Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -4 -5 -6 -3 -3 -5 -5 -4 -1 4 -4 8 1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 45 5 0 0 0 0 0 0 1.28 0.86 2 Y -3 -4 -5 -6 -3 -3 -5 -5 1 -4 -3 -4 -3 3 -6 -2 -4 9 8 -3 1 0 0 0 1 1 0 0 2 0 0 0 0 9 0 2 0 26 57 2 1.94 1.09 3 R -2 4 2 -3 -2 3 0 -3 1 -3 -3 4 0 -3 -4 -2 -3 -3 -3 0 2 21 8 1 1 13 4 1 3 1 2 29 2 1 0 2 1 0 0 7 0.57 1.11 4 V -2 -5 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 1 1 -5 -2 -3 -5 -4 1 -5 -4 6 1 0 0 0 3 0 0 0 0 5 10 0 0 0 0 0 10 0 0 71 1.14 1.10 5 L -1 -3 -5 -5 -4 -5 -5 -6 -5 5 2 -5 0 0 -5 -2 -1 -5 -2 3 4 1 0 0 0 0 0 0 0 37 22 0 2 3 0 3 3 0 1 25 0.80 1.12 6 I -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 2 4 -5 4 0 -5 -5 -3 -4 -3 4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 11 49 0 10 3 0 0 0 0 0 27 0.99 1.13 7 L -4 -2 -1 -5 -4 -3 -4 -5 5 2 3 -4 0 2 -5 -4 -3 7 2 -1 0 2 3 0 0 1 1 0 18 11 26 0 2 9 0 0 0 16 7 3 0.88 1.16 8 N -4 -1 8 3 -5 -2 -2 -1 -2 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -6 0 2 78 16 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1.72 1.14 9 D -4 -4 -1 8 -6 -3 -1 -4 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -3 -1 -7 -6 -6 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 2.13 1.14 10 D -1 -3 1 6 -5 -2 1 -3 -2 -5 -6 -1 -5 -6 4 -1 -2 -6 -5 -5 4 1 5 53 0 1 6 1 1 0 0 3 0 0 19 3 2 0 0 0 1.14 1.14 11 Y -3 -4 -4 -1 -4 -3 -1 -5 2 1 -2 -3 -2 4 -5 -2 -3 1 6 3 0 0 0 3 0 1 4 0 5 7 1 1 1 16 0 4 1 1 28 26 0.75 1.14 12 T -3 -3 6 -2 -4 -3 -3 -4 3 -4 -5 -3 -4 -5 -4 -1 5 -5 -1 -2 0 0 42 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 2 43 0 2 3 1.24 1.23 13 P -2 -3 -1 -2 -4 -2 -2 -4 -4 -3 1 -1 -2 -5 5 1 4 -5 -5 -3 1 1 2 1 0 2 1 1 0 0 15 3 1 0 27 11 34 0 0 0 0.81 1.23 14 M -2 1 -5 -3 -4 -1 -4 -5 -1 -1 -1 -2 8 4 -3 -4 -3 2 0 -2 3 7 0 1 0 2 0 0 2 2 1 2 54 18 1 0 1 3 2 1 1.24 1.28 15 E -3 -2 -1 4 -6 1 5 -3 -1 -6 -5 -2 -5 -6 -3 1 -1 -2 -5 -5 1 1 2 27 0 5 45 1 1 0 1 1 0 0 1 10 3 1 0 0 1.00 1.26 16 F -3 -3 -4 -5 -5 -4 -2 -4 5 -3 -2 -5 -3 7 -6 -4 -4 2 6 -3 1 1 0 0 0 0 3 1 13 0 1 0 0 47 0 0 0 2 29 1 1.51 1.26 17 V -3 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -6 1 -1 -5 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 7 0 0 0 0 2 0 0 0 0 3 2 0 2 0 0 0 0 0 0 90 1.61 1.26 18 V 0 -3 -4 -4 -2 -1 -2 -4 -2 4 -2 -4 1 -4 -5 -2 2 -5 -4 5 7 1 0 1 1 2 2 1 1 23 1 0 3 0 0 3 13 0 0 41 0.72 1.26 19 Y -1 0 -1 2 -5 1 3 -3 3 -3 -2 -1 1 0 -5 -1 -2 2 3 -2 4 5 3 12 0 5 20 2 8 1 4 3 4 4 0 4 2 3 11 2 0.36 1.37 20 V -1 -5 -5 -5 3 -1 -5 -5 -5 3 -1 -4 3 -4 -5 -1 1 -5 -4 5 3 0 0 0 6 3 0 0 0 15 4 0 6 0 0 3 8 0 0 51 0.89 1.27 21 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 5 -5 2 4 -6 -5 -4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 66 0 5 17 0 0 0 0 0 5 1.23 1.36 22 E -2 1 -2 -2 0 4 2 -3 0 1 -2 1 5 -2 -5 -2 -1 -5 -1 0 3 8 2 1 2 23 11 1 2 7 2 9 14 1 0 2 4 0 2 6 0.44 1.36 23 R -1 3 1 1 -1 1 1 -2 1 -2 -3 3 -1 -5 -4 1 2 -5 -1 -2 4 15 5 6 2 5 9 3 3 2 2 17 2 0 0 8 13 0 2 2 0.32 1.36 24 F -1 -5 -5 -5 1 -2 -2 -6 1 2 0 -5 0 5 -5 -3 -2 -3 4 3 5 0 0 0 3 2 3 0 3 11 7 0 2 24 0 2 2 0 16 19 0.67 1.36 25 F 0 -4 -4 -5 4 -4 -4 -5 -4 2 1 -4 3 2 2 -3 1 -3 3 1 10 0 0 0 10 0 0 0 0 10 10 0 10 10 10 0 10 0 10 10 0.47 1.00 26 N -2 0 3 -1 -1 -1 -1 4 3 -3 -4 0 -1 -2 1 0 -2 -6 -1 -3 2 5 13 3 1 3 4 30 7 1 2 5 2 2 7 7 1 0 2 1 0.44 1.61 27 K -3 -1 -4 -5 1 -1 -2 -5 4 -1 1 4 5 0 -5 -3 -2 1 2 -2 2 3 0 0 4 2 2 0 10 3 15 24 18 4 0 2 2 2 8 2 0.63 1.61 28 S -2 -2 2 3 -1 -1 -1 -2 -1 -3 -3 -2 1 -5 0 3 4 -6 -5 -3 2 1 8 15 1 2 3 3 2 2 2 2 4 0 5 20 26 0 0 2 0.52 1.61 29 R -2 3 -2 -2 -2 2 3 -3 1 -2 0 1 -1 -1 1 -1 -1 -1 -1 -1 3 15 2 1 1 10 16 2 4 3 8 8 2 3 7 4 3 1 2 4 0.26 1.75 30 E -1 -1 -2 3 -6 1 5 -3 -1 -3 -4 0 0 -4 2 -1 -1 -6 -3 -3 6 2 1 16 0 5 35 2 1 2 2 4 2 1 9 4 4 0 1 2 0.59 1.75 31 D -2 2 -1 1 -6 5 3 -4 0 -3 -3 3 -1 -3 -5 -1 -1 -6 -3 -3 2 10 2 7 0 23 20 1 2 1 2 17 1 1 0 3 4 0 1 2 0.64 1.75 32 A 7 -5 -1 -5 1 -4 -4 -1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 0 -2 -6 -5 -3 86 0 3 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 1.53 1.63 33 T -3 -1 -1 -2 -2 -1 3 -4 1 -1 -3 -2 0 0 -5 -2 4 4 1 1 2 3 3 1 1 3 19 1 4 2 2 2 2 4 0 2 27 5 5 12 0.47 1.63 34 R 1 3 0 0 -3 4 2 -3 0 -4 -4 2 -1 -4 -4 -1 -1 -6 -5 -3 12 17 5 6 1 22 12 1 3 1 1 10 1 0 0 5 3 0 0 1 0.53 1.50 35 I -3 -4 -6 -6 4 -5 -6 -6 0 5 3 -4 0 -2 -6 -4 -1 -5 -2 2 1 1 0 0 7 0 0 0 3 40 28 1 1 1 0 1 3 0 1 14 0.97 1.50 36 M 1 -1 -4 -5 2 -3 -4 -4 -4 0 -2 -4 8 0 -5 -1 2 -4 -4 0 14 3 0 0 4 0 0 0 0 3 0 0 50 3 0 5 15 0 0 4 1.07 1.22 37 L -2 -1 -1 -1 -4 0 0 -5 0 1 4 -2 4 0 -5 -2 0 2 0 -1 2 3 3 3 0 3 6 0 2 6 37 2 13 3 0 2 7 3 2 4 0.43 1.22 38 H -2 0 -1 0 -1 3 3 -3 2 0 -1 0 0 -2 -4 0 1 -5 -2 0 3 4 2 4 1 15 21 1 4 6 6 6 2 2 0 5 10 0 1 6 0.28 1.22 39 V 2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 -2 -4 -2 -3 -5 -3 2 -5 -4 5 15 0 0 0 0 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 12 0 0 44 0.99 1.22 40 H -4 -3 0 0 -6 0 -1 -5 10 -6 -5 -2 -4 -1 -5 -3 -3 -5 -1 -4 0 0 2 5 0 3 4 0 79 0 0 2 0 2 0 0 1 0 0 1 2.22 1.38 41 Q -2 1 2 -2 -2 2 0 -1 3 -2 -3 2 -2 0 -5 -2 2 1 3 -3 3 9 12 2 1 10 6 4 7 3 2 10 1 3 0 2 13 2 10 1 0.33 1.38 42 N -2 1 3 1 -1 3 3 -1 0 -3 -3 3 -2 -4 -4 0 0 -6 -3 -4 2 6 12 6 1 12 17 4 2 2 2 17 1 1 0 8 6 0 1 1 0.40 1.38 43 G -3 -5 -2 -2 -5 -2 -1 7 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -2 -5 -2 -6 0 0 1 2 0 2 3 84 0 0 0 2 0 0 0 1 2 0 2 0 1.71 1.38 44 V -2 3 -2 -3 -1 2 -1 -3 -1 -1 -1 4 0 -3 -4 1 -2 -5 -3 0 3 14 1 1 1 10 3 1 1 4 5 31 2 1 0 10 1 0 1 8 0.47 1.38 45 G 4 -4 -3 -3 4 -4 -3 4 -2 -3 -5 -4 -4 -5 -4 0 -1 -5 -2 -2 44 0 1 1 10 0 1 28 1 1 0 0 0 0 0 6 4 0 1 2 0.89 1.37 46 V -1 -4 -4 -3 -2 -3 -1 -4 -3 3 0 -4 -1 1 -2 -2 1 -5 -2 5 5 1 1 1 1 1 6 1 1 17 9 1 1 5 2 2 9 0 1 39 0.57 1.42 47 C -1 -5 -5 -6 8 -5 -5 -4 -6 0 -2 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -5 -4 6 5 0 0 0 34 0 0 1 0 2 2 0 0 0 0 0 1 0 0 54 1.52 1.37 48 G 0 -3 -3 -4 -2 -4 -4 5 -4 0 -3 0 -2 -2 -5 0 -1 4 -1 -2 8 1 1 1 1 0 1 48 0 7 2 6 1 1 0 8 3 7 2 3 0.78 1.44 49 V -1 -2 -2 -4 0 -1 -1 -3 -2 2 -2 -2 -2 -4 0 1 4 -6 -4 4 4 2 1 0 2 3 4 1 1 11 1 2 1 0 4 9 25 0 0 27 0.48 1.46 50 Y -3 -4 -4 -4 4 -5 -4 4 -3 -4 -2 -3 -3 3 -4 -3 -1 2 7 -4 1 1 0 0 10 0 1 28 0 0 3 1 0 11 1 0 4 2 36 1 1.10 1.47 51 T 0 -3 -2 -1 -3 -3 -1 -2 0 -3 -4 -3 -1 -5 5 2 3 1 -4 -2 7 1 2 4 0 1 4 2 2 1 1 0 2 0 27 19 22 2 0 2 0.70 1.50 52 Y -2 5 -3 -5 -5 2 -2 -2 0 -3 0 2 0 1 -4 -3 -4 -2 5 -4 4 28 0 0 0 9 2 3 2 1 11 10 2 6 1 0 0 0 19 0 0.66 1.55 53 E -3 -2 -3 5 -6 -1 6 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -4 2 1 0 28 0 1 56 1 0 0 0 1 0 0 3 3 3 0 0 1 1.31 1.52 54 V -2 0 -4 -2 -5 1 1 -5 2 4 -1 0 0 -2 -2 -3 -2 -5 -3 3 3 6 0 2 0 7 12 0 5 27 4 5 2 1 2 1 1 0 1 20 0.47 1.52 55 A 6 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -2 -4 -2 -1 -4 4 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -1 75 0 0 0 1 0 0 1 0 2 4 0 11 0 0 1 0 0 0 3 1.26 1.45 56 E -1 0 -2 -1 -1 1 7 -4 -1 -4 -4 0 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -3 4 4 1 1 1 5 69 1 1 1 2 4 1 0 0 2 1 0 0 2 1.23 1.49 57 T 1 0 -3 -3 -3 -2 -1 -3 0 -3 0 -2 0 1 -1 0 5 -5 -1 -1 12 5 0 1 0 2 5 1 2 1 11 1 2 6 4 7 34 0 2 3 0.41 1.47 58 K -3 0 -3 2 -5 -1 -3 -5 2 -2 -1 6 -1 -1 -4 -3 -4 -4 4 -3 2 4 1 10 0 2 0 0 6 2 7 46 1 2 0 0 0 0 16 1 0.87 1.50 59 V 2 -1 -4 -4 5 -2 -3 -5 2 0 -2 -3 -1 -1 -5 -2 -2 -1 -3 5 15 4 0 0 13 2 1 0 5 3 2 2 1 3 0 3 2 1 0 42 0.72 1.49 60 A 1 -1 1 2 -1 3 3 -3 0 -3 -3 0 2 -3 -4 0 1 -3 -1 -2 12 3 5 10 1 13 18 1 2 1 2 6 5 1 0 7 8 0 2 3 0.31 1.47 61 Q 1 0 -1 -3 -2 6 0 -2 -2 -1 -2 1 2 -4 -4 0 0 -2 -4 -3 14 3 2 1 1 37 5 2 1 3 4 8 5 1 0 5 5 1 0 2 0.62 1.49 62 V 2 -3 -5 -5 -1 -4 -4 -4 -5 1 3 -4 3 -3 -4 -3 -1 -5 -4 4 18 2 0 0 1 0 1 1 0 6 26 0 8 0 0 0 4 0 0 33 0.71 1.46 63 I -3 1 2 -2 -2 1 0 -3 5 0 1 0 3 -3 -3 -1 1 -4 -3 -1 2 8 11 1 1 7 5 2 13 5 12 7 9 1 1 4 9 0 1 3 0.33 1.30 64 D 0 1 1 3 -3 3 2 -2 0 -3 -3 0 -1 -3 -3 0 0 0 -2 -3 8 8 6 17 1 11 12 2 2 1 3 6 2 1 1 8 7 1 1 2 0.30 1.29 65 S 2 1 -3 -3 0 -2 -2 -3 1 -1 1 0 3 2 -3 -2 -1 -1 4 -1 17 9 1 1 2 1 2 2 3 3 14 6 7 8 1 3 3 1 13 3 0.28 1.25 66 A 5 -2 -1 -3 1 -2 -2 0 -2 0 -2 -2 -2 -2 -2 1 -2 -3 -3 -1 52 2 2 1 3 1 2 7 1 5 3 2 1 1 1 9 2 0 1 3 0.63 1.17 67 R 0 6 -2 -2 -2 0 -1 -1 -1 -2 -2 3 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -2 -2 7 40 1 2 1 3 3 4 2 2 3 17 2 1 2 3 2 1 1 3 0.66 1.19 68 R 0 1 -1 1 -3 3 2 -1 -1 -2 0 1 1 -3 -3 0 -1 -3 -3 -2 9 6 3 8 0 12 15 4 1 2 11 9 3 1 1 8 3 0 1 3 0.21 1.19 69 H 1 -1 3 -1 -1 0 2 -2 7 -4 -3 0 1 -3 -2 -1 -2 -4 -2 -3 12 3 16 2 1 4 11 2 25 1 3 6 4 1 2 4 1 0 1 1 0.62 1.40 70 Q -1 -2 1 -2 -4 4 1 5 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -1 -2 -4 -4 -4 4 2 5 2 0 18 10 44 1 1 2 3 1 0 1 4 1 0 0 1 0.81 1.42 71 H -2 -3 -2 -4 -3 -1 -3 -4 7 -4 -2 -3 0 5 -4 -3 -4 0 6 -4 3 1 2 1 0 2 1 1 30 1 3 1 2 24 1 1 1 1 24 1 1.25 1.42 72 P -3 -3 -3 -4 -5 -3 -4 4 -3 -6 -5 -4 -5 -6 7 -2 -3 -6 -6 -5 1 1 1 0 0 1 0 32 1 0 1 0 0 0 59 2 1 0 0 0 1.81 1.53 73 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 -1 6 -6 0 1 -6 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 92 0 1 5 0 0 0 0 0 1 1.67 1.52 74 Q -3 3 -2 -4 -3 3 -2 -4 -1 -2 1 2 2 -3 -5 -1 0 7 -3 -2 1 18 1 0 1 15 1 1 1 2 15 11 6 0 0 4 7 14 0 2 0.63 1.52 75 C 3 -5 -5 -5 8 -5 -5 -4 -5 0 0 -5 -1 1 -5 2 -2 -5 -4 0 30 0 0 0 30 0 0 0 0 5 7 0 1 7 0 13 2 0 0 5 1.00 1.52 76 T -3 -2 -3 -2 -4 -1 -1 -4 -4 0 -2 -2 -1 -3 -4 2 6 -5 -1 1 0 2 0 2 0 2 4 0 0 5 2 1 1 1 0 14 52 0 2 11 0.86 1.53 77 M -2 -5 -5 -6 0 -4 -5 -6 -5 4 2 -5 6 -1 -5 -2 0 -5 -2 3 2 0 0 0 2 0 0 0 0 27 16 0 24 2 0 2 6 0 1 17 0.92 1.52 78 E -2 -1 -3 0 -6 3 7 -4 -3 -6 -6 -1 -4 -6 -4 -3 -2 -6 -5 -4 3 2 0 3 0 11 78 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 1 1.59 1.48 79 K -3 2 -4 -3 -6 2 3 -4 -1 -5 -5 3 -5 -6 6 -2 -4 -6 -5 -5 1 10 0 0 0 9 22 0 1 0 0 20 0 0 34 1 0 0 0 0 1.11 1.46 80 D -4 -3 0 5 -6 -1 6 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 4 38 0 0 57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 1.19 K Lambda Standard Ungapped 0.1380 0.3251 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1933 0.3172 PSI Gapped 0.0592 0.2670