Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 2 -3 -1 -2 -3 -2 -2 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 4 -1 -4 -3 -3 22 0 0 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 48 0 0 0 0 0.75 0.51 2 R -3 7 -3 -4 -6 1 -1 -4 -2 -5 -4 1 -4 -5 0 -3 -3 -5 -4 -5 0 83 0 0 0 4 3 0 0 0 0 6 0 0 5 0 0 0 0 0 1.61 0.96 3 E -1 4 -1 -3 -2 4 2 -2 1 -5 -3 2 -3 0 -1 -1 -2 -4 -1 -4 3 28 2 0 1 18 14 2 4 0 2 10 0 4 3 3 2 0 2 0 0.56 1.04 4 N -2 0 3 1 -5 1 1 3 -3 -1 0 2 0 -2 -1 -2 -3 -5 -4 -3 3 5 15 6 0 5 7 20 0 3 10 15 3 2 2 2 1 0 0 1 0.29 1.04 5 L 0 -1 -2 -4 2 2 -1 -2 -4 0 2 -1 1 0 -3 2 -2 -4 -3 1 6 2 1 0 5 12 3 2 0 5 21 3 4 4 1 20 1 0 0 11 0.26 1.03 6 Y -1 4 -3 -3 -5 3 -1 -4 -3 -3 -3 4 -3 -2 2 0 1 -1 0 -3 4 22 0 0 0 12 3 0 0 1 1 26 0 2 10 5 8 1 4 1 0.56 1.04 7 F -1 3 -3 -3 -5 -1 -1 -2 -2 -3 -3 5 -2 -4 -2 1 -1 -5 -4 -2 5 16 0 0 0 0 3 3 1 2 2 49 1 1 1 13 2 0 0 2 0.75 1.02 8 Q -2 -1 -2 -2 3 4 -2 -5 0 3 -1 -1 1 -4 -1 -1 1 -5 -4 1 2 4 2 2 7 23 1 0 2 23 3 4 4 0 2 3 11 0 0 8 0.41 1.01 9 G 0 -2 -3 -1 -4 3 1 0 -3 -1 -2 -1 0 -4 2 1 1 -4 -1 1 6 1 0 2 0 17 8 7 0 3 4 2 3 0 11 12 8 0 2 13 0.26 0.99 10 L 1 -4 -2 -5 1 -2 -3 -4 -4 -1 4 -4 2 -2 -4 0 -2 -4 -1 1 14 0 3 0 3 2 1 0 0 1 47 0 6 0 0 8 2 0 2 11 0.53 0.99 11 K -1 5 -1 -3 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 4 -1 -2 -2 2 -2 -5 -2 -3 3 30 2 0 0 2 2 1 1 0 1 31 1 2 1 18 1 0 2 1 0.72 0.98 12 Y -1 -4 -2 -3 -4 -1 -1 5 1 -3 -3 -2 -1 0 -2 -1 -3 5 1 -4 2 0 1 0 0 3 3 55 4 2 2 1 2 4 1 3 0 8 6 0 0.87 0.91 13 M -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 6 -1 -2 -2 0 -4 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 39 21 0 24 1 2 2 6 0 0 3 0.88 0.98 14 V 1 -1 -4 -3 2 0 -2 -4 -2 1 -1 2 -1 5 -1 -2 1 -3 0 1 11 2 0 1 4 3 2 0 1 9 3 13 1 27 2 1 8 0 2 9 0.37 1.01 15 P -1 -3 -4 -3 -4 0 0 -1 -4 3 -1 0 -2 -4 3 -2 -2 -5 -4 4 5 1 0 1 0 5 8 5 0 16 3 6 0 0 17 1 2 0 0 30 0.48 1.04 16 G -2 -4 1 -1 -5 -3 -2 7 -4 -6 -6 0 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 5 2 0 0 2 82 0 0 0 7 0 0 0 2 0 0 0 0 1.54 1.01 17 A 3 -2 -2 2 2 0 -2 -3 -4 -2 0 -2 -1 -2 -4 0 1 -4 1 2 25 1 1 12 4 5 1 1 0 1 11 2 1 1 0 5 10 0 5 14 0.28 1.06 18 R -3 6 -3 -4 1 -1 -2 -5 -1 -2 -2 2 -2 -4 -3 -2 -1 4 -2 1 0 51 0 0 4 1 1 0 1 2 3 10 1 0 1 2 4 7 1 11 0.84 0.98 19 V -1 -4 -4 0 -3 -4 -4 -5 -5 1 -1 0 -2 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 3 0 0 6 0 0 0 0 0 4 0 6 0 0 0 0 0 0 0 82 1.11 0.90 20 T 0 2 -4 0 -1 -1 -2 -4 -4 2 -1 0 3 -3 -4 -2 -1 -5 -4 4 9 14 0 6 1 2 2 0 0 13 1 6 10 0 0 2 2 0 0 32 0.43 0.90 21 R -3 8 -2 -4 -5 1 -2 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -4 -3 -1 -5 -4 -4 0 91 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1.73 0.90 22 G -2 -3 0 -1 -4 -3 0 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 1 -3 -4 -4 -4 0 0 4 3 0 0 7 69 0 0 1 0 0 0 0 13 0 0 0 0 1.18 0.85 23 L -1 1 -2 -2 -5 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 6 -2 -1 -5 -1 0 6 7 2 2 0 2 1 3 2 3 5 3 2 2 46 2 3 0 2 8 0.86 1.17 24 D -2 -3 2 6 1 0 0 -1 1 -5 -5 0 -5 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -5 3 0 8 59 3 3 3 3 4 0 0 5 0 0 0 3 4 0 0 0 1.02 0.93 25 W -5 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -3 1 -5 -3 -1 -6 -5 -4 12 0 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 83 0 0 3.10 0.93 26 K -2 0 4 0 -5 1 0 -4 0 -1 -2 4 0 -5 0 -1 1 -5 -4 -2 2 4 21 3 0 6 6 0 3 4 2 27 3 0 5 2 8 0 0 2 0.44 0.93 27 W -4 0 -5 -2 -5 -4 -2 -5 0 -4 0 -4 -3 1 -5 -2 -4 11 4 -4 0 5 0 3 0 0 2 0 3 0 10 0 0 4 0 4 0 55 14 0 1.98 1.05 28 R -2 1 2 2 -5 -1 2 4 -1 -6 -5 0 -5 -3 -2 -1 -3 -5 -5 -5 1 9 9 12 0 2 17 39 1 0 0 5 0 1 1 2 0 0 0 0 0.70 1.05 29 D -3 -2 5 6 -2 -1 0 -3 -1 -5 -4 -1 0 -5 -3 -1 -2 -6 -5 -5 1 2 32 43 1 2 5 1 1 0 1 2 3 0 1 4 1 0 0 0 1.03 1.05 30 Q -2 -1 0 2 -5 7 2 -4 0 -2 -5 -1 -3 -5 -4 0 -3 -5 -4 -4 2 2 4 12 0 59 10 0 2 3 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.11 1.05 31 D -4 -4 2 7 -5 -3 -1 1 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -3 -6 -5 -5 1 0 7 78 0 0 0 9 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.70 1.27 32 G -1 -1 -1 -1 -4 -1 -3 6 0 -4 -4 -1 -4 -4 -4 -1 -1 -4 -4 -1 4 3 3 3 0 3 1 62 2 1 1 3 0 0 1 4 3 0 0 6 0.99 1.19 33 S -1 0 0 -1 1 1 -1 4 -4 -1 -2 -1 -4 0 0 1 -1 2 -4 -2 4 4 4 4 4 6 4 30 0 3 4 4 0 4 5 9 4 3 0 3 0.32 1.76 34 P 0 -1 0 -1 1 0 1 -4 3 -2 -2 0 0 -5 5 0 -1 -5 0 -2 8 4 4 4 3 3 9 0 7 3 3 5 3 0 25 6 3 0 3 3 0.39 1.83 35 Q -2 -1 -1 -1 -5 1 0 4 2 -5 -3 -4 -4 0 4 -1 -2 -5 0 -2 3 3 3 3 0 6 6 29 5 0 3 0 0 5 20 4 3 0 4 3 0.53 1.73 36 G -1 1 0 0 1 -1 0 1 2 -1 -2 1 1 -1 -5 2 -1 -5 0 0 4 6 5 5 3 3 6 12 6 3 3 10 4 3 0 15 3 0 3 6 0.16 1.85 37 E 1 0 -4 -1 1 0 2 -5 2 1 0 0 2 0 0 -2 0 -5 0 1 10 6 0 3 3 4 12 0 4 7 9 5 5 3 6 3 6 0 3 11 0.15 1.85 38 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -5 6 -5 0 -5 -4 -4 -5 -5 0 -4 -5 -5 1 5 0 0 0 0 0 0 74 0 5 0 0 0 0 0 6 0 0 0 10 1.45 1.38 39 T -1 2 -2 -2 -4 -1 -2 -5 -4 1 -2 2 0 -2 -4 -1 5 -5 0 2 5 10 1 2 0 2 2 0 0 7 2 11 2 1 0 2 35 0 4 14 0.50 1.38 40 V -1 -1 -4 -4 2 -4 0 -5 -5 3 0 -4 0 -3 -4 -4 -1 -5 -4 6 3 3 0 0 4 0 8 0 0 16 5 0 2 0 0 0 2 0 0 54 0.86 1.29 41 T -3 1 -2 -5 0 -2 -1 -4 -2 2 1 -2 1 0 -5 -2 3 -5 -1 3 2 9 2 0 2 2 5 1 1 13 10 2 3 4 0 3 18 0 2 22 0.40 1.82 42 G 0 2 1 2 -5 -1 2 3 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 2 -1 -5 -2 -5 8 10 7 10 0 2 12 18 0 0 3 9 1 0 0 14 3 0 2 0 0.39 1.79 43 E -2 -3 -2 0 -2 -3 3 -2 3 3 -2 -2 0 0 1 -1 -1 -5 -2 2 3 1 1 5 1 0 20 3 8 15 2 3 2 5 7 4 3 0 1 16 0.35 1.78 44 L 0 -2 -1 -2 2 -2 0 -1 0 2 -1 -1 -1 -1 0 3 0 -5 -1 1 7 2 2 2 4 1 6 6 2 11 6 4 1 3 5 21 5 0 2 8 0.17 1.76 45 H -2 1 -1 1 0 0 1 0 4 -3 -5 2 -5 -5 4 1 -1 0 -2 -3 3 6 2 6 2 3 9 6 10 1 0 11 0 0 19 10 4 1 1 2 0.41 1.79 46 N -2 4 3 4 -1 -1 -1 0 1 -3 -5 0 -5 -6 -1 0 -1 2 -5 -3 2 22 15 19 1 2 3 6 3 2 0 6 0 0 3 6 3 3 0 2 0.55 1.83 47 G -1 0 0 -2 -5 -1 -2 5 -5 -4 -3 0 -1 -2 -2 3 0 -6 -5 -4 4 5 4 2 0 3 3 40 0 1 3 5 2 2 2 20 4 0 0 1 0.63 1.84 48 W 1 -2 -4 -5 -5 -1 0 0 -5 -2 -3 -4 -4 -1 -2 0 2 9 -1 1 10 2 0 0 0 3 8 8 0 2 3 0 0 2 2 6 15 28 1 9 0.88 1.69 49 I 3 -5 -5 -6 2 -5 -5 -5 -5 3 -1 -5 -3 -4 -3 -2 -3 1 -1 5 28 0 0 0 4 0 0 0 0 14 4 0 0 0 2 2 0 2 2 41 0.89 1.68 50 D -3 1 0 2 -2 0 0 -3 1 -1 0 1 -4 -1 -3 0 1 -5 2 1 1 9 4 10 1 5 5 2 4 4 8 9 0 3 1 7 8 0 9 12 0.17 1.72 51 V -2 -5 -5 -6 0 -5 -5 -4 -6 1 0 -5 -2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 7 1 0 0 0 2 0 0 1 0 3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 84 1.54 1.48 52 T -1 3 -3 -4 -1 4 0 -5 0 0 -1 1 0 0 -5 -1 2 -5 -2 -1 5 17 1 0 1 21 6 0 2 4 7 7 3 5 0 4 11 0 1 5 0.39 1.52 53 W -5 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -6 -4 1 -7 -2 -5 12 -1 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 0 92 0 0 3.91 1.54 54 D -1 -2 -1 6 -6 1 1 -4 -4 -4 -4 -1 -3 -3 0 1 -1 -6 -3 -4 6 2 2 54 0 5 6 0 0 1 2 2 1 1 5 9 3 0 1 1 1.00 1.58 55 A -2 -2 5 0 -2 -1 -3 -3 4 -2 -4 -1 2 -3 -5 2 2 -6 -2 -2 2 1 33 4 1 2 1 1 11 2 1 3 5 1 0 16 12 0 1 3 0.71 1.57 56 G -2 -2 0 -1 -2 -3 -3 7 -5 -6 -3 -2 -5 -6 -5 -2 -3 -6 -6 -2 2 2 4 3 1 1 1 75 0 0 3 2 0 0 0 1 1 0 0 3 1.43 1.56 57 G 0 -2 2 0 -1 0 -2 1 3 -1 -1 -1 -3 0 -4 1 3 -5 0 0 8 2 9 5 1 5 2 9 6 4 6 3 0 3 0 10 17 0 4 6 0.18 1.55 58 S -1 3 -2 -3 -2 1 0 -1 -1 -1 -3 3 -1 -5 -4 0 3 -5 0 0 4 14 1 1 1 5 7 4 2 4 2 17 2 0 0 6 22 0 3 6 0.39 1.55 59 N 0 -1 7 -2 -1 -1 -3 0 1 -6 -6 -2 -3 -1 -5 0 0 2 1 -5 7 2 51 1 1 2 1 8 3 0 0 1 0 3 0 6 5 3 5 0 0.98 1.55 60 S -2 -1 4 -1 -5 0 -3 -4 -2 -1 0 -3 -3 -5 -2 2 2 2 -4 2 3 4 22 2 0 5 1 0 1 3 12 0 0 0 1 16 10 3 0 16 0.44 1.55 61 Y -5 -5 -5 -6 4 -4 -5 -6 1 -4 -3 -5 -4 0 -6 -5 -5 -1 9 -2 0 0 0 0 8 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 86 2 2.41 1.55 62 R -4 8 -3 -5 -6 0 -3 -5 -1 -6 -5 0 -4 -3 -2 -2 -4 -5 0 -5 0 85 0 0 0 3 0 0 1 0 0 3 0 1 2 2 0 0 3 0 1.91 1.49 63 M -1 -5 -1 -6 2 -5 -5 -3 -1 1 0 -5 4 3 -6 -4 -2 5 3 3 6 0 3 0 4 0 0 2 1 8 7 0 12 11 0 0 2 8 10 25 0.66 1.49 64 G -2 -5 -2 -3 -2 -4 -5 7 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -5 -2 -3 -5 -6 -6 1 0 1 1 1 0 0 91 0 0 1 0 0 0 0 1 2 0 0 0 1.97 1.45 65 A 2 -2 -2 -3 -1 -1 -1 -2 5 -2 -3 1 -4 3 -2 0 -2 -3 5 -3 17 1 2 1 1 2 4 3 13 2 2 9 0 10 1 7 3 0 21 1 0.52 1.43 66 E -3 -1 3 3 -6 1 4 0 1 -6 -3 2 -5 -4 -3 0 -3 -6 -1 -5 1 3 13 17 0 4 26 6 4 0 2 14 0 1 1 5 0 0 2 0 0.61 1.46 67 G -3 -2 0 0 -5 -1 -3 7 -1 -6 -5 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -1 -3 -6 0 2 4 5 0 3 1 77 1 0 1 1 0 0 0 2 0 1 1 0 1.54 1.45 68 K 1 0 -1 -1 3 0 -1 -3 0 -2 -2 4 3 -2 -3 0 -2 -5 0 -2 13 3 3 3 6 5 3 1 2 2 3 32 8 1 1 5 1 0 3 3 0.42 1.39 69 F -3 -4 -5 -6 1 -5 -5 -6 1 -2 -3 -4 0 5 -6 -2 -4 1 7 2 2 0 0 0 3 0 0 0 3 1 1 1 2 27 0 4 0 2 41 14 1.28 1.40 70 D -2 -4 0 8 -6 0 0 -4 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -6 2 0 2 89 0 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.07 1.40 71 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 3 5 -5 -1 -3 -6 -5 -4 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 64 0 0 0 0 0 0 0 0 22 1.26 1.40 72 K -1 3 -3 -3 -1 3 1 -5 -3 -2 -1 5 -2 -3 -4 -3 -1 -5 -3 -1 4 18 0 1 2 12 10 0 0 2 7 34 1 1 0 0 4 0 1 4 0.64 1.37 73 L -1 -2 -6 -6 5 -5 -5 -6 -5 3 3 -5 -1 -1 -3 -4 -3 -5 1 4 6 2 0 0 13 0 0 0 0 15 27 0 0 2 1 0 0 0 5 29 0.80 1.35 74 A 3 -3 -5 -5 5 -4 -5 -4 -5 1 -2 -4 -2 -4 -3 -3 -2 -5 -4 5 29 1 0 0 14 0 0 1 0 6 0 1 0 0 1 0 1 0 0 46 0.98 1.23 75 P -2 -1 -1 5 -5 -2 0 -3 -4 -5 -4 -1 -5 -5 5 1 -3 -6 -4 -3 2 3 2 36 0 1 6 1 0 0 1 3 0 0 32 11 0 0 1 2 1.02 1.12 76 G 1 0 -1 2 -5 -3 1 3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 5 1 -2 -5 -5 -2 11 6 2 10 0 0 11 19 0 0 1 0 0 0 26 8 2 0 0 3 0.61 1.07 77 Y 1 1 -2 -4 -5 -1 -2 0 3 -4 -3 0 -4 2 5 -1 -2 0 2 -3 11 7 2 0 0 2 2 7 8 0 1 7 0 9 30 3 1 1 8 1 0.58 1.02 78 D -2 -4 2 5 0 -2 0 -1 -3 0 -2 -3 -4 -5 2 -1 0 -6 -5 -1 1 0 8 41 2 1 5 5 0 5 4 0 0 0 12 4 5 0 0 6 0.62 0.89 79 P -2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.63 0.60 K Lambda Standard Ungapped 0.1401 0.3153 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1731 0.3178 PSI Gapped 0.0530 0.2670