Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -4 0 -3 1 -6 5 4 -5 -3 -6 -5 5 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 2 0 8 0 27 27 0 0 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 1.35 2 A 4 -4 -2 3 -4 -1 1 -4 -3 -5 -3 -2 -4 -5 -3 2 0 -6 -3 -2 42 0 2 16 0 3 8 0 0 0 2 2 0 0 0 16 5 0 1 3 0.68 1.54 3 E 0 -3 -3 2 -6 1 7 -5 -3 -5 -6 0 -5 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -4 7 0 0 9 0 5 68 0 0 1 0 4 0 0 2 2 1 0 0 1 1.36 1.62 4 W -2 -1 -4 -3 -5 -2 0 -6 -2 -1 2 -1 -3 -1 -3 -5 -3 11 0 -3 4 4 1 1 0 1 7 0 1 4 19 4 0 1 1 0 2 46 3 1 1.58 1.66 5 R 0 6 -2 -1 -1 0 0 -4 -4 -1 -3 2 -3 -4 -3 0 -2 -6 -5 -4 9 49 1 4 1 2 5 0 0 3 2 12 0 1 1 8 1 0 0 0 0.90 1.68 6 S 1 -2 3 2 -5 -1 3 -2 0 -4 -5 0 -5 -4 -2 2 0 -6 -4 -5 11 2 14 13 0 2 18 3 2 1 0 6 0 1 1 18 6 0 0 0 0.50 1.74 7 W -2 -2 -2 0 -5 0 3 0 -3 -4 3 0 3 -3 -4 -3 -2 5 -2 -3 4 2 1 6 0 4 21 7 0 0 25 7 9 1 0 2 2 8 1 1 0.48 1.75 8 E -3 -4 -1 2 -1 -2 4 -4 -3 -5 -5 -3 -5 -6 5 2 2 -6 -5 -5 1 0 2 11 1 1 24 1 0 0 0 1 0 0 30 13 12 0 0 0 0.92 1.79 9 V -2 -5 -4 -4 -1 -4 -5 -5 -6 3 3 -4 2 -2 1 -4 -2 -1 -4 4 4 0 1 1 1 0 1 0 0 18 29 1 4 1 7 0 2 1 0 30 0.79 1.80 10 N -2 -1 0 0 -6 0 4 -1 -2 -1 2 0 -3 1 -4 -1 -3 -1 -2 -1 4 3 4 6 0 3 28 5 1 3 18 6 0 6 1 4 1 1 2 4 0.32 1.82 11 K -1 -2 -1 2 -6 2 6 -4 0 -6 -4 3 -3 -5 -4 -2 -2 -6 -5 -5 4 1 2 9 0 8 47 1 2 0 2 18 1 0 0 3 2 0 0 1 0.97 1.81 12 R -2 6 -1 -2 -4 2 2 -4 -4 -4 -2 3 -2 -3 -2 -2 -2 -6 -4 -4 3 45 2 2 0 9 11 1 0 1 3 14 1 1 2 2 3 0 0 1 0.91 1.81 13 L -3 -4 -6 -7 -3 -5 -6 -6 -6 4 6 -6 2 -2 -6 -5 -4 -5 -4 0 2 1 0 0 0 0 0 1 0 21 65 0 4 1 0 1 1 0 0 3 1.30 1.86 14 E 2 1 -2 -3 -4 0 1 -3 2 -1 -3 3 -2 -1 -4 2 0 -3 1 -2 15 6 1 1 0 4 10 1 4 4 2 20 1 3 1 14 5 0 4 3 0.32 1.91 15 Y -2 1 1 3 -6 2 2 -4 5 -4 -4 1 -3 -3 -5 -2 -2 -2 3 -4 3 7 6 14 0 11 14 1 15 1 1 10 1 1 0 3 3 1 10 1 0.60 1.90 16 S 5 0 -2 0 0 -3 -3 -2 1 -3 -2 -2 -2 -4 -4 1 -2 -3 0 -2 53 6 1 5 2 1 1 2 3 1 3 2 1 1 0 9 2 0 4 2 0.72 1.90 17 L -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 5 4 -6 1 -2 -4 -6 -4 -6 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 35 0 3 1 1 0 0 0 1 27 1.21 1.88 18 V -2 -2 -5 -4 -2 -1 1 -5 -5 4 1 -2 1 -1 -6 -3 -3 -6 0 5 2 2 0 1 1 3 9 1 0 21 11 2 3 2 0 2 1 0 4 36 0.69 1.95 19 K -2 0 2 3 -6 0 2 -4 2 -5 -5 5 -3 -4 -3 -1 -1 -6 -3 -5 3 4 8 18 0 4 15 1 4 1 1 31 0 1 1 3 3 0 1 1 0.71 1.96 20 G -3 -3 -4 -4 -1 -3 -5 7 -3 -6 -2 -5 1 -2 -6 -3 -4 -1 -2 -6 1 1 0 1 2 1 0 78 1 0 5 0 4 2 0 1 1 1 2 0 1.63 1.94 21 I -3 -1 2 4 -3 -1 2 -4 -2 3 1 0 0 -3 -5 -2 -2 -6 -5 -1 1 3 9 19 1 2 14 1 1 20 13 6 2 1 0 3 2 0 0 3 0.46 1.94 22 T -1 2 -2 2 -6 -1 1 -1 -2 -2 -3 4 -2 -2 -2 -1 1 -1 -3 -1 6 9 2 9 0 2 10 4 1 3 2 25 1 2 2 4 9 1 1 4 0.30 1.98 23 E 0 -1 1 4 -6 -1 4 -2 -2 -2 -4 1 -3 -6 -2 -2 0 -6 -4 -3 6 3 6 21 0 3 27 3 1 2 1 10 1 0 1 2 5 0 1 2 0.50 1.92 24 F -1 0 -1 0 0 0 2 2 1 -2 -2 1 1 2 -3 -2 -2 -2 2 -3 4 4 3 5 2 4 14 15 3 2 4 8 3 8 1 3 3 1 6 2 0.14 1.91 25 I 2 -5 -5 -3 0 -4 -3 -3 -5 4 2 -5 1 -2 -5 -2 -1 -5 -4 3 17 0 0 1 2 0 1 2 0 21 16 0 3 1 0 3 4 0 0 21 0.49 1.84 26 E 0 0 -2 0 -3 0 3 -2 0 1 -1 1 0 -3 -2 -2 -2 -5 -2 1 7 4 1 5 1 5 22 3 2 8 6 8 2 1 2 2 3 0 1 11 0.18 1.90 27 Q 1 -1 0 2 -2 1 5 -2 -1 -3 -4 0 -1 -4 -1 -1 -1 -6 -2 -3 12 3 3 10 1 5 32 2 2 1 1 5 1 1 3 3 3 0 1 2 0.41 1.94 28 D 1 -2 -2 4 -2 -2 -2 -2 -1 0 2 -2 0 -2 -4 -2 -2 0 -2 -1 14 2 2 27 1 2 2 3 1 5 19 2 2 1 1 3 2 1 1 4 0.34 1.94 29 T 1 -5 -5 -5 1 -4 -5 -3 -1 0 2 -3 0 -4 -5 -1 4 -5 -2 3 11 0 0 0 3 0 0 2 2 5 17 2 2 0 0 4 24 0 2 23 0.50 1.84 30 E -1 0 1 1 -1 2 4 -3 0 -2 -2 2 0 -5 -2 -2 -1 -5 -2 -2 5 4 6 6 1 8 26 2 2 2 4 12 2 0 2 3 4 0 1 2 0.31 1.91 31 E 0 0 -1 -1 -5 1 5 -3 0 -2 -2 2 -1 -5 -4 -2 -1 -5 -1 -2 8 6 3 4 0 5 34 2 2 3 3 10 2 0 0 3 3 0 2 3 0.42 1.92 32 A 4 -1 -4 -2 3 -1 -2 0 0 0 -1 -1 1 0 -5 0 -1 -5 0 -1 31 3 0 3 6 3 3 6 3 4 7 3 3 3 0 6 3 0 3 4 0.26 1.98 33 R -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 -4 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 0 5 5 5 0.10 2.01 34 Q 1 0 0 1 1 2 1 -2 1 -1 0 0 0 -5 -1 -1 0 -5 -5 -1 10 5 4 9 3 10 8 4 3 3 9 7 3 0 3 4 7 0 0 4 0.08 2.04 35 Q 0 1 0 -1 0 2 2 -2 1 -2 -1 2 1 -1 -2 -1 -1 2 -1 -2 7 6 5 4 2 8 11 4 3 3 6 11 4 2 2 5 4 2 2 3 0.06 2.11 36 A 0 -1 -1 -1 -2 -2 -2 4 0 -2 -2 0 0 0 -4 -2 -1 -5 4 -2 7 4 3 4 1 1 3 29 2 3 4 7 2 4 1 3 3 0 12 2 0.33 2.09 37 T -1 -1 -1 1 0 -1 0 -1 0 2 -1 0 2 -2 1 -1 0 3 0 0 5 3 3 7 2 2 6 6 2 10 6 5 4 2 6 6 5 4 3 6 0.02 2.08 38 R -1 1 0 3 -5 -1 1 0 1 -2 -3 1 -1 -2 1 1 -1 -6 -2 -3 6 6 5 15 0 3 8 7 3 3 2 8 2 2 8 10 4 0 2 2 0.15 2.00 39 P 2 -5 -5 -1 1 -1 -1 -1 -5 -1 -2 -1 2 -1 5 -1 -1 -6 -5 -1 16 0 0 4 3 3 4 4 0 4 4 3 5 3 30 4 4 0 0 5 0.51 1.98 40 C -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 41 E -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 42 V -1 -5 -5 -3 0 -2 -3 -2 -6 6 1 -5 0 -2 -5 -4 -1 -5 -4 3 6 0 0 2 2 2 2 4 0 45 9 0 2 2 0 0 4 0 0 18 0.82 1.74 43 I -2 -5 -2 -6 -4 -5 -3 -6 -5 6 2 -5 1 0 -6 -2 -1 -5 -1 3 2 0 2 0 0 0 2 0 0 45 17 0 3 3 0 3 3 0 2 15 0.91 1.82 44 E -1 -1 5 2 -5 1 3 -3 0 -3 -3 0 0 -2 -4 0 -1 -5 -2 -3 4 2 31 8 0 6 17 2 2 2 3 5 3 2 0 6 3 0 2 2 0.56 1.76 45 G -2 -1 1 2 1 0 3 1 1 -1 -2 0 0 -1 -5 0 1 -5 0 -2 3 4 7 11 3 5 18 10 3 4 3 5 3 3 0 6 7 0 3 4 0.21 2.04 46 P 0 -2 0 -1 2 -1 -1 3 2 -1 -2 -2 0 1 1 -1 -1 2 1 -1 9 3 4 4 4 3 4 22 5 4 4 3 3 6 6 3 3 3 6 4 0.21 2.04 47 L -3 1 -3 -4 4 -3 1 -4 -3 1 0 -3 3 2 -4 0 -3 -3 3 1 1 10 0 0 9 0 10 1 0 10 10 1 9 9 0 10 1 0 9 10 0.35 1.01 48 M 0 -1 -1 -5 1 0 -4 -2 -5 2 0 -1 6 -1 -1 1 0 3 -4 1 6 3 3 0 3 5 0 3 0 9 8 3 20 3 3 11 5 3 0 9 0.39 1.87 49 D -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 50 G 3 -2 -3 -4 -4 -4 -2 6 -4 -2 -5 -2 -1 -5 -2 -1 -2 -5 -5 -2 25 2 0 0 0 0 2 53 0 2 1 2 2 0 2 3 2 0 0 2 1.01 1.49 51 M -1 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -4 2 2 -4 8 1 -5 -4 0 -4 -3 0 5 0 0 0 0 0 0 1 0 12 17 0 47 5 0 1 5 0 0 5 1.19 1.43 52 N -2 2 3 3 -5 0 1 -2 0 -2 -3 2 1 -4 -4 -1 -1 1 -1 -2 4 9 15 19 0 4 7 3 2 3 3 12 3 0 0 5 4 2 2 3 0.35 1.43 53 V 0 0 -1 1 0 1 3 -2 1 2 -2 0 0 -1 -4 -2 -1 -4 -1 2 7 5 3 7 2 5 17 3 3 14 3 5 2 2 0 3 4 0 2 13 0.21 1.43 54 V 0 -4 -5 -5 0 -1 -4 -5 -5 2 0 -4 1 -3 -4 -4 -1 -5 -4 6 9 0 0 0 2 3 0 0 0 10 7 0 3 0 0 0 2 0 0 60 0.99 1.35 55 G 0 -4 0 -4 2 -4 -4 6 -4 -1 -5 -1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -5 -4 5 0 4 0 4 0 0 63 0 4 1 4 0 0 0 6 5 0 0 0 1.14 1.40 56 D 0 1 0 3 0 1 3 -2 0 -1 -3 1 -1 -4 0 -1 -1 -5 -1 -2 8 8 4 14 2 7 21 2 2 5 3 8 2 0 4 3 3 0 2 3 0.28 1.40 57 L 0 1 1 1 3 1 0 0 3 -4 -1 0 2 1 -4 0 -3 -4 2 -4 7 7 7 7 6 7 7 7 6 0 7 7 6 6 0 7 0 0 6 0 0.22 1.56 58 F -4 -5 -5 -5 -5 -4 -3 -5 -3 -3 -2 -5 1 8 -5 -4 -4 3 5 -2 1 0 0 0 0 0 2 1 0 0 3 0 3 60 0 1 0 3 22 2 1.64 1.41 59 G -1 1 1 1 -2 0 4 2 -3 -5 -5 2 -2 -3 -4 0 -2 -5 -2 -4 4 8 5 8 1 3 28 15 0 0 1 11 1 1 0 8 2 0 1 0 0.48 1.41 60 E 1 2 2 2 0 1 1 -3 -1 -3 -4 3 -2 -5 -3 1 -1 -5 -2 -3 13 10 9 9 2 6 10 2 1 2 2 16 1 0 1 10 4 0 1 2 0.31 1.41 61 G -2 -1 3 -2 -2 -1 0 6 1 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 -3 -5 -2 -5 2 3 14 2 1 3 6 51 3 0 2 6 2 0 0 2 0 0 1 0 0.89 1.41 62 K -3 0 -2 1 -5 2 5 -3 -1 0 -3 3 -2 -3 -4 -2 0 -5 -4 -2 2 4 1 7 0 7 39 2 1 6 2 17 1 1 0 2 5 0 0 3 0.63 1.41 63 M 0 -1 -5 -5 2 -4 -4 -5 -4 3 2 -3 5 0 -5 -3 -2 -3 4 1 7 4 0 0 4 0 0 1 0 18 16 2 16 4 0 2 2 0 15 10 0.59 1.41 64 F -3 -4 -3 -2 -5 0 -3 -4 -3 0 -1 -4 -1 7 -3 -3 -3 0 4 -3 1 0 1 3 0 5 2 1 0 5 4 0 1 56 1 1 1 1 14 0 1.27 1.43 65 L -3 -3 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -5 3 4 -4 1 -1 -5 -4 -2 -4 -3 3 1 2 0 0 0 2 0 1 0 18 45 0 2 2 0 1 2 0 0 24 0.86 1.36 66 P 0 -4 -4 -4 -4 1 -3 0 -3 1 0 -3 3 2 1 0 1 -3 2 1 8 0 0 0 0 8 0 8 0 8 8 0 8 8 8 8 8 0 8 8 0.24 1.23 67 Q -1 0 0 4 -5 2 3 -1 3 -5 -4 0 -4 0 -4 -1 -3 -4 1 -4 4 6 4 24 0 11 17 4 8 0 1 6 0 5 0 4 0 0 4 0 0.52 1.23 68 V -1 -4 -4 -4 -3 -3 0 -5 -4 3 3 -4 3 -3 -4 -3 0 -4 -3 4 5 0 0 0 0 0 8 0 0 18 23 0 7 0 0 0 5 0 0 31 0.62 1.07 69 V -4 0 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 4 0 4 1 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 5 0 0 0 0 0 0 0 24 41 6 9 7 0 0 0 0 0 8 0.81 1.18 70 K 1 0 -2 -2 -1 2 -1 -3 -4 0 0 2 6 -1 -4 -1 -1 -5 -1 0 13 4 1 2 1 9 3 1 0 4 10 16 20 3 0 3 3 0 2 5 0.35 1.18 71 S 4 -4 -3 -4 5 -3 -3 0 -4 -2 -4 -3 -4 -5 -4 4 0 -5 -4 -1 33 0 0 0 13 0 0 5 0 2 0 0 0 0 0 40 4 0 0 3 0.86 1.09 72 A 5 -2 -2 -4 1 -3 -2 0 -4 -4 -3 -3 -2 -5 -4 2 1 -5 -2 -2 55 2 1 0 3 0 1 6 0 0 1 0 1 0 0 18 8 0 1 1 0.80 1.18 73 R -1 4 0 2 -6 1 4 -3 0 -4 -4 1 -2 -2 -4 -2 -1 -5 -2 -5 4 25 3 13 0 6 27 2 3 1 1 7 1 2 0 1 3 0 1 0 0.63 1.18 74 V 4 -4 -2 -4 0 -4 -4 -2 -5 2 -2 -4 -1 -4 -4 0 3 -5 -4 2 39 0 1 0 2 0 0 1 0 11 2 0 1 0 0 4 21 0 0 17 0.65 1.15 75 M -1 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -5 -4 -1 1 -3 9 0 -5 -3 -2 -4 -3 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 7 1 71 4 0 2 2 0 0 7 1.54 1.12 76 K -2 0 2 -1 -2 2 1 -3 0 -4 -2 5 1 -4 -4 0 -1 -5 1 -4 2 3 9 2 1 9 8 1 2 1 3 41 4 0 0 5 4 0 6 1 0.60 1.25 77 Q 3 0 1 -1 -2 2 2 -1 -2 -2 -2 3 -2 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -2 27 3 6 2 1 8 11 4 1 2 3 19 1 1 1 4 4 0 0 2 0.36 1.25 78 A 4 -4 -3 -4 1 -4 -4 4 -4 -2 -5 -4 -4 -3 -4 1 -2 -5 -5 -1 43 0 0 0 3 0 0 36 0 2 0 0 0 1 0 10 1 0 0 4 0.95 1.21 79 V -3 -5 -5 -6 -2 -3 -5 -4 -5 3 2 -5 5 4 -5 -2 -2 -4 -1 4 1 0 0 0 1 1 0 1 0 14 16 0 15 15 0 3 2 0 1 30 0.77 1.21 80 A 2 -2 0 4 -5 -1 4 0 -2 -4 -5 1 -3 -4 -2 0 -2 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