Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 0 0 -1 -4 6 1 -3 6 -4 -3 0 -1 -3 -2 -1 -2 -3 -1 -3 0 0 0 0 0 69 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.18 2 M -2 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -4 2 0 -3 6 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 6 0 11 0 0 37 0 0 0 0 0 0 46 0.75 0.48 3 D -3 -3 4 7 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 23 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.56 4 T 0 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 2 -5 -4 -3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 17 0 0 0 1.79 0.56 5 E 0 -2 -1 4 -4 0 5 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -1 6 0 0 30 0 0 50 4 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 6 0.82 0.56 6 E -2 -1 -2 2 -5 3 6 -4 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 0 0 6 0 14 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.56 7 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 4 -4 0 -2 -4 -3 0 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 52 0 0 0 0 0 6 0 0 32 0.73 0.56 8 R -3 7 -2 0 -5 0 3 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 71 0 3 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.56 9 E -1 5 1 1 -4 3 2 -1 -2 -4 -2 2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 4 38 5 6 0 13 13 4 0 0 3 8 0 0 0 4 0 0 0 0 0.58 0.56 10 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.78 0.56 11 V 5 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 0 1 -4 -3 2 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 4 6 0 0 15 0.76 0.56 12 G 2 0 4 -2 -4 2 1 -1 3 -4 -4 0 -3 -3 -3 0 -1 0 0 -3 18 4 24 0 0 12 8 4 10 0 0 6 0 0 0 6 3 2 4 0 0.40 0.56 13 H 0 -2 0 -2 -4 3 3 -3 7 -4 -1 -1 -2 -3 -3 2 0 -4 -2 -3 6 0 3 0 0 13 21 0 30 0 6 0 0 0 0 16 5 0 0 0 0.62 0.56 14 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 2 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.56 15 E -1 2 -2 -2 -4 3 3 -3 1 -4 -2 4 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -4 3 12 0 0 0 18 21 0 4 0 3 33 0 0 0 3 3 0 0 0 0.62 0.56 16 R -3 5 2 1 -4 3 -1 -3 3 -2 -3 1 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -3 0 40 11 6 0 15 0 0 9 4 2 5 0 0 0 4 3 0 0 0 0.61 0.56 17 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -2 -1 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 9 0 1.66 0.56 18 K 0 0 4 -2 -3 -2 -2 -3 -2 1 2 2 2 -3 -3 -2 1 -4 -3 -2 7 5 25 0 0 0 0 0 0 9 21 16 6 0 0 0 12 0 0 0 0.33 0.56 19 E 1 -2 1 4 -4 1 4 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -1 -3 -1 0 -4 -3 -4 13 0 8 23 0 4 39 4 0 0 0 0 0 3 0 0 6 0 0 0 0.61 0.56 20 L -2 -2 1 3 -4 0 3 -2 -3 -3 1 -2 -2 -3 -3 0 3 -4 -3 -3 0 0 5 21 0 3 24 3 0 0 19 0 0 0 0 4 21 0 0 0 0.43 0.56 21 L -3 -3 -4 -5 -3 1 -4 -5 -4 1 5 -3 3 -1 -4 -4 -2 -3 -3 1 0 0 0 0 0 8 0 0 0 5 72 0 8 0 0 0 0 0 0 7 0.81 0.56 22 R -3 3 5 -1 -5 5 2 -3 -1 -4 -2 1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 16 32 0 0 29 13 0 0 0 3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.56 23 E -1 -2 3 4 -4 3 3 0 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 4 0 13 27 0 13 23 7 0 0 0 0 0 0 0 9 5 0 0 0 0.61 0.56 24 E 2 3 0 -2 -4 2 3 -1 -2 -4 -3 1 2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 18 21 4 0 0 7 25 3 0 0 0 9 6 0 0 7 0 0 0 0 0.44 0.56 25 V 0 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -1 -4 0 1 -3 4 -2 -4 -1 3 -4 -3 4 6 0 0 0 0 0 0 6 0 0 16 0 13 0 0 4 21 0 0 35 0.44 0.56 26 N 0 -1 4 -2 -3 -2 -2 2 -2 -4 -2 -2 -3 -4 -3 3 2 -4 -4 -3 6 3 29 0 0 0 0 17 0 0 4 0 0 0 0 24 16 0 0 0 0.54 0.56 27 S 1 2 0 -1 -3 -2 -2 3 -3 -3 -2 -2 0 -4 -3 3 -1 -4 -3 0 14 13 4 4 0 0 0 22 0 0 3 0 4 0 0 28 0 0 0 8 0.36 0.56 28 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1.09 0.56 29 S 0 2 5 1 -4 0 -2 -1 5 -4 -4 -1 -3 -4 -3 2 0 -5 -3 -4 7 13 29 5 0 3 0 3 15 0 0 0 0 0 0 20 5 0 0 0 0.57 0.56 30 N 1 -3 1 -2 -3 -2 -2 4 3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 3 0 -4 -3 -4 14 0 8 0 0 0 0 38 8 0 0 0 0 0 0 29 4 0 0 0 0.67 0.56 31 H 2 2 -2 -2 -4 5 -1 -3 6 -4 -4 -1 -2 -4 -3 1 -2 -4 -2 -3 24 12 0 0 0 34 0 0 22 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0.71 0.56 32 F -3 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 0 2 -4 4 7 -5 -4 -3 -1 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 16 0 16 62 0 0 0 0 4 0 1.12 0.56 33 H 1 1 5 -1 -3 -1 0 -1 4 -3 -2 1 -3 -4 -3 1 -1 -4 -3 -1 15 8 30 0 0 0 7 3 10 0 4 7 0 0 0 7 3 0 0 6 0.38 0.54 34 N 3 0 3 -2 -3 2 -2 0 2 -3 -4 -1 -3 -4 -3 2 1 -4 -3 -1 27 5 17 0 0 13 0 7 5 0 0 0 0 0 0 16 7 0 0 3 0.39 0.54 35 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 1 4 -3 3 0 -4 -3 -2 -2 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0 11 0 0 0 0 0 0 13 0.60 0.19 36 E -1 -2 0 5 -3 0 3 1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -3 0 0 0 43 0 0 26 10 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0.62 0.19 37 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -2 -2 -2 0 -1 -1 -3 -2 4 4 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 57 33 0 0 0 0.47 0.19 38 W -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -2 0 -5 -4 -3 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 2.79 0.19 39 R -1 4 -2 0 -5 7 0 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 4 31 0 3 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.59 40 D -3 -3 0 8 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -5 -4 -3 -2 -3 -5 0 -5 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1.67 0.59 41 A 2 1 1 1 -4 5 2 -3 0 -4 -4 -1 -3 -5 0 -1 -2 -4 -3 -3 23 6 8 7 0 36 15 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0.60 0.59 42 R -2 3 -2 -1 -5 4 4 -3 -2 -5 -4 4 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 16 0 0 0 23 26 0 0 0 0 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.59 43 R -3 5 -2 -3 3 2 -2 -4 6 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 2 -4 0 39 0 0 8 9 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0.76 0.59 44 D 0 1 -1 4 -4 1 1 -3 -3 -2 -1 1 -3 -4 -3 -1 -1 2 -3 -2 8 9 2 27 0 5 8 0 0 3 7 11 0 0 0 3 3 3 0 2 0.23 0.59 45 K -1 4 0 -2 -4 1 2 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 3 24 3 0 0 3 15 0 0 0 0 37 0 0 0 5 0 0 0 0 0.58 0.59 46 F -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -4 -3 -2 -1 -4 -2 8 -5 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 1.48 0.59 47 S 1 -1 0 -1 -3 -1 4 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 1 10 3 3 0 0 0 31 3 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 11 0.34 0.59 48 E -3 -2 1 2 -5 3 6 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 0 8 9 0 11 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.59 49 V -2 -2 1 2 -4 0 4 -4 -2 -2 -2 -2 2 -3 -3 -2 -1 -4 -3 2 0 0 8 10 0 3 34 0 0 0 0 0 7 0 0 0 3 0 0 24 0.38 0.59 50 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -2 0 2 -4 -1 6 -5 -4 -3 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 22 0 0 43 0 0 0 0 15 6 0.76 0.59 51 D -2 -1 1 4 -4 1 2 -3 -2 -2 -4 2 -3 -4 -3 1 -1 -4 -4 -3 2 0 7 24 0 6 17 0 0 2 0 17 0 0 0 12 3 0 0 0 0.39 0.59 52 N 0 -1 4 3 -4 2 2 -3 -2 -4 -4 -1 0 -4 -3 -1 1 -4 -3 -3 11 3 24 17 0 12 11 0 0 0 0 0 3 0 0 0 9 0 0 0 0.39 0.59 53 L -1 -3 -1 -4 -3 1 -3 -4 0 -1 4 -3 0 -2 -4 -2 2 -3 -3 -1 5 0 3 0 0 9 0 0 3 0 54 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0.40 0.59 54 K -3 1 -3 -3 -3 -2 0 -4 -3 2 2 2 5 -2 -4 -3 -2 -4 -3 1 0 9 0 0 0 0 8 0 0 11 19 14 19 0 0 0 0 0 0 8 0.29 0.59 55 S 0 2 1 -2 -3 3 -1 0 -2 -4 -2 2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -3 4 11 7 0 0 13 0 7 0 0 3 16 0 0 0 29 0 0 0 0 0.31 0.59 56 T 1 1 -2 -3 -3 3 -2 -3 1 -2 -1 -2 -2 1 -3 -1 2 -3 -2 2 13 8 0 0 0 19 0 0 3 0 3 0 0 8 0 3 17 0 0 16 0.19 0.59 57 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 4 -4 2 4 -4 -4 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 51 0 3 24 0 0 0 0 0 3 0.65 0.59 58 N 0 0 3 0 -4 2 1 -3 1 -4 -4 3 0 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 10 3 20 4 0 12 6 0 3 0 0 18 3 0 0 13 0 0 0 0 0.33 0.61 59 E -3 5 0 -2 -5 2 3 -4 3 -4 -4 2 0 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 36 3 0 0 9 20 0 7 0 0 14 3 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.61 60 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -3 -2 0 -4 -1 8 -5 -2 -3 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 79 0 4 0 0 0 0 1.26 0.61 61 D -3 -3 2 4 -4 -2 1 -3 -3 1 -1 -1 1 -3 -3 -2 0 -5 -3 1 0 0 11 30 0 0 9 0 0 8 6 3 4 0 0 0 6 0 0 14 0.33 0.61 62 E 0 -2 1 2 -4 2 5 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -4 -4 9 0 6 13 0 8 47 2 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0.59 0.61 63 A 3 -3 2 -2 2 0 -1 -3 -3 1 0 -2 1 -3 -3 1 0 -4 -3 0 26 0 13 0 4 3 4 0 0 8 7 0 3 0 0 13 3 0 0 6 0.18 0.61 64 A 5 -3 0 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 3 2 -4 -3 0 54 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 14 0 0 8 0.65 0.61 65 Q -2 -2 3 2 -4 4 2 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -4 -3 2 1 -4 -3 -4 0 0 14 11 0 27 16 0 0 0 4 0 0 0 0 21 7 0 0 0 0.58 0.61 66 E -2 -2 -2 2 -5 3 6 0 -2 -5 -5 0 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 10 0 14 65 7 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.61 67 Q -3 -1 -1 1 -5 6 0 -4 6 -5 -4 0 -2 -3 -3 -2 -3 -3 2 -4 0 0 0 7 0 54 0 0 27 0 0 4 0 0 0 0 0 0 7 0 1.08 0.61 68 I -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 -1 -2 -4 -3 1 -4 -3 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0 7 0 0 43 0.87 0.61 69 A 2 0 1 -1 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 7 -2 -2 -5 -4 -3 20 7 7 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 0 1.40 0.61 70 W -4 -3 -3 -5 -4 -3 -4 -4 5 -3 -1 -4 -2 4 -5 -4 -4 8 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 4 0 0 17 0 0 0 27 32 0 1.43 0.61 71 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.61 72 K -2 1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 0 1 3 4 4 -2 -3 -2 -1 -4 -3 -1 2 7 0 0 0 0 0 0 2 7 30 31 16 0 0 0 3 0 0 0 0.48 0.59 73 E 0 5 -2 -2 -4 0 3 -3 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -3 8 45 0 0 0 0 23 0 0 0 0 17 0 0 0 0 3 0 0 0 0.77 0.55 74 R -2 3 -2 -3 -4 -1 -1 -3 -2 -2 2 5 3 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -2 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 21 45 9 0 0 0 0 0 0 0 0.64 0.55 75 I 5 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 4 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -4 -3 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.72 0.55 76 R 1 4 -2 2 -4 2 4 -3 -2 -4 -4 0 -3 -5 -3 1 0 -4 -3 -3 13 25 0 10 0 10 30 0 0 0 0 0 0 0 0 8 4 0 0 0 0.58 0.58 77 V -2 5 -2 1 -4 2 0 -4 1 -2 -3 0 -2 -4 -3 -2 0 -4 -3 3 0 36 0 9 0 9 5 0 4 0 0 4 0 0 0 0 5 0 0 28 0.52 0.58 78 L -1 -4 -4 -5 -3 0 -4 -5 -4 4 4 -3 2 -2 -4 -3 -2 -4 -3 1 6 0 0 0 0 7 0 0 0 31 48 0 6 0 0 0 0 0 0 3 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