Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A -1 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 0 -2 -4 -2 -3 4 -2 -1 -5 -4 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 2 2 0 0 71 1.14 0.90 2 R -2 5 5 -2 -5 0 -2 -3 2 -5 -5 4 -4 -5 -4 0 -1 -5 -2 -5 1 30 28 1 0 3 0 0 6 0 0 23 0 0 0 6 2 0 1 0 0.87 0.95 3 A 5 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -3 0 -1 -5 -4 3 66 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 3 2 0 0 25 0.95 0.95 4 R -3 0 -3 -4 -4 -1 -2 -5 1 4 1 -1 1 -2 -3 -1 2 -4 0 2 0 5 0 0 0 2 2 0 4 26 14 4 4 1 1 4 15 0 3 17 0.40 0.96 5 K -2 4 -2 -3 -5 0 -1 -4 2 -2 -4 6 -3 -2 -4 -1 -2 -5 -3 -4 2 19 0 0 0 2 1 0 6 3 0 62 0 2 0 2 1 0 0 0 1.08 0.97 6 G -2 -4 -3 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -4 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -5 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1.87 0.97 7 A 0 -4 -4 -5 0 -4 -4 -4 -5 3 1 -3 0 -3 -4 -1 0 -4 0 5 5 0 0 0 2 0 1 1 0 13 10 1 2 0 0 3 7 0 3 51 0.70 1.00 8 L -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -2 0 6 -5 1 3 -5 -5 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 75 0 2 13 0 0 0 0 1 3 1.13 0.99 9 V -3 -4 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 0 -1 -5 -4 -3 -5 -3 4 0 1 0 0 0 0 0 0 0 46 18 0 1 2 0 0 0 0 0 32 1.05 1.01 10 Q -2 0 -2 -1 -5 3 4 -4 -2 -5 -5 2 -4 -3 -3 2 3 -5 -4 -4 1 5 1 2 0 12 33 0 1 0 0 12 0 1 0 13 20 0 0 0 0.70 1.03 11 C -2 -5 -3 -5 11 -5 -5 -2 -5 -4 -4 -5 -4 -3 -5 -1 0 -5 -5 -3 1 0 1 0 83 0 0 2 0 0 0 0 0 1 0 5 7 0 0 0 2.39 1.02 12 D -4 -4 0 8 -6 -2 1 -4 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -3 -3 -7 -5 -4 0 0 3 92 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1.97 1.05 13 P 0 -4 -4 -4 -4 -2 -1 -3 -4 1 -4 -3 -1 -5 7 -1 -2 -6 -5 1 8 0 0 0 0 1 4 1 0 11 0 0 2 0 57 5 1 0 0 11 1.31 1.05 14 S 4 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -5 5 3 0 -5 -4 -2 35 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 30 25 6 0 0 2 0.96 1.09 15 I -1 -4 -4 -5 -1 -2 -4 -5 -5 4 -1 -4 7 -2 -5 -3 2 -5 -4 2 4 0 0 0 1 2 0 0 0 28 2 0 33 1 0 0 15 0 0 15 0.95 1.11 16 K 1 2 -3 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -3 -4 7 2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -3 10 6 0 0 0 0 0 0 0 1 0 73 6 0 0 0 2 0 0 1 1.23 1.11 17 A 2 -2 -3 -3 -4 7 2 -4 -3 -2 -4 -2 -3 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 19 0 0 0 0 55 11 0 0 2 0 0 0 0 0 6 3 0 0 2 1.05 1.11 18 L -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -4 4 2 -5 1 6 -6 -2 -3 -3 2 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 28 17 0 3 37 0 4 1 0 6 3 0.97 1.18 19 I -4 -5 -6 -6 2 -5 -6 -6 -6 6 4 -5 -1 -1 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 4 0 0 0 0 50 34 0 0 2 0 0 0 0 0 10 1.16 1.18 20 L -2 -1 -4 -5 2 -1 -2 -6 -3 2 4 -2 2 -2 -5 -4 -2 -5 -2 2 2 4 1 0 4 2 4 0 1 11 46 2 4 1 0 1 2 0 1 15 0.61 1.18 21 Q -2 -1 2 -1 -5 2 -2 -4 6 -3 -3 2 1 -1 -4 0 0 -4 4 -4 3 2 11 3 0 11 1 0 19 2 2 13 3 2 0 6 7 0 13 1 0.56 1.18 22 I -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 4 5 -5 4 -1 -5 -3 -3 2 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 50 0 9 1 0 2 0 3 7 1 0.95 1.15 23 D -2 -3 5 6 -5 -3 -1 -2 -3 -5 -5 -3 0 -5 -4 0 -2 -6 -5 -5 3 0 32 51 0 0 2 2 0 0 0 0 3 0 0 5 2 0 0 0 1.28 1.15 24 A 2 -1 1 1 -4 -1 5 -3 -3 -5 -3 0 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 18 2 6 7 0 2 35 0 0 0 2 6 0 0 0 19 3 0 0 0 0.62 1.13 25 K -1 1 0 1 -4 3 2 -2 -2 -4 -4 2 -2 -5 0 3 2 -5 -4 -3 3 6 4 6 0 15 10 3 1 1 1 11 1 0 4 21 12 0 0 2 0.39 1.14 26 M -3 4 3 -2 -5 1 1 0 0 -4 -1 1 3 -5 -2 1 -1 -5 -2 -4 1 21 16 1 0 5 10 6 2 0 5 7 9 0 1 11 3 0 1 0 0.42 1.17 27 S -1 0 3 -1 -5 1 0 -2 6 -5 -5 2 -4 -5 3 1 -2 -5 -3 -5 3 5 16 2 0 6 4 2 21 0 0 14 0 0 16 9 2 0 0 0 0.71 1.16 28 D -2 2 2 3 -4 -1 0 -1 0 -4 -4 4 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -3 -4 2 10 9 18 0 2 4 5 2 1 1 33 1 4 2 3 2 0 0 1 0.55 1.04 29 I -3 -5 -5 -6 -1 -5 -2 -6 -4 2 -2 -5 -2 8 -6 -5 -4 -2 3 -1 1 0 0 0 2 0 3 0 0 12 1 0 0 70 0 0 0 0 8 3 1.60 1.18 30 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 0 -5 -1 -3 -5 -5 -1 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 3 0 0 0 0 0 2 0 0 26 1.43 1.18 31 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 0 6 2 -5 0 -3 -5 -3 -2 0 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 60 15 0 1 0 0 1 1 1 1 16 1.16 1.18 32 E -1 -1 -3 -1 -2 4 5 -4 4 -5 -4 1 -2 -5 -2 -1 0 -5 -2 -2 4 2 0 1 1 17 41 0 11 0 1 6 1 0 1 4 5 0 1 4 0.75 1.18 33 E -4 -1 -1 6 -5 -1 3 -3 -3 -2 -5 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -6 -5 0 0 4 2 55 0 2 18 2 0 3 0 4 2 0 0 0 1 0 0 7 1.05 1.14 34 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 5 -5 0 -1 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 72 0 0 1 0 0 0 0 0 2 1.23 1.13 35 D -4 -4 1 8 -6 -3 -1 -1 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -7 -5 -6 0 0 5 86 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.84 1.13 36 D -2 -3 0 6 -6 -1 4 -2 -3 -5 -4 -1 -5 -6 -1 0 -2 -6 -5 -5 3 0 3 46 0 1 33 2 0 0 1 2 0 0 3 5 2 0 0 0 1.09 1.15 37 T -3 0 0 -3 -2 0 1 -3 0 -2 -3 -1 0 -1 -4 0 6 -2 0 -3 0 6 4 0 1 3 9 1 3 2 2 4 2 2 0 4 53 1 3 0 0.70 1.14 38 H -4 1 -1 -2 -1 -2 -3 -3 10 -5 -5 -3 -1 -4 -5 -2 0 -5 1 -2 0 7 1 2 2 1 0 2 69 0 0 0 2 0 0 3 6 0 4 4 1.69 1.15 39 L -2 -5 -6 -6 1 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 3 -2 -5 -5 -3 -4 -4 3 2 0 0 0 3 0 0 0 0 10 57 0 8 1 0 0 0 0 0 20 0.99 1.15 40 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 0 3 -5 1 7 -6 -5 -4 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 31 0 4 50 0 0 0 0 2 11 1.24 1.15 41 V -2 -5 -6 -6 3 -5 -5 -6 -6 5 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 6 0 0 0 0 38 2 0 0 0 0 0 0 0 0 52 1.25 1.15 42 N -2 0 1 3 -5 3 0 -4 0 -1 -2 4 -3 -5 -2 0 0 -5 -4 -2 2 4 5 17 0 13 4 0 2 4 5 28 0 0 2 7 5 0 0 3 0.46 1.15 43 P 2 -1 -2 -1 -4 0 3 -3 -2 -4 -4 -1 -4 -5 5 1 -1 -6 -5 -3 21 3 1 3 0 4 21 1 1 0 1 3 0 0 27 11 2 0 0 1 0.71 1.15 44 S -2 -2 2 4 -1 1 3 -3 3 -5 -5 0 -4 -5 -2 1 -1 -2 -3 -3 3 1 11 21 2 5 22 1 8 0 0 6 0 0 2 13 3 1 1 1 0.57 1.15 45 K 1 0 -4 -2 1 1 -1 -4 -2 1 0 2 4 -2 -4 -1 -3 -1 0 2 11 4 0 2 3 7 3 1 1 8 7 13 12 2 0 3 0 1 4 18 0.28 1.15 46 V 1 -3 -5 -4 -2 -4 0 -3 0 2 2 -2 -1 -1 -5 -2 -2 -5 -2 5 10 1 0 0 1 0 9 2 2 12 15 2 1 2 0 2 1 0 1 40 0.53 1.20 47 E 0 -2 2 3 -1 2 4 -2 -1 -5 -4 0 -2 -4 1 0 -2 0 -1 -4 6 1 11 16 1 8 27 3 2 0 1 5 1 1 7 7 2 1 2 1 0.49 1.20 48 F -2 1 0 -1 0 -1 1 -3 -1 -1 -1 -1 5 3 -4 -1 0 3 1 1 2 8 5 3 2 2 9 1 1 4 3 3 16 13 1 5 6 3 5 9 0.28 1.20 49 V -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 4 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 47 0 2 0 0 0 0 0 0 16 1.14 1.20 50 K -3 4 -2 -3 -6 5 1 -4 0 -5 -4 5 -2 -6 -4 -2 -3 -2 -4 -3 0 21 1 0 0 26 8 0 2 0 1 37 1 0 0 1 1 1 0 2 1.03 1.23 51 H 1 3 1 0 -5 1 3 -2 -1 -1 -4 0 -2 -3 -4 2 -1 -5 -1 -4 14 14 6 5 0 4 23 2 1 4 1 6 1 1 0 13 3 0 2 0 0.38 1.23 52 E 0 4 -3 -3 -5 1 4 -4 -2 -4 -3 4 -1 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 9 22 0 0 0 6 31 0 0 1 2 23 2 0 0 1 1 0 0 1 0.80 1.23 53 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 3 4 -5 1 -2 -5 -5 -2 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 43 0 3 1 0 0 2 0 0 32 1.03 1.20 54 N 0 -3 2 4 -5 0 3 2 -3 -1 -5 0 -4 -5 -4 0 0 -1 -5 -4 9 0 10 20 0 3 22 13 0 5 0 4 0 0 0 6 6 1 0 0 0.51 1.20 55 R -1 2 -1 3 -3 0 4 -2 -2 -4 -3 2 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -3 6 13 2 14 0 4 31 3 1 1 2 15 0 0 0 4 3 1 0 2 0.56 1.23 56 L -3 1 -4 -4 -5 -1 2 -5 -4 0 3 -2 2 4 -5 -3 -2 2 -1 0 2 9 0 0 0 2 14 0 0 5 31 2 6 17 0 1 1 3 1 5 0.50 1.22 57 L -3 2 -2 -5 -4 -1 -3 -6 -2 -1 4 -2 6 -1 -5 -3 -3 -4 -1 -1 1 13 2 0 0 3 1 0 1 0 44 1 27 2 0 1 1 0 2 1 0.88 1.21 58 S -2 -2 1 5 -6 -1 4 -4 -3 -5 -5 1 -5 -6 -4 1 -2 -6 -5 -5 1 1 4 37 0 1 30 0 0 0 1 8 0 0 0 13 2 0 0 0 0.98 1.21 59 K -2 1 -2 0 -6 5 4 -4 -3 -5 -5 4 -4 -4 -4 0 -2 -5 -4 -5 2 5 0 3 0 31 23 0 0 0 0 29 0 1 0 5 1 0 0 0 0.96 1.15 60 N -4 -1 7 -1 -5 -3 -3 -3 1 -2 -1 -1 -4 -4 -5 -2 1 -6 -2 -3 0 3 67 1 0 0 0 1 3 3 7 3 0 0 0 0 10 0 2 1 1.23 1.14 61 I 1 -4 0 -3 -4 -1 -2 -4 0 2 -2 -3 -2 -4 -4 3 4 -5 -1 1 9 0 4 1 0 3 1 0 3 11 2 0 1 0 0 28 27 0 2 8 0.53 1.13 62 Y -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -3 -3 -5 -3 6 -6 -4 -4 2 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 1 60 0 1.95 1.05 63 N -2 -3 4 2 -4 2 -2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 4 2 -5 -4 -4 0 0 26 11 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 13 0 0 0 0.81 0.86 K Lambda Standard Ungapped 0.1354 0.3189 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2068 0.3179 PSI Gapped 0.0633 0.2670