Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 1 7 -4 -1 1 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.25 2 I 1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 -4 -2 5 11 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0.62 0.30 3 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.30 4 I -1 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 0 -2 1 -2 0 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 6 0 6 0 0 78 0.68 0.34 5 D -2 -2 -2 1 -3 1 -2 3 -3 2 1 1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 -1 0 0 0 9 0 8 0 29 0 20 21 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0.29 0.37 6 N -3 -2 8 0 -4 -1 -1 -2 0 -5 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 0.42 7 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 3 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 9 0 0 0 0 0 0 8 0.90 0.45 8 R -2 6 -2 -3 -4 2 -1 -3 -1 -4 -3 1 2 -3 -3 0 -2 -3 1 -3 0 69 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 8 0 0 7 0 0 7 0 0.91 0.45 9 N -3 -2 8 0 -4 -1 -1 -2 -1 -5 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.45 10 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -2 2 1 -4 -1 6 -5 -4 -3 0 5 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 15 0 0 48 0 0 0 0 24 0 0.96 0.47 11 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -1 -2 0 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 6 0 12 0 0 0 0 78 0 1.36 0.47 12 T 0 -2 -2 -3 -3 0 -2 3 2 -3 -3 0 1 1 -3 1 4 -3 -2 -2 6 0 0 0 0 4 0 23 8 0 0 6 5 8 0 8 32 0 0 0 0.39 0.47 13 K -1 2 1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -1 3 -2 -4 -3 4 1 -4 -3 -3 0 12 6 0 0 0 0 0 0 0 8 24 0 0 0 42 8 0 0 0 0.48 0.47 14 K -1 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 2 -2 -2 1 -2 1 -3 -2 -2 5 7 -1 7 0 0 0 0 0 0 0 5 0 1 12 0 0 0 0 0 8 59 5 0.95 0.44 15 D -2 -2 -1 4 -4 -1 3 -3 -2 -4 -4 -1 -4 -5 4 1 0 -5 -4 -4 0 0 0 32 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 24 13 5 0 0 0 0.83 0.47 16 F -3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 2 -1 -3 -2 4 6 -3 -3 4 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 3 0 0 23 41 0 0 5 12 0 0.99 0.48 17 V -2 -3 -3 -2 -3 -2 3 -4 -3 1 0 -2 -1 -3 -3 -1 3 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 22 0 0 8 5 0 0 0 0 0 28 0 0 37 0.48 0.48 18 D -3 -2 2 5 -4 1 2 -3 -2 -4 -4 2 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -2 0 0 11 48 0 5 13 0 0 0 0 13 0 0 0 0 6 0 0 3 0.76 0.48 19 L -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 1 6 2 3 -3 0 -2 -4 -3 -3 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 12 26 11 43 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0.57 0.48 20 K -2 2 -1 -1 -5 3 3 -3 2 -4 -4 5 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 6 0 0 0 16 25 0 5 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.48 21 D -2 -2 6 2 -4 -2 -2 3 -2 -5 -5 -2 -4 -4 -3 2 -1 -5 -4 -4 0 0 50 10 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0.86 0.48 22 V -2 -1 -3 -3 -3 1 -2 -4 -3 3 -1 4 -1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 6 0 0 0 16 0 33 0 0 0 0 0 0 0 44 0.55 0.48 23 K -2 -1 2 1 -3 -1 -1 -3 -2 2 -2 4 -2 -3 -3 1 1 -4 -3 0 0 0 14 7 0 0 0 0 0 20 0 32 0 0 0 12 10 0 0 5 0.36 0.48 24 D -2 -2 4 4 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 2 2 3 -5 -4 -3 0 0 24 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 16 22 0 0 0 0.67 0.48 25 N -2 -1 4 -1 -4 -1 2 0 -2 -3 -1 3 -2 -4 -3 1 -1 -4 -3 0 0 0 25 0 0 0 17 6 0 0 7 24 0 0 0 11 0 0 0 10 0.38 0.48 26 D -3 0 6 5 -4 -1 -1 0 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 0 6 46 35 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0.91 0.48 27 T -2 1 4 -2 -4 5 -1 -3 -1 -3 -2 -1 -2 0 1 1 1 -4 -2 -3 0 9 22 0 0 33 0 0 0 0 5 0 0 6 7 8 10 0 0 0 0.49 0.48 28 P -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 3 -2 2 -3 -1 2 6 -1 -2 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 29 0 0 12 43 6 0 0 0 0 0.89 0.48 29 I -3 -3 -4 -4 -3 0 0 -5 -3 2 4 -3 0 2 -4 -3 0 -3 -2 0 0 0 0 0 0 6 8 0 0 15 58 0 0 7 0 0 6 0 0 0 0.54 0.48 30 A 3 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -3 -3 1 -3 -4 -2 5 1 -4 -3 -2 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 58 7 0 0 0 0.68 0.48 31 N -3 -2 4 -2 -4 -1 -2 0 8 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -1 0 -4 0 -4 0 0 27 0 0 0 0 7 60 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1.21 0.48 32 Q -2 1 -1 5 -4 5 1 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 0 -4 -3 -4 0 8 0 35 0 36 7 0 0 0 0 0 0 0 0 7 6 0 0 0 0.76 0.48 33 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.48 34 Q -2 -2 -3 -2 -3 2 3 -4 -3 3 1 -2 -1 -2 1 -2 0 -4 -3 1 0 0 0 0 0 10 24 0 0 26 15 0 0 0 7 0 7 0 0 9 0.37 0.48 35 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -2 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 0 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 37 0 1.42 0.48 36 S -1 -2 3 1 -3 -1 1 1 3 -1 -4 0 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -3 0 0 17 5 0 0 12 13 9 6 0 6 0 0 0 32 0 0 0 0 0.41 0.48 37 N -2 -3 3 4 -4 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 4 -2 -3 -2 0 -3 3 1 0 0 18 32 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 5 0 13 16 0.52 0.48 38 E -1 -2 1 1 -4 -1 2 2 -2 -4 -3 2 2 -3 -3 2 -1 -3 1 -3 0 0 5 9 0 0 16 17 0 0 0 13 9 0 0 22 0 0 6 0 0.35 0.48 39 S -2 -1 5 -1 -3 -1 -1 0 -1 -4 -4 3 -3 -3 -3 3 1 -4 1 -3 0 0 34 0 0 0 0 6 0 0 0 20 0 0 0 23 10 0 6 0 0.55 0.48 40 Y -2 -2 3 1 -4 -2 -2 -3 -1 0 -3 2 -2 0 -3 0 -2 -1 6 -3 0 0 22 8 0 0 0 0 0 7 0 15 0 0 0 9 0 0 39 0 0.60 0.48 41 D 1 -2 -1 5 -3 1 2 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -3 0 3 -5 -4 -3 11 0 0 40 0 7 13 0 0 0 0 0 0 0 0 5 23 0 0 0 0.65 0.48 42 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 2 1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 5 5 0 0 0 0 0 15 0.82 0.46 43 I -2 -1 1 -3 -3 -1 -2 -3 -2 2 0 4 -1 -1 -3 -2 1 -2 4 -1 0 0 7 0 0 0 0 0 0 18 8 38 0 0 0 0 9 0 20 0 0.42 0.46 44 S 2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 4 3 -4 -3 3 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 19 0 0 26 0.49 0.46 45 E -2 -1 -1 0 -5 4 6 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 24 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.47 46 S -2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -1 3 -3 2 6 -4 1 -2 -1 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 7 47 0 17 0 0 0 0 0.71 0.47 47 K -2 -1 4 1 -4 2 2 -3 3 -4 -4 3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 0 0 24 7 0 11 14 0 9 0 0 28 0 0 0 7 0 0 0 0 0.59 0.47 48 D -2 -2 6 2 -4 -1 -1 -2 -1 -4 -5 -1 -3 -4 -3 3 -1 -5 -3 -4 0 0 64 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 0 1.02 0.47 49 F -2 0 -2 1 -4 1 4 -3 -2 -2 -3 1 -2 2 -3 0 0 4 -2 1 0 4 0 7 0 6 32 0 0 0 0 7 0 11 0 8 6 6 0 13 0.36 0.47 50 N 0 -2 2 2 -4 -1 4 -3 3 -4 -3 -2 -3 1 -3 -1 -2 -2 4 -3 12 0 11 13 0 0 33 0 7 0 0 0 0 7 0 0 0 0 17 0 0.52 0.47 51 K -2 -2 -2 3 -4 -1 2 -4 -3 1 1 2 3 -3 -3 -2 0 -4 -3 -1 0 0 0 21 0 0 16 0 0 11 18 17 10 0 0 0 7 0 0 0 0.33 0.47 52 F 3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 1 -2 -2 -1 2 -3 1 2 -3 -2 2 35 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 11 0 12 15 0 0 21 0.39 0.47 53 S 0 -1 3 1 -3 -1 -1 -2 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 3 1 -4 -3 -3 7 0 16 7 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 28 10 0 0 0 0.51 0.47 54 N -3 3 3 1 -4 1 -1 -3 1 -3 0 4 -2 0 -3 -2 -2 -4 -2 -3 0 16 17 7 0 4 0 0 4 0 10 35 0 6 0 0 0 0 0 0 0.46 0.47 55 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -3 -1 2 -4 -1 7 -5 -4 -3 -1 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 70 0 0 0 0 6 0 1.17 0.47 56 K -2 1 -1 -2 -4 0 -1 -3 -2 0 -3 6 -2 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 86 0 0 0 6 0 0 0 0 0.95 0.47 57 G 0 -3 3 4 -4 -2 -1 4 -2 -5 -5 -2 -4 -4 -3 0 -2 -5 -4 -4 7 0 19 25 0 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0.77 0.47 58 K -2 1 -1 -2 -4 0 0 -3 5 -4 -4 6 -3 -4 -2 -2 -2 -4 -2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.47 59 K 0 2 4 -1 -4 0 -1 -2 -2 -4 -4 5 -3 -4 -3 -1 1 -4 -3 -3 8 7 27 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 8 0 0 0 0.69 0.47 60 L -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -4 3 2 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 17 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0.82 0.45 61 D -3 -3 0 7 -5 -1 1 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -4 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 0.42 62 V -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -5 6 0 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0.94 0.42 63 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -1 -2 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 1 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 0 0 0 0 43 0 1.35 0.42 64 G 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 0 -4 -4 -4 10 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 1.23 0.42 65 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 0 -4 5 2 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 10 0 51 22 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0.62 0.42 66 S 1 -2 -1 1 -3 -1 2 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -3 3 4 -1 -4 0 -3 7 0 0 8 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 13 49 0 0 5 0 0.56 0.42 67 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 94 0 1.63 0.42 68 N 0 -2 2 -2 -3 -1 -2 1 -2 -3 -3 1 -3 1 -3 3 1 -3 2 -3 6 0 14 0 0 0 0 12 0 0 0 11 0 5 0 33 7 0 11 0 0.36 0.42 69 G -1 -3 0 -3 -4 -3 -3 4 3 -4 -3 -3 -3 2 1 -2 -3 -1 5 -3 5 0 6 0 0 0 0 42 7 0 0 0 0 7 7 0 0 0 26 0 0.67 0.42 70 Q -2 -2 2 -2 -3 2 1 -1 1 0 1 -2 -1 -2 3 -2 0 -3 2 0 0 0 11 0 0 14 10 6 4 7 15 0 0 0 15 0 5 0 8 5 0.23 0.42 71 C -1 -4 -3 -4 10 -4 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -4 0 0 -4 -4 -2 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 7 0 0 0 1.86 0.42 72 N -2 3 6 -1 -4 0 -1 0 -1 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 14 48 0 0 0 0 6 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0.79 0.42 73 T 0 -2 1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 3 5 -4 -3 0 5 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 48 0 0 8 0.61 0.42 74 K 0 2 2 -1 -4 2 1 0 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 9 7 13 0 0 11 8 5 0 0 0 42 0 0 0 6 0 0 0 0 0.51 0.42 75 Y -2 0 1 -4 8 -3 -3 -4 -1 -3 -3 -3 -2 0 -4 -2 0 -1 6 -2 0 5 7 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 43 0 1.02 0.42 76 I -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 5 1 -3 5 -1 -3 1 -1 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 5 0 28 0 0 18 0 0 0 0 0.62 0.42 77 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.62 0.37 78 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 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