Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 -2 -1 -4 10 -3 -6 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.84 1.59 2 C -2 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -4 2 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.52 1.64 3 L -4 -6 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -3 3 5 -6 0 -1 -6 -6 -4 2 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 15 67 0 1 1 0 0 0 3 1 12 1.30 1.69 4 S 5 -5 -4 -5 -2 -4 -4 5 -5 -5 -5 -4 -3 -6 -3 0 -2 -6 -5 -4 50 0 0 0 1 0 0 39 0 0 0 0 1 0 1 6 1 0 0 0 1.29 1.71 5 I -2 -4 -5 -6 -4 -5 -5 -7 -6 6 1 -5 0 0 -6 -5 -2 -5 -2 4 2 1 0 0 0 0 1 0 0 51 10 0 1 3 0 0 2 0 1 27 1.22 1.74 6 P -3 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -5 9 -3 -3 -7 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 93 1 1 0 0 1 2.80 1.74 7 S 3 -4 -4 -5 -1 -4 -5 4 -2 -4 -2 -4 6 -5 -5 0 -3 -5 -2 -1 25 0 0 0 2 0 0 36 1 0 2 0 19 0 0 8 0 0 1 4 0.95 1.78 8 Q -4 4 -3 -4 -3 5 1 -5 -4 -4 -3 5 -3 -4 -5 -3 -2 -6 -5 -3 0 24 0 0 1 24 9 0 0 1 2 34 0 1 0 0 3 0 0 2 1.08 1.79 9 V -3 -6 -6 -7 -4 -6 -6 -7 -7 6 0 -6 -1 -4 -6 -5 -4 -6 -5 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 40 5 0 1 0 0 0 0 0 0 53 1.56 1.79 10 V -3 -3 -4 -4 -2 -3 0 -6 -4 4 1 -1 -1 -3 -5 -4 1 -6 -3 5 1 1 0 1 1 1 6 0 0 20 14 5 1 0 0 1 7 0 0 38 0.76 1.83 11 A 1 -1 -2 -1 -5 0 5 -2 -2 -5 -5 1 -4 -3 -4 3 -2 -6 -5 -4 14 3 1 3 0 4 40 2 1 0 1 9 0 1 0 19 2 0 0 0 0.78 1.81 12 V -3 -3 -5 -5 -1 -4 -4 -6 -5 6 2 -4 1 -2 -4 -4 -1 -2 -3 3 2 2 0 0 1 0 1 0 0 48 15 1 2 1 1 1 3 1 0 21 1.05 1.79 13 D -3 0 2 5 -4 0 3 -2 2 -3 -1 0 -3 -3 -3 0 -1 0 -1 -3 2 4 8 28 0 4 16 3 4 1 8 4 0 1 1 5 4 1 2 2 0.47 1.78 14 N -1 -3 0 4 -5 -2 1 4 -2 -5 -5 -1 -5 -5 2 -1 -2 -6 -3 -4 5 1 5 21 0 2 9 32 1 1 1 3 0 0 10 4 2 0 1 1 0.68 1.78 15 E -1 -3 0 4 -3 -1 3 2 0 -1 -3 -2 -3 0 -2 0 -1 -2 -3 -2 5 1 4 23 1 2 18 13 2 4 3 2 1 4 2 6 5 1 1 2 0.38 1.63 16 R 0 1 2 1 -4 0 1 1 2 -2 -1 0 1 -1 -2 0 0 -1 -2 0 7 7 10 9 0 4 8 10 5 2 7 5 3 3 2 5 5 1 1 6 0.11 1.50 17 Q 2 1 1 -1 -2 3 -1 1 -1 -2 -1 0 1 -1 0 -1 -2 -2 -1 -3 17 9 7 4 1 11 3 10 2 2 6 6 4 3 4 3 2 1 2 2 0.18 1.50 18 S -2 0 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -1 2 2 0 5 0 -3 0 2 0 -1 0 3 6 2 1 1 3 2 1 1 10 17 5 14 3 1 8 12 1 2 7 0.30 1.61 19 V 6 -5 -5 -5 4 -4 -4 1 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -5 0 68 0 0 0 9 0 0 9 0 2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 7 1.23 1.75 20 T -2 2 -3 -1 -3 -1 0 -4 -2 1 1 1 0 -1 -5 -1 3 2 -2 1 2 12 1 3 0 2 7 1 1 8 13 10 2 3 0 4 17 3 1 11 0.28 1.74 21 V 0 -3 -5 -4 4 -5 -5 -3 -5 2 -1 -5 -2 -2 -5 -4 -2 -5 -2 6 7 1 0 1 9 0 0 3 0 8 3 0 1 2 0 0 2 0 1 61 1.12 1.72 22 D -2 -1 0 6 -2 0 3 0 -3 -6 -5 -2 -3 -5 -3 0 -2 -6 -5 -4 4 3 4 45 1 4 20 7 0 0 1 1 1 1 1 6 1 0 0 1 0.96 1.78 23 T 0 -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 1 0 -3 0 4 -2 -2 0 -2 2 3 8 4 2 2 1 1 4 3 0 8 7 1 2 17 2 2 6 0 7 20 0.34 1.76 24 L -1 0 0 1 1 -2 -2 4 -1 -5 -1 -1 2 -1 -3 1 -2 -2 -3 -4 5 4 4 7 3 1 2 36 1 0 6 3 7 3 1 12 1 1 1 1 0.51 1.75 25 G -2 -4 0 -1 -5 -3 -2 7 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -3 -2 -2 -6 -6 -6 2 1 4 3 0 1 2 79 0 0 2 1 0 1 1 2 2 0 0 0 1.63 1.75 26 V -1 -2 1 -3 -3 -1 0 -2 -3 2 -2 -3 -1 -4 -4 -1 0 -6 -5 5 5 2 7 1 1 2 7 3 1 12 3 1 1 0 1 5 6 0 0 41 0.57 1.76 27 R -2 4 -2 -3 -1 2 1 -2 -1 0 -2 2 -2 -2 -3 -1 1 -2 -2 0 3 20 2 1 2 9 10 2 1 6 3 15 1 2 1 5 10 1 1 7 0.34 1.77 28 R -3 6 -3 -3 -3 0 -1 -4 -1 0 -1 3 1 -4 -3 -3 -1 -3 -3 -1 1 44 1 1 1 4 3 1 1 5 5 17 3 1 1 1 4 0 1 6 0.83 1.76 29 D -2 2 0 1 -6 2 4 -4 0 -3 -3 2 -2 -4 0 -1 1 -1 -3 -2 2 10 5 8 0 10 29 1 2 1 2 10 1 1 4 4 8 1 1 3 0.49 1.77 30 V 2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -5 -6 4 -1 -5 -3 -2 -2 -4 -2 -6 -4 5 19 0 0 0 2 0 0 0 0 21 2 0 0 2 2 0 2 0 0 49 1.07 1.77 31 S -2 1 4 1 4 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -1 -5 4 -2 -3 -2 -1 1 7 19 9 8 1 1 3 1 3 5 3 1 2 0 31 1 0 1 5 0.55 1.78 32 S -1 -4 -2 -4 -1 -5 -5 -4 -5 4 4 -5 2 0 -6 -3 1 -5 -2 2 5 1 2 1 1 0 0 1 0 22 35 0 4 3 0 2 11 0 1 12 0.69 1.78 33 H 3 -1 -2 2 -3 -1 0 0 1 -1 -1 -3 3 -2 -4 1 0 -2 -3 -1 24 3 1 13 0 2 6 8 4 3 5 1 8 1 1 8 5 1 1 4 0.29 1.77 34 L -3 -5 -1 -5 4 -5 -5 -2 -1 2 4 -5 2 0 -2 -3 -2 1 1 -1 2 0 4 0 10 0 0 4 2 9 44 0 6 4 3 2 2 2 6 3 0.67 1.63 35 M -2 -2 -5 -2 -4 -1 -2 -1 -5 3 2 -2 2 -4 -2 -2 -1 -5 -4 4 3 2 0 3 0 2 3 5 0 17 21 2 5 0 2 3 4 0 0 26 0.48 1.62 36 T 0 -2 -1 2 1 0 1 0 0 -2 -2 -1 -1 -1 4 -1 -1 -5 -4 0 7 2 3 12 3 5 8 7 3 2 3 3 2 3 20 4 4 0 0 8 0.29 1.56 37 E -1 -1 0 4 -5 0 4 1 1 -5 -5 -1 -4 -5 -1 -1 -1 -5 -5 -2 4 3 4 22 0 4 30 12 3 0 0 3 0 0 4 4 3 0 0 3 0.62 1.58 38 P 1 -1 1 2 -1 0 2 0 -1 -2 -2 -1 -1 -2 3 -1 -1 -1 -2 -1 10 3 6 10 1 5 15 7 1 2 4 4 2 2 16 4 3 1 1 4 0.23 1.13 39 L 2 -2 -3 -3 -2 0 -1 -3 -3 1 1 -2 -1 -2 1 -1 -1 -5 -4 4 16 2 1 1 1 5 4 1 1 6 13 2 1 1 6 4 2 0 0 31 0.37 1.45 40 A 1 1 -1 -1 0 3 2 -3 1 -3 -1 3 -1 -3 -1 0 0 -2 -3 -1 12 8 2 2 2 11 13 2 4 1 6 17 1 1 3 5 5 1 1 4 0.26 1.38 41 I -1 -2 -4 -3 -1 -1 0 -2 -2 3 0 -2 -1 -3 3 -3 -2 -5 -4 4 5 2 0 1 1 3 7 3 1 19 9 2 1 0 14 1 2 0 0 29 0.46 1.23 42 G -2 -3 -1 0 -5 -2 -3 7 -1 -6 -4 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 2 2 5 0 2 2 83 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.64 1.28 43 D -2 -2 -1 7 -2 1 1 -3 -1 -5 -5 0 -2 -3 -4 -2 0 -6 -1 -4 2 1 2 61 1 6 8 1 1 0 0 5 1 1 0 2 5 0 2 1 1.14 1.29 44 Y -4 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -5 2 -2 -3 -3 -2 2 -4 -3 -3 9 6 -3 1 1 1 1 1 1 1 0 5 2 1 1 1 7 1 1 1 35 35 1 1.71 1.26 45 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 -1 1 -4 -3 0 -4 -3 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 13 10 0 0 6 0 0 6 0 0 59 0.83 0.81 46 L -3 -4 -5 -5 -3 -1 -4 -5 -4 3 4 -1 2 0 -5 -4 -1 -3 1 1 0 0 0 0 0 4 0 0 0 21 47 4 6 4 0 0 4 0 5 7 0.66 0.81 47 I 0 -4 -1 -4 1 -4 -4 -4 -4 3 0 -4 1 -2 -4 -1 0 -4 0 5 7 0 4 0 3 0 0 0 0 17 6 0 4 0 0 3 4 0 3 48 0.64 0.81 48 H -2 -3 -1 -2 -5 2 -2 -2 9 -5 -3 -3 -3 2 -4 -1 -2 -4 2 -3 4 0 2 2 0 8 2 3 58 0 2 0 0 8 0 3 2 0 6 2 1.35 1.09 49 I 3 -1 0 -4 -1 -2 -4 -1 -4 0 1 -2 1 -2 -1 0 -1 -4 1 3 25 3 4 0 1 2 0 4 0 3 11 1 3 1 2 7 3 0 5 23 0.29 1.09 50 G -2 -4 0 2 -5 -1 -1 6 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -1 -2 -5 -5 -5 0 0 3 11 0 2 3 74 0 0 0 2 0 0 0 2 2 0 0 0 1.36 1.04 51 F -1 -3 -2 -2 1 -2 -3 -4 2 0 -1 -4 1 5 -5 -1 0 -2 4 -1 6 1 2 2 3 2 1 1 4 6 5 0 4 31 0 4 7 0 15 4 0.59 1.14 52 V 6 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -4 1 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 1 74 0 0 0 0 0 0 3 0 7 3 0 0 0 0 2 0 0 0 12 1.04 1.07 53 M -2 2 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -4 4 2 -3 4 -1 -5 -3 -2 -4 -1 2 3 14 0 0 0 2 0 0 0 31 18 0 13 1 0 1 1 0 1 14 0.67 1.07 54 N 0 3 1 0 -2 2 4 -1 0 -4 -5 -1 -4 -5 -4 2 0 -5 -4 -4 6 16 6 3 1 10 30 3 2 1 0 2 0 0 0 14 6 0 0 0 0.56 1.10 55 K -2 4 -3 -4 -1 -1 -1 -5 -4 1 0 4 -1 -4 -3 -2 0 -5 -2 2 1 21 0 0 2 1 2 0 0 9 8 32 1 0 1 1 5 0 1 15 0.57 1.13 56 I -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 3 -2 -5 -4 -2 -5 -2 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 39 32 0 6 0 0 0 2 0 1 17 0.96 1.10 57 D -2 -3 1 6 -5 -2 1 -3 -2 -5 -5 -2 -3 -6 1 2 1 -6 -5 -4 1 1 4 49 0 1 7 1 1 0 0 1 1 0 6 20 8 0 0 1 0.96 1.12 58 R 1 0 -2 0 -5 0 5 -3 -1 -4 -3 0 -2 -4 3 -2 -2 -5 -3 -3 15 4 1 5 0 3 42 1 1 1 2 3 1 0 16 1 2 0 1 1 0.73 1.17 59 N 1 -1 -1 3 -5 2 5 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -3 -1 -1 -3 -4 -3 13 2 1 14 0 9 40 1 1 1 1 8 0 0 0 3 3 0 0 1 0.69 1.23 60 D -1 1 -2 2 -6 0 6 -1 -1 -5 -4 -1 -1 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -3 4 8 0 10 0 2 54 4 1 0 1 1 2 1 0 4 3 0 1 1 0.84 1.27 61 A 6 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -1 -4 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -1 83 1 0 1 0 1 1 3 0 1 1 0 0 1 0 2 1 0 2 2 1.25 1.29 62 L 1 3 -2 -1 -5 3 3 -4 0 -3 0 1 -1 -4 -4 -1 -2 -2 -3 -3 13 16 1 4 0 13 21 1 2 1 12 8 2 0 0 3 1 1 0 1 0.43 1.33 63 Q 0 2 -2 0 -5 2 6 -4 -2 -3 -2 0 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -4 -3 7 10 1 3 0 10 51 1 1 1 4 5 0 0 1 1 2 0 0 1 0.84 1.36 64 S 1 -3 -1 -4 -1 -3 -3 -3 -4 3 -1 -4 0 -3 -4 2 5 -2 -1 0 11 1 2 0 1 1 1 1 0 17 4 0 3 1 0 13 38 1 2 5 0.62 1.37 65 L -2 -2 -1 -1 -3 -2 -1 -4 -3 2 5 -3 2 0 -5 -4 -3 3 -1 -1 3 2 3 5 0 2 4 1 0 9 51 2 5 3 0 1 1 4 2 1 0.63 1.42 66 E 3 2 -2 2 -5 1 4 -2 -2 -4 -5 1 -4 -6 -4 0 -2 -3 -4 -4 22 10 1 13 0 6 26 2 1 1 0 9 0 0 0 6 1 0 0 0 0.58 1.42 67 L 2 -4 -4 -2 -3 -2 -1 -2 -1 1 4 -4 2 0 -5 -3 0 -4 1 0 19 0 0 2 0 1 5 3 2 7 37 0 5 3 0 1 6 0 6 4 0.44 1.43 68 Y -3 -3 -6 -6 -3 -4 -4 -6 -3 1 4 -4 2 4 -6 -5 -4 6 2 -1 1 1 0 0 0 1 1 0 0 6 44 1 6 17 0 0 0 12 7 2 1.00 1.44 69 Q 1 3 0 2 -5 2 3 -3 -1 -4 -4 3 -3 -6 -4 -1 -1 -6 -3 -4 11 18 3 12 0 9 20 1 2 1 1 16 1 0 0 3 3 0 0 0 0.59 1.45 70 E 1 -2 -2 0 -1 3 5 -1 -1 -3 -2 1 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -4 10 1 1 5 1 12 44 6 1 1 4 6 1 0 0 3 2 0 0 0 0.71 1.45 71 I -3 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 4 -5 6 -1 -6 -5 -2 -5 -3 2 1 0 0 0 0 1 1 0 0 23 36 0 23 2 0 0 1 0 1 11 1.06 1.43 72 V 2 -2 -3 -3 -3 -1 0 2 -3 1 2 -3 0 1 -2 -2 -2 -5 -2 0 21 2 1 1 0 2 6 18 0 7 20 1 3 6 2 2 2 0 1 5 0.28 1.44 73 S 3 0 0 2 -5 0 4 0 -2 -5 -4 1 -3 -2 -4 0 -2 -6 -5 -4 23 6 3 13 0 4 26 6 1 0 1 6 0 2 0 7 2 0 0 0 0.52 1.45 74 K 4 -3 -1 0 -4 -1 3 -2 -2 -1 -1 0 -1 -4 -2 -1 -2 -5 -3 1 41 0 2 6 0 2 18 3 1 2 5 5 1 1 1 3 1 0 1 8 0.49 1.41 75 L -1 -3 -5 -4 -4 -1 0 -3 -4 1 3 -4 7 -1 -5 -2 -3 -4 2 1 4 1 0 0 0 3 7 2 0 5 30 0 27 1 0 3 1 0 6 8 0.71 1.41 76 E -4 -3 -2 5 -6 3 6 -4 -3 -6 -6 0 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 29 0 15 52 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.38 1.28 K Lambda Standard Ungapped 0.1353 0.3198 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1839 0.3178 PSI Gapped 0.0563 0.2670