Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -3 -2 7 4 -4 -1 -1 -2 2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -5 0 0 62 28 0 0 0 0 6 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.53 2 M -3 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -4 1 1 -4 9 3 -5 -4 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 6 0 72 15 0 0 1 0 0 0 1.56 0.94 3 D -3 -3 6 6 -6 -2 -1 -2 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 0 45 50 0 0 1 2 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 1.06 4 F -3 -5 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -4 1 2 -4 7 5 3 -4 -4 -2 -1 -2 2 0 0 0 0 1 1 0 0 8 18 0 28 26 14 0 0 0 0 0 0.98 1.16 5 S 0 -2 2 -3 -4 1 -3 2 -3 -3 -2 0 4 1 -1 3 -1 -5 -4 -4 9 2 10 1 0 8 0 17 0 1 4 5 12 7 3 21 2 0 0 0 0.37 1.17 6 Q -1 -2 4 4 -5 2 1 2 -3 -5 -5 3 -1 -6 -3 -1 -3 -6 -5 -5 5 0 18 24 0 9 7 14 0 0 0 18 2 0 1 4 0 0 0 0 0.67 1.18 7 L -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 4 -3 8 1 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 34 1 48 6 0 0 0 0 0 2 1.37 1.22 8 G -2 -4 -2 -5 -4 0 -3 2 -4 0 2 -2 8 1 -5 -2 -3 -4 -4 -2 1 0 1 0 0 5 2 18 0 3 15 2 44 5 0 2 1 0 0 1 0.94 1.23 9 G -1 1 1 1 -5 2 1 3 -3 -6 -5 5 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 5 5 5 6 0 9 6 21 0 0 0 40 0 0 0 3 0 0 0 0 0.76 1.23 10 L -1 -1 2 -3 -5 5 -2 -4 -3 0 0 3 6 -2 -4 -3 -2 -5 -4 -2 4 1 10 0 0 28 1 0 0 4 7 18 21 1 0 1 2 0 0 1 0.72 1.24 11 L 3 -3 -5 -5 -4 -1 -4 -4 -4 0 3 -3 6 0 -5 -3 -3 -2 -4 0 30 1 0 0 0 3 0 0 0 4 26 1 21 3 0 1 0 1 0 5 0.65 1.24 12 D -2 0 0 -1 -5 5 0 1 -3 -5 -5 4 -1 -4 -2 -1 -1 -5 -4 -5 2 3 4 2 0 32 4 12 0 0 0 24 1 1 1 4 4 0 0 0 0.67 1.24 13 G -2 -2 0 0 -5 4 3 -1 -3 -3 -2 4 1 -4 -4 -1 -3 -5 -4 -3 2 1 4 5 0 20 21 5 0 1 3 24 3 1 0 4 0 0 0 1 0.53 1.23 14 M 0 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 3 1 -4 8 0 -5 -3 0 -4 -3 2 10 0 0 0 0 0 0 0 0 14 10 0 40 4 0 1 5 0 0 11 0.89 1.23 15 K -3 1 -2 -3 -5 8 0 -3 -2 -5 -5 2 -2 -6 -3 -2 -3 -2 -4 -5 0 4 1 0 0 70 3 1 0 0 0 11 1 0 0 1 1 1 0 0 1.40 1.24 16 K 0 -1 -1 1 -5 4 4 0 -2 -5 -5 3 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 7 1 2 7 0 17 28 6 0 0 0 17 0 0 0 5 3 0 0 1 0.56 1.21 17 E -1 1 1 -1 -5 2 1 -2 -2 -4 -4 5 2 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -4 4 6 7 3 0 11 9 3 1 0 0 39 5 0 0 1 4 0 0 1 0.59 1.19 18 F 0 -4 -4 -5 -4 1 -4 -3 -4 2 1 -3 7 2 -4 -3 -3 -4 -3 1 9 0 0 0 0 7 0 2 0 9 10 1 38 9 0 1 0 0 0 8 0.76 1.19 19 S 1 -2 -2 0 -4 2 3 0 -1 -3 -1 2 1 -4 -4 1 0 -5 -4 -2 14 0 1 4 0 10 19 6 1 1 7 12 3 0 0 9 5 0 0 2 0.25 1.19 20 Q 1 1 0 2 -5 1 4 -3 -3 -4 -4 3 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -3 11 6 4 9 0 6 26 0 0 0 1 22 0 0 0 4 2 0 0 2 0.50 1.20 21 L 2 -4 -4 -3 -4 -2 -1 -4 -4 2 2 -3 6 -1 -4 -2 1 -5 -4 0 18 0 0 1 0 2 3 0 0 13 15 1 22 2 0 2 9 0 0 6 0.48 1.21 22 E -3 -1 -3 -1 -6 7 2 -4 0 -5 -5 3 -3 -6 -4 -2 -2 -5 -4 -5 0 1 0 2 0 57 12 0 1 0 0 20 0 0 0 1 1 0 0 0 1.25 1.21 23 E 1 -1 0 1 -5 2 5 -2 -2 -5 -5 3 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 14 1 4 8 0 9 36 2 0 0 0 16 0 0 0 2 1 0 0 0 0.65 1.22 24 K -1 3 -1 1 -5 1 4 -2 -1 -5 -4 2 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 5 18 2 6 0 4 31 3 1 0 0 13 0 0 0 6 3 0 0 3 0.55 1.21 25 N -3 -5 -2 -6 -4 -3 -5 -6 -5 2 5 -4 2 -1 -5 -4 -3 -4 -2 -1 2 0 2 0 0 1 0 0 0 11 69 1 5 2 0 1 1 0 1 1 1.02 1.26 26 K 3 -2 1 2 -5 0 3 -1 -1 -5 -4 2 -3 -5 -3 0 -2 -6 -5 -3 28 0 6 13 0 3 16 4 1 0 1 15 0 0 0 6 1 0 0 2 0.46 1.26 27 D 1 -2 3 0 -5 2 2 -1 0 -4 -4 1 -2 -4 -4 1 2 -5 -4 -3 14 1 16 5 0 9 15 3 2 0 1 8 1 0 0 9 13 0 0 1 0.37 1.26 28 T -2 1 -3 -2 -4 0 -1 -5 -3 3 -1 3 2 -4 -4 0 2 -5 -4 1 3 9 0 2 0 5 3 0 1 16 5 18 5 0 0 6 15 0 0 10 0.34 1.25 29 I -3 1 -3 -1 -3 -1 3 -5 -2 0 0 -1 -1 -3 -3 1 3 -5 -2 0 0 8 1 2 0 2 25 0 1 7 8 2 2 1 1 8 23 0 1 8 0.38 1.25 30 H -2 -5 -5 -6 -2 -4 -5 -6 -3 2 0 -5 -2 5 -5 -4 -3 -3 2 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 10 5 0 0 27 0 0 0 0 6 45 0.97 1.24 31 T -3 -3 -1 2 -1 0 4 -3 0 -1 -4 -1 -2 -3 -4 1 4 -5 -2 0 1 0 2 11 1 3 27 1 2 4 0 3 1 1 0 9 25 0 1 6 0.50 1.23 32 S 3 -5 -3 -4 -4 -3 -1 6 -5 -4 -5 -3 -4 -3 -4 -1 -3 -5 -5 -1 22 0 0 0 0 0 5 60 0 1 0 0 0 1 0 3 1 0 0 6 1.13 1.29 33 K -2 -1 -1 -1 -5 3 4 -4 -2 -3 -4 2 -4 -5 -4 3 3 -5 -3 -2 2 2 1 2 0 12 25 0 1 1 0 10 0 0 0 24 17 0 1 3 0.62 1.29 34 S 5 -4 -3 -2 -1 -3 -2 -2 -4 -4 -4 -2 -4 -5 -4 4 -1 -5 -4 0 49 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 39 1 0 0 5 1.00 1.29 35 G 0 -5 -2 -3 -5 -3 -3 7 -3 -3 -5 -4 -5 -6 -2 -1 -2 -5 -5 -4 6 0 1 0 0 1 1 79 1 1 1 0 0 0 2 3 2 0 0 1 1.53 1.29 36 G 2 -4 1 1 -5 -2 -2 6 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -5 -5 -5 19 0 7 7 0 1 2 58 0 0 0 1 0 0 0 4 0 0 0 0 1.12 1.28 37 G -3 -3 -1 -1 -5 -4 -2 7 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 0 1 3 4 0 0 2 88 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.82 1.28 38 M 2 -4 -3 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -1 4 -3 7 -2 -5 -3 -3 -4 -2 0 18 0 1 0 0 0 0 0 0 1 40 2 30 0 0 1 0 0 1 4 0.95 1.31 39 V -3 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 2 0 -5 -2 -2 -5 -4 -3 -5 -4 7 1 0 0 0 1 0 0 0 0 6 4 0 0 1 0 0 0 0 0 87 1.56 1.30 40 S -2 1 -1 -3 -5 1 1 -4 -2 -4 -4 5 -3 -5 -4 1 3 -6 -4 -2 1 5 2 0 0 4 9 0 1 1 1 44 0 0 0 11 18 0 0 3 0.77 1.30 41 V 2 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -4 -6 3 -1 -5 -1 -4 -5 -4 -3 -6 -4 6 16 0 0 0 1 0 0 1 0 15 2 0 1 0 0 0 0 0 0 65 1.19 1.30 42 S -2 0 -3 -2 -3 -2 0 -4 -3 0 -2 1 -2 -3 -4 0 5 -5 -4 2 1 5 0 2 0 1 5 0 0 6 2 10 0 1 0 4 45 0 0 17 0.69 1.30 43 F 1 -5 -5 -6 0 -4 -4 -4 -5 2 2 -4 6 0 -5 -3 -3 -5 -4 3 14 0 0 0 2 0 0 1 0 11 14 1 27 4 0 1 0 0 0 24 0.80 1.31 44 N -3 -2 6 -1 -4 -2 -3 -2 -2 -3 -4 -1 -3 -5 -4 2 4 -6 -4 -4 1 1 40 3 0 1 0 1 0 1 1 3 0 0 0 15 31 0 0 0 0.99 1.31 45 G 1 -5 -3 -4 3 -4 -5 7 -5 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -5 -4 -4 11 0 0 0 7 0 0 77 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 1.61 1.31 46 L 0 2 3 1 -5 2 0 -2 1 -5 -4 4 -4 -3 -4 0 -1 -6 -4 -4 6 9 13 9 0 7 5 3 4 0 1 29 0 1 0 8 4 0 0 1 0.50 1.31 47 G -2 2 -1 -4 -2 2 -3 3 5 -5 -3 2 1 0 -4 -3 -3 -4 2 -5 2 12 3 0 1 8 0 26 14 0 2 15 4 4 0 1 0 0 7 0 0.60 1.31 48 E -2 1 0 2 -6 2 5 -4 0 -3 -4 1 -3 -4 -4 -2 0 -5 -2 -2 2 7 5 9 0 9 44 1 2 1 1 7 1 0 0 2 5 0 2 4 0.71 1.31 49 L -2 -5 -6 -6 3 -5 -6 -6 -6 4 3 -5 2 -2 -3 -5 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 5 0 0 0 0 25 22 0 6 1 1 0 1 0 0 36 0.94 1.31 50 V -3 3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -3 1 1 4 -1 -4 -4 -2 2 -5 -4 2 1 13 1 0 0 5 2 0 1 7 14 27 1 0 0 3 13 0 0 13 0.48 1.31 51 D 0 3 0 3 -5 -1 1 1 -3 -5 -5 2 -4 -4 -4 3 -2 -6 -3 -4 9 14 3 15 0 2 7 8 0 0 0 13 0 0 0 26 2 0 1 0 0.51 1.31 52 L -3 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 5 3 -5 0 -3 -5 -5 -2 -5 -4 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 36 22 0 2 0 0 0 1 0 0 39 1.14 1.31 53 Q -1 1 0 1 -5 1 3 -4 2 -3 -4 3 -3 -3 -4 1 2 -3 -4 -1 4 6 4 6 0 5 18 0 5 1 1 23 1 1 0 8 13 0 0 4 0.42 1.31 54 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 7 1 -5 0 0 -6 -5 -3 -5 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 10 0 2 3 0 0 0 0 1 5 1.55 1.31 55 D -1 -3 1 7 -6 -1 0 -4 -3 -6 -5 1 -5 -6 -4 0 -3 -7 -5 -5 6 1 5 62 0 1 5 0 0 0 0 10 0 0 0 8 0 0 0 0 1.26 1.31 56 D -2 -2 -2 3 -6 -1 2 -4 -4 -5 -5 1 -5 -6 7 -2 -3 -6 -5 -4 2 1 1 15 0 2 12 0 0 0 1 8 0 0 55 2 1 0 0 1 1.42 1.31 57 S 0 -3 -1 2 -5 0 4 -2 -2 -3 -5 0 -3 -5 -4 4 -1 -6 -5 -3 6 1 1 9 0 3 29 2 0 2 0 6 0 0 0 36 3 0 0 2 0.70 1.31 58 L 2 -5 -5 -4 0 -4 -4 -5 -5 2 4 -5 0 -1 -4 -3 -3 -5 -4 3 18 0 0 1 2 0 1 0 0 9 42 0 1 2 0 1 0 0 0 22 0.74 1.31 59 L -2 -4 -5 -4 -2 -3 -3 -6 -5 2 3 -4 4 2 -3 -4 -3 0 -2 4 2 1 0 1 1 1 1 0 0 11 29 1 10 7 1 1 0 1 0 32 0.73 1.29 60 E -1 -3 0 5 -6 1 5 -3 -2 -6 -5 -1 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -5 4 0 4 36 0 4 42 2 1 0 0 2 0 0 0 4 1 0 0 0 1.11 1.29 61 D -4 -4 0 7 -6 -2 2 -3 -4 -6 -6 -2 -6 -6 -3 -2 -3 -7 -6 -6 1 0 2 78 0 1 14 1 0 0 0 2 0 0 1 1 1 0 0 0 1.75 1.31 62 K 0 1 -2 -3 -5 -2 -2 -3 -3 1 -2 5 -1 -3 1 -2 -1 -6 -4 3 6 6 2 1 0 1 1 2 0 9 3 34 1 1 7 1 4 0 0 21 0.50 1.31 63 E -2 -3 -2 3 -4 0 7 -3 -2 -6 -6 -1 -5 -6 -3 -1 -3 -6 -5 -5 3 0 1 15 0 2 71 2 0 0 0 1 0 0 1 2 0 0 0 0 1.41 1.31 64 A -2 -2 -4 -4 -4 0 -2 -3 -4 2 0 -4 8 -1 -5 -2 1 -5 -4 1 3 1 0 0 0 5 3 2 0 11 5 0 45 2 0 3 11 0 0 9 0.96 1.31 65 M -3 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 2 6 -5 0 -1 -6 -5 -3 -5 -4 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 8 79 0 1 1 0 0 1 0 0 9 1.31 1.31 66 Q 0 -1 -2 -2 -4 5 6 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -1 -2 -5 -5 -4 6 1 1 0 0 27 56 1 0 0 0 1 0 0 0 4 1 0 0 1 1.22 1.31 67 I -3 -4 -1 8 -6 -2 0 -4 -2 -2 -6 -3 -4 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -5 2 0 0 89 0 1 3 0 1 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1.96 1.31 68 Y -4 -5 -6 -6 -4 -5 -3 -6 -5 0 6 -5 3 -2 -6 -4 -3 -4 1 -1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 83 0 6 1 0 1 1 0 4 1 1.35 1.31 69 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 0 -1 -5 -4 -2 -5 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 45 18 0 1 2 0 1 2 0 0 31 1.14 1.31 70 M 2 -1 -5 -5 -2 -3 -3 -4 -4 2 2 -1 2 -3 -4 -3 1 -5 -4 4 17 3 0 0 1 0 1 0 0 13 18 4 6 0 0 1 8 0 0 26 0.51 1.33 71 S 5 -3 -3 -4 -3 -2 -2 -1 -4 -2 -1 -3 -1 -5 -4 1 0 -5 -4 -1 62 1 0 0 0 2 2 4 0 2 7 1 1 0 0 8 6 0 0 4 0.82 1.32 72 A 6 -4 -3 -4 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -3 -4 -5 -4 -1 0 -5 -5 -2 88 0 0 0 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 0 2 1.44 1.32 73 L -3 -5 -4 -6 0 -4 -5 -5 2 3 1 -5 2 4 -5 -3 1 -4 0 4 1 0 0 0 2 0 0 0 6 15 11 0 4 16 0 1 8 0 3 32 0.70 1.32 74 N -1 0 8 -1 -5 -1 -2 -2 0 -6 -5 1 -4 -6 -5 -1 -2 -6 -4 -5 5 5 72 1 0 2 1 1 1 0 0 7 0 0 0 2 2 0 0 0 1.46 1.33 75 D -2 0 0 6 -6 0 3 -3 -1 -4 -5 1 -4 -5 -4 -2 -4 -6 -5 -5 3 4 4 50 0 4 21 1 1 1 1 8 0 0 0 2 0 0 0 0 1.09 1.33 76 G 6 -4 -4 -4 -1 -4 -4 0 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -1 -2 -5 -4 -1 87 0 0 0 1 0 0 4 0 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 4 1.41 1.32 77 Y -2 0 -1 -5 -3 0 -4 -3 1 2 3 0 3 -1 -5 -1 -2 -2 -1 2 3 5 3 0 0 5 0 2 3 14 25 7 7 2 0 5 2 1 2 13 0.32 1.34 78 K 1 4 1 0 -5 2 2 -2 -1 -4 -4 3 -3 -4 -4 0 0 -5 -4 -4 11 26 5 4 0 7 12 2 1 1 1 17 0 0 0 6 5 0 0 1 0.55 1.36 79 A -1 2 0 -3 -5 3 0 -3 -3 -4 -3 6 -1 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 5 11 3 0 0 13 5 2 0 1 2 51 2 0 0 2 1 0 0 1 0.92 1.36 80 V 4 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -2 -5 3 -1 -3 0 -3 -4 0 -2 -5 -4 4 37 0 0 0 0 0 0 2 0 14 5 1 3 0 0 8 0 0 0 28 0.71 1.36 81 E -1 0 -1 3 -5 3 4 -3 -2 -5 -4 1 -2 -5 -4 0 0 -6 -5 -4 6 4 2 19 0 12 32 2 1 0 1 9 1 0 0 6 5 0 0 0 0.69 1.36 82 E 1 -2 0 2 -5 2 5 -4 -2 -4 -5 2 -4 -6 -3 -1 -1 -6 -5 -3 10 1 4 11 0 8 44 1 0 1 1 11 0 0 0 3 3 0 0 1 0.80 1.38 83 N 2 -1 0 -1 -4 0 2 -3 -1 0 1 1 3 -3 -4 -2 1 -5 -2 0 16 2 4 3 0 3 13 1 1 6 12 11 9 1 0 1 9 0 1 6 0.23 1.37 84 R 1 0 1 -3 -4 2 -2 -3 -2 1 -1 0 5 -4 -4 2 2 -3 -3 -1 11 5 6 0 0 9 1 1 1 7 3 6 15 0 0 16 14 0 1 5 0.37 1.39 85 K 1 0 0 -2 -5 5 2 -2 -3 -5 -5 4 -2 -6 -3 0 -2 -5 -5 -4 11 4 5 1 0 25 15 2 0 0 0 25 1 0 0 8 2 0 0 0 0.71 1.39 86 N 1 0 1 1 -5 2 4 -3 -2 -5 -4 1 -3 -4 -3 2 -1 -6 -3 -4 13 4 6 6 0 7 31 2 0 0 1 9 0 0 1 15 3 0 1 1 0.54 1.40 87 L 0 1 -2 -2 -5 1 4 -4 -1 -3 -1 4 2 -4 -3 0 -1 -6 -4 -2 8 6 1 1 0 6 28 1 1 1 6 24 5 1 1 5 3 0 0 2 0.54 1.42 88 A 1 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -1 2 -4 9 -2 -5 -3 1 -4 -4 -1 10 1 0 0 0 1 1 0 0 2 15 0 54 1 0 1 9 0 0 2 1.25 1.43 89 F 2 -2 0 -2 -5 2 0 2 -3 -4 -3 1 1 -3 -2 3 -2 -5 -5 -4 18 2 3 1 0 10 5 18 0 0 2 9 4 1 1 24 1 0 0 0 0.47 1.42 90 N 0 0 1 0 -5 1 1 3 -4 -6 -6 4 -5 -6 -3 1 -2 -6 -5 -4 7 3 6 6 0 6 8 20 0 0 0 31 0 0 1 10 1 0 0 0 0.61 1.41 91 M -1 -4 -5 -6 -4 -2 -5 -5 -5 3 4 -2 6 -1 -5 -3 -3 -5 -3 2 4 1 0 0 0 2 0 1 0 15 35 2 21 2 0 1 1 0 1 16 0.85 1.40 92 L -1 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -5 -2 1 -4 4 -1 -2 -1 6 -5 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 1 0 1 12 0 10 3 1 3 61 0 0 2 1.04 1.35 93 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -7 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.22 1.23 K Lambda Standard Ungapped 0.1332 0.3126 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2029 0.3177 PSI Gapped 0.0621 0.2670