Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.74 0.55 2 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 5 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 74 0 20 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.61 3 K -1 2 -2 -2 -5 1 0 -3 -2 -1 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -3 2 5 0 0 0 3 2 0 0 5 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.64 4 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 4 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 42 0 3 0 0 0 0 0 0 25 0.83 0.64 5 D -3 6 1 -1 -5 -1 0 -4 4 -2 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -3 -4 0 66 5 3 0 0 5 0 13 3 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.64 6 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 2 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.64 7 T -2 2 1 1 -4 3 4 -4 2 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -1 1 -4 2 -1 2 14 7 6 0 12 31 0 5 0 0 0 0 0 0 2 10 0 7 4 0.49 0.64 8 W -4 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 -1 -6 -5 -4 12 1 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.56 0.64 9 F -4 -4 -4 -5 2 -4 -5 -5 -2 -2 -2 -4 -2 7 -5 -4 -4 0 6 -3 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 34 0 1.52 0.66 10 D -3 -3 3 7 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 14 71 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 0.66 11 K -3 3 -2 -3 -5 0 0 -3 -2 -3 -4 6 0 -4 -3 -2 -1 -4 -1 -4 0 12 0 0 0 0 2 0 0 2 0 76 3 0 0 0 2 0 3 0 1.06 0.66 12 S 0 1 1 -1 -4 3 1 -3 5 -4 -3 4 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -4 10 4 5 2 0 14 9 0 15 0 1 28 0 0 0 4 8 0 0 0 0.51 0.66 13 T -2 -3 2 0 -3 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 2 6 -4 -4 -2 0 0 8 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 15 67 0 0 0 0.91 0.66 14 E -2 -1 3 2 -5 1 5 -3 0 -5 -3 0 -3 -1 -3 -1 -2 -5 -3 -4 1 2 15 12 0 3 54 0 1 0 2 4 0 3 0 3 0 0 0 0 0.81 0.66 15 D -1 0 -1 4 -4 1 2 -4 -3 0 2 -2 -2 -3 -4 -2 -3 2 1 -1 5 6 2 26 0 7 13 0 0 7 20 0 0 0 0 1 0 3 5 5 0.33 0.66 16 F -2 -4 -4 -4 2 -4 -3 2 -4 0 3 -4 -1 5 -5 -3 -3 -2 0 0 3 0 0 0 5 0 2 20 0 5 33 0 0 25 0 0 0 0 3 5 0.54 0.66 17 K -1 0 -1 -2 1 0 3 -4 -3 2 -2 3 -2 -4 -3 -1 -2 -5 -3 2 4 4 3 0 3 3 20 0 0 18 0 26 0 0 0 4 0 0 0 14 0.38 0.66 18 G 2 -4 -2 -1 -4 -3 -3 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -3 0 -3 -4 -5 -4 18 0 0 3 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.24 0.66 19 E -1 1 -2 3 -1 -1 4 -1 -2 -4 -4 4 -3 -5 -3 -2 1 -5 -4 -4 3 6 0 18 1 0 28 3 0 0 0 30 0 0 0 0 11 0 0 0 0.64 0.66 20 E -2 -2 -2 0 -5 0 7 -4 -2 -4 -4 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.46 0.64 21 Y -3 -3 0 -1 -4 -3 -3 -4 -1 -3 -2 -3 -2 3 -4 -1 0 0 8 -1 0 0 5 5 0 0 0 0 0 0 1 0 0 12 0 4 7 0 62 4 1.11 0.64 22 S 0 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 1 -5 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 3 0 0 0 1.22 0.64 23 K 3 0 1 -1 -3 0 -2 0 -3 -1 -2 3 -2 -4 -3 -1 -2 -5 -4 0 35 3 8 3 0 3 0 7 0 4 3 26 0 0 0 0 0 0 0 8 0.38 0.64 24 D -3 -3 2 7 -5 -2 0 -3 -3 -2 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -2 0 0 7 86 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.49 0.64 25 F -3 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -4 2 4 -4 2 5 -5 -4 -3 -2 -1 -1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 12 51 0 5 30 0 0 0 0 0 0 0.88 0.64 26 G -1 -4 -2 3 -4 -1 -2 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -2 4 0 0 17 0 3 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.19 0.64 27 D -3 -3 2 7 -5 0 1 0 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -1 -5 0 0 11 69 0 3 6 6 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 3 0 1.16 0.64 28 D 0 -3 4 6 -5 -2 -1 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 0 -1 -2 -6 -4 -4 10 0 22 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 1.17 0.64 29 G -1 -3 -2 4 -4 -2 1 3 -2 -3 -2 -3 0 1 -4 -1 -1 -3 3 -1 3 0 0 28 0 0 9 26 0 0 2 0 3 6 0 2 3 0 12 7 0.47 0.64 30 S -1 -1 0 1 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -4 -2 -3 -1 -3 5 1 -4 1 -3 0 4 4 8 0 0 3 1 0 2 0 0 0 2 0 61 9 0 7 0 0.65 0.64 31 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 2 -4 -1 2 -4 -2 -2 -4 -2 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 28 13 0 0 9 0 4 0 0 0 44 0.73 0.64 32 M -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 6 2 -4 3 3 -5 -4 -3 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 18 0 9 14 0 0 0 0 0 4 0.89 0.64 33 E -1 -2 1 2 -4 0 5 -2 -2 -4 -4 2 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 4 0 6 11 0 0 45 2 0 0 0 13 0 0 0 12 6 0 0 0 0.67 0.64 34 S 3 0 0 -1 1 1 1 -1 -2 -4 -2 2 -3 -4 -3 2 1 -4 -1 -3 28 3 5 2 3 6 7 2 0 0 3 17 0 0 0 14 7 0 3 0 0.31 0.64 35 L -3 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 0 1 -4 -4 0 -3 -2 -1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 4 80 0 0 5 0 0 8 0 0 0 0.93 0.64 36 G -2 -1 0 0 -4 -3 -3 6 -4 -1 -4 -3 -4 -5 -4 0 -3 -4 -4 -2 0 3 3 6 0 0 0 74 0 5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 3 1.13 0.64 37 V -3 -4 0 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 3 1 -5 -2 -3 -3 -2 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 8 70 0 7 5 0 3 0 0 0 2 0.82 0.67 38 P -1 -3 -2 -3 -4 -1 -1 0 1 -3 -2 -2 0 -4 6 3 -1 -5 -4 -1 2 0 0 0 0 2 3 6 3 0 5 0 3 0 41 28 2 0 0 5 0.85 0.67 39 F -1 -3 1 0 -4 1 2 -4 -3 1 0 -1 0 1 1 0 1 -4 -3 0 3 0 7 3 0 6 16 0 0 9 11 3 3 7 7 6 11 0 0 8 0.16 0.67 40 K 0 0 2 2 -5 0 5 -3 -2 -5 -5 2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 7 2 9 11 0 0 52 0 0 0 0 14 0 0 0 3 0 0 0 0 0.82 0.67 41 D -2 -1 3 4 -4 -1 3 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -5 3 0 1 -5 -4 -2 0 2 15 23 0 0 19 5 0 0 0 0 0 0 15 6 11 0 0 3 0.57 0.67 42 N 1 0 4 2 -4 1 2 -3 -2 0 -4 -2 -3 -4 -3 0 1 -5 -4 -1 14 6 28 12 0 5 13 0 0 6 0 0 0 0 0 3 7 0 0 5 0.43 0.67 43 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 2 -2 -5 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 5 0 4 0 0 0 0 0 0 19 1.11 0.67 44 N -3 -3 7 -1 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -3 1 -4 -2 -2 -2 6 -4 0 0 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 33 0 1.26 0.67 45 N 2 -2 7 4 -4 -2 -1 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 19 0 60 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.67 46 G -2 -4 -2 2 -4 -3 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 0 14 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.67 47 C -1 -4 -2 0 4 -3 1 3 -4 -2 -2 -3 3 -2 -4 -1 -2 2 -3 2 4 0 1 5 9 0 12 28 0 0 2 0 11 2 0 4 0 3 0 18 0.40 0.68 48 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 0 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 88 0 0 0 0 9 0 1.71 0.68 49 D -1 -3 4 6 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -2 -6 -4 -5 5 0 21 59 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.67 50 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 17 0 5 0 0 0 0 0 0 64 0.92 0.67 51 I -1 3 -3 -1 -4 0 1 -2 -3 0 2 1 -1 -2 -4 0 -1 -4 -3 0 6 18 0 3 0 3 9 2 0 6 27 9 0 1 0 7 3 0 0 7 0.22 0.67 52 A 0 1 2 0 -4 1 1 -3 -2 -1 -4 2 -3 -4 3 2 0 -5 -4 -2 6 7 12 4 0 7 8 0 0 4 0 17 0 0 15 14 4 0 0 2 0.37 0.66 53 E 1 -2 2 1 -4 -1 4 0 -1 -5 -5 0 -4 -4 -1 2 -2 -5 -2 -4 12 0 12 8 0 0 39 7 1 0 0 3 0 0 2 14 0 0 1 0 0.55 0.66 54 W -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 -1 -6 -5 -4 12 1 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.58 0.66 55 V 0 -2 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 2 -4 -1 -2 -4 -2 -1 -4 -3 4 6 2 0 0 0 0 0 0 0 32 19 0 0 0 0 2 2 0 0 36 0.68 0.66 56 P 1 -3 -1 -1 -4 -2 0 -2 -3 -4 -4 -2 -1 -4 6 2 1 -5 -1 -3 12 0 3 2 0 0 6 2 0 0 0 0 2 0 44 19 8 0 2 0 0.93 0.66 57 L -3 -3 0 -1 -3 -1 -3 -4 -3 3 2 0 1 0 -4 -3 2 -3 2 2 0 0 4 4 0 2 0 0 0 18 23 8 4 2 0 0 13 0 8 12 0.32 0.66 58 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 4 5 -4 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 63 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0.98 0.66 59 Q -2 -1 -2 -2 -5 8 1 -4 -1 -5 -4 0 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 96 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 0.66 60 P -1 -3 0 -3 -4 -2 -2 -2 -3 -4 -5 1 -4 -5 8 -1 -1 -5 -4 -4 3 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 9 0 0 74 4 3 0 0 0 1.73 0.66 61 Y -3 -1 -1 -4 1 -2 -3 -4 7 -3 -1 -3 -2 2 -4 -3 -3 -1 7 -3 0 4 2 0 4 0 0 0 32 0 7 0 0 7 0 0 0 0 44 0 1.16 0.66 62 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 0 -1 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 89 0 0 0 0 0 3 1.64 0.66 63 N -1 -1 1 -2 -1 4 0 -2 0 -4 -4 4 -3 -2 -3 1 0 -4 -3 -2 2 0 8 0 1 24 4 2 2 0 0 34 0 2 0 12 6 0 0 4 0.54 0.66 64 H -3 0 4 -2 -5 -1 -2 -3 9 -5 -5 -2 -3 -3 -4 -1 -2 -4 0 -5 0 3 19 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 1.59 0.66 65 Q -1 1 0 -2 -4 4 2 -2 1 -3 -3 4 0 -4 0 -1 -1 -4 -3 0 5 6 3 0 0 23 11 2 3 0 0 27 2 0 4 2 2 0 0 9 0.46 0.66 66 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 1 -5 0 0 -5 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1.30 0.66 67 D 0 -2 3 4 -4 -1 4 -3 -2 -4 -4 0 1 -5 -3 1 -1 -5 -4 -2 9 0 17 23 0 0 28 0 0 0 0 5 4 0 0 8 2 0 0 3 0.58 0.66 68 I -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -4 1 3 -4 -1 3 4 -1 1 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 37 0 0 14 24 3 11 0 0 2 0.65 0.66 69 S 0 -2 2 3 -4 1 1 -1 -2 -4 -3 0 -3 -4 -3 4 0 -5 -4 -2 5 0 8 21 0 5 9 2 0 0 2 6 0 0 0 35 5 0 0 2 0.50 0.66 70 D -1 1 0 0 0 0 3 -3 0 -1 -1 4 -2 -4 -3 -1 0 -5 -3 -1 5 7 3 4 2 2 19 0 2 4 7 35 0 0 0 2 5 0 0 4 0.39 0.66 71 N -3 -3 0 -2 -4 -3 -3 -4 4 -3 -3 -3 -3 5 -4 0 -3 -1 7 -3 0 0 6 3 0 0 0 0 11 0 0 0 0 28 0 10 0 0 42 0 1.04 0.66 72 E -2 -3 2 7 -5 -2 0 -3 -3 -5 -4 -2 -4 -2 -3 -1 -1 4 -3 -4 2 0 7 74 0 0 3 0 0 0 1 0 0 2 0 1 3 7 0 0 1.26 0.66 73 Y -3 -4 -4 -5 2 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 2 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 91 0 1.86 0.66 74 F -3 -1 -2 -3 -4 7 -1 -4 -2 -3 -1 0 -2 4 -4 -2 -3 -2 0 -3 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 4 4 0 26 0 0 0 0 3 0 1.05 0.66 75 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 2 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 17 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0.99 0.66 76 S 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 5 -1 -4 -3 -1 41 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 52 0 0 0 4 0.82 0.66 77 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 9 -6 -4 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.91 0.66 78 D -2 2 1 6 -5 0 -1 -3 1 -3 -4 0 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -3 2 15 3 57 0 2 0 0 3 2 0 4 0 0 0 6 5 0 0 1 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