Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -3 1 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.60 2 K -1 3 0 0 -5 0 2 -3 2 -5 -4 4 -3 -4 -3 0 -2 2 -1 -4 4 19 4 5 0 2 17 0 7 0 0 33 0 0 0 5 0 3 2 0 0.58 0.60 3 H -2 -1 3 -2 0 2 -1 -3 1 -2 0 3 1 -2 -3 0 1 -3 3 -3 0 1 16 0 2 10 2 0 4 1 10 23 4 0 0 6 8 0 13 0 0.33 0.60 4 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 6 -4 2 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 94 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.60 5 S -1 -2 1 -2 -3 -2 -2 -2 1 -4 -4 0 -3 -4 1 5 1 -5 -3 -3 0 0 5 0 0 0 0 0 3 0 0 6 0 0 7 72 7 0 0 0 0.83 0.60 6 D -3 -3 2 7 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -1 -1 -6 -5 -5 0 0 7 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 1.55 0.60 7 E -2 -2 0 4 -5 1 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 2 0 4 29 0 5 49 0 0 0 0 0 0 0 0 8 3 0 0 0 0.91 0.60 8 L -2 -4 -4 -5 -3 -3 -2 -5 -4 1 5 -4 4 -1 -4 -1 -2 4 -2 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 4 64 0 11 0 0 7 0 6 0 3 0.72 0.60 9 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.60 10 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 3 -4 1 -2 -4 -4 -1 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 27 0 2 0 0 0 2 0 0 2 0.99 0.60 11 E -3 -1 -1 2 -5 2 6 -4 1 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 0 0 11 0 10 72 0 3 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.60 12 S 3 -3 -2 -3 3 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 4 2 -4 -3 1 24 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 13 0 0 12 0.60 0.60 13 Y -3 -3 -4 -5 1 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 3 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 91 0 1.81 0.60 14 F -2 -1 -3 -3 -4 1 0 -4 5 1 -2 0 0 3 -4 -2 -3 -1 5 0 2 3 0 0 0 9 5 0 15 8 0 5 2 10 0 3 0 0 29 8 0.54 0.60 15 K -2 3 0 0 -4 1 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -1 1 -5 -3 -4 2 14 4 6 0 6 0 0 0 0 0 55 0 0 0 2 12 0 0 0 0.75 0.60 16 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.12 0.60 17 K -2 0 0 -3 0 -2 -3 -4 -3 3 -1 2 2 -3 -4 -2 1 -4 -2 3 0 5 6 0 2 0 0 0 0 22 3 19 5 0 0 0 10 0 1 27 0.39 0.60 18 E -1 1 -2 1 -5 2 6 -4 0 -5 -4 1 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -3 -4 3 5 0 6 0 9 66 0 2 0 0 5 0 0 0 0 3 0 0 0 0.97 0.60 19 L -3 -4 -5 -5 -3 -1 -4 -5 -4 1 5 -4 2 0 -4 -2 -3 -3 0 -1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 5 81 0 3 2 0 3 0 0 3 0 0.90 0.60 20 N -3 0 5 1 -5 4 0 -1 3 -5 -4 2 0 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 2 39 6 0 26 2 2 8 0 0 14 3 0 0 0 0 0 0 0 0.77 0.60 21 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.14 0.60 22 S -2 -2 3 5 -4 -1 1 -1 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 4 -1 -5 -4 -4 0 0 13 35 0 0 6 2 0 0 0 3 0 0 0 42 0 0 0 0 0.80 0.60 23 P 0 0 -2 -1 -4 3 1 -3 1 -4 -4 0 -3 -4 6 -1 0 -4 0 -4 7 5 0 2 0 16 11 0 4 0 0 4 0 0 41 2 4 0 4 0 0.87 0.60 24 E 1 -2 -1 5 -4 -1 4 -3 3 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 15 0 0 45 0 0 28 0 8 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.60 25 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -1 9 -5 -4 -4 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.84 0.60 26 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 7 1 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1.25 0.60 27 E 0 3 -1 2 -4 2 3 -1 2 -4 -1 0 -3 0 -3 -1 -1 -4 0 -3 7 18 1 11 0 8 22 3 5 0 5 5 0 6 0 4 2 0 3 0 0.32 0.60 28 L -3 -3 -5 -5 -3 0 -4 -5 -4 0 6 -4 2 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 91 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.60 29 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 4 -4 2 0 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 48 0 5 2 0 0 0 0 0 3 0.89 0.60 30 E -1 2 -2 -2 -4 1 4 -4 -2 -2 1 2 2 -3 -3 0 -2 -4 -1 -3 4 10 0 0 0 4 38 0 0 2 15 14 6 0 0 6 0 0 2 0 0.45 0.60 31 K 1 0 1 -1 -4 2 4 -2 -2 -1 -2 2 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 12 4 8 0 0 7 32 2 0 4 4 12 0 0 0 5 9 0 0 0 0.39 0.60 32 E -2 -2 -2 0 -5 1 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.60 33 I -3 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -4 6 3 -4 5 -2 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 55 22 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.60 34 Q -1 0 1 -2 -4 3 1 -3 5 0 -2 3 1 -2 -3 -1 -1 -4 -1 -1 3 2 7 1 0 13 8 0 18 7 2 21 5 1 0 4 2 0 2 5 0.38 0.60 35 R -1 7 -1 -1 -2 -1 0 -4 1 -5 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 3 69 2 2 1 0 5 0 4 0 0 10 0 0 0 2 2 0 0 0 1.05 0.60 36 R -3 8 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.67 0.60 37 S 0 1 3 0 3 1 -1 0 0 -4 -4 1 -3 -4 -3 4 -1 -5 -3 -4 4 7 14 4 7 7 1 6 2 0 0 9 0 0 0 40 0 0 0 0 0.49 0.61 38 L -3 -2 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 5 -4 0 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 21 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.59 39 T -1 -2 2 -2 -3 0 -1 1 4 -1 -3 -1 -1 1 -3 3 2 -4 -1 -3 0 0 10 0 0 4 3 10 11 4 0 3 2 8 0 32 12 0 1 0 0.34 0.54 40 H -3 -2 2 4 -4 -1 0 -3 8 -4 -3 0 -3 -3 -3 -2 -1 -4 0 -4 0 0 8 28 0 0 3 0 47 0 3 6 0 0 0 0 3 0 3 0 0.90 0.42 41 K -2 3 -2 -2 -4 0 -1 -3 -2 -2 -3 6 2 -4 -2 -2 -2 -4 -3 -3 0 13 0 0 0 0 0 0 0 3 0 75 9 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.40 42 I -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -4 5 3 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 28 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0.75 0.39 K Lambda Standard Ungapped 0.1353 0.3174 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1930 0.3168 PSI Gapped 0.0591 0.2670