Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 0 -1 -1 -4 8 1 -3 -1 -4 -3 0 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.31 0.38 2 Q -3 4 -2 -3 -5 4 0 -4 1 -4 -1 4 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -1 0 25 0 0 0 23 3 0 3 0 7 35 0 0 0 0 0 0 0 4 0.77 0.73 3 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 1 -1 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 38 0 2 1 0 0 0 0 0 17 1.02 0.91 4 N -4 -3 8 1 -5 -2 -2 -3 0 -6 -6 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 95 4 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.92 0.93 5 I -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 1 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -3 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 37 8 0 0 0 0 0 0 0 0 53 1.14 0.93 6 N -4 -3 8 0 -5 -2 -1 -3 -1 -6 -6 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 96 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.95 0.93 7 T -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 0 -2 -3 0 7 -5 -4 -2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 1 0 1 93 0 0 0 1.51 0.93 8 L -1 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 17 66 0 3 0 0 0 0 0 0 10 1.01 0.93 9 D 0 1 -2 1 -4 0 0 -3 -3 -2 0 1 -1 -4 0 1 4 -5 -4 -3 7 9 1 9 0 4 6 1 0 1 9 10 1 0 5 12 25 0 0 1 0.31 0.93 10 V 1 -2 -3 -2 -4 0 3 -4 -3 0 -2 -2 -2 -5 5 -2 -1 -5 -4 0 12 1 1 1 0 3 25 0 0 5 3 1 1 0 33 1 4 0 0 9 0.72 0.92 11 T 0 -1 -1 4 -5 2 5 -2 -3 -5 -5 0 -4 -3 -3 0 -2 -2 -4 -3 7 2 2 20 0 7 43 2 0 0 0 5 0 2 0 8 1 1 0 1 0.72 0.91 12 Q -3 0 1 2 -5 7 1 -4 1 -5 -4 0 -3 -5 -3 -1 -1 -4 -2 -4 0 4 5 13 0 61 4 0 3 0 0 4 0 0 0 2 3 0 1 0 1.10 0.91 13 S 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -2 -2 -2 -3 -4 0 0 -2 -1 -4 -2 79 0 0 0 0 0 0 3 0 2 4 1 0 0 4 5 0 1 0 1 1.02 0.92 14 V 2 -3 -3 -3 -4 -2 0 -4 -2 -1 -1 -1 -1 -3 6 -2 -2 -5 -4 1 19 0 1 1 0 1 7 0 1 2 7 3 1 1 43 0 1 0 0 10 0.87 0.93 15 I -3 -4 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 0 -2 -5 -3 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 10 74 0 0 0 0 1 0 0 0 12 1.09 0.93 16 L -4 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 1 1 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 86 0 1 4 0 0 0 0 0 3 1.27 0.93 17 E 4 -1 -3 -3 -3 0 1 -2 -1 -2 -3 -3 0 -4 -3 2 -1 -5 0 2 37 3 0 0 0 3 8 1 1 0 0 0 2 0 0 19 2 0 3 20 0.50 0.93 18 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 1 -4 -2 -2 -3 4 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -2 72 0 0 0 0 0 0 9 0 1 1 0 13 0 0 2 1 0 0 1 1.01 0.93 19 L -2 -3 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 5 -4 5 -2 -5 -4 -3 -1 -2 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 7 73 0 13 0 0 0 0 1 1 2 1.10 0.93 20 F -1 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -4 -3 1 1 -4 0 7 -5 -1 0 -2 3 -1 5 0 0 3 0 0 1 1 0 8 14 0 1 48 0 4 6 0 7 2 0.84 0.93 21 D -2 -1 1 5 -5 3 1 -1 -3 -5 -4 -2 0 -5 2 0 -2 -6 -5 -5 3 3 5 41 0 16 8 4 0 0 1 1 3 0 11 5 1 0 0 0 0.77 0.93 22 A 6 -4 -4 -4 -3 -2 -3 0 -4 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -1 -1 -5 -4 -2 87 0 0 0 0 1 0 4 0 0 1 0 0 2 0 1 2 0 0 1 1.18 0.93 23 R -1 4 -3 -3 -5 4 2 -4 -1 -2 -1 3 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -3 -1 4 20 0 0 0 20 16 0 1 2 5 19 1 0 0 4 2 0 0 4 0.54 0.93 24 A 2 3 0 0 -4 3 0 -2 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 2 0 -5 -4 -1 17 15 5 6 0 18 3 2 0 0 1 8 0 0 0 14 5 0 0 5 0.38 0.93 25 L -2 -5 -5 -6 -3 -3 -5 -3 -5 3 4 -5 1 -2 -5 -4 -3 -4 -2 3 3 0 0 0 0 1 0 3 0 20 47 0 3 1 0 0 0 0 1 23 0.81 0.93 26 L -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 49 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1.14 0.93 27 Q 2 1 1 0 -4 3 2 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -4 1 -1 -5 -4 -3 20 7 7 5 0 17 16 2 0 2 7 2 0 2 0 8 3 0 0 1 0.31 0.93 28 Q 2 1 3 2 -4 4 1 -1 -3 -5 -4 0 -3 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 21 7 13 11 0 22 6 4 0 0 0 5 0 0 0 10 0 0 0 0 0.52 0.93 29 R -2 8 -3 -4 -6 -1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -4 3 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 1.82 0.93 30 P -2 -2 -1 -2 -5 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -2 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -5 1 2 3 2 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 88 1 0 0 0 0 2.31 0.93 31 A 3 1 -3 0 -4 0 2 -2 0 -2 -2 -1 -2 1 2 -1 -1 -4 -1 -1 24 8 0 4 0 3 16 2 3 2 4 3 0 8 9 4 2 0 2 5 0.24 0.93 32 K 1 -2 0 4 -4 1 2 1 -1 -5 -4 1 -2 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 10 1 3 26 0 5 15 9 1 0 1 7 1 0 0 12 8 0 0 1 0.47 0.93 33 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1.96 0.93 34 W -5 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -3 4 -6 -5 -4 11 5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 64 21 0 2.65 0.93 35 E 1 0 0 3 -4 1 2 0 0 -4 -3 1 -4 -5 -1 1 -1 -5 -4 -3 15 5 5 17 0 5 15 7 3 0 3 8 0 0 3 9 3 0 0 2 0.32 0.93 36 D -2 -2 3 3 -4 -2 -1 -2 -3 -5 -5 1 -4 -5 -3 5 2 -5 -4 -4 0 1 12 19 0 0 1 2 0 0 0 7 0 0 0 47 10 0 0 0 0.78 0.93 37 V -1 -2 -3 -5 -3 -4 -4 -4 -5 2 1 -1 1 -3 -2 -2 1 -5 -4 5 5 2 1 0 0 0 0 1 0 12 12 4 3 0 2 2 10 0 0 46 0.60 0.94 38 D 2 -2 1 5 -5 1 3 -2 -3 -4 -4 -1 -4 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -2 19 1 8 30 0 7 21 2 0 0 0 2 0 0 2 2 3 0 0 3 0.62 0.97 39 Q 3 -2 -1 4 -4 2 3 -3 -3 -4 -5 -2 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -2 24 1 1 26 0 10 21 1 0 0 0 1 1 0 1 6 6 0 0 3 0.62 0.97 40 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -4 -2 -1 -4 0 8 -4 -4 -4 -1 1 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 3 1 2 87 1 0 0 0 1 4 1.82 0.96 41 L -4 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -4 1 3 -3 4 2 -5 -3 -2 9 0 -1 0 2 0 0 0 1 1 0 0 7 36 1 10 7 0 1 3 27 2 2 1.07 0.96 42 A 4 0 1 0 -4 2 1 -2 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 2 0 -4 -1 -3 33 5 7 5 0 10 9 2 0 0 1 5 1 0 0 15 4 0 2 1 0.41 0.95 43 Q -1 -2 2 0 -4 4 4 -3 1 -3 1 -1 0 -4 -2 0 0 -5 -4 -2 3 1 9 3 0 22 25 1 3 1 15 1 2 0 2 6 4 0 0 2 0.45 0.97 44 P -1 -2 -2 -1 -4 0 0 -1 -4 -4 -2 -2 -4 -5 7 2 -2 -5 -4 -2 5 2 1 3 0 4 5 5 0 0 3 1 0 0 49 17 1 0 0 4 1.01 0.96 45 L 4 -3 -2 -1 -3 1 1 -3 0 -1 0 -1 0 -2 -2 1 -1 -5 -3 0 36 0 1 4 0 8 8 1 2 3 12 2 2 1 1 9 3 0 1 5 0.32 0.99 46 L -3 -4 -3 -5 -4 -2 -5 -5 -5 4 4 -4 1 3 -4 -3 -3 -4 -2 1 1 0 2 0 0 2 0 0 0 23 46 1 2 15 1 1 1 0 0 6 0.79 1.00 47 A 3 -1 -1 -2 -4 3 0 -2 -3 -4 -4 2 -2 -5 0 2 1 -5 -4 -1 27 3 3 1 0 15 4 2 0 0 1 14 1 0 4 13 8 0 0 4 0.42 1.00 48 D 1 1 0 0 -4 1 -1 4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -1 1 -1 -5 -4 -4 14 7 4 6 0 6 3 39 0 0 0 3 0 0 3 10 3 0 0 1 0.56 0.98 49 V -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 4 3 -3 1 0 -4 -3 0 -4 -3 3 2 1 1 1 0 1 0 1 0 25 32 1 3 3 0 1 5 0 0 21 0.61 0.96 50 D 0 -2 2 4 -4 0 1 -2 0 -4 -3 1 -3 -4 -1 2 0 -4 -3 -3 8 1 11 25 0 4 9 2 2 1 2 10 0 0 3 16 4 0 0 1 0.42 0.90 51 E 0 -3 0 2 -4 2 3 -2 -3 -2 -2 -1 -1 -4 3 1 1 -4 -4 -1 7 1 3 12 0 8 20 3 0 2 4 3 2 0 14 9 9 0 0 3 0.33 0.91 52 R 1 -1 1 3 -4 0 3 -2 -3 -3 -4 1 -3 -4 -1 1 1 -4 -1 -3 14 3 6 15 0 2 23 2 0 1 1 7 0 0 2 12 8 0 2 2 0.38 0.95 53 T 2 -3 -4 -2 -3 -1 -1 -1 -4 2 1 -2 0 -3 -4 0 1 -5 -4 3 21 1 0 2 0 3 3 4 0 13 11 2 2 1 0 5 8 0 0 22 0.32 1.00 54 K 0 4 -3 0 -4 1 -2 -2 -3 -2 -2 3 -1 -1 -1 0 -1 -1 -4 0 8 22 0 5 0 5 1 3 0 2 4 23 1 3 3 8 3 1 0 8 0.35 1.00 55 K 2 2 1 1 -4 2 1 -1 -3 -5 -5 4 -4 -5 -2 0 -2 -5 -4 -4 18 13 8 6 0 9 10 4 0 0 0 23 0 0 2 6 2 0 0 0 0.48 1.01 56 Q -2 1 1 1 -5 5 2 -1 -2 -5 -4 2 -3 -5 1 -2 -1 -5 -2 -4 1 7 7 6 0 32 15 5 0 0 1 14 0 0 6 2 3 0 1 0 0.63 0.99 57 L 3 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -3 -4 1 2 -2 -2 -3 -4 -2 -1 3 -3 3 32 1 0 0 0 3 1 1 0 7 18 2 0 0 0 2 4 4 0 26 0.49 0.99 58 K -1 2 -2 -3 -5 3 -1 -3 -3 -3 -1 6 -1 -3 -3 -1 -1 -5 -4 -4 4 7 0 0 0 16 2 1 0 1 8 49 2 1 0 4 2 0 0 0 0.74 0.97 59 T 2 -1 0 1 -4 2 -1 2 -3 -3 -3 0 -3 -5 0 2 2 -5 -4 -3 17 3 3 8 0 9 3 13 0 1 1 6 0 0 5 13 16 0 0 0 0.33 0.96 60 V -1 -3 -4 -4 -4 1 -3 -4 2 0 0 -2 1 3 -4 -1 -1 1 5 3 6 0 0 0 0 8 0 0 6 3 8 1 4 10 0 5 3 1 24 21 0.51 0.96 61 L -4 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 0 1 5 -2 1 3 -5 -3 -3 -3 -2 -1 0 0 2 0 0 0 0 0 2 4 72 3 1 12 0 1 0 0 0 1 0.97 0.94 62 S 2 -2 -1 1 -3 -2 -3 1 -4 -3 -4 -1 -3 -5 -3 3 3 -5 -4 1 17 1 1 7 0 1 0 10 0 0 0 3 0 0 0 28 22 0 0 10 0.50 0.97 63 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -5 -2 -1 -5 -3 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 2 3 0 0 80 1.24 0.92 64 D -3 -3 3 7 -5 -2 1 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 13 83 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.55 0.66 K Lambda Standard Ungapped 0.1324 0.3175 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1870 0.3192 PSI Gapped 0.0572 0.2670