Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 4 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -3 4 -1 -5 -4 3 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 22 0.76 0.81 2 M -4 -4 -6 -7 -5 -4 -5 -6 -3 -1 1 -4 11 -3 -4 -4 -3 -5 -4 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 88 0 1 0 1 0 0 1 2.32 1.48 3 K -4 5 1 -2 -7 -1 -2 -5 4 -6 -5 7 -5 -6 -5 -3 -3 -7 -4 -5 0 25 7 1 0 1 1 0 9 0 0 53 0 0 0 0 1 0 0 0 1.33 1.61 4 I -2 -6 -7 -7 -2 -6 -6 -7 -3 6 -2 -6 -2 2 -5 -5 -2 -1 -1 5 2 0 0 0 1 0 0 0 1 47 1 0 0 8 0 0 3 1 2 33 1.22 1.64 5 V -2 -6 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -7 2 5 -6 0 -3 -6 -5 -3 -6 -5 5 2 0 0 0 1 0 0 0 0 10 43 0 1 1 0 0 1 0 0 41 1.16 1.65 6 I -1 -6 -7 -7 0 -6 -6 -6 -7 6 2 -6 -1 0 -6 -5 -3 -6 -5 4 4 0 0 0 2 0 0 0 0 43 15 0 1 3 0 0 1 0 0 29 1.13 1.68 7 A 7 -5 -5 -6 3 -4 -5 -3 -5 -1 -4 -4 -2 -4 -5 -1 -3 -6 -5 -1 82 0 0 0 5 0 0 1 0 3 1 0 1 1 0 3 1 0 0 3 1.45 1.71 8 P -2 -6 -4 -5 1 -5 -5 -6 -6 2 -3 -5 3 -1 8 -1 -2 -7 -6 -2 3 0 0 0 3 0 0 0 0 11 2 0 7 3 64 4 2 0 0 2 1.68 1.74 9 D -4 -5 1 8 -3 -3 -2 -2 -5 -7 -7 -4 -7 -7 -5 -1 -3 -8 -7 -6 1 0 5 84 1 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 0 2.01 1.77 10 S 0 -1 -3 -3 0 -3 -1 0 -2 -6 -6 2 -2 -5 -4 6 0 -7 -4 -5 5 2 0 1 2 0 3 6 1 0 0 12 1 0 0 61 3 0 0 0 1.03 1.77 11 Y -6 -7 -7 -7 -3 -7 -7 -7 -5 0 -2 -7 -1 9 -7 -5 -6 1 3 -3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 4 3 0 1 79 0 1 0 2 8 2 2.16 1.82 12 K -3 0 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -6 -5 8 -5 -4 -3 -2 -3 -6 -4 -6 2 3 1 1 1 0 1 3 0 0 1 82 0 1 1 2 1 0 0 0 1.67 1.79 13 E -3 -5 0 1 -6 -3 3 6 -2 -7 -7 -3 -6 -7 -3 -3 -4 -6 -6 -7 1 0 4 6 0 1 21 59 1 0 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1.26 1.86 14 S -1 -4 -2 -4 4 -3 -3 -3 -3 -3 -5 -4 -3 -2 -4 6 3 -6 -4 -4 2 1 1 0 7 1 1 1 0 1 0 0 1 2 0 61 15 0 0 1 1.10 1.83 15 L 0 -6 -5 -7 -2 -5 -4 -6 -4 1 6 -6 4 -2 -5 -5 -4 -5 -3 0 8 0 1 0 1 0 1 0 0 6 59 0 10 1 0 1 0 0 1 6 0.99 1.86 16 S -2 -3 -1 1 -3 -2 -2 -3 -3 -5 -5 -3 -4 -6 -2 5 5 -6 -4 -5 1 1 2 9 0 1 2 2 0 0 0 1 0 0 2 44 29 0 1 0 0.93 1.86 17 A 6 -5 -4 -5 -2 -3 -4 -2 -5 -5 -5 -4 -5 -6 -2 4 -2 -6 -5 -3 53 0 0 0 1 1 0 2 0 0 0 0 0 0 2 31 2 0 0 1 1.09 1.86 18 L 1 0 -3 -1 -4 0 1 -3 -2 0 0 1 2 1 0 0 -1 -3 -1 1 12 5 1 4 0 5 8 2 1 5 10 7 4 5 4 6 3 0 2 8 0.03 1.90 19 E -1 -1 -2 1 -3 4 6 -3 -2 -5 -5 0 -3 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -4 5 2 1 6 1 16 48 2 1 1 1 4 1 0 1 2 1 0 1 1 0.91 1.91 20 V 4 -6 -6 -5 -1 -5 -5 -4 -6 2 -1 -5 -1 0 -5 -3 -2 -6 -5 5 32 0 0 1 1 0 0 1 0 8 5 0 1 4 0 1 2 0 0 38 0.82 1.91 21 A 5 -4 1 -4 7 -3 -2 2 -5 -2 -5 -5 -5 -6 -5 -1 -2 -6 -4 -2 40 1 8 1 17 1 2 13 0 2 1 0 0 0 0 3 2 0 1 3 0.83 1.98 22 T 1 2 1 2 -2 3 4 -3 0 -3 -3 0 -1 -4 -5 -1 0 -7 -4 -3 12 8 7 9 1 10 21 2 2 1 2 6 2 1 0 3 5 0 1 2 0.32 2.02 23 A 5 -2 -3 -5 1 -2 -3 -4 0 3 -2 -4 -2 -3 -5 -1 -1 0 0 -2 45 2 1 0 3 2 2 1 3 15 4 1 1 1 0 4 4 1 3 2 0.59 1.98 24 I 0 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -4 -6 6 1 -6 5 -1 -6 -3 -3 -6 -5 3 7 0 0 0 1 0 0 1 0 37 12 0 12 3 0 2 1 0 0 17 0.88 1.97 25 E 3 1 -2 -2 2 0 3 -2 -2 -4 -3 2 -2 -6 -5 0 -1 -6 -2 -3 26 6 1 2 4 4 20 4 1 1 2 10 1 0 0 6 3 0 1 2 0.39 2.09 26 Q 1 2 -1 1 -2 2 2 -2 1 -2 -4 2 -2 -4 -3 -1 -1 -2 -3 -4 13 12 3 8 1 7 14 3 3 2 2 11 1 1 1 5 5 1 1 1 0.23 2.10 27 G 2 -2 -2 -5 0 -2 -3 6 -1 -3 -4 -2 -5 -3 -3 -2 -2 -6 -2 -1 14 2 2 0 2 2 2 49 2 2 2 3 0 1 1 3 3 0 2 6 0.75 2.05 28 F -1 -3 -6 -7 1 -6 -6 -4 -6 4 2 -6 1 4 -6 -3 -2 6 -1 1 6 2 0 0 3 0 0 2 0 23 18 0 3 13 0 2 2 8 2 10 0.63 2.09 29 R 0 4 -1 -1 -1 2 -1 -2 2 -3 0 2 -1 -3 -2 -1 -1 0 -2 -3 7 21 3 3 1 8 4 3 4 2 8 12 2 1 2 5 3 1 1 2 0.23 2.07 30 E 2 3 0 -1 -1 1 2 -3 0 -3 -3 2 -1 -2 -2 1 -1 0 -2 -3 14 15 4 4 1 6 12 2 2 1 2 11 1 2 2 9 3 1 1 2 0.23 2.05 31 I -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 32 W -1 0 1 1 0 -2 -2 2 0 0 -1 -2 0 3 -2 -1 -2 3 2 -2 5 6 6 8 2 2 3 13 2 6 7 2 2 10 2 4 2 4 6 3 0.09 2.18 33 P -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 34 D -1 -2 2 5 -2 1 2 1 1 -4 -5 -1 -2 -4 -2 0 -1 -1 -3 -4 6 2 9 28 1 6 10 10 3 1 1 4 1 1 2 6 4 1 1 1 0.45 2.09 35 A 5 -3 -3 0 3 -3 -3 -2 -1 0 -2 -4 -2 -2 -3 -1 -1 3 -1 1 42 1 2 6 5 1 1 3 2 5 4 1 1 2 1 4 3 3 2 9 0.51 2.08 36 D -2 1 0 2 -2 1 5 -4 0 -2 -4 0 -2 -4 -1 -1 1 -1 -3 -2 3 7 4 10 1 6 32 1 2 3 2 5 1 1 3 5 10 1 1 3 0.45 2.10 37 Y -3 -6 -6 -6 4 -3 -6 -4 -2 4 0 -3 -1 1 -2 -3 0 -5 3 5 2 0 0 0 7 1 0 1 1 18 8 2 1 5 2 2 6 0 10 31 0.68 2.09 38 L -2 0 -1 1 1 -1 0 -3 2 2 -1 -1 0 -1 -2 -1 0 2 0 3 4 6 3 7 3 3 6 3 4 11 6 4 3 3 3 5 7 3 3 16 0.14 2.13 39 K -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 40 L -1 0 1 -4 3 1 0 -5 3 0 -1 0 2 1 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.16 1.78 41 P 0 -2 -3 -4 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 8 -2 -3 -5 -2 -2 6 3 1 0 1 1 3 2 1 1 2 1 1 1 67 2 1 0 2 3 1.59 1.29 42 L -2 -2 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -4 3 3 -4 5 0 -2 -2 -2 -4 1 3 3 2 0 0 0 3 0 1 0 15 28 0 13 4 2 4 2 0 5 17 0.49 1.00 43 A 3 -4 -1 -4 0 -3 -3 0 0 -1 0 -3 -3 1 1 3 0 -4 -3 -1 26 0 2 0 2 0 0 8 2 4 10 0 0 6 7 20 6 0 0 4 0.31 1.00 44 D 0 -3 0 5 2 -2 1 -1 -3 -3 1 -3 2 -3 -3 0 0 -4 0 -3 8 0 5 29 4 0 8 5 0 0 15 1 6 0 0 5 6 0 4 1 0.35 0.76 45 G 2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -4 -4 3 2 -2 -4 -4 -3 18 1 1 1 0 1 1 48 0 1 1 1 0 0 13 13 1 0 0 1 0.81 0.73 46 G 0 1 -2 3 2 0 -1 5 -3 -4 -4 0 -4 -4 -3 0 -3 -4 0 -4 7 8 0 14 5 4 4 37 0 1 1 6 0 0 1 7 1 0 4 1 0.51 0.82 47 E -1 2 0 2 -5 0 3 -2 3 -4 -2 0 0 -1 -1 -1 -1 5 0 -2 4 9 4 12 0 3 20 3 6 0 4 4 3 3 3 3 3 8 3 3 0.34 1.39 48 G 0 1 1 1 -5 -3 1 5 2 -5 -2 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 1 -5 7 8 6 6 0 0 10 42 5 0 6 0 0 0 0 1 0 0 5 0 0.66 1.39 49 T 0 -4 -4 -5 1 -4 -4 -2 -4 -1 1 -4 5 4 1 0 3 2 0 -1 6 0 0 0 3 0 0 4 0 3 13 0 13 14 8 5 19 2 3 4 0.43 1.37 50 V 0 1 -4 -5 4 1 -4 0 -4 1 0 -4 3 2 1 0 0 -4 2 0 7 7 0 0 7 7 0 7 0 7 7 0 7 7 7 7 7 0 7 7 0.21 1.45 51 E 0 0 -1 4 -1 1 4 -3 1 -2 -4 -1 -1 -2 -2 -1 -1 1 -1 -3 9 6 2 19 2 7 22 2 3 2 2 3 2 2 2 5 3 2 2 2 0.36 1.77 52 A 4 -1 -1 -5 2 -2 -4 -2 0 1 0 -4 0 -2 -2 1 1 -5 -5 2 28 4 3 0 4 2 0 3 2 6 11 0 2 2 2 9 7 0 0 12 0.30 1.77 53 M 0 -4 -4 -5 4 1 -4 0 -4 1 0 -4 3 2 -5 -3 1 5 2 0 8 0 0 0 7 7 0 8 0 8 8 0 7 7 0 1 8 7 7 8 0.29 1.34 54 V 0 0 -1 -2 2 -1 -1 -2 0 0 2 -2 1 0 -5 -1 0 3 0 2 8 5 3 3 4 3 5 3 3 5 16 3 3 3 0 5 5 3 3 12 0.06 1.77 55 E 2 1 -1 1 0 1 0 -2 2 -2 -2 -1 -1 -1 -2 0 0 2 1 -1 17 6 3 7 2 7 5 3 5 2 4 4 2 2 2 7 6 2 4 4 0.07 1.90 56 A 4 -2 -1 -3 -1 -2 -2 1 0 -2 -2 -2 0 -2 -3 0 -1 3 0 -1 36 2 3 1 1 2 2 9 2 3 4 2 3 2 2 6 4 3 4 4 0.34 2.07 57 T -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 58 A -2 -2 2 0 -1 0 -1 5 1 -3 -4 -1 -1 -1 2 -1 -3 -6 -6 -3 3 2 8 5 1 5 5 37 3 2 2 4 2 3 9 5 2 0 0 2 0.52 2.21 59 G 0 -2 -2 -2 1 -2 -3 6 0 -3 -2 -3 -1 1 -3 -2 -2 2 -1 -2 8 2 1 3 2 2 2 45 2 1 4 2 1 6 1 2 3 2 2 4 0.62 2.18 60 R -1 0 0 0 3 0 -1 -1 2 0 -2 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 61 I -2 2 -1 -2 1 -1 -1 -3 0 2 0 0 2 2 -1 -2 -1 4 1 0 4 9 3 3 2 3 5 3 3 9 10 7 4 8 4 4 4 5 4 6 0.14 2.20 62 V -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 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