Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 4 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 59 0 0 0 0 0 0 6 1.15 0.62 2 G -2 -3 -3 -2 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -3 -2 -4 -5 -6 -4 1 1 0 2 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 1 1.95 1.37 3 K -3 -3 5 3 -6 -1 -2 3 0 -6 -6 -2 -4 -1 -2 1 -2 -1 -2 -5 1 1 33 13 0 3 2 25 3 0 0 1 0 2 2 10 2 1 2 1 0.81 1.56 4 F -4 -6 -6 -7 -6 -6 -6 -6 -4 -1 -3 -6 -3 9 -7 -5 -5 0 5 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 81 0 0 0 1 15 1 2.29 1.65 5 S 1 -1 -2 -3 -5 1 -3 -1 6 -2 -3 -1 -1 -3 -3 4 1 -2 0 -3 14 3 1 1 0 7 1 4 17 2 3 2 2 1 1 29 8 1 3 2 0.55 1.69 6 Q 1 2 1 0 -3 2 0 -1 1 -2 0 2 -3 -3 -5 1 -1 -3 -4 -3 13 9 7 6 0 9 7 4 3 2 11 12 0 1 0 10 3 0 0 2 0.23 1.67 7 T -2 -3 -2 -3 -4 -2 -4 -3 -4 -5 -4 -2 -4 -2 -4 5 5 -6 -3 -3 1 1 1 1 0 1 0 1 0 0 0 2 0 2 0 52 35 0 1 1 1.18 1.68 8 C 1 -6 -5 -4 10 -5 -5 -4 -6 -3 -5 -5 -5 -6 -5 2 -2 -6 -5 -4 12 0 0 1 67 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 17 1 0 0 0 2.27 1.69 9 Y -1 4 0 0 -1 2 1 -3 -1 -3 -4 1 -3 -5 -4 2 2 1 -1 -2 4 20 4 4 2 10 7 1 1 1 1 9 0 0 0 16 11 2 2 3 0.41 1.69 10 N -3 -2 5 5 -6 0 -1 0 0 -4 -5 -3 -2 -6 -3 1 -2 -1 -4 -4 1 2 28 36 0 3 3 7 2 1 1 1 1 0 1 8 2 1 1 1 0.95 1.71 11 S -2 -6 -2 -5 1 -4 -4 -5 -5 6 0 -5 0 1 -3 -3 -1 1 1 2 3 0 2 1 3 0 1 1 0 54 5 0 2 4 2 1 4 2 5 11 0.95 1.71 12 A -1 4 -1 -1 -4 0 0 -4 4 -3 -4 0 -2 -2 -5 2 2 1 1 -3 6 24 2 3 0 4 5 1 11 1 1 6 1 1 0 13 12 2 5 2 0.47 1.71 13 I -4 -3 -6 -3 -5 -3 -6 -4 -5 3 4 -3 2 2 -4 -5 -4 -4 1 2 0 1 0 2 0 1 0 1 0 16 45 1 4 8 1 0 0 0 5 14 0.83 1.69 14 Q -3 -1 1 5 -4 1 3 0 0 -4 -3 -1 -5 -2 -5 1 -1 -5 1 -2 1 4 5 31 0 5 16 6 2 1 3 4 0 2 0 10 3 0 4 3 0.53 1.69 15 G 0 -1 1 1 -5 -1 -3 6 2 -6 -5 -1 -5 -4 -3 -1 -1 -6 -4 -5 6 3 6 8 0 2 1 51 6 0 1 4 0 1 1 5 4 0 0 1 0.89 1.68 16 S -1 0 1 1 -5 -2 -3 -1 6 -4 -4 -1 -5 -3 0 2 3 -3 -1 -4 4 5 7 7 0 2 1 5 20 1 1 2 0 1 5 16 20 0 2 0 0.58 1.70 17 V -3 0 -2 -2 -5 -3 -2 -6 0 3 -1 -3 0 2 -6 -1 2 5 4 2 2 5 2 2 0 1 3 0 3 15 5 1 2 10 0 4 12 8 12 13 0.47 1.71 18 L -3 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 6 -6 1 0 -6 -5 -4 -5 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 80 0 3 3 0 0 0 0 1 4 1.44 1.69 19 T -1 2 -1 -2 1 -1 -1 -1 3 1 -3 0 -2 -1 -5 1 1 3 1 2 4 11 3 2 3 2 5 5 7 7 2 6 1 2 0 11 10 4 5 13 0.20 1.68 20 S 6 -5 -5 -5 3 -4 -4 0 -5 -4 -4 -4 -1 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -2 78 0 0 0 6 0 0 8 0 0 1 0 1 0 0 2 2 0 0 3 1.40 1.71 21 T -2 1 1 1 -2 1 1 -4 0 -1 -2 0 0 -2 -5 0 3 0 2 -1 3 8 8 6 1 7 10 1 2 4 5 6 3 2 0 8 15 2 6 4 0.21 1.72 22 C -2 -6 -6 -4 11 -6 -6 -5 -6 -3 0 -6 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -2 3 0 0 1 80 0 0 1 0 1 10 0 0 0 0 1 0 0 0 3 2.71 1.72 23 E 0 4 0 -3 0 2 -1 -1 -2 -2 1 2 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -2 7 21 4 1 2 11 4 5 1 3 12 11 1 1 4 4 4 1 2 2 0.27 1.74 24 R -1 2 5 4 -3 -2 -2 -2 -2 -5 -5 0 -3 -4 -1 -1 2 -6 -4 -4 6 11 27 21 0 1 2 3 1 0 1 6 0 1 3 3 12 0 0 1 0.67 1.73 25 T 0 1 1 2 -3 -1 2 1 -3 -1 -3 0 -1 -5 0 1 0 0 -3 -1 7 7 5 12 1 2 11 13 0 4 3 7 2 0 5 9 5 2 1 4 0.18 1.75 26 N -1 1 3 5 -6 -1 0 0 1 -6 -5 0 -3 -4 -2 1 -2 0 0 -5 6 7 12 30 0 2 5 7 3 0 1 4 1 1 2 11 2 1 4 0 0.56 1.76 27 G -2 -3 -2 -2 -5 -2 -3 7 -2 -6 -4 -2 -5 -4 -3 -1 -3 -2 -4 -3 1 1 1 2 0 2 1 76 1 0 2 2 0 1 1 3 1 1 1 2 1.48 1.67 28 G -2 0 1 2 -5 2 3 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 2 1 1 -1 -2 3 5 7 9 0 8 18 11 1 1 1 6 0 0 1 14 8 2 3 2 0.33 1.70 29 Y -2 -1 -1 -2 -3 -3 0 -2 1 -4 -1 0 1 0 0 -1 0 8 5 -3 4 4 3 2 1 1 6 4 3 0 7 5 4 3 4 6 5 19 17 2 0.62 1.64 30 N -2 2 2 -4 -2 2 -2 -3 3 0 -1 1 -1 -1 -3 -2 -1 0 -2 3 3 11 10 1 1 11 3 2 7 5 6 7 1 3 1 2 4 1 1 20 0.30 1.64 31 T -1 0 0 2 0 1 2 -2 2 -5 -3 0 -4 -2 1 -1 1 4 2 -3 6 5 5 13 2 5 12 4 4 0 2 5 0 1 8 4 9 5 7 2 0.28 1.63 32 S 2 -3 0 -3 -1 -2 -4 -3 -2 -2 -5 -4 -2 -5 -2 5 4 -6 -5 -3 17 1 4 1 1 1 0 1 1 2 0 0 1 0 1 41 27 0 0 1 0.87 1.63 33 S -1 2 -1 0 -2 0 2 -3 -2 -4 -5 0 -1 -2 -4 3 1 3 0 -1 5 10 3 5 1 4 15 1 1 1 0 5 1 2 1 25 9 4 3 4 0.36 1.61 34 I -3 -5 -6 -6 -2 -2 -5 -6 -3 5 4 -4 2 0 -6 -5 -3 -5 -2 1 1 0 0 0 1 2 0 0 1 33 44 1 5 3 0 0 1 0 1 7 1.01 1.56 35 D -3 0 3 6 -3 -2 -1 -3 -1 -3 -3 -3 -1 -3 0 0 -3 -2 0 -2 2 4 13 46 1 1 3 2 1 1 2 1 2 1 5 7 1 1 4 3 0.80 1.56 36 L -3 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 1 -3 -2 -5 -2 -5 -1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 81 0 3 0 2 0 3 0 2 4 1.38 1.59 37 N -2 0 6 4 -5 -1 -2 0 0 -6 -4 0 0 -6 -3 1 -1 -6 -3 -5 4 4 40 20 0 2 1 6 2 0 1 4 3 0 1 8 3 0 1 0 0.86 1.57 38 S -1 1 2 2 -6 1 1 -1 1 -3 -1 2 0 -2 -3 0 0 -1 1 -5 4 6 11 12 0 7 9 6 3 1 7 11 2 2 1 6 5 1 5 0 0.22 1.59 39 V -3 -2 -5 -3 10 -3 -3 -3 1 0 -3 -2 -2 1 -5 -2 -1 -5 1 0 1 2 0 2 54 1 1 2 4 6 2 3 1 6 0 2 3 0 5 5 1.47 1.57 40 I -3 -3 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 6 3 -6 -2 2 -2 -5 -3 -5 -1 3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 42 28 0 0 8 2 0 1 0 2 15 1.04 1.59 41 A 1 -4 -3 -4 -5 0 0 5 -5 -4 -5 -1 -2 -6 -2 1 1 -6 -3 -3 11 0 1 0 0 4 8 49 0 1 1 4 1 0 2 9 8 0 1 1 0.82 1.59 42 A -2 -4 8 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -3 -3 -4 0 -5 -2 -2 -5 -1 -2 3 0 69 2 2 2 1 4 1 2 2 0 0 4 0 1 1 0 2 4 1.37 1.55 43 V -1 -1 3 4 -1 1 1 -3 1 0 -1 -1 -1 -3 -4 0 -1 -2 -2 0 4 4 14 21 1 7 8 1 3 6 5 3 1 1 1 8 4 1 2 6 0.30 1.55 44 D -2 -1 6 5 -6 -1 0 -1 1 -2 -5 -2 -5 -2 -5 -2 -3 1 -2 -4 3 4 34 30 0 2 5 5 4 2 1 1 0 2 0 2 1 2 1 1 0.88 1.56 45 G 1 2 2 2 -4 -2 1 1 4 -4 -4 1 -4 -4 2 1 -3 -4 -3 -4 10 10 9 10 0 0 10 10 9 0 1 10 0 0 10 10 1 0 0 1 0.37 1.01 46 S -1 -1 2 -1 1 2 1 -2 4 -2 -2 0 3 -1 -4 1 1 2 0 -1 4 3 10 3 3 9 8 3 10 3 3 7 7 3 0 9 7 3 3 4 0.24 1.55 47 L -1 -4 -1 -5 -4 -4 -4 -5 -4 1 4 -1 2 4 -5 -4 -3 -3 -2 1 4 0 4 0 0 0 0 0 0 8 44 4 5 19 0 0 0 0 0 8 0.73 1.28 48 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 49 W -2 -1 -1 -5 5 -1 -2 -2 -4 -1 -2 -4 2 1 0 -2 -1 9 1 -2 4 4 3 0 10 3 3 4 0 3 4 0 4 5 5 3 4 31 5 3 1.03 1.91 50 Q -1 1 1 2 0 2 -1 3 0 -5 -5 1 -4 -1 1 0 -2 -5 -1 -2 5 7 5 10 3 8 4 20 3 0 1 10 0 2 7 7 3 0 2 3 0.30 1.81 51 G -1 0 0 0 -5 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 0 0 4 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 0 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.10 1.89 52 S 0 1 1 0 -5 1 0 0 3 0 -1 0 -4 1 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 0 6 0.09 1.67 53 N 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 -4 -4 0 2 -4 1 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 7 7 6 0 1 7 6 0 7 7 7 0 6 7 0.20 1.56 54 F -2 -2 -3 -5 -5 -3 -5 -2 -1 -1 -2 -5 -1 7 -1 -4 -2 1 4 -1 4 2 1 0 0 2 0 3 1 4 2 0 1 53 3 0 2 1 14 4 1.23 1.72 55 I 1 -1 -2 -1 -1 0 -3 1 1 -1 -1 -3 0 1 -3 4 0 -1 0 -2 12 3 1 3 1 5 1 9 4 3 5 0 2 7 1 28 7 1 3 2 0.29 1.71 56 E 1 0 0 2 -5 2 1 1 2 -3 -1 1 -2 -1 -3 1 -2 0 0 -2 10 4 5 10 0 10 9 9 5 1 5 9 1 3 1 9 2 1 3 3 0.17 1.72 57 A -1 -1 0 -2 -2 -2 -1 -1 0 -5 -5 0 -4 -5 -2 5 3 -5 0 -2 3 3 4 1 1 1 3 4 3 0 0 5 0 0 2 46 17 0 3 3 0.72 1.74 58 C 3 -3 -5 -5 10 -5 -5 -3 -5 -4 -4 -5 -1 -1 -2 0 -2 -1 -5 -3 23 1 0 0 55 0 0 2 0 0 0 0 2 3 2 6 2 1 0 1 1.79 1.75 59 R -2 4 0 1 2 0 1 -2 2 -3 -3 0 -4 -2 -4 2 1 -1 0 -3 3 20 4 7 5 3 9 3 4 2 2 5 0 2 0 17 8 1 3 2 0.35 1.74 60 N -2 -3 5 4 -3 0 0 1 1 -3 -4 -2 -2 -5 -1 1 -1 -6 -3 -5 2 1 25 22 1 4 7 9 3 2 1 2 1 0 4 12 3 0 1 0 0.63 1.75 61 T -3 -3 -5 -6 8 -3 -4 -2 -5 3 0 -5 0 0 -2 -3 0 2 -2 2 2 2 0 0 31 1 1 3 0 17 8 0 2 5 3 2 5 3 1 14 0.94 1.76 62 Q -1 3 0 -2 0 2 1 0 3 -2 -3 0 -4 -3 -3 1 1 0 0 -3 4 14 5 2 2 9 10 8 7 3 2 5 0 1 1 13 7 1 3 2 0.27 1.75 63 L -3 -3 -4 -6 -4 -3 -5 -4 -3 3 4 -4 0 3 -3 -3 -3 0 0 0 2 1 1 0 0 1 0 1 1 15 45 1 2 13 1 1 1 1 3 6 0.78 1.80 64 A 1 0 1 3 -5 0 2 -2 -2 -2 -2 0 -4 -1 -4 1 1 2 -3 0 10 5 8 14 0 3 14 3 1 2 3 5 0 3 1 9 10 3 1 6 0.24 1.80 65 G -1 -2 1 1 -2 -1 0 5 -2 -1 -3 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -5 -2 -3 5 3 8 9 1 2 7 37 1 5 2 3 0 2 4 5 3 0 2 2 0.47 1.76 66 S -2 -1 2 2 -2 -1 1 2 -1 -2 -3 -2 -3 -5 2 1 1 -1 -1 -2 3 3 10 10 1 3 9 18 1 3 3 2 1 0 9 10 9 1 2 3 0.26 1.74 67 S 0 -1 2 -1 -5 0 -2 2 1 -4 -2 -1 -2 -3 3 0 2 -5 0 0 7 4 9 4 0 4 2 13 3 0 4 4 1 1 13 8 12 0 4 7 0.24 1.78 68 E -3 1 -1 0 -4 -1 -1 -3 0 3 0 -1 1 0 -5 -2 2 1 1 1 1 9 3 5 0 3 5 2 2 19 7 4 3 4 0 2 13 2 4 11 0.26 1.75 69 L -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -5 -3 1 5 -3 4 1 -6 -5 -2 0 0 -1 0 0 0 2 0 0 0 1 1 8 62 1 10 5 0 0 2 1 3 3 1.08 1.78 70 A 0 3 0 -1 1 0 1 -1 3 -4 -3 0 -1 -2 -4 1 1 0 0 -2 9 18 4 4 3 4 9 5 6 1 3 5 2 1 1 8 9 1 4 3 0.26 1.81 71 A 4 -3 -5 -3 8 -3 -1 0 -5 -3 -4 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -5 -1 -3 36 1 0 2 35 1 4 8 0 1 1 1 1 1 1 3 2 0 2 1 1.23 1.84 72 E -2 1 1 -1 0 2 2 -2 -2 -1 0 0 1 0 -4 0 2 -2 0 -3 2 9 6 4 2 9 12 2 1 4 10 5 4 4 1 6 15 1 4 2 0.19 1.85 73 C -1 -2 -4 -6 10 -5 -6 -5 -6 -2 2 -6 -2 -1 -3 -4 -4 -5 -1 -2 5 2 1 0 58 0 0 1 0 1 23 0 1 2 1 1 0 0 2 2 1.88 1.85 74 K 1 3 1 -2 -3 1 -1 0 -2 -3 -1 1 3 -1 0 -1 0 0 0 -2 10 15 6 3 0 5 5 9 1 1 5 9 6 3 5 4 5 1 3 2 0.17 1.84 75 T -3 3 3 4 -6 -1 -2 0 -4 -2 -4 1 -1 -6 0 -1 2 -6 -2 -3 2 14 15 23 0 2 1 8 0 2 2 7 1 0 5 3 11 0 1 2 0.51 1.84 76 A 0 1 0 1 2 -2 -1 3 -3 0 -1 0 -1 -2 -3 1 -1 1 -2 -1 7 8 4 6 4 1 5 20 1 5 6 5 2 2 1 12 4 2 1 5 0.18 1.82 77 A -1 0 2 5 -6 -1 1 1 1 -4 -5 0 -5 -2 -2 0 0 -1 -1 -5 5 5 11 27 0 2 7 12 4 1 1 5 0 2 2 8 5 1 3 1 0.47 1.85 78 G -3 0 0 -1 1 -1 -1 6 1 -6 -6 -1 -3 -5 -4 -1 -3 -6 -5 -6 1 4 4 3 3 3 4 64 4 0 0 3 1 1 1 3 2 0 0 0 1.20 1.84 79 Q 0 1 2 0 -5 1 1 2 0 -4 -3 1 -2 -3 -4 1 0 -1 -1 -1 8 8 8 4 0 7 9 14 2 1 3 8 1 1 1 10 6 1 2 4 0.20 1.85 80 F -1 0 -3 -1 -5 0 -1 -2 -1 -4 0 -1 -2 1 1 -1 0 7 3 -2 6 6 1 3 0 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