Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 6 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 3 -2 -5 -4 -3 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 1.20 0.93 2 V -3 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -6 2 2 -4 0 -3 -5 -4 0 -5 -4 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 16 1 2 0 0 0 6 0 0 67 1.19 1.34 3 R -2 4 -3 -4 -4 -2 -2 -5 -2 -3 -5 6 -2 -6 -4 -2 -1 -6 -5 0 2 25 0 0 0 0 0 0 0 1 0 58 1 0 0 2 3 0 0 6 1.23 1.37 4 I -4 -2 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 7 3 -5 0 -3 -4 -5 -4 -5 -4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 68 27 0 2 0 1 0 0 0 0 1 1.46 1.42 5 R -3 8 -3 -4 -6 -1 -3 -4 -2 -6 -4 1 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -5 -3 1 89 0 0 0 1 0 1 1 0 1 5 0 0 0 1 0 0 0 1 1.97 1.42 6 L -4 -5 -6 -7 -2 -5 -6 -6 -6 -1 6 -5 2 1 -6 -3 -4 -1 -3 -2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 86 0 4 6 0 3 0 1 0 0 1.50 1.48 7 A 3 1 -3 -4 -3 2 -2 -4 -3 -3 -4 4 -1 -5 -2 1 1 -6 -4 -1 27 6 1 0 0 10 1 0 0 1 1 29 2 0 1 11 7 0 0 4 0.62 1.52 8 K -4 8 -3 -5 -2 0 -3 -5 -2 -5 -1 0 0 -5 -4 -3 -4 -6 -3 -3 0 81 1 0 1 3 0 0 1 0 5 2 2 0 0 0 0 0 1 1 1.74 1.51 9 F -2 -2 -3 -4 6 -1 -2 1 4 -1 0 -2 5 3 -5 -2 -2 0 1 -1 3 2 0 0 16 3 2 12 10 3 7 2 14 11 0 2 2 1 4 4 0.55 1.51 10 G -2 -5 -3 -4 -2 -5 -5 7 -3 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -2 -3 1 -6 -6 1 0 0 0 1 0 0 94 1 0 0 0 0 0 0 1 1 2 0 0 2.13 1.51 11 R 1 5 -2 -4 5 -1 -3 -4 -1 -4 -4 3 -3 -3 -3 1 -1 -6 -4 -3 13 33 1 0 12 2 0 1 1 0 0 19 0 1 1 10 3 0 0 1 0.79 1.53 12 K -2 2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -1 -1 -4 7 -3 -6 -3 -2 1 -6 -5 -3 3 10 3 0 0 1 0 0 1 5 0 65 1 0 1 1 8 0 0 1 1.18 1.53 13 H -3 2 4 -3 -6 3 -2 0 4 -6 -4 4 -3 -2 -5 -2 -4 -6 -4 -5 1 9 24 0 0 12 0 6 9 0 1 32 0 2 0 1 0 0 0 0 0.86 1.52 14 H -1 6 1 -2 -4 1 -1 -4 2 -4 -2 2 -2 -3 -5 -2 -2 0 0 -4 5 44 8 1 0 6 4 0 4 0 4 10 1 1 0 3 2 1 3 1 0.77 1.49 15 P 2 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -5 7 -2 -2 -5 -4 -3 18 4 1 0 0 1 0 1 1 1 1 2 1 0 64 1 2 0 0 1 1.62 1.36 16 I -3 -3 -4 -4 -2 -1 -3 -3 1 1 -2 -3 -1 7 -4 -1 1 -3 2 1 2 1 0 1 1 3 1 2 3 7 2 1 2 44 0 5 8 0 5 10 0.82 1.36 17 Y -4 -4 -4 -5 2 -4 -4 -5 0 -3 -2 -4 -3 3 -5 -4 -4 2 9 -3 1 0 0 0 4 0 0 1 1 0 3 0 0 10 0 1 0 2 74 1 1.94 1.32 18 R -3 6 1 -3 -3 0 -2 -3 5 -5 -4 0 -2 -3 -3 0 -1 0 -2 -4 1 50 6 1 0 3 1 1 15 0 1 4 1 1 1 7 4 1 1 1 1.01 1.33 19 I -3 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 7 1 -5 1 -1 -5 -4 -3 -4 -3 3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 63 12 0 2 2 0 1 0 0 0 15 1.27 1.33 20 V -2 -4 -3 -4 0 -1 -4 -3 -3 1 -2 -3 0 -3 -1 -3 -1 -5 -3 6 2 1 1 1 2 3 0 2 1 7 1 2 2 1 3 2 2 0 1 68 1.01 1.33 21 V 3 -4 -4 -4 -1 -4 -4 -3 -4 1 -1 -1 -2 -4 -1 -2 -2 -5 -4 5 30 0 0 0 1 0 0 1 0 5 6 4 0 0 3 1 1 0 0 46 0.79 1.33 22 M 4 -1 -4 -4 0 -1 -3 -3 -4 3 -2 -2 3 -1 -4 0 2 -4 -4 0 35 4 0 0 2 2 0 1 0 18 2 2 8 2 0 5 12 0 0 4 0.52 1.33 23 D -4 -2 1 7 -5 -1 2 -2 1 -5 -5 -1 -5 -5 -1 -2 -3 -5 -3 -5 1 1 5 63 0 2 10 3 3 0 1 4 0 0 3 1 1 0 1 0 1.29 1.42 24 A 2 -1 -2 -2 -2 -1 -2 4 -1 -5 -4 -1 -4 -5 -2 4 -1 -5 -4 -3 14 3 1 2 1 2 2 34 1 0 1 4 0 0 1 29 2 0 0 2 0.68 1.44 25 K -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -3 -2 -4 -3 4 -2 -3 -2 -2 -2 -5 -4 -4 1 57 1 1 0 2 2 1 1 1 2 22 1 1 1 2 1 0 0 1 1.22 1.44 26 Y -1 -2 -1 1 -1 -2 -2 -3 0 -2 -3 -3 -3 5 3 0 -2 1 4 -2 6 2 3 10 1 1 2 1 3 2 2 1 0 22 17 6 2 1 15 3 0.55 1.36 27 I -2 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -5 -4 5 4 -2 0 -1 -4 -1 -2 -4 -1 1 2 0 2 2 0 3 1 1 0 32 35 3 2 2 0 5 2 0 2 6 0.63 1.21 28 D -2 1 -2 1 -1 1 6 -3 -3 -4 -4 0 -1 -4 -3 -2 -2 0 -4 -3 3 8 0 7 2 4 54 2 0 0 1 5 2 0 0 2 2 1 0 2 0.82 1.21 29 I -1 0 0 -1 0 0 1 -2 0 -1 -2 4 0 1 -2 -1 1 -4 -1 1 4 5 5 2 2 3 8 2 2 3 3 24 2 6 2 4 8 0 2 10 0.19 1.09 30 L -2 -3 -3 -4 3 -3 -3 0 -3 2 2 -3 2 1 -3 -3 -2 -3 -2 4 1 1 1 1 7 1 1 7 0 10 24 1 7 7 1 1 1 0 0 30 0.44 0.63 31 G 1 2 -2 2 -3 -2 -2 2 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 2 -2 6 -2 -3 15 15 1 15 0 1 1 15 0 1 1 1 0 1 1 15 1 14 0 1 0.50 0.57 32 T -2 -1 -1 -4 1 -1 -3 -4 3 0 -2 -2 -1 5 -4 1 2 3 3 0 2 4 4 0 3 2 1 0 6 6 3 2 1 23 0 11 12 3 9 6 0.44 1.30 33 Y -4 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -5 0 -2 -2 -4 -1 3 -5 -3 -4 4 8 -2 0 2 0 0 2 0 0 0 2 2 3 0 2 8 0 2 0 4 68 3 1.67 1.30 34 D -3 -2 5 5 0 -1 -1 -4 2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -2 -3 2 2 31 38 2 3 3 0 6 2 2 1 1 1 0 2 1 0 1 1 0.95 1.30 35 P -2 -4 -4 -4 -5 -1 -2 -5 -5 -5 -3 -2 -5 -6 8 -1 -2 -6 -5 -2 2 0 0 0 0 2 2 0 0 0 2 3 0 0 78 4 2 0 0 3 2.06 1.33 36 K -2 0 0 -1 1 -1 -1 -2 2 2 0 1 4 -1 -2 -2 0 -5 -1 -1 3 6 5 4 3 3 3 3 6 10 9 8 10 3 3 3 6 0 2 5 0.10 2.06 37 R -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 5 6 0.04 1.89 38 K -1 -1 2 0 -6 0 2 -2 1 -2 -3 1 -5 -1 4 -1 -1 -6 0 -2 4 3 9 5 0 4 13 4 3 3 3 9 0 3 20 4 3 0 3 3 0.28 1.94 39 V 0 -1 0 -1 0 1 2 -2 0 -1 -3 3 -1 -2 1 0 -2 -5 -1 -1 8 3 4 3 2 6 12 3 2 3 2 19 2 2 8 8 3 0 2 4 0.17 1.95 40 L -1 2 -1 -2 0 1 -1 -2 0 -1 -1 0 0 -1 -1 0 2 2 -1 1 6 9 3 3 2 6 5 3 2 3 5 5 2 3 3 6 15 2 2 8 0.07 2.11 41 I -1 -4 -4 0 3 1 -4 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 0 6 0 0 6 5 5 0 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.13 1.89 42 N -1 3 2 0 -2 1 1 -3 2 -2 -4 3 -2 -2 -3 0 0 -2 -3 0 4 13 9 6 1 7 8 2 4 2 1 21 1 2 1 6 5 1 1 6 0.34 1.78 43 V -2 -3 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 4 4 -3 1 1 -3 -3 -4 1 -1 2 3 2 0 0 1 0 0 0 0 21 46 1 2 5 1 1 0 2 2 11 0.84 1.72 44 Y -3 -2 5 5 -2 -1 0 -4 -1 -3 -4 2 -1 -3 -5 -1 -3 -6 -3 -3 2 2 27 35 1 1 5 0 1 1 1 11 2 1 0 3 1 0 1 2 0.91 1.74 45 P 0 -1 -2 -1 -2 0 2 -3 -1 0 -1 0 2 1 0 0 -1 -1 -2 2 6 2 2 4 1 4 15 1 2 6 6 5 6 6 5 7 4 1 1 17 0.16 1.76 46 E -1 -2 -1 4 -6 0 5 -3 -1 -4 -4 -1 -2 -3 1 -2 -1 -6 -5 -3 5 1 3 26 0 3 38 2 1 1 1 3 1 1 6 3 3 0 0 2 0.81 1.72 47 K 1 6 -1 -3 -5 -1 -1 -3 -1 -3 -3 3 -1 -5 -3 -1 -1 -6 -5 -3 12 47 2 1 0 2 3 2 1 1 3 16 1 0 1 3 3 0 0 2 0.91 1.72 48 V 0 1 -4 -5 4 -4 -4 0 -4 1 0 -4 3 2 -5 0 1 -4 2 0 8 8 0 0 8 0 0 8 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0.22 1.33 49 K -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.11 50 E -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 51 W -5 1 -5 -6 -5 -1 -5 -5 1 -5 -1 -4 -4 1 -6 -2 -5 11 2 -5 0 9 0 0 0 3 0 0 3 0 5 0 0 6 0 3 0 64 5 0 2.49 1.57 52 V -3 -3 -6 -6 0 -2 -3 -6 -1 3 5 -2 2 -1 -2 -3 -2 -5 -1 0 2 2 0 0 2 2 2 0 2 15 53 2 4 2 2 2 2 0 2 6 0.79 1.64 53 L -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 0.05 1.89 54 K -2 0 3 0 2 2 0 -5 1 -1 -2 3 1 -1 -5 -1 0 -6 0 1 3 4 15 4 4 9 7 0 4 3 3 17 3 3 0 3 5 0 3 9 0.31 1.83 55 G -3 -1 0 -1 -5 -4 -4 6 -4 -5 -5 -1 -5 -5 -5 -1 -4 3 -5 -2 0 4 4 4 0 0 0 70 0 0 0 4 0 0 0 4 0 4 0 4 1.34 1.46 56 V 6 -1 -4 -4 1 -3 -3 -1 -4 0 -4 -3 -3 -4 -1 0 -1 -5 -4 0 66 3 0 0 3 0 0 3 0 6 0 0 0 0 3 6 3 0 0 5 0.94 1.31 57 E 0 1 -2 -1 -2 6 0 -3 2 -2 -3 1 -1 -5 -4 -1 -1 -1 -2 -3 6 6 1 2 1 45 4 2 6 2 3 8 1 0 0 5 3 1 1 2 0.77 1.40 58 L -2 -4 -4 -4 -1 -4 -4 -5 -4 1 0 -3 2 -1 7 -2 -1 -5 -1 1 3 0 0 0 2 0 0 0 0 8 10 2 5 3 48 2 3 0 3 11 1.06 1.40 59 S -1 -2 0 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 5 5 -5 -4 -3 2 2 4 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 4 42 39 0 0 0 0.96 1.27 60 H -2 1 1 5 -2 -1 2 -2 -1 -3 -3 2 -2 -5 0 -2 -2 -5 -3 -2 2 7 6 31 1 2 15 2 1 1 2 12 1 0 5 3 2 0 1 4 0.53 1.35 61 R -1 3 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -3 4 1 4 -5 -4 -1 3 17 1 0 0 1 0 2 1 1 1 4 1 1 18 9 33 0 0 4 0.68 1.37 62 A 0 -5 -5 -6 0 -5 -5 -5 -5 1 -1 -5 1 -2 -5 -3 -2 -5 -4 7 8 0 0 0 2 0 0 0 0 3 4 0 4 1 0 1 2 0 0 75 1.29 1.39 63 K 2 4 -2 -2 -2 0 1 -2 1 -3 -1 2 -2 -3 -4 0 -1 0 -2 -2 21 22 2 1 1 4 11 2 3 1 6 13 1 1 0 5 3 1 1 2 0.40 1.45 64 A 0 4 4 1 -3 0 0 -3 -1 -4 -4 3 -2 -3 -4 1 -1 -1 -3 -3 8 20 18 6 1 3 5 1 1 1 1 16 1 1 0 8 4 1 1 1 0.47 1.51 65 I -4 -5 -6 -6 -4 -3 -4 -6 -5 4 5 -5 2 1 -6 -5 -4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 23 61 0 4 6 0 0 0 0 0 3 1.16 1.44 66 L -3 -5 -6 -6 -2 -5 -4 -6 -5 2 5 -5 0 2 -5 -3 -3 -2 -2 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 10 67 0 2 9 0 2 1 1 1 6 1.10 1.42 67 W -1 0 -1 -1 -3 -1 1 2 -2 -2 -3 5 -3 -3 -4 2 -2 -2 -3 -3 4 5 2 3 0 1 7 15 1 2 2 36 1 1 0 16 1 1 0 2 0.55 1.43 68 N -1 2 0 -1 -3 2 0 -3 -2 0 1 4 -1 -3 -4 -2 -2 -2 0 -2 6 10 4 3 0 9 4 1 1 6 13 30 2 1 0 2 2 0 4 2 0.39 1.44 69 H 5 -2 0 -3 0 0 0 -1 -1 -3 -3 0 -2 -3 -3 0 1 -2 -3 -1 44 2 4 1 2 5 7 4 1 1 2 6 1 1 1 6 9 0 1 3 0.50 1.48 70 G -2 -3 1 -2 -5 -2 -1 7 -3 -6 -5 -1 -4 -5 -4 -2 -4 -5 -4 -6 1 1 6 2 0 2 4 77 0 0 1 4 0 0 0 1 1 0 1 0 1.51 1.45 71 I -2 -4 -4 1 -3 -4 -4 -5 -4 4 2 -4 -1 2 -5 -4 -3 -5 -1 4 2 0 0 7 0 1 1 1 0 27 19 1 1 8 0 1 1 0 2 28 0.72 1.47 72 L -2 -4 -4 -5 -3 -4 -3 -4 -3 2 3 -3 4 3 -5 -4 -2 5 1 0 3 1 1 0 1 0 2 1 0 10 31 2 11 14 0 1 3 9 4 6 0.68 1.50 73 K -1 -2 -2 -1 -6 2 3 -4 -1 -4 -2 3 -1 -4 5 -2 -1 -5 -1 -4 5 1 1 4 0 10 18 1 1 0 4 19 2 0 27 2 3 0 3 0 0.71 1.52 74 E -1 2 -2 -2 -5 1 2 -3 -3 -3 -3 5 0 -4 2 -2 -2 0 -2 -3 6 9 1 1 0 6 12 1 0 2 2 39 3 1 9 1 2 1 1 1 0.64 1.42 75 V -1 -2 -3 -3 -5 -2 -1 -4 2 -1 1 2 -1 4 2 -2 -1 -2 2 0 5 1 1 2 0 1 4 1 6 3 13 13 1 20 9 2 4 0 5 7 0.35 1.47 76 V 1 -2 -3 -3 -3 -2 0 -4 7 -2 -1 1 -2 -3 3 -2 -1 3 -1 0 12 2 1 1 0 1 5 1 24 3 6 9 1 1 16 2 5 4 1 7 0.59 1.49 77 P -1 2 0 -1 -5 -1 2 1 -3 -3 1 0 -1 -5 4 -2 -2 -1 -4 -3 6 13 5 3 0 2 12 10 0 1 14 5 1 0 21 2 1 1 0 2 0.38 1.49 78 E 0 2 3 -2 -5 1 2 -2 0 -3 -2 3 -1 -4 0 0 -2 -5 -3 -3 9 9 13 2 0 7 15 2 2 2 4 16 1 0 4 8 2 0 1 2 0.33 1.51 79 G -1 -1 3 -3 -5 0 0 2 -2 -3 -4 4 -2 -2 1 -2 1 -3 -2 -3 5 2 15 1 0 5 5 17 1 1 1 24 1 2 6 2 9 0 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