Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 2 7 -5 -4 -2 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 81 0 0 0 1.30 0.90 2 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 4 -5 -1 -3 -6 -5 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 42 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1.33 1.26 3 D -5 -4 -1 8 -7 -3 0 -4 -4 -6 -7 -3 -6 -7 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 0 97 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.29 1.32 4 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 -1 6 -5 1 0 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 2 3 0 0 0 0 0 4 1.55 1.32 5 H -4 -3 -2 -4 1 -2 -3 -5 11 -6 -6 -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 0 -6 0 0 0 0 3 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2.83 1.32 6 G -3 -3 -1 -4 -2 -4 -5 7 -2 -6 -5 -3 -5 -2 -5 -3 -4 -4 3 -6 0 1 3 0 1 0 0 81 1 0 1 1 0 2 0 0 0 0 10 0 1.66 1.32 7 L -4 -5 -6 -6 -4 1 -5 -6 -5 0 6 -5 2 0 -6 -5 -4 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 7 0 0 0 3 81 0 3 3 0 0 0 0 1 2 1.29 1.32 8 H -4 -1 -1 -3 -5 -1 -3 -5 9 -5 -4 -2 -2 0 -5 -1 1 -4 5 -3 0 3 2 1 0 1 0 0 53 0 1 1 1 4 0 5 8 0 17 2 1.47 1.32 9 V -1 -2 -5 -5 -4 -3 -4 -6 -6 1 -1 -3 -1 -4 -1 -1 0 -6 -4 7 4 2 0 0 0 1 1 0 0 4 2 2 1 0 3 4 4 0 0 73 1.12 1.32 10 D -1 0 2 3 -5 1 1 -2 1 -3 -4 2 -2 -6 -1 1 1 -6 -5 -3 6 4 11 18 0 5 8 2 3 2 2 15 1 0 3 10 9 0 0 1 0.38 1.32 11 E -3 -3 -2 1 -1 2 7 -4 -1 -6 -6 -2 -5 -6 -2 -2 -4 -6 -5 -4 1 0 1 4 2 6 80 1 1 0 0 1 0 0 1 2 0 0 0 1 1.51 1.32 12 A 7 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 0 -3 -5 -4 -2 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 2 1.57 1.29 13 L -3 -3 -5 -5 -4 -3 -2 -5 -4 5 4 -3 4 -3 -4 -4 -2 -4 -3 1 1 2 0 0 0 1 3 1 0 30 34 2 9 0 0 1 2 0 0 9 0.72 1.22 14 E -1 0 0 1 -4 2 3 -2 5 -4 -3 1 -1 -4 -1 -1 0 -1 -1 -1 4 6 3 6 0 8 21 2 13 1 2 7 2 0 3 4 6 1 1 5 0.31 1.17 15 H 1 1 -2 -4 2 -2 -2 -4 4 1 0 -1 2 0 -3 -1 -1 -3 1 2 10 7 1 1 4 2 2 1 10 9 8 3 6 4 1 5 4 0 4 15 0.19 1.13 16 L -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 0 5 -4 0 -2 -4 -4 -1 -4 -3 2 3 1 1 1 0 1 1 1 0 2 63 1 1 0 1 1 4 0 0 16 0.85 1.16 17 M -1 0 1 3 -3 1 2 -1 0 -3 -3 2 3 -4 -4 0 -1 -5 -4 -3 4 4 6 19 1 7 15 5 2 1 2 14 7 0 0 6 3 0 0 1 0.35 1.22 18 R -1 3 2 0 -5 3 1 -2 1 -1 -1 1 -1 -4 -4 -2 -1 -1 0 -1 4 14 10 4 0 14 9 2 3 4 8 8 2 0 0 3 4 1 3 4 0.21 1.26 19 V -1 2 -4 -4 -5 -2 1 -4 0 0 0 -1 -3 4 -5 -2 -3 -3 3 2 4 11 0 0 0 1 11 1 2 6 9 3 0 17 0 2 1 0 11 16 0.37 1.29 20 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -2 1 -3 -5 -5 -1 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 62 3 2 0 0 0 5 0 0 4 1.04 1.70 21 E 1 -1 0 2 -5 4 2 -2 0 -2 -3 1 -4 -5 -2 1 -1 -5 -5 -4 10 2 4 12 0 18 12 2 2 2 3 8 0 0 2 11 3 0 0 0 0.33 1.69 22 K 0 1 2 1 -2 2 3 -5 1 -2 -1 -1 0 -3 -5 -2 -1 1 -2 -2 9 8 9 8 1 11 16 0 3 3 6 3 2 1 0 2 3 2 1 3 0.21 1.70 23 K 0 3 -1 -4 0 -1 -2 -2 5 -3 0 3 0 -4 -3 -1 -3 1 -2 -2 7 16 3 0 2 3 2 3 12 2 11 17 2 0 1 4 1 2 1 3 0.31 1.68 24 T -2 2 -4 -4 -1 0 -1 -2 -4 3 0 0 2 -1 -2 1 2 -5 -4 -1 3 13 0 0 1 4 4 4 0 15 10 5 5 2 2 9 11 0 0 3 0.17 1.62 25 E 0 2 1 0 -5 2 1 -1 -1 -2 -1 1 -2 -4 -1 1 0 -5 -1 -4 9 11 7 5 0 8 9 4 1 2 7 8 1 0 3 8 5 0 2 1 0.12 1.63 26 E 0 1 0 -2 -5 -1 4 -1 0 -2 -1 0 1 0 -4 0 0 -5 -2 -2 8 7 5 2 0 3 24 6 2 3 5 6 3 4 0 7 6 0 1 2 0.17 1.64 27 F 1 -2 -2 -3 2 -1 -3 1 -1 0 3 -4 1 2 -3 -1 -3 0 0 -1 12 3 1 1 5 3 1 11 2 4 27 0 3 8 1 4 1 1 4 3 0.23 1.35 28 K -2 5 -2 -2 -2 1 1 -2 3 -5 -3 2 -1 -4 0 0 -1 0 -2 -4 3 27 1 2 1 7 11 2 6 0 3 13 2 0 4 8 4 1 2 0 0.45 1.37 29 Q 1 1 0 -1 0 3 -2 0 1 -1 -2 1 -2 -4 0 2 -2 -5 1 0 10 6 4 3 2 13 2 8 3 4 3 8 1 0 4 14 1 0 5 7 0.14 1.39 30 N 0 1 2 0 -4 -1 -1 0 1 2 -1 -1 -2 -4 -2 1 1 -5 -4 0 8 8 8 5 0 2 3 9 4 10 6 4 1 0 2 11 10 0 0 6 0.11 1.36 31 G -1 2 -1 -1 -4 1 -2 4 -4 -4 -1 -1 -3 -4 2 0 0 -5 -4 0 5 13 3 3 0 6 1 26 0 0 7 4 0 0 9 8 5 0 0 6 0.31 1.35 32 G -2 1 0 -2 2 2 -1 4 -1 -5 -2 0 -4 -5 -4 0 0 -2 -2 -3 1 9 4 1 4 11 4 33 1 0 4 6 0 0 0 6 5 1 2 2 0.45 1.38 33 K 0 4 -1 -3 -5 2 -2 -1 0 -3 -3 4 -4 -5 0 -1 -1 -5 -1 -1 9 24 3 1 0 9 1 5 2 2 2 21 0 0 6 4 3 0 3 4 0.47 1.38 34 P -2 1 -2 -2 -5 2 -2 3 -4 -4 -1 2 -1 -3 2 -1 -1 -5 -4 1 3 8 1 2 0 10 1 23 0 0 6 13 2 1 11 4 3 0 0 11 0.34 1.38 35 Y -4 0 1 -2 -5 3 -1 -4 5 0 -1 -1 -3 0 -2 0 1 -3 5 -2 0 4 6 1 0 13 3 1 12 6 6 4 0 4 2 7 9 0 20 3 0.46 1.43 36 L -2 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 6 4 4 -5 0 0 -3 -5 -3 -5 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 20 21 38 0 1 3 1 0 1 0 0 12 0.93 1.45 37 S -2 2 -1 -3 6 -1 -1 -4 0 -1 -2 -2 -1 2 -5 4 1 -4 2 -2 2 11 2 1 14 3 3 0 2 3 3 1 1 8 0 28 7 0 6 3 0.49 1.45 38 V -1 -5 -5 -3 -4 -1 -3 -6 -6 5 -1 -2 -2 -1 -5 -3 -2 -6 -4 6 4 0 0 2 0 3 2 0 0 30 3 3 0 2 0 1 1 0 0 50 1.01 1.45 39 I -2 -5 1 -3 -2 -5 -5 3 -5 6 -2 -5 -3 -4 -2 -3 -4 -6 -5 1 2 0 6 1 1 0 0 21 0 55 1 0 0 0 3 1 0 0 0 7 1.02 1.45 40 T -2 -3 -1 -4 -4 -4 -4 1 2 -4 -4 -3 -4 -5 -4 0 7 -1 -4 -1 1 1 2 0 0 0 0 9 6 0 0 1 0 0 0 3 72 1 0 4 1.32 1.47 41 G -2 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 -3 -4 -6 -3 -5 -6 0 -2 -3 -6 -6 1 2 0 1 0 0 0 0 77 1 1 0 1 0 0 4 1 1 0 0 11 1.54 1.47 42 R 3 5 -4 -4 -5 3 -2 -4 2 -6 -5 0 -4 -6 2 0 -3 -6 -3 -5 26 32 0 0 0 11 2 0 6 0 0 4 0 0 11 8 0 0 1 0 0.84 1.47 43 R -2 5 -3 -4 -6 0 -3 -1 1 -6 -4 6 -4 -6 -5 -2 -1 -6 -5 -4 2 36 0 0 0 3 0 5 3 0 2 43 0 0 0 1 4 0 0 1 1.14 1.47 44 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 4 -6 -1 -3 -6 -4 -1 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 42 0 0 0 0 1 3 0 0 9 1.23 1.47 45 K -3 2 -3 -4 -6 -1 -3 -3 -4 -3 -2 6 -1 -6 3 -3 -2 -6 -3 -5 1 10 1 0 0 2 0 1 0 1 4 61 2 0 14 1 2 0 1 0 1.15 1.47 46 P 0 -2 -1 -4 -5 0 -4 -4 -2 -1 -4 -1 -5 -3 8 -2 -2 -6 -5 -1 7 2 3 0 0 5 0 1 1 4 1 3 0 1 65 2 2 0 0 4 1.55 1.47 47 A 6 -1 -3 -5 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -3 -1 1 -4 -4 0 -3 -6 -5 -3 77 3 1 0 1 1 1 1 0 0 2 3 4 1 0 5 0 0 0 0 1.20 1.47 48 V -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 -1 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -6 -4 7 3 0 0 0 0 0 0 0 0 13 2 0 0 0 0 0 4 0 0 79 1.53 1.47 49 I -2 -2 -3 -3 -1 3 4 -5 1 3 0 1 1 -5 -5 -3 -2 -2 -3 0 3 1 1 0 1 12 30 0 4 19 7 8 3 0 0 1 2 1 1 7 0.53 1.47 50 K -1 3 1 1 -3 3 2 -1 0 -4 -5 3 -4 -6 -4 0 -2 -6 -5 -5 6 15 6 8 1 15 15 5 2 1 1 17 0 0 0 7 2 0 0 0 0.53 1.47 51 Y -4 1 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -3 2 -2 1 5 -6 -3 -2 3 7 -3 1 9 0 0 0 0 0 0 1 0 18 2 3 20 0 1 3 4 37 1 1.11 1.47 52 L -4 -5 -5 -7 3 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 2 0 -6 -5 -4 -5 -4 -1 1 0 1 0 6 0 0 0 0 2 80 0 5 3 0 0 0 0 0 2 1.40 1.47 53 I -2 3 0 -2 -5 2 2 -2 -1 -2 1 3 -1 -4 -5 -1 1 -6 -5 -2 2 16 5 2 0 9 13 2 1 3 16 15 1 0 0 3 10 0 0 3 0.35 1.47 54 S -2 1 1 1 -6 2 5 -4 0 -6 -4 2 -4 -6 -4 2 -1 -6 -5 -4 3 8 6 7 0 8 34 0 2 0 2 13 0 0 0 14 3 0 0 1 0.66 1.47 55 H -2 3 2 -3 1 1 4 -4 6 -6 -3 2 -4 -5 -5 -2 -4 -6 -1 -5 4 14 11 0 3 5 23 1 18 0 3 14 0 0 0 1 0 0 2 0 0.74 1.45 56 S -3 2 3 -1 -3 0 -3 5 4 -6 -6 0 -5 -6 -5 0 -4 -6 -5 -6 1 10 15 2 1 3 0 46 10 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0.98 1.45 57 F -5 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -4 3 4 -5 -1 3 -6 -5 -4 3 5 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 42 0 1 13 0 0 0 3 23 1 1.12 1.43 58 R -1 4 0 1 -5 2 -1 -4 2 -5 -3 2 -3 -5 -1 0 1 -1 -4 -2 5 26 4 9 0 8 3 1 5 0 2 14 1 0 4 8 8 1 0 3 0.47 1.41 59 F -3 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 2 -3 -3 -5 -3 7 -6 -5 -2 5 7 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 4 1 1 0 0 43 0 0 2 8 36 1 1.64 1.39 60 S -1 0 -1 -1 -2 0 2 -3 -2 -2 -3 1 -3 -5 -4 3 4 -5 -4 -1 4 5 2 3 1 4 15 1 1 2 2 8 0 0 0 23 24 0 0 4 0.47 1.39 61 E -3 -3 -3 2 -6 3 6 -5 0 -4 -3 -1 -1 -6 -3 -2 -1 0 -5 -2 1 0 0 10 0 10 60 0 2 1 2 1 2 0 1 2 4 1 0 3 1.09 1.42 62 I -1 -2 -2 -3 -2 -2 1 -2 0 1 0 -1 -1 -4 5 -3 -2 -5 -4 2 5 2 2 1 1 2 9 3 2 9 10 3 1 0 28 1 2 0 0 18 0.52 1.38 63 K -4 -1 7 0 -5 4 -1 -2 1 -5 -4 2 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -4 -4 0 3 48 3 0 21 1 3 3 0 2 12 0 0 0 2 1 0 0 1 1.12 1.39 64 P 2 -2 0 -2 -5 -1 1 -1 -1 -4 -5 -2 -5 -6 7 -1 -3 -2 -5 -5 17 2 4 2 0 3 9 5 2 1 1 1 0 0 49 3 1 1 0 0 1.15 1.42 65 G -2 -5 -2 -4 -6 -5 -5 7 -5 -7 -7 -3 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 2 0 1 0 0 0 0 96 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.16 1.40 66 C 0 0 -3 -4 5 -4 -3 -5 -5 0 3 -3 3 -1 -5 -1 0 -5 -2 2 8 5 1 1 11 0 2 0 0 5 31 1 7 2 0 5 6 0 1 14 0.50 1.39 67 L -3 -5 -6 -7 -1 -5 -6 -7 -6 4 5 -6 0 2 -6 -5 -4 -5 -3 2 1 0 0 0 1 0 0 0 0 25 51 0 2 9 0 0 0 0 0 11 1.06 1.39 68 K -2 4 -1 -4 0 -1 0 -3 -1 1 1 2 1 -2 -5 -2 0 -5 1 0 3 21 2 0 2 2 7 2 1 9 12 14 4 1 0 2 6 0 5 8 0.30 1.39 69 V -2 -6 -6 -6 1 -5 -6 -4 -6 3 -1 -5 -2 -4 -5 -3 -3 -6 -4 7 2 0 0 0 3 0 0 1 0 16 1 0 0 0 0 1 0 0 0 74 1.39 1.37 70 M -2 0 -1 -1 -2 0 -1 -5 3 -2 -1 3 4 -2 -5 0 2 -5 2 1 2 5 3 4 1 3 3 0 8 2 6 16 10 2 0 8 13 0 7 8 0.29 1.34 71 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 4 5 -5 0 -2 -6 -5 -4 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 65 0 1 0 0 0 0 0 0 13 1.23 1.28 K Lambda Standard Ungapped 0.1406 0.3224 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1947 0.3174 PSI Gapped 0.0596 0.2670