Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 F -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 -1 5 -5 6 4 -5 -5 -4 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 25 20 0 0 0 0 0 0 1.26 1.10 2 Q 1 -2 -1 -2 -5 6 2 -4 -2 -3 -3 -2 4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -2 11 0 2 1 0 47 10 0 0 1 1 0 14 0 1 6 3 0 0 2 0.90 1.21 3 K 1 2 0 -2 -5 5 1 -2 -1 -5 -3 3 -2 -2 -3 0 -1 -5 -4 -3 13 13 4 1 0 26 7 2 1 0 2 16 1 2 1 5 4 0 0 1 0.53 1.23 4 V -2 3 -3 -5 -4 -1 0 -5 1 2 1 -1 4 3 -5 -3 -1 -4 -1 1 3 15 1 0 0 2 7 0 3 11 12 2 13 11 0 1 4 0 2 12 0.40 1.25 5 V -1 -5 -4 -3 -4 -2 -4 -6 -3 4 3 -3 7 -2 -5 -3 -2 -5 -4 1 5 0 1 2 0 2 1 0 1 24 25 1 27 1 0 1 2 0 0 8 0.85 1.31 6 E 1 -2 1 1 -5 5 5 -4 -2 -3 -4 -2 -3 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -3 13 0 8 7 0 31 35 0 0 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0.95 1.36 7 Q -1 1 -2 -2 -5 4 3 -4 -1 1 -1 3 2 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -2 4 6 1 1 0 18 21 0 1 10 6 18 5 0 0 2 3 0 0 2 0.50 1.38 8 K -2 4 -2 -3 -5 2 1 -5 -4 -2 0 5 3 -3 -4 -3 -2 -5 -4 -3 2 19 1 1 0 8 10 0 0 2 10 35 7 1 0 1 1 0 0 2 0.72 1.40 9 Q -2 -1 2 -2 -5 7 1 -3 -1 -5 -4 -1 0 -6 -4 -1 -1 -5 -4 -4 2 2 11 1 0 60 8 2 1 0 1 3 2 0 0 2 4 0 0 1 1.22 1.38 10 M -3 -1 -5 -5 -4 0 -3 -5 -3 2 2 0 6 4 -5 -4 -2 -4 -1 1 2 4 0 0 0 4 1 0 1 11 16 7 24 17 0 0 2 0 1 9 0.69 1.38 11 K 1 3 -2 -3 -1 2 0 -4 -1 -4 -4 5 -3 -6 -4 -1 -1 -6 -4 -4 14 18 1 1 1 9 6 0 1 1 1 41 0 0 0 3 3 0 0 0 0.81 1.40 12 D -1 -1 -1 6 -6 2 4 -4 -2 -5 -4 -2 1 -4 -4 -2 -3 -6 -1 -5 6 2 1 42 0 10 27 0 0 0 1 0 5 1 0 1 1 0 2 0 1.02 1.40 13 F 0 -2 -5 -5 -2 -3 -5 -5 -4 -1 -2 -3 2 7 -5 0 0 -3 1 -1 7 3 0 0 1 1 0 0 0 3 2 1 5 55 0 9 6 0 4 3 1.10 1.38 14 M -2 -4 -1 -5 -2 1 -3 -4 -1 1 4 -4 6 1 -5 -2 -1 -4 -3 0 3 0 4 0 1 7 1 1 1 6 36 0 21 5 0 3 4 0 0 5 0.65 1.37 15 R 0 2 1 0 -4 1 1 2 0 -2 -1 0 0 -4 -4 -1 2 -5 -4 -2 9 10 7 6 0 6 8 15 2 2 7 5 2 1 0 5 12 0 0 2 0.21 1.36 16 L -2 -3 -2 -4 -4 1 -4 -4 -1 -1 3 -3 6 -2 -4 0 2 -4 -2 0 2 1 2 1 0 8 0 0 2 2 27 1 24 1 0 6 14 0 1 6 0.63 1.33 17 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -1 0 -2 -4 -1 4 -5 -3 -3 1 8 2 0 0 1 0 0 1 0 0 1 4 1 0 1 18 0 2 1 1 51 16 1.36 1.34 18 S -1 -3 7 -1 -5 -2 -3 -1 4 -5 -5 -3 -4 -3 -4 1 0 -5 -4 -3 4 0 59 1 0 1 0 4 10 0 1 0 0 1 0 11 4 0 0 2 1.25 1.34 19 N -3 3 3 -3 -5 1 0 -1 0 -4 -4 5 -2 -5 -4 0 0 1 -4 -4 1 17 12 1 0 6 6 4 2 1 1 33 1 0 0 8 5 2 0 0 0.66 1.37 20 L -3 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -3 2 5 -5 4 1 -2 -4 -2 -4 -3 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 10 56 0 11 5 2 0 1 0 0 9 0.95 1.36 21 V -1 -3 -1 -4 -2 -2 -4 -4 -4 -1 -1 -3 -1 -4 -4 1 5 -5 -4 3 5 1 3 0 1 1 0 0 0 1 5 0 1 0 0 12 42 0 0 25 0.76 1.35 22 E -3 -1 0 3 -5 2 6 -2 0 -5 -5 -1 -3 -4 -4 0 -2 -5 -3 -3 1 2 3 15 0 9 48 3 2 0 0 2 1 1 0 8 2 0 1 2 0.87 1.36 23 R -2 3 1 -2 -4 0 -2 -3 1 0 1 0 2 -2 -4 1 2 -5 -2 0 3 19 7 2 0 4 2 1 3 5 14 4 4 1 0 9 13 0 1 7 0.27 1.38 24 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -1 -3 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 3.15 1.38 25 F -4 -5 -5 -5 -5 -3 -3 -5 2 -2 -3 -5 -2 8 -5 -2 -3 8 1 -3 1 0 0 0 0 1 1 0 4 1 1 0 1 61 0 4 1 18 3 1 1.70 1.36 26 T -1 0 3 4 -2 0 1 -2 -2 -3 -2 2 0 -4 -4 1 1 -3 -3 -3 5 4 13 20 1 5 7 2 0 1 5 11 2 1 0 9 9 0 1 2 0.35 1.36 27 D -1 1 0 4 -3 0 0 -3 0 -5 -4 5 -3 -3 -4 0 -1 -5 -4 -4 4 7 3 25 1 3 4 1 3 0 1 36 1 1 0 5 3 0 0 0 0.73 1.36 28 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -1 -3 4 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2.99 1.38 29 V 0 -5 -4 -6 0 -5 -5 -5 -5 5 -1 -5 1 -1 -5 -3 -2 3 -4 5 7 0 1 0 2 0 0 0 0 29 3 0 2 2 0 1 2 4 0 47 1.02 1.41 30 N -2 0 3 3 -2 -1 -1 -2 2 -1 -4 1 -2 -3 0 1 2 1 -1 -3 3 4 13 16 1 2 4 3 5 4 1 7 1 1 4 10 15 2 2 1 0.31 1.37 31 D -2 1 3 4 -5 -1 0 0 -1 -4 -5 0 -5 -5 -4 2 1 -6 -5 -5 2 6 15 27 0 2 4 7 1 1 0 5 0 0 0 18 9 0 0 0 0.64 1.41 32 F -3 -3 -5 -5 -5 -4 -5 -5 1 -1 0 -1 1 7 2 -2 -1 -3 4 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 4 3 9 4 3 43 11 2 4 0 13 3 0.95 1.40 33 T -2 1 2 -2 -4 -2 -3 -1 1 -3 -3 1 -2 -3 3 0 4 -1 1 -3 2 9 11 2 0 1 1 5 3 2 2 9 1 1 12 7 26 1 5 1 0.42 1.39 34 T 0 1 -2 0 -2 0 1 1 1 -3 -4 -2 -4 -4 -4 3 2 -5 0 -2 8 9 1 5 1 3 9 12 4 1 1 1 0 0 0 27 12 0 4 2 0.38 1.38 35 S -1 5 0 -2 -5 -2 -1 0 0 -5 -5 4 -4 -3 -1 2 -2 -5 -4 -5 5 33 5 2 0 0 2 7 2 0 0 24 0 1 3 14 1 0 0 0 0.71 1.37 36 K 0 -1 1 3 -4 0 2 -3 -1 -4 -3 3 -4 -4 -3 2 0 -5 -2 -3 9 3 5 15 0 3 12 1 1 0 2 20 0 0 0 19 6 0 2 1 0.44 1.32 37 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 5 -5 2 2 0 -5 -3 -4 -2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 66 0 3 7 4 0 1 0 1 11 1.08 1.43 38 T -2 -2 3 4 -5 -1 -1 0 -4 -1 -4 1 -4 -4 -4 3 2 -6 -5 -3 1 2 13 22 0 2 2 8 0 5 1 8 0 1 0 19 15 0 0 1 0.53 1.44 39 N 0 -1 0 1 -5 -1 -1 1 -1 -4 -4 3 0 -4 1 3 0 -5 -3 -2 6 2 5 6 0 2 3 11 1 1 2 18 2 1 8 24 4 0 1 3 0.35 1.42 40 K -1 3 1 1 -5 3 1 2 -2 -5 -5 3 -4 -6 -3 1 -2 -5 -5 -3 4 17 6 7 0 13 9 14 1 0 1 15 0 0 1 10 2 0 0 1 0.48 1.41 41 E -2 -3 -3 0 -6 0 7 -5 -3 -5 -5 -1 -5 -6 -4 -2 0 -6 -5 -3 2 0 0 4 0 2 81 0 0 0 0 1 0 0 0 1 7 0 0 2 1.57 1.42 42 Q -1 -1 0 1 -5 0 5 -2 -3 0 -3 0 1 -5 -4 1 1 -5 -3 -2 5 2 4 7 0 4 37 3 0 5 1 5 4 0 0 11 8 0 1 2 0.52 1.43 43 T 0 -1 1 -1 -2 0 -1 1 -3 -3 -1 0 -2 -4 -3 3 3 -5 -4 0 6 3 7 3 1 4 4 9 0 1 7 5 1 1 1 20 22 0 0 6 0.32 1.47 44 C -3 -2 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -5 -5 -4 0 3 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 3.08 1.43 45 I -1 -5 -5 -4 -2 -4 -4 -4 -5 4 2 -5 0 -2 -5 0 -1 -5 -1 4 6 0 0 1 0 0 1 1 0 21 21 0 1 1 0 8 3 0 2 33 0.69 1.43 46 M -1 1 2 4 -3 -1 2 -3 0 -2 0 -1 1 -3 -4 1 0 -2 -2 -1 4 6 10 23 0 2 12 1 2 2 9 3 4 1 0 12 5 1 1 4 0.34 1.43 47 K -3 5 5 -2 -3 -1 -3 -3 3 -5 -4 1 -3 -5 -4 0 -2 -2 -3 -3 2 33 33 1 1 2 0 2 6 0 1 7 1 0 0 7 1 1 1 1 0.96 1.43 48 C -3 -5 -5 -5 11 -5 -6 -2 -5 -4 -4 -5 -4 -3 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 90 0 0 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2.91 1.33 49 S 3 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -5 1 0 -4 2 -1 -4 -1 0 -5 -4 5 24 2 0 0 1 0 0 2 0 6 7 0 6 3 0 4 6 0 0 38 0.62 1.33 50 E 0 0 -1 3 -5 3 4 1 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -4 0 0 -5 -4 -3 7 5 2 19 0 13 24 9 1 1 1 3 0 1 0 6 5 0 1 1 0.51 1.33 51 K -3 4 -1 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -4 7 -2 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 19 2 0 0 0 0 0 0 0 1 73 1 0 0 0 0 0 0 0 1.52 1.33 52 F -4 -4 -2 -4 -5 -2 -4 -5 2 -3 -1 -4 -1 7 -5 -3 -4 0 7 -3 0 0 2 1 0 2 0 0 5 1 4 0 1 44 0 1 1 1 34 0 1.44 1.33 53 L -1 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 3 3 -4 6 2 -5 -3 -2 0 -3 1 5 0 1 0 0 1 1 0 0 15 33 1 19 10 0 1 2 1 0 8 0.73 1.33 54 K -1 3 0 3 -6 0 1 -3 1 -4 -3 5 -4 -3 -4 -2 -2 -6 -3 -4 4 13 4 17 0 4 9 1 4 0 3 35 0 1 0 1 2 0 1 1 0.68 1.39 55 H 1 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -2 4 -1 0 -4 5 2 -5 0 3 -4 0 2 11 0 0 0 0 0 0 3 11 2 7 0 17 10 0 6 16 0 3 14 0.55 1.40 56 S -1 -2 5 -2 -4 0 -3 -3 0 -4 -5 -2 -2 -4 -3 4 3 -6 -4 -4 3 2 31 1 0 4 0 0 2 0 0 1 1 1 0 38 15 0 0 1 0.95 1.40 57 E -1 -1 0 -3 -5 5 2 -4 4 -2 -1 0 4 -4 -4 -1 -2 -5 -3 -1 5 3 4 1 0 33 10 1 9 2 6 4 11 0 0 5 2 0 1 4 0.61 1.41 58 R -1 6 -1 -4 -6 1 -3 -4 -2 -2 -1 2 -1 -1 -5 -1 -2 -5 -3 -2 4 54 3 0 0 5 0 1 1 3 7 11 1 3 0 4 1 0 1 2 0.95 1.41 59 V -2 -5 -4 -6 -1 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 3 0 -5 -3 -2 -5 -2 4 3 0 1 0 1 0 0 0 0 30 18 0 6 3 0 2 2 0 1 32 0.89 1.41 60 G 1 -3 -1 -4 -4 -2 -2 4 -4 -2 -2 -4 6 -5 -5 3 0 -5 -5 -1 9 1 3 0 0 1 2 28 0 2 2 0 23 0 0 21 5 0 0 3 0.72 1.40 61 Q 0 -2 1 -2 -5 4 3 -3 -2 -3 0 2 4 -2 -4 -1 -2 -5 -4 -1 7 1 6 1 0 21 17 1 0 1 11 11 10 2 0 4 2 0 0 5 0.44 1.40 62 R -1 7 0 -4 -5 -1 -3 -4 0 0 -3 2 -4 -5 -5 -2 -1 -6 -4 0 4 59 4 0 0 2 1 1 2 5 1 9 0 0 0 2 3 0 0 8 1.09 1.39 63 F -4 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 0 -6 2 8 -6 -5 -3 -2 3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 8 0 6 73 0 0 1 0 9 1 1.82 1.36 64 Q 3 -3 -3 -4 -4 6 -2 -1 -2 -3 -4 -2 3 -3 -4 0 -1 -5 -3 0 23 0 1 0 0 45 1 4 0 1 0 0 8 1 0 7 2 0 1 7 0.88 1.35 65 E -2 -3 -2 3 -6 2 6 -3 -1 -6 -4 0 -3 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 3 0 0 12 0 9 64 1 1 0 1 4 1 0 0 2 1 0 0 0 1.25 1.32 66 Q -2 -2 -2 -4 -5 4 -1 -5 4 1 2 0 0 1 -4 -2 -4 -4 2 1 3 2 2 0 0 19 4 0 9 8 20 5 2 6 0 2 0 0 6 10 0.41 1.30 67 N -2 -2 6 -2 -5 5 -2 -1 3 -6 -5 -1 -4 -5 -4 0 -2 -5 -2 -5 3 1 40 0 0 33 0 4 8 0 0 2 0 0 0 7 1 0 1 0 1.10 1.24 68 A 5 -3 0 -3 -4 5 -1 -2 -3 -4 -4 -2 -1 -5 -2 1 -2 -5 -4 -3 52 0 5 0 0 30 1 1 0 0 0 0 1 0 1 7 1 0 0 1 0.91 1.04 69 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -3 79 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 0.83 K Lambda Standard Ungapped 0.1299 0.3224 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1857 0.3174 PSI Gapped 0.0568 0.2670