Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 4 3 -6 -5 -3 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 15 0 0 0 1.10 1.27 2 N -3 2 5 1 -5 2 -1 -4 2 -6 -5 0 -5 -6 -2 2 2 -6 -5 -5 1 11 29 6 0 8 4 0 5 0 1 6 0 0 2 13 15 0 0 0 0.69 1.49 3 L -3 -4 -3 -5 1 -3 -4 -4 -4 2 3 -1 7 -2 -5 -2 -1 -5 -3 2 1 1 1 0 3 1 1 1 0 12 27 4 26 1 0 2 4 0 1 13 0.79 1.65 4 E -4 -3 -3 -1 -7 4 7 -4 -3 -6 -5 -1 -3 -7 -4 -3 -2 -6 -5 -5 1 0 1 1 0 17 73 1 0 0 1 2 0 0 0 1 2 0 0 1 1.62 1.68 5 R -4 6 -1 -4 0 2 -2 -5 2 -3 0 2 -3 -4 -3 -1 -2 -2 -2 -4 1 47 3 1 2 8 1 0 5 2 8 12 0 0 1 4 2 1 1 1 0.91 1.71 6 T -2 -4 -2 -4 -1 -4 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -2 -5 -4 0 8 -6 -5 -3 2 0 1 0 1 0 2 0 0 1 1 0 1 0 0 3 86 0 0 1 1.75 1.71 7 F -4 -6 -7 -7 1 -6 -6 -5 -5 -1 5 -6 -1 6 -7 -4 -5 -4 1 0 1 0 0 0 3 0 0 1 0 1 49 0 1 36 0 1 0 0 3 5 1.31 1.76 8 I 4 -4 -4 -6 3 -5 -5 -2 -6 4 -1 -5 -1 -3 -5 1 -1 -6 -5 3 34 1 1 0 5 0 0 3 0 19 5 0 1 1 0 9 3 0 0 18 0.69 1.82 9 A 1 -6 -6 -7 -2 -5 -6 -6 -6 5 3 -6 6 -2 -6 -5 -3 -6 -2 1 12 0 0 0 1 0 0 0 0 30 26 0 19 1 0 0 1 0 1 9 1.03 1.87 10 I -4 -6 -7 -7 -1 -6 -6 -7 -2 7 2 -6 0 0 -6 -6 -3 -6 -1 3 1 0 0 0 1 0 0 0 1 59 15 0 1 3 0 0 1 0 2 15 1.37 1.91 11 K -3 0 -2 -3 -6 -2 -3 -4 -4 -5 -5 8 -5 -4 -5 -2 -2 -6 -5 -6 1 3 1 1 0 1 0 1 0 1 1 85 0 1 0 2 2 0 0 0 1.85 1.99 12 P -3 -6 -4 -5 -3 -5 -5 -5 -3 -6 -5 -5 -3 -5 9 -3 -3 -7 -4 -5 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1 1 90 1 1 0 1 1 2.70 2.06 13 D -3 -2 0 7 0 -2 0 -1 5 -5 -7 -3 -6 -4 -4 -1 -3 -7 -3 -5 2 2 3 61 2 1 4 4 12 1 0 1 0 1 1 4 1 0 1 1 1.42 2.09 14 G 5 -4 -3 -3 1 -4 -4 4 -5 -1 -3 -3 -3 -3 -5 -2 -2 -6 -3 1 44 1 1 2 2 1 1 25 0 4 2 1 1 1 0 1 2 0 1 10 0.81 2.07 15 V -1 -4 -6 -6 0 -3 -6 -5 -2 1 1 -5 2 0 -4 -4 0 0 -1 6 4 1 0 0 2 1 0 1 1 6 10 0 4 3 1 1 6 1 2 54 0.96 2.13 16 Q 2 2 -1 -2 -2 5 0 -2 0 -2 -3 2 -2 -4 -3 1 -2 -2 -1 -3 15 9 3 2 1 22 6 3 2 3 2 12 1 1 1 10 2 1 2 2 0.40 2.13 17 R -1 5 2 -1 -1 -1 -2 -2 4 -3 -4 3 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -1 -4 5 33 9 3 1 2 3 3 9 1 2 14 1 1 1 5 1 1 2 1 0.68 2.12 18 G -2 1 4 -3 -2 -1 -1 4 0 -3 -4 -1 -3 -4 3 -2 -1 -2 -3 -4 2 7 16 1 1 3 4 31 2 2 1 4 1 1 13 3 4 1 1 1 0.55 2.09 19 L -2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -3 3 1 4 -1 -1 1 -3 -3 -3 -1 3 1 3 2 2 3 1 3 2 2 6 7 38 4 1 5 1 2 1 1 9 7 0.45 2.06 20 V 1 0 -2 -3 -1 -2 -3 -4 -1 4 -1 -1 1 -2 -3 -2 2 -1 -2 3 11 4 2 2 1 2 2 1 1 20 4 3 3 2 1 3 13 1 2 20 0.36 2.08 21 G -1 -2 1 0 1 0 -1 5 -1 -2 -1 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 -2 -2 5 2 6 5 3 4 5 41 1 2 8 2 2 2 2 2 2 1 1 3 0.50 2.02 22 E 0 1 -1 1 -5 1 3 -2 1 -1 -2 1 -1 -2 -2 0 0 -5 -1 -2 8 6 3 9 0 6 21 3 3 4 4 7 2 2 2 6 5 0 2 3 0.17 1.96 23 I -2 -5 -5 -2 1 -1 -2 -2 1 6 0 -2 1 -4 -1 -2 -1 -5 0 1 3 0 0 3 3 3 3 3 3 38 6 3 3 0 4 3 4 0 3 8 0.48 1.96 24 I -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 25 K 0 2 0 1 -1 1 1 -2 2 -3 -3 3 2 -3 -3 1 -1 -1 -2 -3 7 11 5 8 1 5 7 4 4 1 3 16 5 1 1 11 4 1 1 2 0.24 2.04 26 R 0 5 0 -2 0 1 -1 -3 0 -1 -2 1 2 -2 -3 -2 -2 1 0 -2 7 33 4 2 2 5 3 2 2 4 5 7 6 2 1 3 2 2 3 3 0.44 1.98 27 F -2 -2 -5 -5 0 -2 -3 -6 -5 5 1 -2 0 5 -1 -3 -2 1 0 0 3 2 0 0 2 2 2 0 0 32 11 3 2 20 3 2 2 2 3 5 0.64 1.87 28 E -2 -1 -1 -1 1 1 5 -2 1 -1 -1 1 0 -1 -5 -1 -1 2 0 -2 4 3 3 3 3 5 34 3 4 4 5 7 3 3 0 4 4 3 3 3 0.39 1.89 29 Q -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -5 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 0 6 0.12 1.78 30 K 1 3 2 -2 -2 -1 0 -3 2 -3 -1 4 -2 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -3 12 13 9 2 1 2 5 2 4 1 6 23 1 1 2 5 3 1 2 2 0.30 1.88 31 G -2 -1 1 -1 0 -1 -2 6 -1 -5 -4 -2 -1 0 -1 -2 -2 -5 -4 -2 2 4 6 3 2 3 2 48 2 0 2 3 1 5 3 3 3 0 0 3 0.68 1.77 32 F -2 -1 -1 -5 0 -4 -5 -3 0 0 2 -4 1 6 -2 -1 -1 2 3 -2 3 3 3 0 2 0 1 2 2 4 19 0 3 28 2 5 5 2 8 3 0.51 1.73 33 R -1 2 -1 -1 0 1 0 -3 0 0 -1 3 0 -2 -4 -1 0 1 -1 -1 5 12 3 3 2 5 6 2 2 7 6 18 3 2 0 5 5 2 2 5 0.13 1.73 34 L -3 1 -4 -4 3 -3 0 0 3 1 0 -3 3 1 1 0 0 -4 -3 0 1 7 0 0 7 0 7 7 7 7 7 0 7 7 7 7 7 0 0 7 0.16 1.45 35 V 0 -2 -2 -2 0 -2 -2 -3 0 1 1 0 0 -2 -1 -1 0 -5 -1 4 7 2 2 2 2 2 3 3 2 8 12 6 2 2 3 6 6 0 2 25 0.20 2.16 36 A 3 2 -1 -1 1 1 -1 0 1 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 0 -5 0 -1 21 9 3 3 3 7 3 8 3 3 3 6 3 3 3 4 6 0 3 5 0.13 2.17 37 M -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 38 K -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 0 6 6 0 5 6 0.07 1.89 39 F -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 40 L -2 0 -2 -2 0 -1 -2 -2 1 1 1 -1 4 1 -2 -2 -1 2 1 1 4 5 2 2 2 2 2 3 3 8 12 5 11 6 2 3 5 3 4 11 0.15 2.19 41 R -2 0 0 -1 1 4 -1 -2 3 -1 -2 0 2 -1 -2 -1 1 3 0 0 3 6 4 4 3 16 4 3 6 3 4 6 5 3 3 4 7 4 3 6 0.16 2.17 42 A -1 -4 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.07 2.12 43 S -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 44 E -1 3 -1 -1 -1 1 2 -3 -1 -3 -3 2 -1 -2 1 -1 -1 0 -1 -2 6 16 2 4 1 5 15 2 2 2 2 12 2 2 7 4 4 1 2 3 0.23 2.11 45 E 0 -1 0 1 0 0 5 -2 0 -2 -3 -1 -1 -2 -1 -1 -1 1 -1 -2 8 4 4 8 2 4 32 3 2 2 2 4 2 2 3 4 3 2 2 3 0.33 2.07 46 H -2 0 0 0 2 2 0 -2 3 0 0 -1 1 2 -1 -1 0 -5 0 -2 3 4 4 5 4 9 6 3 7 4 11 4 3 8 3 4 7 0 3 3 0.07 2.00 47 L 4 -1 -5 -1 2 -1 -2 -2 -5 -1 1 -4 1 -1 -1 -1 -1 2 0 0 29 4 0 4 4 3 3 3 0 4 12 0 3 3 3 4 3 3 3 7 0.24 2.01 48 K -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 49 Q 0 0 -1 0 1 2 2 -2 0 -1 -2 2 -1 -2 -5 0 0 -5 -1 0 7 5 3 5 2 10 15 3 2 4 4 10 2 2 0 7 5 0 2 6 0.12 1.96 50 H -1 -2 -1 -2 1 -1 -2 -5 5 -1 0 -4 0 4 1 -1 1 3 1 -1 5 3 3 3 3 3 3 0 11 3 8 0 3 15 7 4 7 4 4 4 0.27 1.93 51 Y -1 0 1 0 3 -4 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 0 6 0 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.08 1.89 52 I 0 -1 -1 -1 0 0 1 -2 0 1 -2 0 0 1 1 0 -1 2 0 0 9 4 3 3 2 5 9 4 3 8 3 6 2 7 7 6 4 2 3 5 0.03 2.05 53 D -1 -2 0 4 0 -1 3 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -2 0 -1 -6 -5 1 5 2 4 18 2 3 16 4 4 4 2 3 2 2 2 6 4 0 0 10 0.22 2.02 54 L -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 55 K 0 1 -1 -1 0 2 0 -1 1 0 -2 2 2 -1 -2 0 -2 2 0 -1 7 7 3 3 2 8 5 5 3 5 3 11 5 3 3 8 3 2 3 5 0.05 2.18 56 D -1 0 0 0 -5 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.12 57 R -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 58 P -1 1 0 1 1 0 1 -2 1 -1 -1 0 1 -1 4 -1 -1 -5 0 -2 5 6 4 7 3 4 8 3 3 4 7 5 3 3 16 4 4 0 3 3 0.12 2.17 59 F -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 60 F -2 0 -1 -1 1 -1 -2 -3 1 -1 -1 -1 0 4 -1 -2 -2 4 5 -2 3 5 3 4 3 3 3 3 3 4 5 5 3 17 3 4 3 4 16 3 0.32 2.23 61 P -1 0 1 0 0 0 2 -1 2 -2 -3 1 -5 -1 3 -1 0 2 -1 -3 6 5 6 5 2 4 12 6 4 2 3 7 0 3 12 4 5 2 2 2 0.13 2.19 62 G 0 1 -1 2 -1 -1 2 1 0 -2 -2 0 0 -1 1 0 -2 4 -1 -3 7 8 3 10 1 3 12 9 2 3 4 5 3 2 6 7 2 5 3 2 0.11 2.23 63 L -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 -4 -1 0 5 -3 3 -1 -3 -2 -2 -1 -2 0 3 2 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1.84 147 D 0 -1 1 4 -2 0 1 -2 2 -3 -4 1 -4 -5 2 1 -1 -4 -4 -3 7 4 5 21 1 4 10 3 4 2 2 8 0 0 10 12 3 0 0 2 0.38 1.82 148 W -5 -4 -3 -3 -1 -2 -4 -5 -1 -3 -3 -6 -1 1 -6 -4 -5 12 4 -4 0 1 1 2 2 2 1 0 1 2 2 0 1 6 0 1 0 65 11 1 2.61 1.82 149 V -3 -3 -6 -7 -3 -6 -6 -4 -3 5 3 -6 1 -1 -6 -4 -1 -6 -4 3 2 1 0 0 0 0 0 1 1 37 30 0 3 3 0 1 3 0 0 18 0.98 1.77 150 Y -4 -1 -4 -6 -1 -4 -4 -6 0 -3 -3 -4 -3 2 -6 -4 -3 3 9 -3 1 3 0 0 2 0 1 0 1 1 2 1 0 6 0 1 1 3 75 1 2.03 1.71 151 E -4 -3 -3 1 -7 -1 8 -5 -3 -7 -6 -2 -5 -7 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 0 5 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.07 1.50 K Lambda Standard Ungapped 0.1394 0.3209 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1287 0.3175 PSI Gapped 0.0394 0.2670