Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -3 -4 -5 -3 2 -3 -5 -3 1 0 -3 8 1 -4 -3 -3 -3 -2 2 0 0 0 0 0 11 0 0 0 4 4 0 63 6 0 0 0 0 0 13 1.17 0.80 2 K -1 1 -2 -3 -5 0 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -5 3 4 1 0 0 1 1 0 0 0 0 84 0 0 0 5 1 0 0 0 1.44 1.05 3 K -2 1 -1 -1 -5 0 1 -3 -3 -2 -4 6 -4 -4 0 -2 -2 -5 -4 -3 2 6 3 2 0 2 10 1 0 3 1 61 0 0 5 2 2 0 0 1 0.94 1.09 4 V -2 -2 -4 -5 -1 -3 -4 -5 -5 4 1 -1 -1 -2 -4 -3 -2 -5 -1 5 2 2 1 0 1 1 1 0 0 29 9 4 1 1 0 2 1 0 2 44 0.80 1.11 5 V 1 -1 -2 -2 -4 0 -1 -3 -3 2 0 2 0 -3 -3 0 3 -5 -4 2 11 2 2 1 0 4 3 1 0 12 9 14 3 1 1 5 17 0 0 15 0.27 1.15 6 A 3 1 -1 -2 -2 0 -1 3 2 -3 -4 2 -4 -3 -3 0 0 -5 -2 -2 23 8 2 1 1 3 3 25 6 1 0 12 0 1 0 5 6 0 1 3 0.41 1.12 7 V -2 1 0 -4 -2 0 -1 -5 -3 2 -1 2 -1 -1 -4 -1 2 -2 2 3 2 7 4 0 1 3 3 0 0 13 4 12 1 3 0 3 15 0 7 20 0.30 1.10 8 V -1 -4 -5 -6 -1 -5 -5 -5 -5 5 2 -5 0 1 -3 -4 -3 1 -2 4 6 1 0 0 1 0 0 0 0 38 17 0 2 5 1 0 0 2 1 26 0.81 1.08 9 K -3 4 0 -2 -5 -1 0 -4 -3 -5 -4 6 -2 -2 -4 -2 1 -5 -3 -4 1 22 5 1 0 0 6 0 0 0 1 52 1 2 0 1 8 0 0 0 0.95 1.07 10 L -2 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 2 1 -5 -3 -1 -4 -3 2 3 0 0 2 1 0 0 0 0 9 58 0 5 5 0 1 4 0 0 11 0.82 1.06 11 Q -1 1 1 -2 -3 5 1 -4 -1 2 0 -1 1 -2 -4 -1 0 0 -1 -1 4 6 6 1 1 30 9 0 2 12 9 1 3 2 0 2 7 1 2 3 0.39 1.05 12 L -2 -5 -5 -6 -1 -3 -5 -6 -5 5 2 -5 0 1 -5 -4 -3 -4 -3 4 2 0 0 0 1 1 0 0 0 32 21 0 2 7 0 0 0 0 0 33 0.88 1.01 13 P -2 -1 -1 -2 -5 -1 3 -1 -3 -2 -1 1 0 -2 5 -1 -1 -2 -2 -3 3 3 2 2 0 2 22 5 0 2 7 7 2 2 33 3 4 0 1 1 0.63 1.03 14 A 5 -4 -3 -4 -1 -3 -3 3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -1 0 -2 -5 -4 -3 68 0 0 0 1 0 0 23 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 0 0 1.08 0.99 15 G -1 -3 -1 -3 -2 0 -4 7 -4 -6 -6 -3 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 3 1 2 0 1 5 0 84 0 0 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1.59 1.03 16 K 0 -1 2 -1 -5 4 0 -2 -3 -3 -3 4 1 -5 -1 0 -2 -5 -4 -2 7 1 12 1 0 17 5 3 0 1 1 35 4 0 2 6 1 0 0 3 0.56 1.04 17 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -1 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -1 92 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 2 1 0 0 0 2 1.37 1.04 18 T 0 0 3 -2 -4 -1 -2 -2 -3 -3 -4 3 -1 -5 -3 2 4 -5 -4 -2 7 5 14 1 0 1 0 1 0 1 0 22 1 0 0 16 28 0 0 2 0.57 1.02 19 P 0 -4 -4 -2 -4 -3 -3 -2 -4 -2 -3 -3 0 -5 8 -1 -1 -6 -5 -2 9 0 0 2 0 0 0 2 0 3 2 0 3 0 70 4 4 0 0 2 1.68 1.02 20 A 4 -2 -1 -3 -3 -1 -2 3 -3 -3 -4 -1 0 -4 -3 2 -1 -4 -4 -1 33 2 2 0 0 2 2 25 0 0 1 2 2 0 0 18 3 0 0 4 0.55 0.94 21 P 0 -3 -3 -3 -4 -1 -1 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 8 -1 -1 -4 -2 -2 6 1 1 1 0 3 3 1 0 1 1 2 0 1 70 3 3 0 1 2 1.64 0.88 22 P -1 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -3 0 -4 -5 7 -2 -2 -5 -4 -4 3 1 2 3 1 1 3 1 0 2 2 6 0 0 69 2 2 0 0 1 1.59 0.92 23 V -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 3 -4 1 0 -4 -4 -2 -4 -3 4 1 0 0 0 0 0 0 1 0 21 32 0 3 3 0 0 0 0 0 36 0.79 0.86 24 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -5 -5 6 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 5 0 0 0 7 3 0 0 0 1.44 0.92 25 P -2 -1 -4 -4 -5 1 -3 -4 -4 -4 -5 0 -1 -6 7 0 0 -6 -5 -2 2 4 0 0 0 8 0 0 0 0 0 5 2 0 63 5 7 0 0 3 1.52 1.11 26 A 5 -2 -2 -2 -4 1 1 -2 -4 -2 -3 -2 1 -5 -1 -1 0 -5 -4 0 49 1 1 2 0 6 10 2 0 2 1 2 4 0 3 3 7 0 0 6 0.55 1.11 27 L -4 -5 -6 -6 3 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 4 2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 9 63 0 10 7 0 0 0 0 0 6 1.03 1.04 28 G 1 0 -3 -4 -5 -3 0 5 2 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 2 4 -4 -5 9 6 0 0 0 0 6 46 6 0 0 0 0 0 0 8 12 6 0 0 0.86 1.28 29 Q 0 0 -3 0 3 1 0 0 3 -4 -1 0 2 1 1 0 0 -5 -4 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 0.15 1.67 30 H 0 3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 4 -1 1 1 0 0 -4 -2 1 1 3 -2 7 19 3 0 0 3 0 1 10 3 12 7 2 3 0 3 9 2 12 3 0.37 1.14 31 G -1 0 0 -3 1 0 -3 6 -4 -5 -4 -1 0 -5 1 -1 -3 2 -4 -4 3 6 4 0 3 4 0 55 0 0 1 4 3 0 8 3 0 3 0 0 0.90 1.14 32 A 1 -3 -2 2 -3 -2 -2 -3 -3 2 1 -3 4 -2 -3 -2 2 -3 -3 2 13 1 1 13 0 1 1 1 0 13 14 1 13 0 1 1 13 0 0 13 0.33 0.68 33 N -2 -1 7 1 -4 -1 -2 -1 -2 -2 -3 1 -3 -4 0 0 -2 -5 -4 -3 3 2 57 7 0 3 1 3 0 2 2 7 0 0 5 5 1 0 0 2 0.96 1.03 34 I 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -4 5 1 -4 4 -3 0 -1 -1 -4 -3 2 7 1 0 1 0 0 1 3 0 38 11 1 11 0 5 4 4 0 0 12 0.60 1.08 35 M 0 -1 -1 -3 -3 1 -1 0 -3 -1 -1 0 7 -1 1 -1 -1 -4 -3 0 8 3 3 1 0 6 3 9 0 3 3 7 32 3 7 3 3 0 0 5 0.49 1.12 36 E 1 0 0 1 -3 3 2 -1 1 -3 -1 0 1 0 -3 -1 -1 -4 -3 0 13 4 4 8 0 12 13 5 3 1 5 5 4 4 1 4 4 0 0 9 0.17 0.91 37 F -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 3 2 -3 0 4 -3 -2 -2 -2 0 3 2 1 1 1 0 1 1 1 0 21 22 1 0 21 1 1 1 0 1 21 0.40 0.36 38 V -1 -1 -1 -4 7 -3 -3 -4 -4 2 -1 0 1 -1 -4 -1 0 -4 -3 3 4 3 3 1 28 0 1 1 0 10 4 7 3 3 1 3 5 0 0 23 0.66 0.98 39 K 0 1 1 1 -4 1 0 0 -3 -3 -1 1 3 1 -4 0 0 -4 -4 0 7 7 7 7 0 7 7 7 0 0 7 7 7 7 0 7 7 0 0 7 0.15 1.45 40 A 1 1 -1 0 1 3 3 -2 -4 -1 -2 2 1 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -2 10 6 3 5 3 12 20 3 0 3 3 14 3 0 3 4 4 0 0 3 0.32 1.61 41 F -2 -5 -5 -6 1 -5 -5 -6 -3 4 -1 -5 -2 7 -6 -4 -4 -2 5 -1 3 0 0 0 3 0 0 0 0 24 3 0 0 45 0 0 0 0 19 3 1.24 1.11 42 N -4 -3 8 2 -5 2 -2 -3 -2 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 82 10 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.78 1.11 43 A 3 0 -1 2 4 -1 4 -2 -3 -4 -3 -1 -4 -2 -4 -1 -1 -5 -4 -3 24 5 3 14 8 2 29 2 0 0 2 4 0 1 0 2 3 0 0 1 0.55 1.11 44 A 2 5 -2 -3 -5 2 -1 -3 -2 -3 -1 3 -1 -4 -4 -2 -2 -5 -4 -2 19 31 1 1 0 7 4 1 1 1 6 22 1 1 0 2 1 0 0 3 0.67 1.37 45 T -3 -3 -1 -4 0 -3 -3 -4 -4 -2 -4 0 -3 -5 -4 0 7 -5 -4 -3 0 0 2 0 2 0 0 0 0 2 0 7 0 0 0 4 83 0 0 0 1.54 1.37 46 A 3 0 -2 -2 -2 4 1 -2 -3 -3 -4 3 -1 -5 -3 1 -2 -4 -4 -3 24 4 1 2 1 19 7 2 0 1 1 22 1 0 0 10 1 0 0 1 0.54 1.27 47 N 0 -2 2 4 -2 1 2 0 2 -3 -3 1 -2 -3 -3 1 -1 -5 -4 -3 8 1 10 24 1 5 11 7 5 2 2 9 1 1 1 9 3 0 0 1 0.40 1.27 48 M -3 0 -2 -2 -2 3 -2 -4 -2 2 0 1 3 4 -4 -2 -3 -1 3 -1 1 5 1 2 1 13 2 1 1 10 10 8 9 17 0 2 1 1 10 3 0.40 1.26 49 G 1 2 1 0 -2 0 3 -1 -1 -2 -3 3 2 -3 -1 -2 -2 -5 -4 -1 10 10 8 4 1 3 19 4 1 3 1 20 5 1 4 2 2 0 0 4 0.34 1.32 50 D -2 -4 -2 1 -5 -2 -1 6 -4 -5 -3 0 -4 -5 2 -2 -3 -5 -2 -4 1 0 1 7 0 1 4 58 0 0 2 7 0 0 10 2 1 0 1 1 1.01 1.33 51 A -2 -3 0 2 -4 -1 0 2 -4 -2 0 0 5 -1 -3 -2 2 -2 -2 -1 2 1 5 11 0 2 7 17 0 2 9 6 16 2 1 2 11 1 2 4 0.33 1.37 52 I -3 -2 -3 -2 -4 -1 -1 -4 -4 4 0 0 -1 -3 4 -2 -1 -5 -4 2 1 2 1 2 0 3 4 1 0 30 6 5 1 1 21 2 3 0 0 16 0.59 1.29 53 V -3 -5 -5 -5 0 -5 -5 -5 -5 5 2 -5 2 -2 -5 -4 -1 -5 -4 4 1 0 0 0 2 0 0 0 0 34 15 0 4 1 0 0 4 0 0 35 0.97 1.33 54 P -2 -2 -1 -4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -5 -3 -4 -5 8 -2 -2 -5 -5 -3 2 2 3 0 1 1 0 2 1 2 0 1 0 0 77 2 2 0 0 1 1.99 1.32 55 V 0 -5 -5 -6 2 -5 -5 -5 -6 1 -1 -5 -2 -4 -5 -3 1 -6 -4 6 6 0 0 0 5 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 1 10 0 0 72 1.27 1.39 56 E -3 2 -3 -3 -5 2 2 -5 -1 2 -1 2 -2 -3 -5 -3 0 -5 -2 3 1 9 1 1 0 8 14 0 1 10 6 13 1 1 0 1 7 0 1 26 0.44 1.39 57 I -4 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 0 -2 -6 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 61 7 0 2 1 0 0 1 0 0 28 1.41 1.39 58 T -2 -2 0 -2 -4 -1 -1 -4 -1 2 -3 -2 -2 -2 -4 1 6 -5 0 -1 2 1 3 2 0 2 4 0 1 12 2 2 0 2 0 9 52 0 3 2 0.78 1.39 59 I 1 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -5 -5 4 0 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -5 1 5 12 0 0 0 1 0 0 0 0 20 7 1 1 1 0 1 1 0 5 51 0.95 1.38 60 Y -3 -1 0 1 -5 -1 -2 -5 -1 -4 -3 0 -2 4 -5 -4 -2 0 7 -3 1 3 4 9 0 2 2 0 1 0 1 6 1 16 0 0 2 1 49 1 1.17 1.40 61 A 1 -3 0 1 -5 1 3 -3 -2 -2 -4 0 -3 -3 4 1 -1 -6 -5 -3 12 1 4 9 0 5 18 2 1 3 1 6 0 1 21 12 4 0 0 2 0.49 1.42 62 D -4 -2 1 8 -6 -2 -1 -3 -4 -6 -6 -2 -6 -6 -3 -2 -2 -7 -6 -5 0 1 5 84 0 1 2 1 0 0 0 2 0 0 1 1 1 0 0 1 1.89 1.42 63 R -3 6 0 -4 -6 -1 -3 -1 -1 -5 -4 5 -3 -6 -4 -2 -2 -6 -4 -4 1 51 4 0 0 1 0 4 1 0 1 33 0 0 0 1 2 0 0 0 1.29 1.41 64 S -1 -3 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -5 -5 0 -3 -5 -4 5 4 -6 -5 -4 3 1 3 1 0 1 3 1 0 0 0 6 0 0 0 54 27 0 0 0 1.03 1.41 65 F -5 -4 -5 -6 -5 -5 -6 -5 -1 -2 -2 -3 -3 8 -6 -4 -4 1 5 -3 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1 0 2 0 74 0 0 0 1 17 1 1.96 1.40 66 T -2 -2 -1 3 -4 -1 2 -3 0 -3 -4 1 -4 -5 -4 2 4 -5 -1 -4 3 1 2 17 0 2 15 1 2 1 1 9 0 0 0 13 31 0 2 0 0.63 1.41 67 F -4 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 3 1 -6 0 8 -6 -5 -4 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 15 10 0 2 62 0 0 0 2 3 5 1.52 1.39 68 V -2 0 -2 0 -5 -1 3 -5 -4 4 -1 0 -2 -2 -5 -2 0 -5 -3 3 2 5 1 5 0 2 20 0 0 22 5 7 0 2 0 3 5 0 1 19 0.43 1.38 69 T -4 -5 -4 -6 -1 -5 -5 -6 -5 5 2 -4 2 -2 -5 -3 3 -5 -1 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 30 22 1 5 1 0 0 17 0 2 21 0.83 1.38 70 K -3 3 -3 -3 -6 -1 -2 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -5 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 1.74 1.24 K Lambda Standard Ungapped 0.1331 0.3196 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1848 0.3176 PSI Gapped 0.0566 0.2670