Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -5 4 -3 -2 -5 -3 7 -6 -4 -4 -1 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 54 0 0 0 0 37 0 1.72 0.98 2 F -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 -1 5 -5 0 6 -6 -5 -4 -3 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 57 0 1 35 0 0 0 0 6 1 1.27 1.15 3 T -3 -2 1 2 -5 3 3 -2 1 -1 -3 -1 -2 -2 -4 2 0 -5 0 -2 0 1 6 11 0 16 20 2 3 4 2 3 1 2 0 19 6 0 3 3 0.44 1.28 4 L -2 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 3 -5 7 1 -2 -2 0 -4 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 32 0 31 6 3 3 6 0 2 6 0.90 1.37 5 D -5 -4 4 7 -6 -3 1 -4 -1 -4 -6 -3 -6 -6 -3 -2 -4 -7 -6 -6 0 0 17 73 0 0 6 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1.72 1.39 6 D -3 -2 -1 5 -6 1 3 -4 -4 2 -1 -1 -2 -2 -5 -2 -3 -6 -3 -2 1 2 1 37 0 6 22 1 0 13 6 2 1 1 0 2 0 0 1 2 0.76 1.42 7 S -2 -1 -1 -3 -4 -1 0 -3 1 -1 -3 1 -2 -3 -3 3 3 -1 -2 2 2 3 2 0 0 3 5 1 3 3 1 9 1 1 1 27 18 1 1 18 0.42 1.46 8 R -3 6 -3 -2 -6 4 -1 -5 0 -2 -5 -1 -2 -2 -2 -3 -4 0 3 -4 1 52 0 2 0 18 2 0 2 3 0 1 1 2 2 1 0 1 11 1 1.11 1.45 9 W 0 -1 -2 -1 6 -1 -2 -4 -1 -2 1 1 -1 -2 -1 2 -2 6 -2 -1 8 4 2 4 16 3 2 0 2 2 12 8 1 1 3 16 1 9 1 4 0.43 1.46 10 P -1 -1 3 -2 -5 -2 -2 -3 3 -3 -1 0 -4 -5 4 2 1 -5 -1 -3 5 3 14 1 0 1 2 1 7 2 6 5 0 0 22 17 10 0 3 1 0.50 1.48 11 G 0 -2 0 -3 -1 4 -2 0 6 -4 -3 -3 -4 1 -1 -1 -1 -4 3 -1 9 1 4 1 1 19 2 8 21 0 1 0 0 7 3 4 3 0 9 5 0.56 1.44 12 S -3 -4 2 6 -5 -1 0 -3 1 -4 -2 -3 -4 -4 -1 1 2 -5 1 -3 1 0 9 40 0 2 4 1 4 0 5 0 0 0 3 12 11 0 5 2 0.72 1.45 13 G 3 -2 0 0 -4 -2 1 2 -4 -3 -2 -2 -1 -4 -4 3 -1 -5 -4 -2 22 1 4 4 0 1 11 17 0 1 5 2 1 1 0 24 3 0 0 2 0.43 1.47 14 V -1 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -3 2 4 -2 2 -3 -2 0 0 -2 -4 2 5 2 0 2 1 2 0 1 1 9 43 2 5 0 2 6 5 1 0 13 0.52 1.48 15 E -2 -3 -2 2 -5 2 1 -1 0 -3 -2 -2 -1 -5 6 -2 -3 -2 -5 -3 3 1 2 11 0 8 9 5 2 2 5 1 1 0 44 2 1 1 0 1 0.93 1.45 16 D -2 -1 -2 2 -2 2 4 -3 1 -2 -2 -2 -1 -2 2 0 0 -5 -3 0 3 3 2 10 1 9 26 1 4 2 3 1 2 2 11 7 7 0 0 6 0.39 1.43 17 S 1 0 -1 -1 1 0 -1 -2 1 0 -2 2 -2 -2 -1 3 0 -1 0 -2 10 5 3 3 2 5 4 2 3 5 4 12 1 2 3 26 4 1 3 2 0.22 1.26 18 R -2 5 -2 -2 -5 2 1 -4 1 -4 0 4 0 -4 -2 -2 -2 -5 -2 -4 2 27 1 2 0 9 8 1 3 0 9 28 2 0 2 2 1 0 1 0 0.69 1.46 19 T 0 -1 3 -2 -4 0 -2 -3 -1 -1 -2 -1 0 -2 1 1 4 -1 -2 1 6 3 12 1 0 4 2 1 2 4 3 4 3 2 7 9 25 1 1 9 0.31 1.43 20 T -2 -4 -2 0 -1 0 -3 -3 0 3 1 -3 -2 -2 -2 -1 3 -4 -1 4 2 0 2 5 1 5 1 2 2 13 10 2 0 1 3 4 17 0 2 27 0.40 1.43 21 I -2 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -5 6 2 -2 -1 0 -3 1 -3 -4 -2 1 2 1 0 0 2 1 1 1 0 46 17 2 0 3 2 10 1 0 1 8 0.75 1.47 22 I -2 -1 -1 1 -4 2 -1 -3 -3 2 -1 2 -1 -3 0 0 2 -3 -3 1 3 2 2 9 0 8 4 1 1 14 6 11 1 1 5 8 12 0 1 9 0.20 1.47 23 L -2 -2 0 -3 3 -2 -1 -5 -3 2 4 -3 0 0 -3 0 -3 -4 -3 -1 3 2 4 1 6 2 4 1 1 11 44 1 1 4 1 6 1 0 1 4 0.52 1.46 24 G 1 -1 1 1 -1 -1 -1 3 -2 -3 -3 -1 -1 -2 -1 2 0 -2 -3 -4 10 3 7 9 1 3 4 23 1 1 3 3 2 2 4 16 5 1 1 1 0.31 1.37 25 E 0 -3 -1 2 -3 1 3 -1 -1 -2 -3 2 -3 -3 0 1 -1 -1 -2 1 7 1 3 9 1 6 19 4 1 2 2 12 0 1 5 11 3 1 2 11 0.24 1.37 26 D -2 -2 3 4 -3 -1 3 -1 -3 -4 -4 0 -1 -5 1 2 -1 -5 -4 -3 3 2 12 23 1 2 17 4 0 1 1 5 2 0 7 15 3 0 0 2 0.51 1.42 27 I 1 -3 0 0 -3 -1 1 -2 0 0 0 -1 -1 -2 0 2 2 -4 -2 -2 10 1 5 5 0 2 10 3 2 5 11 3 1 1 5 17 14 0 1 2 0.18 1.32 28 L 0 0 -1 -3 -3 1 0 -1 1 0 1 -1 1 -1 1 1 -1 -3 -1 1 8 4 4 1 0 7 7 6 3 6 15 3 3 3 6 11 3 0 2 8 0.08 1.29 29 P -1 0 0 2 -4 2 0 0 -1 -3 -2 0 -3 -3 5 0 -1 -4 -2 -2 4 5 3 10 0 8 4 6 1 1 4 5 0 1 31 7 3 0 1 4 0.52 1.30 30 S -1 -3 -2 -1 -4 0 2 1 -3 -2 -3 -1 -1 -3 4 2 0 -4 -3 -1 5 1 1 3 0 5 13 11 0 2 2 4 2 1 20 17 6 0 1 6 0.38 1.40 31 K -2 5 0 -2 -4 2 -2 -1 2 -3 -3 3 -3 3 -3 -2 -1 -2 -1 -4 3 28 4 2 0 9 2 4 5 1 2 17 0 14 1 1 4 1 2 1 0.58 1.43 32 H -2 0 -1 -2 -4 1 -2 -3 4 -3 -2 1 -2 2 1 2 2 -2 4 -3 2 5 2 2 0 6 2 1 8 1 3 7 1 10 7 13 13 1 12 1 0.35 1.50 33 V -2 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 3 -5 0 1 -6 -5 -4 -5 -2 6 3 1 0 0 0 0 0 0 0 17 21 0 2 5 0 0 0 0 1 49 1.09 1.72 34 V -1 -3 -3 -5 -4 -5 -4 -3 -6 3 0 -3 1 -2 -5 -2 2 -6 -2 6 4 2 2 0 0 0 1 2 0 12 7 1 3 2 0 2 11 0 1 50 0.83 1.77 35 M -1 -6 -6 -7 -4 -6 -6 -6 -6 3 2 -6 0 1 -6 -5 -3 -5 -2 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 16 18 0 2 5 0 0 1 0 1 51 1.11 1.78 36 H -4 -5 -6 -7 -2 -4 -6 -7 2 -3 -3 -6 -2 6 -7 -4 -3 1 8 -3 1 0 0 0 1 1 0 0 4 1 1 0 1 35 0 1 2 1 51 1 1.92 1.85 37 N -5 -4 9 -2 -6 -3 -4 -4 1 -7 -7 -4 -6 -7 -6 -1 -3 -7 -5 -7 0 0 96 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.52 1.88 38 T -1 -5 -2 -3 -6 -3 -4 -4 -2 -6 -4 -4 -5 -7 7 3 1 -7 -6 -5 5 0 2 1 0 1 0 1 1 0 2 0 0 0 56 23 9 0 0 0 1.58 1.99 39 L -4 -4 -2 -4 -5 -2 -3 -6 1 -1 6 -4 0 -1 -6 -1 -1 -5 -2 -1 1 0 2 1 0 2 2 0 4 2 66 1 1 2 0 4 4 0 1 3 0.97 1.96 40 P 3 -5 1 -3 -5 -3 1 3 -3 -6 -4 -4 -3 -6 3 2 -1 -6 -6 -4 23 0 6 1 0 1 11 20 1 0 2 0 1 0 14 13 4 0 0 1 0.56 2.05 41 H -4 3 -2 -5 -4 3 -3 -6 4 -3 -5 -1 -2 1 -6 -3 -3 9 1 -2 1 15 2 0 0 15 1 0 9 2 0 3 1 6 0 2 2 31 4 4 1.26 2.05 42 W 0 0 1 0 -3 1 2 -4 -1 -2 -3 2 -2 -4 1 1 2 -1 -2 -2 7 4 6 5 1 6 15 1 1 2 2 11 1 1 8 9 11 1 2 2 0.22 2.06 43 R -3 7 -3 -4 -6 -2 -4 -4 0 1 -3 -1 -2 -3 -5 -2 -2 -2 0 2 1 50 1 1 0 1 0 1 2 6 2 2 1 1 0 3 2 1 3 16 0.97 2.05 44 E -2 -1 2 1 -3 -1 1 -4 0 -2 -2 1 -2 -3 -4 2 4 -6 -2 -1 2 3 8 8 1 3 8 1 2 2 4 9 1 1 1 13 23 0 2 3 0.30 2.06 45 Q -1 -3 -2 2 -1 2 4 -1 2 -4 -4 0 -2 -2 -5 0 1 2 -2 -3 4 1 2 12 1 9 27 4 4 1 1 5 1 2 0 7 8 3 1 2 0.40 2.06 46 L -2 -4 -2 -4 -3 -3 -4 -5 0 2 0 -3 2 0 1 -3 -1 0 2 4 2 1 2 1 1 1 1 1 2 12 9 2 5 3 7 1 5 1 7 31 0.45 2.05 47 V -1 -6 -4 -6 -5 -3 -6 -6 -2 4 -1 -4 -1 -1 -4 -5 -2 -6 -2 6 5 0 1 0 0 1 0 0 1 18 5 1 1 2 1 0 2 0 1 56 1.06 2.06 48 D -3 4 -1 -2 1 0 1 -4 -1 -3 -4 0 1 -3 -3 2 3 -6 -3 -3 2 20 3 2 2 4 9 1 2 1 1 5 4 1 1 13 19 0 1 2 0.40 2.08 49 F -2 -6 -6 -6 1 -5 -6 -4 -6 4 2 -3 0 2 -3 -3 -2 -5 -2 4 3 0 0 0 3 0 0 2 0 24 21 2 2 7 2 2 2 0 1 25 0.67 2.07 50 Y -2 1 -1 -2 -1 -2 -1 -4 1 -2 -2 -2 -1 -2 6 -1 1 0 0 -2 2 8 2 2 1 2 4 1 3 2 5 3 1 2 37 4 8 1 4 3 0.62 2.19 51 V -2 -5 -5 -2 0 -2 -3 -3 -5 2 -1 -3 1 -1 -1 -2 0 1 0 5 3 0 0 2 2 2 2 2 0 11 6 2 3 2 3 3 5 2 3 41 0.54 2.13 52 S -1 0 3 1 1 0 -1 -1 1 -1 -3 1 0 -1 1 1 0 2 0 -2 4 4 11 7 2 4 4 5 3 4 3 8 3 3 6 11 5 2 3 3 0.08 2.23 53 S -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 54 P 0 -2 -1 -1 -5 0 1 0 1 -2 -2 -1 -1 -5 5 1 -1 0 -1 -2 8 2 3 4 0 4 8 6 3 2 4 4 2 0 23 11 4 1 2 2 0.30 2.10 55 F 0 1 3 1 -5 0 0 -2 2 -2 -2 1 -1 0 -5 1 -1 0 0 -1 8 7 14 8 0 3 5 3 4 2 3 8 2 4 0 8 4 1 4 4 0.15 2.12 56 V 0 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -4 2 0 -3 0 3 -3 -3 -2 4 4 3 7 1 2 2 1 2 2 2 0 9 7 2 2 11 1 2 2 5 13 23 0.42 2.10 57 S 1 1 -1 -1 2 0 -1 -2 0 2 -2 0 0 -1 -4 1 1 -5 0 -1 11 8 3 3 4 5 4 3 3 10 4 5 3 3 0 10 8 0 3 4 0.05 1.61 58 V -1 -1 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 2 0 -4 2 0 0 -4 -3 3 1 5 5 4 0 0 4 0 0 0 0 10 8 0 4 4 4 0 0 4 4 40 0.60 1.62 59 T -2 1 -1 -3 0 0 -1 -5 1 0 1 1 0 1 -5 -1 2 2 3 0 2 6 3 1 2 3 4 0 3 4 15 10 2 6 0 5 13 3 11 6 0.25 1.92 60 D -2 -2 1 6 -1 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -5 -5 -4 1 -1 -6 -1 -3 4 3 7 47 2 2 3 4 2 2 3 3 0 0 0 9 4 0 3 2 0.82 1.89 61 L 0 -2 -1 0 -1 0 2 -2 1 -2 -2 -1 -1 -1 2 3 -2 0 0 -3 9 3 3 5 2 4 14 3 3 3 5 3 2 2 11 20 2 2 3 2 0.24 1.94 62 A -1 0 3 3 -1 1 1 -2 0 -3 -3 1 -1 -2 -2 1 1 -6 -2 -2 5 4 14 14 1 5 10 3 2 2 3 9 2 2 2 10 8 0 2 3 0.27 1.94 63 N -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 4 1 -4 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 0 0.14 1.89 64 N -2 2 3 -1 -1 2 1 -1 1 -2 -3 3 -1 -2 -2 -1 0 -5 -2 -1 3 11 12 4 1 9 10 5 3 3 2 16 2 2 2 4 6 0 1 5 0.29 1.92 65 P 0 -1 -1 -1 1 0 3 -3 0 -2 -2 0 -1 -2 4 0 1 -5 -2 0 7 3 2 4 3 5 17 2 2 3 4 6 2 2 18 6 8 0 2 6 0.27 1.90 66 V -2 -2 0 -5 2 -1 -5 -6 0 3 1 -2 1 -1 -2 -4 -1 -5 -1 5 3 3 4 0 4 3 0 0 2 18 12 2 4 3 2 0 3 0 2 34 0.58 1.83 67 E -1 0 -1 0 0 0 2 -3 0 0 -3 0 0 -2 4 -1 0 -5 2 0 6 5 3 5 2 3 12 2 2 5 3 5 2 2 19 4 7 0 7 6 0.26 1.82 68 A 0 -4 -1 0 2 1 -2 -2 0 0 -2 -4 0 1 -1 3 0 3 1 1 9 0 3 4 4 8 2 3 3 5 3 0 2 7 3 22 5 4 5 10 0.25 1.82 69 Q -3 -1 -1 -1 -5 7 1 -5 0 0 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -5 -1 -3 2 2 2 4 0 56 6 0 2 5 4 3 2 2 2 2 2 0 2 2 1.07 1.80 70 V -3 -3 -3 -3 -1 -4 -3 -4 -2 4 2 -3 0 0 -3 -3 -1 -5 0 4 2 1 1 1 1 0 2 1 1 23 20 2 2 3 1 2 3 0 3 31 0.66 1.79 71 S -1 -2 2 -2 -1 0 -1 -3 -4 2 0 -3 1 -1 -4 2 -1 -5 -2 3 4 2 8 2 1 5 4 2 0 10 10 2 3 2 1 18 4 0 1 21 0.30 1.75 72 P 1 -1 -2 0 0 -1 -1 -2 1 -1 -3 0 -1 -3 6 -1 -1 -4 -4 -2 13 4 2 5 2 3 4 3 3 3 3 5 2 1 35 4 3 0 1 3 0.61 1.58 73 V -2 -1 -2 -3 -1 -1 0 -3 0 3 1 -1 -1 0 -3 -2 -1 -4 0 4 3 4 2 2 2 3 6 2 2 17 11 3 2 3 2 3 4 0 3 29 0.37 1.69 74 W -1 0 -2 0 0 -1 0 -2 -2 0 -1 -2 -1 1 0 1 -1 8 -1 -1 5 6 2 6 2 2 6 3 1 5 6 3 1 7 6 10 4 17 2 5 0.37 1.53 75 S -1 -1 3 3 -2 1 1 -2 -3 -2 -2 0 -2 -1 -1 1 -1 -1 0 -2 5 3 13 15 1 7 10 3 0 3 4 5 1 3 3 12 4 1 3 3 0.21 1.60 76 W 0 -1 -2 -1 -3 1 0 -1 -1 1 -1 -1 -1 2 -1 1 0 1 2 0 8 3 2 4 0 6 6 5 1 7 6 4 1 8 3 12 6 2 7 8 0.07 1.57 77 H 0 -2 1 1 -2 0 -1 -1 2 -1 -2 0 -1 0 -1 1 2 -3 0 -1 9 2 6 9 1 5 3 4 5 3 4 5 1 4 3 9 15 0 3 5 0.12 1.59 78 H -2 0 1 0 -2 0 0 -2 2 0 -1 0 1 -1 0 0 2 -1 1 0 4 5 6 5 1 5 7 4 5 5 7 6 3 3 4 8 10 1 5 6 0.04 1.60 79 D -1 -1 2 3 -1 -1 0 0 0 -1 -2 0 -1 -3 0 1 0 -3 0 -1 6 3 9 14 1 3 6 7 2 4 4 5 1 1 6 11 7 0 3 4 0.13 1.65 80 T -1 -1 -1 -1 0 -1 0 -1 -1 0 1 0 3 -1 0 0 1 0 -1 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