Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -2 -3 2 4 -4 -2 0 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -3 3 4 -5 -4 -3 0 0 11 24 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 31 29 0 0 0 0.78 0.78 2 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 -1 -1 -4 10 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 1 0 0 3 2.49 1.36 3 L -4 3 -3 -3 -5 0 -1 -5 3 2 0 4 0 -2 -5 -4 -3 -4 3 -3 0 18 0 1 0 3 4 0 9 14 7 31 2 1 0 0 1 0 9 1 0.68 1.40 4 P -2 2 0 2 -5 -1 2 -1 -4 0 -1 0 -3 -5 1 -2 2 -5 0 0 2 10 5 11 0 2 14 5 0 5 7 6 0 0 8 2 13 0 3 7 0.23 1.40 5 E -4 -2 -3 -1 -7 -1 8 -5 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 1 0 0 0 0 96 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.04 1.44 6 I -3 -4 -6 -6 -1 -3 -6 -7 -6 6 1 -5 0 -3 -6 -5 -3 -6 -4 4 1 1 0 0 1 1 0 0 0 54 8 0 1 0 0 0 0 0 0 32 1.36 1.55 7 A 4 0 1 -2 -2 2 1 -3 -3 -5 -4 2 -3 -5 -2 1 -1 -6 -4 -1 33 4 6 2 1 8 9 1 0 0 1 12 0 0 2 10 4 0 0 5 0.45 1.59 8 A 5 -2 -4 -4 0 1 1 -4 0 -2 -4 -2 -4 -5 -4 1 1 -5 -2 1 48 2 0 0 2 6 10 0 2 2 1 2 0 0 0 8 7 0 1 10 0.67 1.56 9 A 6 -4 -3 -4 -4 -4 -2 1 -5 -4 -1 -4 -1 -5 -4 -2 1 -5 -5 0 65 0 1 1 0 0 2 9 0 0 6 0 1 0 0 1 8 0 0 7 0.99 1.57 10 V 2 -5 -5 -6 2 -5 -4 -4 -6 2 0 -5 -2 -4 -5 -2 -1 -6 -4 6 18 0 0 0 4 0 1 1 0 9 6 0 1 0 0 3 3 0 0 56 1.01 1.60 11 G 0 0 4 1 0 0 0 1 -1 -4 -2 -1 -3 3 -5 0 0 2 -2 -2 7 5 19 8 2 4 5 10 1 1 3 3 0 12 0 8 6 3 1 2 0.30 1.60 12 F -5 -6 -4 -7 -2 -6 -6 -6 1 -2 -2 -6 -3 8 -7 -5 -5 4 3 -3 0 0 1 0 1 0 0 0 3 1 1 0 0 79 0 0 0 6 7 1 2.15 1.62 13 L -2 -6 -3 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 4 -6 0 1 -6 -5 -3 0 -4 3 3 0 1 0 0 0 0 0 0 28 44 0 1 4 0 0 1 2 0 16 1.04 1.62 14 S 2 -3 -4 -2 1 -4 -3 -3 -1 1 -2 0 0 -3 -4 2 4 -5 -4 1 18 1 0 2 3 0 1 2 1 7 2 6 3 1 0 17 25 0 0 10 0.48 1.66 15 S -2 5 1 -2 -5 0 -1 -2 0 -4 -5 2 -3 -6 -2 3 -1 -6 -5 -3 2 37 7 2 0 3 2 2 3 1 0 14 1 0 2 20 2 0 0 2 0.77 1.65 16 L -4 -3 -4 -4 -2 -2 -5 -6 0 0 4 -3 1 4 -1 -2 -3 -1 3 -2 0 1 1 1 1 2 0 0 2 5 45 1 3 18 4 3 1 1 11 1 0.80 1.66 17 L 0 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -3 -6 3 5 -5 2 -1 -6 -5 -3 -5 -4 2 8 0 0 0 0 0 0 2 0 13 55 0 4 2 0 0 1 0 0 14 0.97 1.67 18 R -1 5 -1 -4 -2 0 -1 -2 0 -1 -2 3 -1 -3 -4 0 -1 -4 3 -1 5 29 3 0 1 4 4 2 2 4 3 16 2 0 0 6 3 0 12 4 0.51 1.57 19 T 0 1 2 -2 -4 0 -2 -3 2 -2 0 3 1 -4 -1 0 3 -2 -1 -1 7 8 8 2 0 3 1 2 5 2 9 16 3 0 4 5 18 1 2 4 0.25 1.53 20 R -2 3 1 -3 -2 -1 -1 -2 5 -4 -4 4 -4 1 0 0 -1 -4 1 -2 3 16 7 0 1 1 2 3 12 0 1 22 0 5 4 8 5 0 4 3 0.49 1.56 21 G -2 -1 1 1 0 -1 1 4 1 -4 -2 -2 -2 -4 -2 0 0 -1 0 -3 3 3 6 7 2 3 11 32 3 1 5 2 1 1 2 8 5 1 3 2 0.38 1.43 22 C -2 2 0 -3 2 0 -2 -2 2 -1 1 3 -1 -1 -1 0 -1 -3 -2 -1 3 12 4 1 4 5 1 3 5 4 15 18 1 3 3 7 3 0 1 5 0.19 1.38 23 V -3 -2 -5 -2 1 -3 -3 -5 -5 3 4 -4 1 0 -3 -2 -1 1 -2 2 2 3 0 3 3 1 2 1 0 14 39 0 2 4 1 3 4 2 1 15 0.54 1.55 24 S -1 0 2 2 -2 -3 1 -2 -2 -3 -4 0 -4 -5 5 3 0 -6 -5 -3 4 4 8 11 1 0 7 2 1 2 1 5 0 0 25 24 4 0 0 1 0.63 1.60 25 E 0 3 -1 1 -2 0 2 -1 0 -3 -5 2 -4 -2 2 -1 -2 -6 -5 -2 9 18 2 9 1 3 15 5 3 2 0 12 0 2 10 4 2 0 0 3 0.38 1.64 26 Q -1 4 -3 2 -2 3 3 -2 0 -3 -4 1 -3 -5 -2 -1 -1 -3 -1 -3 5 25 1 10 1 12 16 4 2 1 1 8 1 0 1 5 4 0 2 2 0.52 1.66 27 R 0 4 -1 -2 -5 5 -1 -4 0 -1 -2 2 -2 -3 -1 -2 0 -5 -4 -3 9 24 2 2 0 27 3 1 2 4 4 10 1 1 3 2 5 0 0 2 0.60 1.62 28 L 0 -1 -5 -6 -4 -3 -5 -6 0 3 3 -2 2 -3 -5 -1 -1 -5 -1 3 9 4 0 0 0 1 0 0 2 18 30 3 4 0 0 4 4 0 2 19 0.57 1.61 29 K -2 0 2 3 0 3 3 -1 0 -1 -4 1 -3 -6 -1 -1 -2 -6 -5 -3 3 4 8 17 2 12 22 5 2 5 1 7 1 0 3 4 1 0 0 2 0.46 1.61 30 V -1 2 -1 1 0 -1 0 -4 1 0 2 1 0 -3 -4 -1 1 -6 -4 1 5 12 3 7 2 3 6 1 4 4 18 9 2 1 1 4 9 0 0 9 0.20 1.64 31 F -5 -5 -2 -6 3 -5 -6 -6 -4 -3 1 -6 1 8 -6 -2 -4 -3 -1 -2 0 0 3 0 6 0 0 0 0 0 14 0 3 68 0 3 0 0 0 2 1.67 1.60 32 S 3 0 -2 -4 2 1 -1 1 0 -3 -2 0 1 -3 2 1 -1 -5 -4 -2 21 6 2 0 4 6 4 10 3 1 5 6 4 1 11 12 3 0 0 2 0.27 1.58 33 G 1 -1 -1 1 -1 2 4 -1 0 -3 -2 0 -2 1 -4 0 -2 -1 -1 -3 11 3 2 6 1 8 29 5 2 2 4 5 1 5 0 8 2 1 2 2 0.36 1.70 34 A 0 0 0 -3 1 0 2 -3 1 -2 -3 1 -1 1 0 3 -1 -5 -2 -1 8 6 4 0 3 4 13 2 3 3 1 10 1 6 4 21 4 0 1 5 0.25 1.63 35 L -4 -5 -5 -6 1 -5 -5 -3 -5 0 5 -5 2 1 -2 -2 -4 -4 0 0 0 0 0 0 3 0 0 3 0 4 65 0 4 4 2 4 0 0 3 6 0.98 1.56 36 Q 1 0 -2 0 0 2 2 -2 -1 -1 -2 0 2 1 -2 -1 2 -5 -4 -1 10 6 2 4 2 11 15 4 2 4 4 6 5 5 2 3 13 0 0 3 0.21 1.66 37 E 0 1 2 1 0 0 1 -2 0 -1 0 1 2 2 -4 0 0 -4 -3 -1 7 8 9 7 2 4 9 3 2 4 8 9 5 8 0 7 5 0 0 4 0.13 1.54 38 A 0 0 0 -4 1 -1 -1 -2 1 2 1 -1 1 1 -1 0 -1 -4 0 0 9 5 4 0 3 3 3 3 4 10 16 3 3 6 4 8 3 0 4 7 0.11 1.42 39 L 0 -3 2 -3 4 -3 -3 -4 3 1 0 -3 3 2 -4 1 -2 -4 -2 1 10 0 9 0 9 0 1 1 9 10 10 1 9 9 0 10 1 0 0 10 0.37 1.01 40 T 0 2 -1 -2 2 0 -1 -3 0 0 0 1 0 3 -2 -1 1 -4 -1 0 8 9 2 3 5 3 3 2 2 5 10 9 2 10 2 5 9 0 2 7 0.12 1.78 41 E 0 1 0 0 1 0 4 -2 1 -2 -2 0 -4 -1 -1 -1 0 -5 0 -2 10 7 4 4 3 4 27 3 3 3 3 6 0 3 4 4 6 0 3 3 0.27 1.67 42 H 0 1 1 1 -4 1 0 -4 3 -3 -1 1 -3 1 -4 0 0 -4 2 0 7 7 7 7 0 7 7 0 7 0 7 7 0 7 0 7 7 0 7 7 0.19 1.45 43 Y -4 -4 -2 -5 3 -4 -5 -5 0 1 1 -4 -2 5 -5 -4 -2 -2 7 0 0 0 2 0 6 0 0 0 2 7 11 0 0 25 0 0 2 0 36 6 1.05 1.26 44 K 1 2 -1 1 -2 3 1 -1 0 -4 -2 3 3 -2 -1 -1 -1 -5 -1 -3 10 9 2 8 1 12 7 4 2 0 4 17 8 1 2 5 4 0 2 1 0.27 1.26 45 H -2 0 2 2 0 0 1 3 4 -5 -3 -1 -2 -5 1 0 -2 -5 -4 -4 2 5 11 12 2 3 7 22 11 0 2 4 1 0 8 6 2 0 0 0 0.42 1.22 46 H -2 -1 1 -3 1 1 -2 -3 8 -4 -4 2 -3 -1 -3 0 0 -4 -2 -4 3 2 5 1 4 5 1 1 46 1 1 13 0 3 1 7 7 0 0 1 1.10 1.16 47 W -1 -2 -2 -2 6 3 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -2 2 -1 7 -1 -2 2 1 1 1 20 21 1 1 0 1 2 1 0 1 1 21 1 20 1 1 0.70 0.36 48 F -2 2 0 1 -4 -2 -2 -4 4 -3 -3 -1 -3 3 -4 -1 0 -2 6 -2 2 12 4 8 0 1 3 1 11 1 1 2 0 13 1 3 6 0 28 3 0.66 1.11 49 P -1 -1 -1 -3 -4 -1 -1 -4 -4 0 -1 -3 -3 -4 6 0 -1 -4 -4 0 4 3 3 1 0 3 5 1 0 5 6 1 0 1 48 7 4 0 0 8 0.96 1.27 50 E -2 -1 2 4 -5 0 3 -2 3 -3 -3 -1 -1 -2 1 -1 -2 -5 -2 -4 3 2 8 23 0 4 23 3 6 2 3 3 2 2 7 5 2 0 2 0 0.49 1.40 51 K -1 0 1 3 1 0 0 -4 1 -1 -2 2 1 -1 -4 -1 -1 -5 0 2 4 5 7 14 3 5 6 0 3 3 3 15 3 3 0 5 3 0 3 14 0.22 1.31 52 P 0 -4 -4 -4 3 -3 -3 -4 -4 0 -4 -3 -4 -4 7 0 0 -5 -4 0 6 0 0 0 6 0 1 1 0 6 1 0 0 0 51 7 6 0 0 6 1.13 1.27 53 S -2 -1 0 0 4 3 1 -3 0 -2 -1 1 -1 0 -3 2 0 0 -1 -3 3 3 4 4 11 13 8 1 2 2 5 7 1 5 1 20 6 1 2 1 0.29 1.09 54 K -1 4 0 -3 -4 3 -2 -3 0 -3 -3 4 -3 -1 -3 -2 -3 -3 1 -2 4 24 4 1 0 11 1 1 2 2 2 32 0 2 1 2 1 0 6 3 0.62 1.02 55 G 0 -3 -2 2 -4 -3 0 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 6 1 1 13 0 1 6 64 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1.13 1.02 56 S -1 -2 -1 -2 1 4 2 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -1 -3 4 -2 -4 -3 -3 4 1 2 1 3 23 15 1 0 1 1 2 0 4 1 40 1 0 0 1 0.69 1.02 57 G 4 -2 -1 -1 -3 -1 -2 4 -3 -1 -2 -1 0 -4 -2 0 -2 -4 -4 -3 38 2 2 3 0 2 2 27 0 3 3 4 3 0 2 5 2 0 0 1 0.55 1.04 58 Y -2 1 -3 -3 -4 -1 0 -4 3 -3 -1 -1 -2 4 -1 -2 -1 -2 6 -1 3 7 0 0 0 3 7 1 7 0 4 3 0 21 3 3 3 0 28 4 0.63 0.92 59 R -3 6 -2 0 -4 -1 -2 -1 2 -3 -1 0 1 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -3 1 59 1 7 0 1 1 5 5 1 7 1 4 0 1 5 1 0 0 1 0.84 0.74 60 C 0 -3 -3 -4 7 -3 -3 -1 -3 -2 1 -3 2 -2 -3 1 0 -3 3 0 8 1 1 1 28 0 1 6 0 1 12 1 5 0 1 11 6 0 12 7 0.58 0.79 61 I -2 -3 1 -3 -3 -3 -4 1 -3 4 1 -3 3 1 -4 -3 -2 -3 -2 2 1 1 9 1 0 0 1 12 0 32 14 1 7 7 1 1 1 0 0 13 0.46 0.79 62 R -2 5 1 -1 -2 -1 0 -4 2 -1 -2 1 0 0 -2 0 1 -4 -1 -1 2 31 6 3 1 2 6 1 5 4 3 6 2 3 2 5 9 0 2 5 0.39 1.33 63 I -1 -2 -1 -4 4 -2 -4 -4 -1 4 1 0 1 0 -4 -2 2 0 -3 1 5 2 3 0 10 2 0 1 2 23 13 6 3 5 0 3 13 1 0 8 0.40 1.36 64 N -2 -2 5 2 -1 0 -1 2 0 -5 -5 0 -4 -5 -1 2 0 -5 -2 -4 3 2 28 10 1 4 4 13 2 0 1 6 0 0 3 14 5 0 2 0 0.54 1.36 65 H 1 -2 2 0 1 0 1 2 5 -3 -4 -2 -4 -4 1 -2 -1 -4 1 -2 10 2 9 4 3 5 10 15 16 2 1 2 0 0 8 2 4 0 4 3 0.38 1.36 66 K -2 2 0 -2 -1 1 -2 1 0 -4 -4 3 -4 -3 3 0 2 -5 0 -3 3 12 4 2 1 5 1 11 2 1 1 19 0 1 13 5 12 0 3 2 0.39 1.57 67 M -1 0 1 -4 3 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 0 0 4 -4 0 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 0.15 1.78 68 D -2 -5 -2 7 3 -3 1 -2 0 -5 -2 -4 -5 -5 1 -3 -2 -6 0 -5 3 0 0 59 6 0 7 4 3 0 5 0 0 0 6 0 3 0 4 0 1.19 1.58 69 P -1 -1 -1 -1 1 0 1 -2 1 -1 -2 -1 -4 -1 6 -1 0 -5 0 -4 5 4 3 4 3 3 8 4 3 3 4 3 0 3 36 4 5 0 3 0 0.61 1.62 70 I -1 -4 -4 1 -4 0 -1 -2 -4 2 0 -4 1 0 -1 1 0 -5 0 3 5 0 0 9 0 4 4 4 0 11 10 0 4 4 4 9 6 0 4 21 0.25 1.62 71 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -2 -6 5 4 -5 0 3 -6 -5 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