Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 5 -5 -4 -4 -4 -4 -4 3 -5 -5 -5 -4 -5 -6 -4 4 -3 -6 -5 -4 51 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 1.22 1.74 2 L -1 -6 -7 -7 0 -6 -6 -7 -6 2 5 -6 1 2 -6 -5 -3 -3 -4 3 5 0 0 0 2 0 0 0 0 11 53 0 3 8 0 0 1 0 0 18 1.04 1.84 3 P -3 -4 -2 5 -4 -3 0 -4 -3 -6 -6 -3 -5 -7 6 2 -3 -7 -4 -6 1 0 2 32 0 0 6 1 1 0 0 1 0 0 40 14 1 0 1 0 1.34 1.95 4 P 0 -3 -3 3 -5 -1 4 -4 -3 -5 -5 0 -4 -4 5 -2 -2 -7 -5 -4 8 1 1 18 0 3 25 1 1 1 1 6 0 1 29 3 2 0 0 1 0.90 1.96 5 E 0 -3 -2 3 -5 1 6 -3 -2 -5 -5 0 -5 -7 -3 -1 -2 -7 -5 -4 7 1 2 15 0 4 54 2 1 0 1 5 0 0 1 4 2 0 0 1 1.09 1.97 6 E -2 -2 -3 2 -5 0 4 -5 -3 0 1 -1 1 0 -5 -3 2 -6 -2 0 2 2 1 13 0 4 26 0 1 5 14 3 3 4 0 1 12 0 2 7 0.43 1.97 7 V -3 2 -2 -3 -2 0 2 -6 -2 3 3 -2 0 -3 -5 -3 -1 -4 -2 3 1 9 2 1 1 4 12 0 1 14 24 3 2 1 0 2 4 0 1 19 0.44 1.97 8 E 2 0 0 2 -4 3 4 -3 -1 -4 -3 1 -1 -5 -4 -1 -2 -4 -4 -3 16 4 5 10 0 12 27 1 2 1 2 9 1 0 0 4 3 0 0 2 0.53 1.96 9 R 1 3 -1 0 -6 2 3 -4 0 -2 -2 3 -2 -4 -3 -1 -1 -4 -4 -3 11 15 2 4 0 10 16 1 2 3 3 19 1 1 1 4 4 0 0 2 0.44 1.95 10 I -2 -4 -5 -5 -5 -5 -5 -6 -6 7 1 -4 1 -1 -6 -5 -3 -5 0 2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 60 12 1 3 2 0 0 1 0 4 11 1.29 1.94 11 R -1 4 -1 -1 -1 0 2 -4 1 1 -1 3 -1 -4 -5 -2 0 -3 -2 0 4 22 3 3 1 3 12 1 3 7 6 15 1 1 0 2 7 0 1 6 0.38 1.93 12 A 2 1 0 2 -4 2 3 -2 0 -5 -4 2 -3 -4 -4 0 0 -4 -1 -4 16 6 5 10 0 8 19 2 2 0 2 10 1 0 0 8 6 0 3 1 0.37 1.93 13 F 0 -1 -4 -3 -1 -3 -2 -5 -2 4 1 -2 -1 0 -5 -2 1 -4 0 3 9 3 1 1 1 1 3 1 1 26 15 2 1 3 0 3 10 0 3 16 0.46 1.88 14 L 0 -5 -5 -6 0 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -4 3 8 1 0 0 2 1 1 1 0 35 25 1 1 1 0 1 2 0 0 20 0.88 1.86 15 Q 2 0 1 -1 -1 0 0 -3 -1 -2 2 0 2 -3 -4 1 -1 1 -3 -1 16 6 6 4 1 5 7 1 1 2 18 6 6 1 1 10 3 2 1 3 0.19 1.80 16 E 1 1 1 1 -4 1 3 -2 -1 -4 -3 1 -3 -4 -3 2 -1 -3 -3 -3 11 7 7 7 0 6 18 3 1 1 2 9 1 1 1 18 3 0 1 2 0.35 1.73 17 R -2 0 2 -2 -2 -1 -1 -2 6 0 -2 -2 -2 1 -4 -1 1 -1 2 1 4 6 10 3 1 3 4 4 18 6 4 2 1 6 1 4 8 1 8 9 0.36 1.67 18 I 2 1 -1 -1 0 -1 0 -1 2 0 -2 -1 -1 0 1 0 0 -2 0 1 16 8 2 3 2 3 5 5 4 5 4 4 1 4 6 7 5 1 4 11 0.09 1.26 19 R 0 1 0 2 0 1 2 -1 1 -2 -2 1 -2 -2 0 0 0 -2 -2 0 8 8 4 10 2 5 12 5 4 3 4 8 1 2 4 7 6 1 1 6 0.11 1.32 20 G -2 -3 0 2 -3 -1 1 2 -2 -2 -4 -1 -4 -4 5 0 -2 -5 -5 -1 3 1 4 10 1 2 10 16 1 2 1 4 0 1 31 6 2 0 0 6 0.65 1.78 21 R -2 1 0 1 -2 1 2 4 2 -3 -2 0 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -2 2 6 4 7 1 6 15 32 4 2 4 6 1 1 2 3 2 0 2 2 0.43 1.69 22 A 0 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -1 -3 3 -2 -4 -2 -2 -4 -3 -3 2 -2 6 6 2 1 1 1 1 2 6 1 17 2 1 0 1 1 2 1 3 2 51 0.87 1.86 23 L -2 0 -2 -3 -1 0 -1 -5 0 4 2 1 1 -3 -4 -1 -1 -3 -2 2 3 6 1 1 1 3 5 1 2 19 20 10 3 1 0 4 4 0 1 13 0.33 1.84 24 E -1 0 1 3 -3 -1 2 4 0 -5 -5 -1 -5 -4 -4 0 -2 -4 -4 -4 5 5 7 17 1 3 13 29 2 0 1 4 0 1 1 8 3 0 0 1 0.57 1.86 25 V -1 -4 -5 -6 3 -5 -5 -5 -3 4 0 -4 0 3 -2 -3 -1 -2 2 4 6 1 0 0 6 0 0 1 1 21 6 1 2 12 2 1 3 0 6 30 0.72 1.82 26 H -3 -1 -2 1 -3 -1 -1 -3 10 -5 -5 1 -4 -4 -3 -3 -2 -3 -1 -4 2 3 1 8 1 2 3 2 62 1 1 7 0 0 1 2 2 0 1 1 1.72 1.80 27 D -1 0 2 5 -3 0 1 -2 3 -5 -4 1 -2 -4 -3 0 -2 -3 -3 -5 4 6 9 35 1 5 7 3 8 0 2 8 1 1 1 6 3 0 1 0 0.67 1.83 28 L -4 -5 -6 -6 0 -4 -6 -7 -4 4 5 -6 1 1 -4 -5 -3 -5 -3 2 1 1 0 0 2 1 0 0 0 22 50 0 2 4 1 0 1 0 1 15 1.05 1.84 29 K -2 6 -2 -3 -4 -1 -3 -5 0 0 -3 3 1 -3 -5 -3 -2 -3 -3 -2 3 51 1 1 0 2 1 0 3 5 2 17 4 1 0 1 3 0 1 4 1.04 1.86 30 T 1 -5 -3 -5 -2 -4 -5 0 -3 1 -2 -4 1 -3 -4 1 5 -6 -4 2 13 0 0 0 1 0 0 7 0 9 3 0 3 1 0 9 38 0 0 15 0.70 1.86 31 R -4 7 -3 -4 -6 0 -3 -6 5 -3 -5 -1 -3 -3 -5 -4 -2 -2 -1 -2 0 71 1 0 0 2 0 0 12 2 1 1 0 1 0 0 2 1 2 3 1.65 1.87 32 R -3 3 1 1 -4 1 0 0 1 -2 -3 3 1 -4 -3 -1 0 1 0 -2 2 16 6 8 0 7 6 7 3 3 2 17 3 1 1 4 6 2 3 3 0.30 1.87 33 A 2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -4 2 1 -2 -4 2 2 -4 3 0 -4 4 0 16 1 1 1 1 1 1 1 5 7 3 1 6 7 0 21 5 0 16 6 0.49 1.87 34 G -1 -6 -3 -3 -6 -4 -3 7 -4 -5 -6 -4 -3 -6 -3 -3 -4 -3 -6 -5 3 0 1 1 0 1 1 87 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 1.94 1.85 35 P 0 2 3 1 -3 0 -2 0 3 -4 -4 -1 -1 -4 4 2 -1 -6 -3 -4 8 9 13 7 0 3 2 6 6 1 1 3 2 1 19 13 4 0 1 1 0.44 1.84 36 R -2 3 1 0 -3 2 0 -1 3 -2 -2 1 0 0 -4 -1 0 -1 2 -1 3 15 6 6 1 9 7 5 7 2 3 9 3 3 0 4 6 1 7 4 0.24 1.84 37 S -1 2 -1 -4 0 -2 -3 -5 -2 3 1 0 0 -1 -4 -2 0 0 3 2 5 13 3 1 2 1 2 0 1 17 12 5 2 2 1 2 6 1 9 14 0.33 1.84 38 F -2 -3 -4 -3 -4 -2 -3 -5 4 0 0 -4 2 6 -6 -3 -3 0 4 -1 4 1 0 2 0 2 2 0 9 6 8 0 5 37 0 2 1 1 15 4 0.95 1.85 39 L 1 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -4 -6 5 1 -6 1 -2 -6 -5 -3 -6 -5 5 13 0 0 0 1 0 0 1 0 34 9 0 4 1 0 0 1 0 0 37 1.08 1.85 40 E -3 -4 0 6 -6 2 4 -4 -2 -5 -5 -3 -4 -4 -5 1 -1 -3 -3 -4 1 0 3 45 0 8 22 1 1 1 1 0 0 1 0 12 3 0 1 1 1.09 1.83 41 F 0 -5 -6 -6 3 -4 -4 -4 -5 2 3 -5 4 3 -6 -4 -3 -5 -2 3 8 0 0 0 5 1 1 1 0 11 24 0 10 13 0 1 1 0 1 22 0.72 1.81 42 H -3 -1 -2 1 -3 -2 1 -4 9 -3 -5 -2 -3 -3 -5 -3 1 -6 -1 -2 1 2 1 7 1 1 7 1 59 2 1 2 1 1 0 1 8 0 1 4 1.62 1.81 43 L 0 -4 -6 -7 1 -5 -6 -4 -6 5 3 -6 2 -2 -6 -5 -3 -6 -2 3 8 1 0 0 3 0 0 1 0 32 29 0 4 1 0 0 1 0 1 17 0.90 1.86 44 V -2 0 -2 -2 -1 0 4 -2 0 0 0 -2 -1 -3 -5 -1 1 -1 -2 3 3 6 1 2 1 3 27 3 2 5 9 2 1 1 0 4 8 1 1 19 0.36 1.86 45 V -1 -6 -6 -7 -1 -5 -6 -6 -6 1 2 -6 3 1 -6 -3 -2 -6 -4 6 4 0 0 0 1 0 0 0 0 6 17 0 7 6 0 1 2 0 0 54 1.10 1.86 46 R -2 -2 2 5 -2 -2 0 -3 -1 -4 -5 -2 -3 -4 5 -1 -3 -2 -3 -4 4 2 8 33 1 1 5 1 2 1 1 2 1 1 30 4 1 1 1 1 0.97 1.83 47 G 1 -1 -1 0 -2 -2 0 3 -1 -4 -5 0 -5 -4 4 0 -2 1 -1 -4 13 4 3 5 1 1 5 24 1 1 1 5 0 1 21 7 2 2 2 1 0.52 1.83 48 D -2 0 3 4 -2 0 1 -1 1 -4 -4 0 -2 -2 -3 1 0 -2 1 -4 4 5 14 23 1 3 10 4 4 1 1 5 1 2 1 8 7 1 5 1 0.41 1.84 49 T -2 -1 -1 -1 1 -1 -2 -2 0 1 2 -1 6 0 -1 -2 -1 3 0 -1 4 3 3 3 3 3 3 3 3 6 17 4 22 3 3 3 4 4 3 3 0.40 2.05 50 P -2 -1 1 3 1 -1 -1 -2 1 -2 -3 -1 0 -1 0 2 3 -6 -1 -2 3 3 7 16 3 3 4 3 3 3 3 3 3 3 5 15 17 0 3 3 0.29 2.11 51 V -1 -5 -6 -6 -1 -3 -5 -6 -6 3 3 -5 1 0 -1 -3 -2 -5 -2 4 5 0 0 0 1 1 0 0 0 15 32 0 3 3 3 2 2 0 1 30 0.76 1.83 52 E 0 1 -1 -1 -1 0 1 -1 0 0 1 1 2 1 -3 1 -2 0 0 0 6 7 3 4 2 4 10 6 2 5 11 7 5 5 1 9 3 1 3 6 0.06 1.83 53 E 0 1 -1 1 -2 3 5 -4 1 -3 -4 1 -2 -3 -5 -2 0 -6 -2 -2 8 7 2 7 1 12 33 1 3 1 2 9 1 1 0 2 5 0 1 3 0.56 1.85 54 A 5 -5 -2 -3 1 -4 -4 1 -1 -1 -2 -4 0 -5 -5 2 -1 -6 -2 0 50 0 1 1 3 0 0 11 1 4 3 0 2 0 0 13 3 0 1 7 0.77 1.87 55 H -3 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -5 11 -6 -5 -3 -5 -3 -3 -3 -4 -6 -1 -4 2 2 1 1 1 2 1 0 83 0 1 1 0 1 2 1 1 0 1 1 2.56 1.86 56 R 1 1 0 4 -3 2 3 -3 -1 -3 -4 1 -2 -4 -3 -1 -1 -2 -2 -4 11 7 5 26 1 8 17 2 2 1 1 7 1 1 1 4 3 1 1 1 0.51 1.86 57 L -2 -3 -4 -6 -1 -3 -2 -6 -2 6 2 -3 0 -2 -6 -4 -1 1 -3 2 3 1 1 0 1 1 3 0 1 49 15 1 1 1 0 1 4 2 1 12 0.93 1.85 58 C 3 -2 -3 -4 5 -3 -2 0 -3 3 -1 -2 0 -5 -5 1 2 -6 -5 1 24 2 1 1 10 1 2 6 1 14 5 2 2 0 0 9 10 0 0 10 0.45 1.85 59 D -2 -2 -1 5 -3 0 4 -3 3 -4 -4 -1 -2 -5 -5 -1 0 -6 -3 -2 2 2 2 36 1 3 24 1 6 1 2 3 1 0 0 4 7 0 1 4 0.80 1.84 60 E 0 3 1 0 -2 2 3 -3 1 -3 -3 1 -2 -4 -5 0 0 -2 -3 -3 8 15 8 5 1 11 19 2 3 2 3 8 1 0 0 6 5 1 1 2 0.38 1.85 61 L 0 -4 -6 -7 -2 -6 -6 -5 -6 5 2 -6 1 -1 -6 -5 -2 -6 -3 4 8 1 0 0 1 0 0 1 0 34 18 0 3 2 0 0 1 0 1 31 1.01 1.85 62 E -3 1 -3 -1 -4 1 6 -4 1 -3 -4 1 -3 -5 -5 -2 -2 -6 -3 -2 1 7 0 1 0 5 64 1 3 1 1 7 1 0 0 2 1 0 1 3 1.21 1.87 63 R 1 3 2 2 -3 2 2 -3 3 -3 -3 2 -2 -4 -5 -1 -2 -3 -2 -4 10 14 8 12 1 8 11 2 6 2 3 11 1 1 0 5 2 0 1 1 0.37 1.87 64 A 2 3 -1 2 -3 0 2 -3 0 -2 -2 2 -1 -4 -5 0 -1 -6 -3 -2 20 16 2 10 1 4 13 1 2 2 4 11 2 0 0 5 4 0 1 3 0.36 1.87 65 L -3 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -7 -6 5 4 -5 1 0 -5 -5 -3 -5 -3 2 2 0 0 0 1 0 0 0 0 33 42 1 3 4 0 1 1 0 0 13 1.11 1.85 66 A -2 4 -2 -3 -2 1 2 -3 1 -1 1 3 3 -3 -5 -1 -2 -3 -2 -2 4 19 2 1 1 6 11 1 4 3 12 18 7 1 0 4 2 0 1 3 0.40 1.83 67 Q 1 2 1 1 -4 2 3 -3 2 -4 -4 3 -3 -5 -5 -1 -2 -6 -4 -4 12 10 6 7 0 10 21 2 4 1 2 15 0 0 0 5 2 0 0 1 0.49 1.86 68 A 1 2 1 0 -3 1 3 -3 1 -2 -1 2 -2 -4 -5 -1 -2 -4 -3 -1 14 10 5 4 1 5 21 1 3 3 6 12 1 1 0 5 3 0 1 4 0.32 1.87 69 F -4 -4 -3 -2 -2 -3 -3 -5 3 2 2 -3 2 5 -2 -4 -4 -1 3 0 1 1 2 3 1 1 2 1 7 10 20 2 4 26 2 1 1 1 9 7 0.64 1.85 70 P -1 -1 0 1 -4 -1 1 1 -1 -3 -4 0 -3 -4 6 0 -2 -5 -3 -3 4 3 4 8 0 3 11 12 2 1 2 5 1 1 35 6 2 0 1 2 0.70 1.68 71 G -2 0 3 2 -4 0 1 2 3 0 -4 -1 -3 -4 -1 -1 -3 -6 -1 1 3 5 14 10 0 4 9 17 7 5 1 3 1 1 3 4 1 0 2 12 0.31 1.89 72 L 2 -4 -4 -3 3 -4 -2 -4 -3 2 1 -4 0 -2 -5 0 1 -1 -2 3 16 1 0 2 5 1 3 1 0 12 13 1 2 1 0 7 9 1 2 23 0.41 1.91 73 Q -4 2 0 5 -4 0 3 -4 4 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -1 -1 -4 0 -3 1 10 4 27 0 4 21 1 11 1 2 1 1 2 0 5 3 0 3 2 0.68 1.92 74 A 1 -3 -6 -6 2 -5 -6 -5 -3 4 0 -5 0 -2 -4 -3 -1 -3 -5 5 11 1 0 0 4 0 0 0 1 22 8 0 2 1 1 1 4 0 0 43 0.94 1.90 75 T -3 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -5 2 2 2 -4 3 2 -6 -1 3 -3 -1 2 1 1 3 2 0 1 1 1 5 10 17 0 8 10 0 4 21 0 2 13 0.50 1.91 76 I -3 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -5 -6 6 -1 -6 -1 -2 -5 -4 0 -6 -3 5 1 0 0 0 1 0 0 1 0 51 3 0 1 1 0 1 6 0 1 33 1.35 1.90 77 H -5 -3 -2 -4 -6 -1 -1 -5 11 -6 -5 -3 -5 -5 -5 -3 -4 -6 -1 -5 0 1 1 0 0 1 3 0 91 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 1 2.94 1.85 78 V -1 -5 -5 -6 -2 0 -4 -6 -3 4 1 -4 4 -1 -1 -4 -1 -5 0 4 6 0 0 0 1 4 1 0 1 20 14 0 10 2 3 1 3 0 3 31 0.71 1.86 79 E -4 -3 1 6 -4 -2 5 -5 -2 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -7 -4 -5 0 1 5 44 1 1 43 0 1 0 2 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1.46 1.85 80 P -3 -5 -4 -4 -6 -5 -4 -5 -3 -5 -6 -4 -6 -7 9 -3 -3 -7 -5 -4 1 0 1 1 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 93 1 1 0 0 1 2.83 1.79 81 E 3 -2 -3 2 -3 1 5 -4 -1 -4 -3 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 -2 24 2 0 13 1 5 35 0 1 1 3 8 0 0 0 1 1 0 2 3 0.69 1.64 82 G -3 -5 4 -3 -6 -4 -4 7 -4 -7 -7 -4 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 0 0 24 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.84 1.43 K Lambda Standard Ungapped 0.1407 0.3219 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1816 0.3164 PSI Gapped 0.0556 0.2670