Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 13 0 0 0 0 0 0 0 0 54 1.16 0.99 2 P -3 -4 -4 -4 -5 0 -3 -5 -5 -5 -3 -3 -5 -6 9 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 93 0 0 0 0 0 2.64 1.12 3 S 1 -4 -2 -2 2 -3 -1 -3 -4 -2 -4 -2 -4 -5 -1 5 1 -6 -4 2 9 0 1 1 5 0 3 0 0 1 0 1 0 0 3 55 5 0 0 15 0.80 1.22 4 Q -3 1 3 -3 0 4 -2 -4 0 0 0 -1 -1 -1 -3 -1 3 -5 -2 -1 0 9 17 0 2 21 0 0 2 5 8 2 1 2 1 2 21 0 1 4 0.47 1.23 5 K -2 -2 0 3 -5 -1 3 -2 0 -2 -5 3 -4 -3 -4 0 3 -5 -4 -4 3 0 3 16 0 2 23 2 3 2 0 18 0 1 0 7 19 0 0 0 0.57 1.21 6 T -2 -3 1 5 -5 -2 3 -4 0 -3 -4 -2 -4 -5 1 1 3 -6 -5 -2 2 0 6 33 0 0 18 0 2 1 1 2 0 0 7 9 16 0 0 2 0.71 1.23 7 Y -4 -4 -1 -3 -5 -4 -2 -5 3 -3 -2 -4 -3 6 -5 -4 -4 3 8 -3 0 0 3 2 0 0 3 0 6 0 2 0 0 29 0 0 0 4 49 1 1.49 1.23 8 Q 1 -1 -2 0 -1 0 0 -2 1 -3 -3 -2 -2 -4 6 0 -1 -5 -3 -2 10 3 2 5 1 4 5 2 3 1 3 2 1 0 43 6 4 0 1 3 0.79 1.16 9 G -1 -4 -3 -3 -4 -3 -2 7 0 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -5 3 0 0 1 0 0 3 83 2 0 1 1 0 0 0 3 1 0 0 1 1.60 1.13 10 S -1 0 1 2 -3 0 2 0 -1 -3 -3 -1 -2 -5 4 2 -1 -5 0 -2 4 4 6 12 1 5 12 7 1 2 2 3 1 0 18 13 2 0 3 2 0.35 1.29 11 Y -2 -4 -2 -1 1 -4 -4 -5 5 -3 0 -4 -1 3 -5 -2 -4 2 8 -4 3 0 2 3 3 0 0 0 14 1 8 0 1 8 0 2 0 2 52 0 1.28 1.25 12 G -2 -2 4 2 -5 -1 -2 4 4 -5 -1 -1 -4 -5 -5 1 -3 -6 -4 -4 1 2 24 11 0 2 2 28 10 0 6 3 0 0 0 9 1 0 0 1 0.68 1.31 13 F -5 -5 -6 -6 -5 -5 -2 -6 -4 -3 -1 -6 -3 9 -6 -5 -5 4 0 -4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 0 0 87 0 0 0 6 0 0 2.16 1.31 14 R -3 1 1 2 -1 4 3 -2 4 -5 -5 1 -4 -5 -4 0 0 -5 -2 -3 1 7 7 12 2 18 18 3 9 0 0 7 0 0 0 7 5 0 1 2 0.54 1.36 15 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 4 -5 2 1 -5 -5 -2 -4 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 38 0 5 5 0 0 3 0 2 31 0.92 1.36 16 G -1 1 0 0 -4 -1 1 2 1 -2 0 -2 -3 0 -4 2 2 -5 -4 -1 5 7 4 6 0 3 9 16 3 3 8 1 0 4 0 14 12 0 0 5 0.19 1.37 17 F -4 -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -4 1 1 0 0 7 2 -2 -4 1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 15 7 1 45 9 3 0 2 3 4 0.96 1.38 18 L -1 -2 -2 0 -1 3 -1 -3 -1 -2 2 3 -1 -5 -2 2 -2 -6 -5 -3 4 1 1 6 1 14 4 2 2 2 20 19 1 0 1 19 1 0 0 1 0.38 1.48 19 V 0 -4 1 -2 2 3 -2 -2 1 -3 -1 0 -1 -5 -2 1 2 -6 -4 3 8 0 8 1 4 16 1 3 3 0 5 5 1 0 2 12 11 0 0 19 0.34 1.46 20 T -1 -4 2 0 -1 -1 -1 -1 2 -4 -4 -1 0 -5 1 3 4 -5 -4 -1 4 0 9 4 1 2 3 4 4 0 0 4 2 0 6 22 29 0 0 5 0.51 1.43 21 C -4 -3 -2 0 3 -2 -3 -1 -4 -2 -3 -4 -4 1 -2 1 -3 10 4 -2 0 1 1 5 7 1 2 6 0 2 1 0 0 6 2 12 1 34 14 3 1.23 1.42 22 T -2 -2 -1 -4 0 -1 -1 -4 -4 -1 -2 -3 4 -2 -4 0 6 -5 -4 0 2 2 2 0 2 2 4 0 0 2 3 0 11 2 0 5 58 0 0 5 0.94 1.35 23 Y 1 -5 -5 -6 1 -5 -5 0 -2 -1 -3 -5 -3 3 -6 -4 -4 3 8 0 11 0 0 0 3 0 0 7 0 4 0 0 0 12 0 0 0 3 54 6 1.35 1.36 24 S -2 1 1 0 -4 -2 -1 -3 -3 -1 -5 1 -4 -5 1 6 -2 -5 -4 -4 0 6 5 5 0 0 3 0 0 4 0 7 0 0 7 60 0 0 0 0 0.88 1.29 25 P -1 -1 0 0 -5 0 2 -2 2 -1 -2 -1 0 -1 4 0 0 -5 0 -1 4 3 5 4 0 4 13 3 4 3 3 4 3 3 20 8 7 0 3 4 0.30 1.81 26 A 0 0 0 0 -5 1 0 -2 1 0 -1 2 1 -5 2 0 1 -5 -4 -1 6 6 3 5 0 5 6 4 3 5 7 12 4 0 11 7 10 0 0 5 0.18 1.78 27 L -3 -2 -4 -2 1 -2 -1 -3 -4 -1 5 -1 1 -2 -4 -3 0 -4 -3 -1 1 2 0 2 3 1 5 2 0 1 63 4 2 1 0 1 6 0 0 2 0.72 1.17 28 N -3 1 6 -1 -5 1 -1 0 -1 -5 -5 3 -4 -5 -1 -2 0 4 -4 -5 0 8 38 2 0 5 3 6 1 0 1 20 0 0 3 1 4 5 0 0 0.77 1.17 29 K -3 3 -3 -3 -5 0 -2 -4 -3 -4 -4 6 1 -5 -3 -1 2 -5 -4 -3 0 14 0 0 0 3 0 0 0 0 0 58 4 0 0 3 13 0 0 2 1.05 1.18 30 M -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 5 -4 1 0 -5 -4 -3 -4 -3 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 13 58 0 2 3 0 0 0 0 0 17 0.95 1.21 31 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -2 -3 -2 -4 -3 7 -5 -1 -2 -1 7 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 47 0 6 2 0 39 0 1.58 1.21 32 C 1 -5 -5 -5 8 -4 -5 -5 -5 3 -1 -4 -1 -4 -5 -1 0 -5 -4 4 9 0 0 0 27 0 0 0 0 18 3 0 1 0 0 5 7 0 0 26 0.96 1.35 33 Q -3 2 1 1 -2 4 -1 -2 1 -3 -2 3 -2 -5 -1 -1 -2 -5 -4 -2 0 12 7 8 1 23 2 3 3 1 5 21 1 0 4 4 2 0 0 2 0.51 1.41 34 L -2 0 -1 -5 -4 -2 -4 -5 -4 1 3 0 7 0 1 -2 0 0 -3 0 2 5 3 0 0 2 0 0 0 7 25 6 26 3 6 2 6 1 0 4 0.60 1.37 35 A 3 -3 4 2 -4 1 2 1 1 -4 -2 -1 -1 -1 -4 -1 -2 -5 -4 -3 22 0 19 13 0 5 11 8 3 0 5 3 1 2 0 3 2 0 0 2 0.41 1.38 36 K 0 -1 -1 -4 0 1 0 -3 2 -4 -2 5 -2 -5 -1 -1 1 -5 -3 1 8 3 2 0 2 6 5 1 4 0 4 34 1 0 3 5 9 0 1 11 0.44 1.42 37 T 0 -2 0 -1 -4 -1 -4 -3 1 0 0 0 0 -1 -1 0 5 -5 -1 -1 7 2 4 3 0 3 0 1 4 7 8 5 2 2 3 5 37 0 2 4 0.42 1.44 38 C -4 -6 -5 -6 8 -2 -6 -6 -5 1 1 -5 -3 3 -6 -1 -1 4 -3 2 0 0 0 0 36 2 0 0 0 6 11 0 0 14 0 5 3 6 0 15 1.18 1.44 39 P -2 1 0 -1 -5 -1 -2 -2 -4 -1 -3 -1 0 -6 6 -1 2 -6 -5 -2 2 8 4 3 0 2 2 3 0 4 2 3 2 0 47 3 12 0 0 2 0.97 1.36 40 V -2 -1 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 1 -5 3 4 -5 -4 0 -4 -3 4 3 3 0 0 0 0 0 0 0 17 10 0 6 17 0 0 5 0 0 30 0.64 1.36 41 Q -2 1 1 0 -5 4 1 -2 1 -2 0 0 -1 -5 0 0 0 -5 -4 -2 3 8 6 6 0 18 10 3 3 2 8 4 2 0 4 7 5 0 0 2 0.17 1.33 42 L -2 -2 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 3 0 -4 3 5 -2 -4 -3 -3 2 3 3 3 0 0 0 0 0 0 0 14 6 0 7 26 3 0 0 0 6 23 0.64 1.31 43 W -1 1 1 -3 -4 2 -2 -4 -1 -2 -2 3 -1 -3 -4 2 0 5 0 -1 4 8 7 1 0 9 1 0 1 2 5 18 1 1 0 16 6 9 3 4 0.35 1.46 44 V -3 -5 -4 -5 3 -3 -5 -2 -4 0 0 -4 1 2 -2 -3 2 6 1 3 1 0 0 0 7 1 0 4 0 3 7 1 4 9 3 1 12 10 5 25 0.49 1.46 45 D -1 -1 1 1 -2 1 1 -1 -2 -1 -2 1 -1 -5 -1 2 1 -5 -2 -2 5 2 6 8 1 5 10 5 1 3 3 9 2 0 3 18 7 0 1 3 0.14 1.46 46 S -1 2 2 -1 1 -2 -1 -2 -1 -3 -1 2 -2 0 0 2 -1 -4 0 -1 5 11 8 4 3 1 3 3 2 1 6 11 1 5 5 15 4 0 3 4 0.10 1.37 47 T 0 -1 -2 -1 -1 1 0 -3 -4 0 0 -1 2 -3 4 1 1 -5 -4 -1 8 4 1 3 2 6 5 1 0 5 8 3 4 1 17 12 8 0 0 5 0.19 1.37 48 P -2 -4 -4 -2 1 -3 -2 -2 -1 -3 -3 -2 0 -5 7 -1 -1 -5 -5 0 3 0 0 2 3 1 2 4 1 1 2 2 2 0 55 5 4 0 0 7 1.16 1.38 49 P -2 -3 -4 -2 -4 -1 -1 -3 0 -1 -1 -2 0 -1 7 -3 0 3 -2 -4 2 1 0 3 0 3 4 2 3 4 6 2 2 3 49 0 6 4 1 0 0.97 1.31 50 P -1 0 0 0 -5 3 2 -4 -1 -2 -3 0 -2 -4 5 0 -1 -5 -3 -2 5 5 3 5 0 12 11 0 2 2 2 6 1 1 25 6 4 0 1 3 0.43 1.32 51 G -3 -2 3 -1 -4 -1 -2 5 -3 -5 -3 -1 -4 -2 1 1 -2 -4 -1 -5 0 2 13 3 0 3 2 40 0 0 3 4 0 2 6 12 2 0 2 0 0.58 1.24 52 T 1 -4 -3 -4 3 -3 -4 -4 -1 -2 2 -4 2 0 0 2 3 3 -3 -2 11 0 0 0 5 0 0 0 1 2 18 0 5 3 5 17 20 3 0 2 0.36 1.23 53 R -2 2 1 -2 1 -2 -4 -4 -1 0 -1 0 0 2 0 -2 -2 2 4 2 2 13 8 2 3 2 0 0 1 5 4 5 2 8 5 2 2 3 13 16 0.27 1.22 54 V -3 -5 -5 -5 2 -5 -5 -5 -5 5 3 -5 -1 -3 -1 -2 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 4 0 0 0 0 30 24 0 0 0 4 4 0 0 0 33 0.86 1.23 55 R -4 7 -3 -4 1 1 -3 -4 2 -4 -2 0 -3 -2 -4 -3 -2 -5 -3 -1 0 68 0 0 4 5 0 0 5 0 5 2 0 2 0 0 2 0 0 5 1.24 1.18 56 A 4 -4 -4 -4 1 -3 -4 -2 -4 1 -2 -3 1 -1 -1 1 1 -5 -4 2 38 0 0 0 2 0 0 3 0 9 3 0 4 2 3 9 8 0 0 17 0.51 1.18 57 M -2 0 -4 -4 1 -1 -4 -1 0 1 0 -2 7 1 -4 -2 2 -4 -1 0 3 5 0 0 3 3 0 5 2 6 5 2 37 7 0 3 12 0 2 5 0.67 1.21 58 A 3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -2 -4 -2 2 -4 4 -3 4 -3 -1 -4 -4 0 25 0 0 0 0 0 0 3 0 0 24 0 11 0 24 0 4 0 0 6 0.69 1.21 59 I -1 0 -4 -4 3 -1 -1 -5 -4 3 0 -4 2 -3 -4 0 -3 -5 -4 5 3 5 0 0 5 3 4 0 0 18 6 0 5 0 0 7 0 0 0 40 0.62 1.21 60 Y -4 -4 -4 -4 3 -4 -2 -5 1 -3 -1 -4 -3 6 -5 -1 -4 -1 7 -3 1 0 0 0 6 0 3 1 2 0 5 0 0 35 0 4 0 0 39 1 1.30 1.19 61 K 0 0 -2 0 -1 -1 0 -2 -3 -2 -1 4 0 -4 -3 2 2 0 -3 -1 6 5 1 5 1 2 5 3 0 2 6 25 3 0 1 13 14 1 0 5 0.29 1.15 62 Q 0 1 1 1 3 1 0 0 -4 -4 -1 0 -4 -5 1 0 0 -5 -4 0 7 7 7 7 6 7 7 7 0 0 7 7 0 0 7 7 7 0 0 7 0.10 1.56 63 S 1 -4 0 1 -5 -2 2 -2 1 -3 -2 -1 -1 -3 4 2 1 -5 -4 -4 11 0 4 6 0 1 11 2 3 2 4 3 1 1 17 18 9 0 0 0 0.34 1.67 64 Q -1 -1 2 2 -1 4 4 -3 1 -2 -5 0 -4 -5 -2 -1 -2 -5 -4 -1 4 3 8 11 1 16 24 1 3 2 0 5 0 0 2 5 2 0 0 5 0.44 1.68 65 H -4 0 0 2 -5 1 -3 -5 6 -4 -2 -1 -4 2 -5 0 -2 2 4 -2 0 4 5 12 0 7 0 0 20 0 4 4 0 9 0 8 3 3 12 3 0.56 1.71 66 M 1 1 -2 -2 -4 1 -4 -2 -4 0 1 -2 3 -1 -1 -2 -1 -5 1 3 10 9 2 2 0 7 0 3 0 4 11 2 7 3 4 3 3 0 4 18 0.16 1.71 67 T -1 0 1 0 3 1 0 0 3 -4 -4 0 2 1 -5 0 0 -4 1 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 1 6 6 6 0 6 6 0 6 6 0.13 1.78 68 E -2 -1 -2 2 1 0 5 -2 2 -3 -3 1 -4 -2 0 -2 -1 -5 -2 -3 2 2 1 12 3 4 38 2 5 2 3 9 0 2 4 1 4 0 2 2 0.57 1.37 69 V -1 0 -2 -5 -4 -4 -4 -1 -5 1 -1 -1 -1 -2 5 -2 0 -5 -4 4 3 6 2 0 0 0 0 4 0 8 5 3 1 2 28 2 5 0 0 29 0.67 1.40 70 V -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 2 3 1 -4 2 -3 -4 -3 -2 -4 -3 5 5 0 0 0 0 0 0 1 6 14 14 0 6 0 0 1 0 0 0 51 0.81 1.02 71 R -1 3 -1 -2 -4 2 2 -3 0 -2 -2 4 0 -1 -1 0 -1 -4 0 -2 3 13 2 1 0 7 15 1 2 3 3 24 2 2 3 7 3 0 4 3 0.35 0.99 72 R -1 7 -3 -3 2 1 0 -4 3 -4 -4 -1 -3 -4 0 -3 -1 -4 -3 -4 4 62 0 0 5 4 5 1 7 0 1 0 0 0 5 1 4 0 0 0 1.09 1.03 73 C -3 -5 -4 -5 10 -4 -5 0 1 1 0 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 1 1 0 0 0 59 0 1 7 4 7 8 1 0 0 0 1 1 0 0 8 1.66 1.21 74 P -1 -1 -3 -1 -4 2 -2 -4 1 2 0 -3 0 2 5 -1 -2 -4 1 -1 4 3 0 4 0 12 2 1 3 12 7 1 2 11 25 3 2 0 5 4 0.45 1.21 75 H -2 1 3 -1 1 0 0 -1 5 -1 0 -1 0 -4 1 -1 -1 -5 0 -2 3 8 17 4 3 3 5 6 12 3 8 3 3 0 8 3 3 0 3 3 0.28 1.39 76 H -2 2 2 2 4 -2 1 1 4 -3 0 -2 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 1 11 10 11 10 0 11 11 10 1 11 1 0 0 1 11 1 0 0 1 0.37 0.90 77 E -1 2 -1 -1 -1 3 3 -3 -4 0 -1 1 2 -1 -2 -2 -2 -5 -2 -1 6 11 2 3 2 11 21 2 0 5 5 9 5 3 2 3 2 0 2 5 0.30 1.80 78 R 0 2 2 0 1 1 -1 0 3 -2 -1 0 1 -2 -5 2 -2 -5 -1 -3 9 12 10 5 3 6 3 7 6 2 6 4 4 2 0 14 2 0 2 2 0.21 1.77 79 L -1 -1 0 -2 2 -1 0 -1 4 0 -1 -1 2 -1 2 0 1 -5 -1 -1 6 4 4 2 5 3 7 6 9 5 6 3 5 2 9 8 10 0 2 4 0.15 1.73 80 A 1 0 0 4 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