Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 4 3 -4 6 1 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 30 0 24 4 0 0 0 0 0 13 0.83 0.69 2 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 3 -1 -5 -4 -2 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 1 0 0 2 1.21 1.06 3 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 5 4 -5 0 0 -5 -5 -3 -4 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 30 47 0 1 3 0 0 0 0 5 14 0.97 1.10 4 G -1 -5 -3 -2 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -4 3 0 0 2 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1.94 1.12 5 M -2 -5 -5 -6 -1 -4 -5 -5 -5 3 3 -4 6 2 -5 -3 -3 0 -2 1 4 0 0 0 1 0 0 1 0 16 31 0 24 10 0 2 1 1 1 8 0.79 1.15 6 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 0 -1 -5 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 43 21 0 1 2 0 0 0 0 0 31 1.10 1.15 7 E -3 -3 -3 0 -3 0 7 -5 -3 -6 -5 -1 -4 -6 -4 -1 -3 -5 -5 -5 0 0 0 2 1 2 90 0 0 0 0 1 0 0 0 3 1 0 0 0 1.70 1.14 8 T -2 -4 -4 -4 0 -2 -4 -5 -4 0 0 -4 -1 2 -4 -1 6 -4 0 2 2 0 0 0 2 1 0 0 0 5 10 0 1 9 0 2 47 0 2 17 0.74 1.14 9 R -2 4 2 -2 -3 0 -2 -4 0 0 0 3 -2 1 -2 -1 0 -1 -1 -1 2 20 10 2 1 3 1 0 2 5 8 20 0 5 1 5 6 1 2 3 0.33 1.15 10 G -2 -3 -1 -3 -5 -2 -3 6 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 4 -1 -5 -2 -5 1 1 1 1 0 1 1 60 0 0 0 1 0 0 0 29 2 0 2 0 1.22 1.15 11 F -3 -5 -4 -5 -4 -5 -4 -6 -2 4 3 -4 2 4 -5 -3 -3 -1 3 1 1 0 1 1 0 0 1 0 1 20 33 1 4 18 0 2 1 0 9 8 0.72 1.13 12 P 3 -4 -4 -4 0 -4 -4 -2 -5 0 -1 -4 -3 -4 3 2 2 -5 -4 3 22 0 0 0 2 0 0 2 0 5 5 0 0 0 16 14 11 0 0 23 0.53 1.10 13 A 4 0 -1 -4 -1 -2 -2 1 -2 -3 -3 1 -2 -3 1 1 0 -2 -2 -2 36 6 3 0 1 1 2 12 1 1 2 9 1 1 7 9 6 1 1 3 0.37 1.10 14 V 4 -4 -3 -4 0 -3 -4 3 -4 0 0 -4 -1 -4 -4 0 -2 -5 -4 1 41 0 1 0 2 1 0 24 0 4 9 0 2 0 0 5 1 0 0 10 0.60 1.04 15 V -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 2 1 -5 -2 -2 -4 0 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 43 12 0 5 4 0 3 1 0 4 26 0.88 1.04 16 E 1 -2 -2 0 -2 0 5 0 -1 -3 -2 -1 0 -2 -4 0 -1 -5 0 -1 12 1 2 3 1 3 43 7 1 1 4 2 3 2 0 5 2 0 4 5 0.48 1.04 17 A 5 -4 -4 -4 1 -3 -4 0 -4 1 -1 -3 1 -4 -4 -1 1 -5 -4 2 54 0 0 0 2 0 0 5 0 10 3 0 3 0 0 3 8 0 0 12 0.66 0.95 18 A 5 -4 -4 -4 1 -3 -3 -1 -4 0 0 -3 0 -4 -4 1 0 -5 -4 0 57 0 0 0 3 0 0 2 0 5 11 0 2 0 0 11 6 0 0 4 0.69 0.95 19 D -4 -4 2 8 -6 -2 0 -4 4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -6 0 0 8 79 0 0 4 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.67 0.97 20 S 4 -2 -2 -2 -1 0 -1 -3 0 -1 0 -2 0 -2 -4 -1 2 -5 -2 1 39 2 1 1 1 4 5 1 3 3 11 2 2 1 0 3 12 0 1 8 0.35 0.97 21 M 1 -4 -4 -5 0 -3 -4 -2 -4 0 1 -4 9 -1 -5 -2 -1 -4 -3 0 12 0 0 0 2 0 0 3 0 4 8 0 62 2 0 2 2 0 0 3 1.14 0.91 22 V -1 -4 -2 -5 2 -4 -3 -3 -5 1 3 -2 1 -1 -5 -2 -1 -4 -3 4 3 0 2 0 5 0 2 2 0 3 34 2 3 2 0 2 3 0 0 38 0.58 0.89 23 K -3 2 1 2 -5 -1 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 6 6 11 0 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.89 24 A 5 -1 -1 -3 0 -2 -2 -1 0 -2 -4 2 0 -4 -3 1 1 -5 -4 -1 51 2 2 0 2 0 2 3 2 2 0 13 3 0 0 7 9 0 0 3 0.57 0.89 25 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 -3 -3 -3 -3 2 -3 2 0 -4 -3 -1 58 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 11 0 13 6 0 0 4 0.75 0.89 26 R -1 0 5 4 -5 0 0 -1 0 -6 -3 -1 -5 -2 1 1 -1 -6 -1 -5 4 4 30 19 0 3 5 4 2 0 2 2 0 2 7 9 2 0 2 0 0.59 1.37 27 V 0 -5 -5 -6 3 -5 -5 -5 -6 2 0 -5 3 -4 -5 0 0 -6 -4 6 6 0 0 0 6 0 0 0 0 9 6 0 7 0 0 7 6 0 0 53 0.89 1.33 28 T 1 0 -1 -1 1 1 3 -2 1 -1 -1 1 2 -4 -5 -1 0 2 0 0 10 5 3 3 3 7 18 3 3 3 6 7 6 0 0 3 7 3 3 6 0.19 1.33 29 L -5 -6 -7 -7 2 -6 -6 -7 -6 4 5 -6 2 2 -1 -6 -4 -5 0 1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 18 50 0 4 7 4 0 0 0 4 10 1.00 1.69 30 V -1 -2 -2 -5 -1 -1 0 -4 0 3 2 -2 1 -2 -3 -3 -1 0 -1 4 4 2 3 0 1 2 7 1 2 16 15 2 3 2 2 2 4 1 2 29 0.41 1.67 31 G -1 -1 0 0 -1 -2 0 4 1 -3 -3 -1 0 0 -3 1 1 0 0 -2 5 3 4 4 2 2 5 29 3 2 2 3 3 4 1 12 10 1 3 3 0.31 1.69 32 Y 0 -1 -2 -5 1 1 -2 -5 0 1 0 1 2 2 -5 -1 -1 5 4 0 9 4 2 0 3 6 2 0 2 7 9 8 4 8 0 5 3 7 15 6 0.36 1.69 33 E -2 1 0 1 1 1 3 -1 2 -1 -2 0 1 -5 -5 -1 0 -6 0 0 4 6 5 8 3 6 21 4 5 4 3 6 3 0 0 5 6 0 3 8 0.25 1.89 34 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.08 2.00 35 I 1 -1 0 -2 1 -1 -5 -1 -5 3 0 -1 1 -5 -1 -1 0 -6 -5 3 13 3 6 2 2 2 0 5 0 16 7 5 3 0 3 5 6 0 0 23 0.32 1.74 36 G 0 1 1 0 3 1 0 0 3 0 -1 0 2 -5 -5 0 0 -6 -5 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 0 0 6 0.17 1.67 37 S -1 0 -1 -2 -1 -2 -4 4 -1 -1 -4 -2 -1 -3 3 2 -2 -6 -2 -3 5 4 3 2 1 2 0 31 2 4 2 2 2 1 15 19 2 0 1 1 0.54 1.67 38 G 1 -2 -1 -1 -5 -5 -5 6 -5 -5 -2 -1 -5 -6 -5 -2 -2 -6 -6 -1 9 2 3 4 0 0 0 62 0 0 4 3 0 0 0 3 2 0 0 4 1.09 1.69 39 R -1 0 0 0 -6 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -6 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.08 2.00 40 V -2 -3 -2 -6 5 -2 -3 -4 -1 1 -2 -5 1 3 -6 -2 -1 0 3 4 2 1 2 0 11 2 2 1 2 6 3 0 4 12 0 3 4 1 10 29 0.53 1.69 41 T -1 -5 -1 -5 0 -2 -3 -5 0 0 -1 -4 0 1 -5 0 5 -4 2 0 4 0 2 0 2 2 2 0 2 6 6 0 3 6 0 6 39 0 8 6 0.54 1.67 42 V 0 -5 -5 -6 0 -2 -5 -3 -5 4 -1 -5 1 -1 -5 -2 -1 -5 -4 5 6 0 0 0 2 2 0 2 0 23 5 0 3 3 0 2 4 0 0 40 0.73 1.65 43 I -1 -2 -1 -5 0 -1 -2 -5 -1 3 0 2 3 2 -5 -2 -1 -5 -1 3 5 2 3 0 2 2 2 0 2 14 9 11 7 8 0 3 4 0 2 17 0.24 1.64 44 V 1 -4 -4 -4 4 -3 -4 -4 -3 2 1 -4 4 3 -4 -3 -3 -3 3 1 11 1 0 1 10 0 1 1 0 11 11 1 10 10 1 1 1 0 10 11 0.34 0.90 45 R -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 46 G -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 -3 2 -3 -3 -3 -4 -3 2 -3 -4 -4 -3 1 1 1 1 0 1 1 59 0 13 2 1 0 1 1 14 1 0 1 1 1.00 1.06 47 D 1 -1 0 6 -4 0 1 -1 0 -4 -3 -1 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -1 -2 12 3 3 39 0 5 7 4 3 1 3 3 0 1 3 4 3 0 3 3 0.56 1.22 48 V -2 -2 -2 -4 0 -4 -3 0 -4 2 -1 -4 0 -3 -2 -2 0 -4 -1 5 3 2 2 0 2 0 2 9 0 11 4 0 2 0 2 2 5 0 2 49 0.63 1.35 49 S 3 -4 -3 -1 -4 -1 2 3 0 -5 -5 -3 -4 -5 -1 3 -1 2 -4 -4 24 0 0 3 0 2 12 21 2 0 0 0 0 0 3 19 2 3 0 0 0.47 1.35 50 E 4 -1 -1 2 -4 -1 2 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -2 0 -2 -5 -2 -1 39 4 3 10 0 2 14 5 0 0 0 0 0 0 1 7 1 0 1 6 0.44 1.38 51 V 0 -4 -4 -1 2 -4 -4 -5 -5 1 -2 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -5 -4 6 7 0 0 4 4 0 0 1 0 5 2 0 1 0 0 4 2 0 0 61 0.87 1.34 52 Q -1 0 1 0 -5 1 0 -1 3 0 -1 0 2 -4 -5 0 0 -5 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 0 6 6 0.07 1.78 53 A 3 0 -1 -1 0 -1 0 -4 -4 -1 -2 -3 2 -4 -1 1 0 -5 -1 1 27 5 2 4 2 3 7 0 0 3 2 0 4 0 3 10 6 0 3 12 0.21 1.46 54 S 5 0 0 -4 1 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -1 -4 -5 -4 2 -3 -5 -4 -3 54 5 4 0 3 0 0 4 0 0 1 4 0 0 0 15 0 0 0 0 0.75 1.42 55 V 1 -4 -4 -1 1 -2 -4 -5 -1 3 0 -2 3 -3 -4 -4 -1 -5 -1 4 11 0 0 3 2 2 0 0 2 16 6 2 7 0 0 0 4 0 2 33 0.46 1.42 56 S 2 0 1 3 -5 0 4 -3 -1 -3 -4 1 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -4 18 5 5 17 0 4 24 1 1 2 1 7 1 0 0 4 3 0 0 0 0.41 1.45 57 A 4 -2 -2 -3 1 -2 -2 -4 -2 0 -2 -2 -1 -3 -4 0 1 -5 0 2 39 2 2 1 3 1 3 0 1 5 3 2 1 1 0 6 7 0 3 13 0.37 1.45 58 G 2 -4 -3 0 -4 -4 -2 6 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -5 -3 17 0 0 6 0 0 3 57 0 2 1 0 0 0 0 3 0 0 0 2 0.99 1.42 59 I 3 0 -3 -3 -1 -2 -1 -3 -2 2 0 1 1 -4 -4 -1 -2 -2 -3 2 24 5 1 1 1 2 5 1 1 12 8 9 4 0 0 4 2 1 1 13 0.22 1.55 60 E -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0 5 5 0.05 2.01 61 A 4 -2 -1 -4 0 -1 1 -1 0 -1 -2 0 0 -1 -4 1 1 -5 -1 0 29 2 3 0 2 2 8 4 2 3 4 5 2 2 0 9 7 0 2 6 0.22 1.82 62 A 5 -5 -4 -2 3 -1 -2 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