1 7 -4 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 5 0 0 0 0 4 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 4 1.31 0.72 9 V -2 1 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -4 0 0 -3 4 -3 -4 -2 4 -4 -3 4 0 8 0 0 0 2 4 0 0 3 5 0 12 0 0 0 30 0 0 35 0.58 0.73 10 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 1 -2 -3 -4 -3 3 -5 -4 -3 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 9 0 0 0 0 89 0 1.92 0.73 11 K -3 6 -2 -2 -5 3 2 -2 -2 -4 -1 3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 49 0 0 0 13 13 2 0 0 8 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.73 12 G -2 -4 -1 -2 -4 -3 -4 7 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 1 2 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.78 0.73 13 R -3 7 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.74 0.73 14 R -2 6 -2 -2 -2 -1 1 -3 5 -4 -2 0 -3 -4 -4 -2 0 -4 -3 -4 2 59 0 1 1 0 9 1 16 0 4 0 0 0 0 2 6 0 0 0 0.97 0.73 15 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 1 -4 0 -2 -5 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 9 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.35 0.75 16 Q -2 4 -2 -2 -4 5 2 -3 2 -2 -1 0 -2 -4 -3 -1 1 -4 -3 -2 2 23 0 0 0 34 10 1 5 2 6 4 0 0 0 2 8 0 0 2 0.60 0.72 17 G -1 -4 -2 -3 -3 -3 -4 6 -4 0 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -4 1 3 0 0 0 0 0 0 73 0 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 14 1.15 0.71 18 R 0 3 -2 -1 -3 -1 -3 1 -2 -1 0 -2 -1 0 -3 0 0 5 -1 1 9 18 0 3 0 2 0 14 1 3 8 0 2 3 0 9 7 8 1 11 0.24 0.70 19 P 2 0 0 -2 -3 -1 -1 -3 1 -3 -2 0 -3 -3 5 -1 0 4 -3 0 17 4 6 1 0 2 2 1 3 1 4 4 0 0 32 3 7 6 0 6 0.56 0.67 20 A 2 -3 -1 0 -2 -2 -2 1 0 -1 -2 -2 1 -3 -1 1 2 -4 -3 2 24 1 2 6 0 0 1 13 2 1 2 1 4 0 2 9 14 0 0 15 0.25 0.67 21 H 2 1 -2 2 -3 -2 1 1 2 -2 -3 -1 -3 -4 2 1 0 -4 -3 -2 17 9 0 11 0 0 8 10 6 2 1 2 0 0 10 10 5 0 0 2 0.21 0.68 22 E 3 -3 -2 2 -3 -2 0 4 0 -3 -2 -2 -2 -3 0 -1 -2 -3 -3 -2 26 1 0 12 0 0 6 30 3 1 3 1 1 0 3 3 1 0 0 2 0.38 0.62 23 H 1 0 -2 -3 -3 -2 -1 4 4 -3 -3 -2 -1 -3 0 0 1 -3 -1 -2 13 4 0 0 0 0 3 33 13 0 1 0 2 0 4 4 10 0 2 2 0.39 0.64 24 G 1 -2 -2 0 -3 -2 -1 5 2 -4 -4 -2 0 -3 0 -1 -2 -3 -1 -3 13 1 0 7 0 1 5 45 6 0 1 0 3 0 4 2 0 0 2 1 0.53 0.64 25 G 1 -2 -2 0 -1 -2 -1 4 4 -3 -3 -2 0 -3 3 0 -2 -3 -1 -3 11 1 0 6 1 0 2 31 13 0 1 0 3 0 14 4 2 0 2 2 0.44 0.64 26 G 2 0 -2 1 -3 1 -1 2 4 -3 -3 -2 1 -3 -1 0 -1 -4 -2 0 19 6 0 8 0 8 3 15 13 0 1 0 4 0 3 4 2 0 0 6 0.22 0.64 27 Y -1 -3 -3 -1 -1 -2 -2 -2 5 -2 -2 -3 -3 1 3 -1 -2 7 3 -3 6 0 0 3 1 0 2 2 17 1 2 0 0 5 16 3 2 20 13 1 0.75 0.63 28 E 1 2 1 0 2 2 2 -1 3 -3 -3 0 -2 -3 -3 -1 0 1 -1 -1 11 13 8 3 5 10 14 4 8 0 1 3 0 0 0 2 6 2 2 6 0.21 0.55 29 V 1 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -4 3 -1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 6 11 0 0 0 0 0 0 3 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0.85 0.57 30 F -2 3 -2 -3 -3 -1 -2 -1 3 -2 0 -1 -2 3 -3 0 3 -3 2 -2 1 17 0 0 0 1 0 3 9 0 12 2 0 15 0 7 25 0 6 0 0.36 0.57 31 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 6 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 1 0 0 0 0 0 0 0 3 28 1.01 0.57 32 D -3 -3 1 7 -5 -2 0 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -2 -6 -5 -5 0 0 3 93 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.57 33 G -1 -4 0 -1 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -2 0 0 2 3 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.50 0.57 34 V -2 6 -2 0 -4 -1 0 -4 3 -3 -3 1 -1 -3 -3 -2 -2 -4 0 1 2 56 0 5 0 0 5 0 9 0 1 4 1 0 0 1 0 0 3 13 0.74 0.57 35 Q -1 1 -2 0 -4 0 4 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 6 0 -2 -5 -4 -4 4 9 0 3 0 2 38 0 0 0 0 0 0 0 38 5 1 0 0 0 1.01 0.57 36 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.57 37 H -1 -2 -1 -3 -4 0 -2 -1 9 -5 -4 -2 -3 -3 1 -1 -3 -4 0 -4 3 0 0 0 0 3 0 5 78 0 0 0 0 0 9 2 0 0 0 0 1.54 0.57 38 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 4 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 44 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0.84 0.57 39 M -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 0 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 2 0 88 0 0 0 0 0 0 5 1.38 0.57 40 R -2 6 -1 -3 1 2 -1 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -1 0 -2 -4 -3 -4 1 67 2 0 3 10 0 2 0 0 0 8 0 0 2 5 0 0 0 0 0.99 0.57 41 N -3 4 4 -2 1 -1 -2 -3 3 -1 -1 0 0 -1 -3 -2 -2 -3 -1 -3 0 32 31 0 4 0 0 0 9 5 4 3 3 3 0 0 0 0 2 0 0.57 0.54 42 A 5 -3 -3 -3 -2 -3 -3 3 -3 0 -3 -2 -3 -4 -1 -1 -2 -4 -3 -1 68 0 0 0 0 0 0 22 0 6 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1 0.80 0.57 43 D -3 -3 0 7 -5 0 1 -1 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -5 0 0 1 81 0 3 7 3 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.57 44 G -1 -3 2 -1 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -2 -5 -4 -1 -1 -4 -4 -4 0 0 11 3 0 0 0 79 0 0 0 0 1 0 0 3 3 0 0 0 1.27 0.57 45 S 1 0 -1 -2 -3 1 -2 1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 4 -4 -3 -2 13 5 0 0 0 6 0 13 0 0 0 0 0 0 0 25 38 0 0 0 0.57 0.57 46 W -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -3 3 -5 -4 -4 10 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 49 42 0 2.07 0.57 47 I -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 4 4 -4 1 -2 -4 0 0 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 46 0 3 0 0 9 6 0 0 8 0.62 0.57 48 S 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 9 0 0 0 1.08 0.57 49 V 1 -3 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -3 0 0 -3 4 -3 0 1 2 -4 -3 3 10 0 0 4 0 0 1 2 0 1 6 0 17 0 5 11 15 0 0 28 0.35 0.57 50 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 4 1 -4 2 -2 -4 -3 -1 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 11 0 6 0 0 0 3 0 0 55 0.81 0.57 51 S -2 -1 6 4 4 -2 -1 -2 0 -4 -4 -2 -4 -4 -3 1 -1 -5 -4 -4 0 2 45 23 13 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 12 2 0 0 0 0.88 0.57 52 H -1 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -3 10 -5 -4 -2 -3 -3 -3 0 -3 -4 0 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.82 0.57 53 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 95 0 1.87 0.57 54 D -1 2 -1 2 -1 1 5 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 0 -4 -4 -4 2 11 0 11 2 4 55 5 0 0 0 0 0 0 0 5 5 0 0 0 0.74 0.57 55 P -1 0 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 1 0 4 4 1 0 -3 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 4 5 21 39 11 1 0 7 0.49 0.57 56 V -1 -2 -3 -2 0 -2 -2 -4 0 -1 -1 -3 -2 5 -4 -3 -1 -1 5 2 6 2 0 3 3 2 2 0 2 0 1 0 0 34 0 0 5 0 24 18 0.64 0.57 57 P 1 2 -3 0 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -4 -1 -3 -4 6 -2 0 -5 -4 -1 15 15 0 6 0 0 2 1 0 0 0 2 0 0 48 0 6 0 0 5 0.98 0.57 58 T -1 -3 -1 1 -3 -2 -1 0 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -3 2 6 -4 -3 -2 0 0 0 7 0 0 1 8 0 0 0 0 0 0 0 11 73 0 0 0 0.90 0.57 59 P -1 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -2 1 -3 -2 -4 7 -2 -1 -5 -4 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 69 1 2 0 0 6 1.52 0.57 60 R -2 5 -3 -4 -4 -2 -3 -4 0 -1 4 0 -1 -2 -4 -3 -3 -4 -3 -1 1 38 0 0 0 0 0 0 3 0 50 5 0 0 0 0 0 0 0 2 0.71 0.57 61 A 4 -2 -2 1 -3 -1 4 -2 1 -3 -2 0 -3 -4 -2 0 0 -4 -3 -2 46 0 0 7 0 0 30 0 3 0 3 3 0 0 0 2 4 0 0 0 0.57 0.57 62 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -2 1 -2 -2 -3 -3 -1 2 -4 -3 0 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 15 0 0 6 0.65 0.57 63 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 3 -4 -3 -1 71 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 2 0.80 0.57 64 R -3 7 -2 -3 -5 0 0 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 94 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 0.57 65 A 5 2 -3 -3 -2 -1 -2 0 0 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -1 0 -4 -3 -1 73 12 0 0 0 2 0 6 2 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 2 0.74 0.57 66 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 98 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.57 67 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 1.12 0.57 68 D -2 3 -1 6 -4 -1 1 -3 -2 -2 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -1 -5 -4 -1 1 25 0 57 0 0 4 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 6 0.91 0.57 69 E -1 0 1 1 -4 0 6 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 1 0 -4 -3 -3 4 4 6 5 0 1 65 1 0 0 0 0 0 0 0 10 5 0 0 1 0.84 0.57 70 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 97 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.57 71 Q 0 1 -2 -2 -4 4 -1 4 2 -4 -4 0 0 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 5 10 0 0 0 26 0 40 5 0 0 5 3 0 0 7 0 0 0 0 0.66 0.58 72 G 0 -3 -2 0 -3 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -2 -1 1 -4 -4 -4 4 0 0 5 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 1 1 14 0 0 0 1.12 0.56 73 A 5 -2 -1 0 -2 -1 -2 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -2 1 0 -4 -3 -2 75 2 1 5 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 8 3 0 0 0 0.75 0.56 74 P 1 4 1 2 -4 3 2 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 2 -1 -2 -4 -3 -2 12 26 6 13 0 14 12 1 0 0 0 1 0 0 10 2 1 0 0 2 0.49 0.57 75 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 0 -1 1 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 9 0 0 0 0 6 0.96 0.56 76 L 1 -3 -3 -3 -2 2 -2 -3 -3 0 2 -2 -1 -2 -3 1 -1 -4 -3 3 16 0 0 0 0 12 0 0 0 0 25 0 0 0 0 16 0 0 0 32 0.38 0.54 77 P -2 -2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -3 -5 -4 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 2.51 0.58 78 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -3 2 3 -4 1 6 -4 -4 -3 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 29 0 3 57 0 0 0 0 0 0 0.90 0.40 K Lambda Standard Ungapped 0.1374 0.3186 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1797 0.3173 PSI Gapped 0.0550 0.2670