Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 5 6 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 55 0 0 0 1.36 1.22 2 G 0 -3 5 0 -5 -2 -1 3 -3 -4 -6 1 -5 -6 -3 2 -1 -6 -4 -4 6 1 33 4 0 1 4 19 0 1 0 10 0 0 1 17 3 0 0 0 0.72 1.37 3 T -1 -4 3 0 -5 -3 -2 -4 -1 0 -2 -3 -3 0 -3 0 1 -3 7 -3 5 0 12 6 0 0 2 1 1 5 3 1 0 2 1 8 10 0 41 1 0.83 1.47 4 S 0 -2 2 3 -4 3 1 -3 1 -5 -5 2 -3 -6 -3 3 2 -6 -4 -5 7 2 9 14 0 11 9 1 3 0 0 10 0 0 1 19 12 0 0 0 0.49 1.48 5 E -1 -1 -2 2 -6 3 5 -3 -2 -4 -4 3 -3 -3 -3 0 -2 -6 -4 -4 5 1 1 11 0 13 32 2 1 1 2 20 0 1 1 6 2 0 0 1 0.69 1.51 6 M -3 0 -4 -4 -3 0 -3 -6 -4 3 4 0 3 -2 -4 -3 0 -5 -4 1 1 5 1 1 1 5 1 0 0 14 39 7 7 1 0 1 7 0 0 9 0.56 1.55 7 A 6 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -5 -1 -3 -4 -3 -5 -1 1 -2 -6 -4 0 71 0 0 1 0 0 0 2 0 3 2 0 0 0 3 9 1 0 0 5 1.11 1.56 8 P 0 2 0 -1 -4 3 3 -3 1 -2 -3 3 -3 -3 -2 0 -1 -3 -2 -3 9 9 4 3 0 11 16 2 4 3 3 20 1 1 2 5 4 0 2 2 0.35 1.55 9 A 1 1 0 3 -3 3 3 -2 -1 -3 -1 2 -2 -4 -4 -1 -1 -6 -4 -3 11 6 4 13 1 11 18 2 2 2 6 14 1 1 1 4 4 0 0 1 0.37 1.54 10 L -4 -6 -6 -6 -3 -6 -6 -7 -6 6 2 -5 0 1 -6 -5 -3 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 19 0 1 4 0 0 1 0 4 13 1.21 1.52 11 V -2 -5 -4 -6 -2 -5 -5 -6 -4 5 4 -5 0 -1 -5 -4 -3 -1 1 3 2 0 1 0 1 0 0 0 0 30 37 0 1 2 0 1 1 1 5 17 0.88 1.54 12 A 1 0 1 3 -4 2 3 -2 -1 -4 -3 2 -3 -5 -2 0 0 -6 -4 -4 13 4 5 13 0 10 21 2 2 1 2 11 0 0 2 6 5 0 0 1 0.42 1.51 13 A 4 -2 0 -3 0 -2 -3 2 1 -2 0 -1 -3 -1 -4 0 -3 -3 1 -2 37 2 5 1 2 1 1 14 4 3 12 3 0 2 0 5 1 0 6 1 0.43 1.49 14 F -3 -4 -6 -6 0 -5 -6 -6 -4 3 4 -5 1 0 -6 -4 -3 -5 -2 4 1 0 0 0 2 0 0 0 0 13 47 0 2 3 0 1 1 0 1 27 0.96 1.46 15 G -2 -5 -2 -3 -5 -3 -5 7 -5 -6 -6 -4 -6 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -5 1 0 1 1 0 1 0 94 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 2.11 1.45 16 G -2 -4 -2 -2 -5 -4 -4 7 -3 -6 -5 -3 -5 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -6 1 1 2 2 0 1 1 84 0 0 1 1 0 0 1 3 1 0 0 0 1.74 1.46 17 K 1 1 -2 -2 -3 0 1 -4 -1 0 -1 5 -1 -3 0 -1 -1 -1 -3 -1 12 6 1 1 0 3 7 1 1 7 6 36 2 1 4 4 3 1 1 3 0.43 1.49 18 E 0 -3 1 5 -4 0 5 -1 -2 -5 -5 -1 -5 -5 -3 0 -2 -3 -4 -5 6 1 5 30 0 3 33 5 1 0 1 3 0 0 1 7 2 0 0 0 0.81 1.45 19 N -4 -3 9 -1 -6 -3 -3 -3 0 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -1 -3 -7 -5 -6 0 0 94 0 0 0 0 0 2 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 0 2.22 1.41 20 I -3 -6 -6 -6 -2 -6 -6 -5 -6 7 1 -6 -1 -1 -6 -5 -3 -5 -1 3 1 0 0 0 1 0 0 1 0 65 10 0 1 2 0 0 1 0 2 17 1.36 1.50 21 T 0 -1 0 -1 -2 2 1 -4 -2 2 -1 2 -2 -4 -5 0 2 -6 -2 2 8 2 4 3 1 8 9 1 1 10 5 15 1 0 0 7 12 0 1 12 0.25 1.55 22 N 0 -2 2 2 -3 0 2 -1 0 -4 -4 0 -2 -3 -4 4 0 -6 -2 -3 8 2 11 10 1 3 13 5 2 1 1 4 1 1 0 31 5 0 1 2 0.46 1.52 23 L 0 -4 -2 -6 -1 -1 -4 -4 -2 3 2 -5 1 2 -4 -2 -1 -5 1 4 8 1 2 0 1 3 1 1 1 15 17 0 3 8 1 2 4 0 4 28 0.49 1.48 24 D -1 0 2 4 -5 1 3 -1 0 -3 -4 0 -2 -3 -4 0 2 -1 -2 -2 5 4 9 20 0 7 17 4 2 2 1 4 1 1 0 7 12 1 2 2 0.39 1.44 25 A 1 -2 3 -4 2 -2 -3 -3 6 -1 -3 -3 -2 -1 1 1 -1 -5 1 1 13 2 15 0 4 1 1 2 18 3 1 1 1 3 7 11 3 0 4 11 0.45 1.39 26 C -2 -3 1 -1 10 -3 -2 -3 -5 -1 -3 -2 -4 -5 -5 0 0 -6 -5 -2 3 1 8 4 54 1 2 2 0 4 1 3 0 0 0 8 6 0 0 3 1.44 1.39 27 I 2 -4 0 -3 -4 -2 -3 -2 -1 3 0 -2 5 -2 0 1 0 0 -2 0 21 0 5 1 0 1 1 2 2 16 8 2 14 1 4 10 6 1 1 4 0.33 1.30 28 T -2 -2 0 -2 -4 0 -3 -4 -4 -2 -3 -2 1 -5 -2 2 6 -5 -4 -2 2 2 4 2 0 3 0 0 0 2 2 2 3 0 2 15 61 0 0 2 0.96 1.18 29 R -4 7 0 -2 -1 0 -1 -5 0 -2 -5 1 -4 -5 -5 -1 -2 -5 -1 -5 0 70 4 2 2 3 2 0 2 3 0 5 0 0 0 3 2 0 2 0 1.29 1.18 30 L -4 -5 -6 -6 2 -5 -6 -6 -5 1 5 -5 2 2 -6 -5 -4 4 -3 1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 7 60 0 5 8 0 0 0 5 0 10 0.99 1.11 31 R -2 7 -1 -4 0 0 -3 -2 1 -2 -4 1 0 -5 -5 -2 -1 -5 -4 -2 3 64 3 0 3 3 0 3 3 3 0 6 3 0 0 3 3 0 0 3 1.09 1.11 32 V 0 -5 -5 -5 4 -4 -5 0 -4 1 0 -5 3 2 1 0 1 5 2 0 8 0 0 0 8 0 0 8 0 8 8 0 8 8 8 8 8 8 8 8 0.39 1.33 33 S -2 -1 0 1 -1 1 2 -2 0 -1 -3 1 0 -2 -5 0 3 0 -2 2 3 2 4 7 1 7 13 2 2 3 2 8 2 1 0 7 19 1 2 13 0.26 1.67 34 V -1 -5 -6 -6 2 0 -5 -6 -5 1 3 -5 2 1 0 -1 -1 -5 1 3 4 0 0 0 4 4 0 0 0 8 30 0 5 5 5 4 4 0 4 23 0.55 1.67 35 A -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 36 D -3 0 2 7 -6 -1 1 -5 0 -3 -6 -2 -2 -6 -2 -1 -2 -7 -6 -4 2 6 10 56 0 3 7 0 2 1 0 2 1 0 2 4 2 0 0 1 1.20 1.95 37 V -1 -1 2 1 -1 0 2 -2 0 -1 -3 0 1 -2 1 2 1 0 -1 0 6 4 8 7 1 3 11 2 2 4 2 6 4 1 8 13 8 1 2 6 0.15 2.08 38 S 0 -2 2 2 -1 0 1 0 0 -3 -3 1 -1 -6 0 3 1 0 -2 -3 9 2 9 10 1 4 8 6 2 2 2 7 2 0 5 20 7 1 1 2 0.26 2.05 39 K -1 0 0 -2 1 1 -1 -3 -1 0 2 4 1 -2 1 -2 -2 -6 -2 -2 6 4 4 3 3 5 3 2 2 4 17 28 3 2 6 2 2 0 1 3 0.32 2.02 40 V 2 -3 -2 -2 0 -2 -3 -3 -6 3 -2 -3 0 0 -2 -3 -1 -6 -2 5 15 2 2 2 2 2 2 2 0 13 3 2 2 4 2 2 3 0 2 40 0.62 2.06 41 D 0 -2 4 6 -2 0 -1 -3 0 -3 -4 0 -1 -3 -3 -1 -2 -6 -3 -3 9 2 18 39 1 5 2 1 2 1 2 5 1 1 1 4 2 0 1 2 0.79 2.05 42 Q -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 43 A 1 -1 0 2 1 1 2 -2 1 -2 -3 1 0 -1 0 0 -1 -6 -1 -2 10 3 4 13 3 5 14 4 3 3 3 10 3 3 5 5 4 0 3 3 0.18 2.11 44 G 2 0 -1 -1 -1 0 1 -1 -1 -1 -1 2 0 -1 -2 -1 -1 2 -1 -1 20 5 3 4 2 4 10 6 2 3 5 11 2 3 2 3 4 3 2 5 0.14 2.15 45 L -2 -5 -3 -3 -1 -3 -3 -4 -6 4 4 -2 0 1 -6 -3 -2 2 -1 0 3 0 1 2 2 2 2 2 0 22 42 3 2 6 0 2 3 3 2 5 0.72 2.08 46 K -2 1 0 -1 -6 1 3 -3 0 -3 -4 6 0 -3 -3 -2 -2 -6 -2 -4 2 7 3 4 0 5 16 2 3 1 2 44 2 1 1 3 2 0 1 1 0.78 2.04 47 K 2 0 2 0 -2 2 1 -2 0 -2 -3 3 -1 -5 -3 0 -1 -6 -2 -3 17 6 10 6 1 9 9 3 2 2 3 15 1 0 1 8 3 0 2 2 0.27 2.03 48 L 0 -4 -1 -2 -2 -1 -2 -4 -1 3 3 -4 1 -3 -1 -1 2 -2 -2 0 8 1 3 2 1 3 2 1 1 13 31 1 3 1 4 4 11 1 2 6 0.34 2.07 49 G -3 -4 -1 1 -6 -3 0 6 -3 -5 -5 -2 0 -4 -1 -2 -4 -2 -3 -6 1 1 2 8 0 1 6 63 1 1 1 2 3 1 4 2 1 1 1 0 1.20 2.10 50 A 4 -6 -4 -4 1 -3 -4 -3 -3 0 -3 -4 -2 -2 -2 -1 -3 -6 -3 5 33 0 1 1 2 1 1 2 1 5 2 1 1 1 2 4 1 0 1 41 0.85 2.11 51 A 0 -2 -3 -4 -5 -2 -3 -5 2 2 1 3 3 -2 -2 0 -2 -3 -2 1 6 2 1 1 0 2 1 1 5 12 13 21 6 2 3 7 3 0 1 11 0.32 2.11 52 G -1 -4 -1 -2 -3 -2 -4 6 -1 -3 -4 -2 -1 -6 -6 -2 0 -2 -4 -4 5 1 2 2 0 1 1 65 1 1 2 2 2 0 0 2 7 1 1 1 1.20 2.11 53 V -1 -6 -4 -5 1 -2 -4 -3 -3 2 0 -4 -1 -2 -6 -2 1 -6 -1 6 6 0 1 1 3 2 1 2 1 11 9 1 1 2 0 2 7 0 2 46 0.74 2.10 54 V -3 -4 -1 -5 -5 -2 -5 -5 -4 3 0 -2 3 4 -4 -4 -3 -3 -2 5 2 1 3 1 0 2 0 0 0 12 7 3 6 16 1 1 2 0 1 38 0.74 2.11 55 V -3 3 -1 -2 -3 0 2 -5 2 1 -2 3 -1 0 -2 -1 -1 1 -2 0 2 13 3 2 0 4 13 1 4 9 4 16 2 5 2 4 4 2 1 7 0.25 2.12 56 A 1 -1 3 -1 -3 1 -3 -3 -1 -2 -2 1 0 -4 -1 3 0 -6 -4 0 11 3 15 3 0 7 1 2 1 3 5 10 2 0 3 20 5 0 0 7 0.28 2.13 57 G 0 -4 2 2 -2 -1 -1 5 -3 -5 -6 -1 -4 -7 -3 0 -3 -6 -4 -5 8 1 9 11 1 2 4 44 0 0 1 4 0 0 1 8 1 0 0 0 0.78 2.13 58 S -3 -2 3 1 -4 -1 0 4 1 -5 -5 1 -3 -6 -4 -2 1 -6 -4 -4 1 2 14 9 0 3 5 35 3 0 1 10 1 0 1 3 7 0 1 1 0.64 2.13 59 G -1 -1 2 -2 -4 6 0 1 1 -4 -4 -1 -2 -4 -4 0 0 -6 -3 -3 5 3 9 1 0 38 6 12 3 1 1 2 1 1 0 6 5 0 1 2 0.71 2.12 60 V -3 -6 -5 -7 0 -5 -5 -7 -1 3 1 -5 0 4 -5 -5 -3 -1 5 4 1 0 0 0 2 0 1 0 2 14 14 0 2 15 0 0 1 1 18 24 0.82 2.13 61 Q -5 -2 -3 -4 -7 9 -1 -6 2 -5 -5 -2 -2 -5 -5 -3 -3 -6 -4 -5 0 0 1 0 0 84 2 0 5 0 0 1 1 0 0 1 2 0 0 0 2.13 2.12 62 A 0 -6 -6 -5 -2 -6 -6 -6 -7 5 0 -6 -1 -1 -6 -4 -3 -6 -5 5 9 0 0 0 1 0 0 0 0 30 7 0 1 2 0 1 0 0 0 45 1.15 2.07 63 I -4 -5 -5 -5 -5 -6 -5 -7 -7 7 -1 -5 -2 -2 -5 -5 -4 -6 -5 5 0 1 0 1 0 0 0 0 0 52 3 1 0 1 1 0 0 0 0 37 1.47 2.05 64 F -4 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -7 -5 5 1 -6 0 4 -6 -5 -3 -4 4 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 33 10 0 2 18 0 0 1 0 12 19 1.04 1.99 65 G -3 -5 -3 -4 -4 -4 -4 7 -5 -7 -7 -3 -6 -7 -4 -3 -5 -6 -6 -7 0 0 0 0 0 0 1 91 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2.13 1.96 66 T -1 -4 3 -1 -5 -1 -2 -1 -3 -4 -1 -2 0 -4 5 -1 3 -4 -4 -3 5 0 13 3 0 3 2 6 0 0 6 2 2 1 26 4 19 0 1 2 0.58 1.97 67 K -2 0 2 2 -2 2 1 2 4 -4 -5 3 -2 -4 -5 -1 -2 -6 -1 -4 3 5 8 12 1 9 10 14 8 1 1 16 1 1 0 5 2 0 2 1 0.42 1.98 68 S 3 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -6 -1 -3 -4 -3 -5 -5 1 -2 -6 -5 6 23 0 0 0 1 1 0 0 0 2 1 1 0 0 0 13 2 0 0 57 1.16 1.94 69 D 0 -3 2 3 -4 2 3 -1 -1 -3 -4 -1 -4 -4 1 0 0 -6 -2 -1 8 1 11 16 0 7 16 5 1 2 1 3 0 1 8 6 6 0 1 5 0.36 1.94 70 N -1 -1 2 2 -6 2 1 -3 -1 -1 -2 3 1 0 -3 -1 0 -6 -1 -1 4 3 9 10 0 10 10 1 1 4 4 16 4 5 1 5 5 0 2 5 0.24 1.94 71 L -2 -6 -7 -7 -4 -5 -5 -7 -4 4 2 -5 0 0 -6 -5 -3 -2 2 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 25 17 0 1 3 0 0 1 0 6 42 1.07 1.94 72 K 2 2 -1 -4 -1 -3 -3 -4 -1 -4 -4 3 -3 2 -5 -2 -2 -2 6 -3 20 10 2 1 1 0 1 1 1 0 1 18 0 8 0 2 2 0 28 2 0.79 1.95 73 T 0 -1 3 4 -4 1 3 -2 -1 -4 -4 2 -1 -5 -2 1 0 -7 -5 -4 8 3 11 20 0 6 17 3 1 1 1 11 1 0 2 8 5 0 0 1 0.49 1.95 74 E 2 -1 -1 2 -2 1 5 -4 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -4 -2 -3 -6 -1 -2 19 2 3 12 1 6 37 1 1 2 2 4 1 1 0 3 1 0 2 3 0.66 1.94 75 M -4 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -7 -4 5 2 -6 6 4 -6 -6 -4 -5 -2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 32 19 0 18 14 0 0 0 0 1 14 1.14 1.91 76 D -1 1 2 2 0 2 3 -4 -2 0 -2 2 1 -5 -5 -1 -1 -6 -5 -1 4 6 10 9 2 9 20 1 1 5 4 13 3 0 0 4 4 0 0 5 0.35 1.90 77 E -1 0 1 3 -5 1 3 -4 -2 -5 -5 4 -4 -6 -2 0 -1 -7 -5 -5 6 4 5 16 0 7 20 1 1 0 1 29 0 0 1 5 3 0 0 1 0.70 1.90 78 Y -2 -2 -4 -5 -3 0 -1 -6 -1 3 4 -2 2 0 -6 -3 -4 1 3 0 3 2 1 0 1 4 4 0 2 18 37 2 5 3 0 1 1 2 9 5 0.61 1.89 79 I -4 -4 -7 -6 -2 -5 -6 -7 -6 4 5 -5 4 -2 -6 -5 -4 -3 -3 2 0 1 0 0 1 0 0 0 0 22 51 0 11 1 0 0 0 0 1 10 1.16 1.84 80 R -1 1 3 0 -6 2 3 -1 1 -5 -6 4 -4 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -5 5 8 14 4 0 8 21 5 4 0 0 28 0 0 1 2 0 0 0 0 0.72 1.73 81 N -3 -3 6 1 -5 3 -3 -4 3 -6 -6 -3 -5 -6 -5 4 -3 -6 -5 -6 0 0 41 8 0 13 0 0 8 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 1.20 1.52 K Lambda Standard Ungapped 0.1296 0.3131 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1864 0.3175 PSI Gapped 0.0570 0.2670