Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -7 -5 -4 -6 -6 -5 -2 -1 -5 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.98 1.79 2 F -1 -2 -5 -5 -3 -1 -3 -6 -3 3 1 1 3 -1 1 -2 -1 -6 0 3 5 2 0 0 0 3 2 0 1 17 13 10 7 3 7 2 4 0 4 20 0.40 1.90 3 E -2 1 -2 -2 -4 2 4 -5 -2 -4 -5 2 -3 -5 -5 3 2 -7 -4 -2 2 7 1 1 0 8 27 0 1 1 0 14 1 0 0 22 12 0 0 3 0.67 1.92 4 Q 0 4 -3 -4 -3 2 -1 -3 -2 -1 -3 5 -2 1 -5 -3 0 -4 -1 -3 7 23 1 1 1 9 4 2 1 5 2 29 1 7 0 1 6 0 2 2 0.63 1.92 5 E -3 0 0 1 -4 2 3 -5 -1 -3 -4 2 -4 -5 -2 1 4 -3 -5 -3 1 5 4 7 0 8 20 0 1 2 1 10 0 0 2 9 25 0 0 2 0.54 1.93 6 V -1 -6 -6 -7 -3 -6 -5 -6 -2 3 1 -5 0 3 -6 -5 -2 2 2 5 5 0 0 0 0 0 1 0 1 16 12 0 2 11 0 0 2 2 7 39 0.87 1.90 7 T -2 0 -2 -4 -2 -1 1 -5 -2 1 -2 2 -1 -4 -3 -2 5 -4 -4 3 2 5 2 1 1 3 9 0 1 9 3 10 1 0 1 2 32 0 0 18 0.54 1.91 8 I -4 -6 -7 -7 1 -6 -7 -7 -7 6 1 -6 0 -1 -4 -6 -3 -6 -3 5 1 0 0 0 3 0 0 0 0 40 10 0 1 2 1 0 0 0 1 42 1.33 1.92 9 T 0 1 1 -1 -1 1 -1 0 -1 1 -3 3 -2 -5 -1 0 2 -4 -5 0 9 6 6 3 1 6 3 9 1 7 3 14 1 0 4 7 11 0 0 7 0.18 1.94 10 A -1 -2 6 1 -2 -3 -3 -3 1 -1 0 -1 -1 -5 -3 2 -2 -3 -1 -3 6 2 39 8 1 0 1 2 3 3 10 3 1 0 2 13 2 0 2 2 0.66 1.93 11 P 0 1 -2 -1 -6 0 3 -3 -1 -2 -5 2 -2 -5 5 1 -2 -2 -4 -2 7 8 1 4 0 3 17 1 1 2 1 13 1 0 24 9 3 1 1 3 0.54 1.93 12 N -1 -1 2 -1 -2 1 0 -2 3 -2 1 0 1 -3 -4 0 1 0 -1 1 6 4 10 4 1 6 5 3 7 2 12 5 3 1 1 8 10 1 2 11 0.15 1.91 13 G -3 -4 -3 -2 -4 -4 -2 7 -5 -5 -7 -2 -6 -7 -4 -3 -4 -6 -6 -4 1 1 1 2 0 1 3 84 0 1 0 3 0 0 1 1 1 0 0 1 1.83 1.89 14 L -3 -5 -5 -7 -5 -5 -5 -6 -4 3 6 -4 2 1 -6 -5 -3 -3 -4 -1 2 1 0 0 0 0 1 1 1 13 65 1 5 5 0 1 1 0 0 3 1.16 1.92 15 D -4 -2 -1 0 -4 0 -1 -5 11 -5 -5 -2 -3 -3 -5 -3 -4 -6 0 -5 1 1 2 5 0 4 3 0 74 1 1 1 0 1 0 1 1 0 2 1 2.26 1.89 16 T 6 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -2 -4 -2 -1 -4 -1 -4 -3 -1 0 -6 -5 0 69 1 1 1 0 1 1 2 0 2 6 1 2 1 1 2 4 0 0 6 1.08 1.94 17 R -3 8 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -1 -4 -4 -1 -3 -6 -6 -3 -3 -6 -4 -5 1 85 1 1 0 1 1 1 1 1 1 2 0 0 0 1 1 0 1 1 1.99 1.94 18 P 1 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -2 -3 -5 -4 -3 -5 8 -3 -3 -7 -4 -2 13 0 1 1 0 1 2 1 1 1 1 1 1 1 69 1 1 0 0 3 1.82 1.93 19 A 6 -5 -5 -4 0 -3 -4 -2 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -4 1 -1 -6 -5 -1 68 0 0 1 2 1 0 2 0 3 2 0 0 0 0 9 2 0 0 4 1.10 1.92 20 A 5 -4 -2 -4 -3 -2 -4 1 -3 -3 -4 -1 0 -4 -5 2 2 -1 -3 -2 42 1 2 1 0 1 1 11 0 1 1 3 3 1 0 12 11 1 1 2 0.59 1.99 21 Q -1 1 -2 -3 -3 1 0 -4 -1 0 2 3 3 -2 -4 -3 -1 -6 -3 1 6 7 2 1 0 6 7 1 2 6 17 18 7 1 1 2 3 0 1 8 0.22 1.98 22 F -4 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -7 -6 3 4 -6 0 6 -6 -4 -4 2 -1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 14 38 0 1 27 0 1 1 3 1 7 0.98 1.96 23 V 2 -2 -4 -6 2 -4 -3 -4 -3 0 -3 -3 -1 -2 -5 -1 -1 -6 -3 6 19 2 1 0 4 1 2 1 1 4 1 1 2 1 0 5 4 0 1 45 0.73 2.05 24 K 0 1 1 0 -3 5 2 -2 0 -4 -5 3 -2 -4 -5 -1 -1 -6 -3 -4 8 7 7 4 1 22 12 3 2 1 1 19 1 1 0 4 3 0 1 1 0.49 2.08 25 E 3 -2 -3 -4 2 -2 1 -4 -2 0 2 1 0 -1 -5 -2 2 -6 -3 0 20 2 1 1 3 2 9 1 1 5 16 8 3 2 0 2 12 0 1 6 0.22 2.10 26 A 5 -4 -3 -6 3 -3 -5 -3 -6 0 -1 -5 0 -2 -3 -1 -2 -6 -3 2 51 1 1 0 5 1 0 1 0 4 6 0 2 2 1 3 2 0 1 14 0.76 2.11 27 K 1 0 2 -2 -1 1 -1 1 -1 -3 -4 3 0 -3 -5 2 -1 -6 -3 -3 12 6 9 3 1 7 4 10 1 1 2 14 2 1 0 15 4 0 1 2 0.24 2.18 28 G 1 1 0 1 -1 2 2 0 -1 -3 -4 3 -1 -3 -2 -1 -1 -6 -2 -3 10 8 4 7 1 7 11 8 2 1 2 17 1 1 2 5 4 0 1 2 0.20 2.13 29 F -1 -3 -3 -3 0 -1 -3 -4 0 -2 -1 -3 -1 6 -3 -1 -1 1 5 -3 5 2 2 1 2 3 2 1 3 2 5 2 1 34 1 6 3 2 17 2 0.74 2.13 30 T -1 -1 1 3 -1 1 1 2 -1 -3 -4 2 -1 -3 1 0 -1 -6 -5 -3 6 3 6 15 1 5 8 14 2 2 2 10 1 1 8 6 4 0 0 2 0.22 2.13 31 S -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 32 E -2 1 0 4 -2 1 3 -4 0 -4 -4 1 -3 -4 -1 0 1 -6 -4 -3 4 8 4 19 1 6 19 1 2 1 1 9 1 1 3 8 7 0 1 2 0.39 1.99 33 I -2 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -5 -6 6 0 -6 -1 -1 -6 -3 -2 -6 -2 5 3 0 0 0 1 0 0 1 0 43 5 0 1 2 0 2 1 0 2 34 1.15 2.01 34 T -3 2 -1 -2 -1 0 0 -4 1 -1 -2 1 0 1 -4 -1 4 3 1 -2 2 11 3 2 2 5 6 1 3 3 5 7 2 6 1 5 23 4 4 2 0.29 2.08 35 V -3 -3 -3 -7 -1 -6 -6 -7 -6 4 3 -4 1 1 -6 -6 -3 1 -2 4 2 1 1 0 1 0 0 0 0 24 25 1 2 6 0 0 1 2 1 27 0.83 2.07 36 T 0 2 -1 -2 -1 0 2 -1 2 -1 -3 1 -1 -2 -5 1 1 0 0 -1 8 9 3 2 2 3 14 5 5 5 3 8 1 2 0 9 10 1 3 5 0.15 2.10 37 S 0 3 2 -2 1 -1 -2 -3 2 -3 -2 4 -1 0 -3 0 -1 0 2 -2 7 12 10 2 3 2 2 2 4 2 3 22 2 4 1 6 3 1 6 3 0.31 2.10 38 N -2 -1 2 4 1 0 1 3 0 -3 -3 0 -1 -2 -2 -1 -2 -6 -1 -3 4 3 8 19 3 4 8 21 3 2 3 5 2 2 3 4 3 0 3 2 0.34 2.06 39 G -2 -1 0 1 1 0 0 4 2 -2 -3 -1 0 -1 -1 -1 -1 -6 -1 -2 4 4 5 9 3 4 6 27 5 3 3 4 3 3 4 5 4 0 3 3 0.27 2.07 40 K -1 1 1 -1 1 1 0 -1 1 -2 -3 3 2 -1 -1 0 -1 3 1 -2 6 8 6 4 3 6 7 5 4 3 3 15 5 2 3 6 4 3 4 3 0.15 2.11 41 S -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 42 A -1 0 -4 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.04 2.01 43 S -1 0 1 0 3 1 0 -1 -5 0 -1 0 2 1 0 0 0 -6 -5 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 0.04 1.89 44 A 3 -5 0 -1 2 -4 0 2 -5 -1 -1 -4 2 -5 0 -1 -1 -6 -5 -1 28 0 4 4 5 0 6 16 0 4 6 0 5 0 5 4 4 0 0 4 0.32 1.67 45 K -1 1 0 2 0 -1 -1 -2 0 0 -3 4 -1 -5 -5 -1 1 -6 -5 -2 6 7 5 10 2 2 3 3 3 7 2 27 2 0 0 5 8 0 0 2 0.30 1.71 46 S -1 -1 1 -2 -4 -1 -2 -2 -1 -3 -5 -1 -1 -2 -4 6 -1 -5 -2 -5 2 3 5 2 0 2 2 3 2 2 0 4 2 2 0 60 2 0 2 0 0.83 1.70 47 L -2 -5 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -5 5 2 -3 3 -2 -1 -3 -1 0 -1 2 2 0 0 0 0 1 0 1 0 30 21 1 8 1 4 2 3 1 2 14 0.59 1.65 48 F -3 -3 -1 -3 -5 -5 -5 -3 -5 2 3 -5 7 2 -6 -2 -1 0 -2 0 2 1 4 2 0 0 0 2 0 9 27 0 25 7 0 4 3 1 1 6 0.64 1.70 49 K 2 0 1 -1 -2 1 0 3 -2 -4 -4 0 2 -4 -3 1 -3 -6 -3 -5 17 4 6 3 1 6 7 23 1 1 1 6 5 1 1 9 1 0 1 0 0.31 1.75 50 L 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 4 2 -4 -3 1 6 -2 1 11 1 0 1 0 0 1 1 0 11 11 1 10 10 1 1 11 10 0 11 0.35 0.90 51 Q -2 -4 -2 -5 -4 -1 -2 -3 0 2 2 -2 7 0 -5 -2 -1 -4 -1 -1 4 0 2 0 0 3 2 3 2 11 18 2 30 4 0 3 3 0 2 3 0.56 1.47 52 T 2 -2 -1 -2 0 -1 -2 1 0 -2 -2 0 2 -2 -5 2 2 -6 -5 -2 15 2 2 2 2 2 2 11 2 2 4 7 6 2 0 16 13 0 0 2 0.19 1.56 53 L -1 -5 -5 -6 -1 -3 -4 -1 -5 -1 5 -3 2 -1 -3 -3 -1 -5 -2 -2 4 0 0 0 1 1 1 4 0 2 60 2 4 2 1 2 4 0 1 2 0.74 1.69 54 G 1 -1 2 0 1 -1 0 4 -1 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -1 -2 -6 -2 -3 12 4 8 6 4 3 6 31 2 2 2 4 1 1 2 3 2 0 2 2 0.32 1.70 55 L 2 -4 -3 -6 0 -3 -4 -1 -2 3 2 -5 1 -1 -2 -2 -1 -6 -3 2 18 1 1 0 2 1 1 5 1 16 18 0 3 3 2 2 4 0 1 15 0.31 1.76 56 T 1 2 -1 -3 -1 0 -1 0 0 -2 -2 3 -2 -2 0 1 0 -2 -2 -2 11 11 2 2 1 3 4 6 2 3 4 19 1 2 5 9 5 1 1 3 0.15 1.81 57 Q -1 0 0 -2 3 3 -1 -3 2 -4 -3 3 -1 0 -1 -1 -2 -2 0 -2 6 5 4 2 6 14 4 2 5 1 2 20 1 4 3 5 2 1 4 4 0.26 1.88 58 G -2 -3 1 -1 -6 -2 -3 7 -1 -7 -5 -3 -6 -4 -4 -3 -4 -6 -3 -6 2 1 7 3 0 1 2 70 1 0 1 2 0 1 1 1 1 0 1 0 1.36 1.85 59 T 0 -3 -2 4 1 1 2 -3 1 -4 -5 -2 -1 -3 -5 1 3 -6 -2 -3 8 1 1 23 3 5 12 2 4 1 1 2 2 1 0 10 15 0 1 2 0.41 1.90 60 V -2 1 -2 -1 -1 1 4 -4 0 -2 -4 1 -1 -4 -1 0 2 -2 -3 0 3 7 2 3 1 5 28 1 2 2 2 7 1 1 4 6 11 1 1 8 0.31 1.94 61 V -3 -6 -6 -7 1 -6 -6 -7 -6 5 3 -6 0 0 -6 -5 -4 -5 -1 4 2 0 0 0 3 0 0 0 0 32 21 0 1 4 0 0 0 0 2 28 0.94 1.84 62 T -3 1 -2 -2 -2 0 3 -5 0 -1 -2 0 -2 -3 -5 -2 5 -3 -1 0 1 9 2 2 1 4 18 1 3 3 4 5 1 1 0 2 29 0 2 6 0.42 1.88 63 I -3 -6 -7 -7 -2 -6 -6 -7 -6 5 3 -6 0 2 -6 -6 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 31 26 0 1 8 0 0 1 0 0 25 0.97 1.82 64 S -2 2 -2 -3 -1 0 1 -5 2 1 -2 -1 -1 -3 -5 1 2 -1 -1 1 3 10 2 1 1 4 11 0 4 9 4 4 2 1 0 12 13 1 2 10 0.18 1.84 65 A 5 -5 -4 -5 4 -5 -5 -3 -5 1 -3 -5 -2 0 -4 -2 1 -6 -3 2 47 0 0 0 8 0 0 1 0 9 1 0 1 4 0 2 7 0 0 12 0.75 1.80 66 E -2 -1 0 4 -3 0 4 -4 1 -4 -5 0 -4 -5 -4 1 0 -3 -3 -3 2 3 4 23 1 4 29 1 4 1 1 4 0 0 0 10 6 0 1 2 0.64 1.82 67 G -3 -5 -2 -3 -4 -5 -4 8 -3 -7 -7 -4 -6 -5 -3 -3 -3 -6 -5 -5 1 0 1 1 0 0 1 88 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1.98 1.81 68 E 1 -1 -1 2 -4 -1 4 -3 -1 -3 -5 0 -3 -5 4 1 -1 -4 -4 -2 10 3 2 10 0 2 23 1 1 2 1 4 1 0 22 11 3 0 1 2 0.57 1.84 69 D -4 -3 0 8 -5 2 1 -1 -3 -4 -6 -3 -4 -6 -4 -3 -3 -7 -6 -6 1 1 3 70 0 7 7 4 1 1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1.58 1.84 70 E 5 -3 -3 -1 -2 -2 6 -2 -3 -6 -5 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -4 -5 -4 41 1 1 3 1 1 43 3 0 0 1 1 0 0 0 3 1 0 0 1 1.11 1.83 71 Q 1 -1 -1 2 -4 3 5 -3 -1 -2 -4 1 -3 -5 -3 -1 -1 -6 -4 -2 10 3 3 11 0 13 33 2 1 3 2 7 0 0 1 3 4 0 0 3 0.57 1.86 72 K 2 -1 -2 1 -6 3 5 -4 -2 -3 -3 1 -3 -5 -3 -2 -2 -6 -4 -3 20 3 2 7 0 12 35 1 1 1 3 7 1 0 1 3 2 0 0 2 0.66 1.86 73 A 7 -5 -4 -4 0 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -2 -5 -2 -2 -6 -4 0 77 0 0 1 2 0 0 1 0 1 4 0 1 2 0 1 2 0 0 6 1.31 1.86 74 V -1 -4 -5 -7 0 -4 -4 -5 -3 3 4 -2 4 -1 -5 -3 -4 -4 -2 3 6 1 0 0 2 0 1 1 1 15 37 2 9 2 0 1 1 0 1 19 0.73 1.88 75 E 1 0 1 4 -4 2 4 -3 -2 -4 -4 1 -4 -5 -3 -1 -1 -7 -4 -4 13 4 7 24 0 8 23 1 1 1 1 7 0 0 1 4 3 0 1 1 0.60 1.88 76 H 5 -1 -3 -2 -2 0 2 -1 0 -4 -4 1 -3 -4 -5 0 0 -4 -3 -1 42 4 1 3 1 3 14 4 2 0 1 7 0 1 0 6 6 0 1 4 0.57 1.89 77 L -3 -6 -7 -7 -3 -6 -5 -7 -6 4 5 -6 3 0 -6 -6 -4 -5 -3 1 2 0 0 0 0 0 1 0 0 25 52 0 6 4 0 0 0 0 1 9 1.15 1.86 78 V 2 -1 -3 -2 1 0 2 -1 -3 0 -2 1 -2 -4 -5 0 1 -6 -4 2 16 3 1 2 3 4 15 4 0 6 4 8 1 0 0 7 8 0 0 16 0.26 1.87 79 K 2 1 0 2 -4 2 4 -1 -1 -4 -5 2 -4 -6 -3 0 -1 -7 -4 -4 20 6 4 11 0 8 23 4 1 1 1 10 0 0 1 5 4 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