Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 11 0 0 0 0 0 0 0 0 74 1.06 0.71 2 S -2 -3 2 1 6 -3 -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 4 2 -5 -4 -2 0 0 10 10 20 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 43 15 0 0 2 0.85 0.88 3 P -1 -2 -3 0 -5 2 5 -4 -3 -4 -4 -2 -1 -5 4 -2 -3 -5 -4 -2 4 0 0 3 0 11 53 0 0 0 0 0 2 0 24 0 0 0 0 3 1.09 0.91 4 E -2 -2 0 2 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -3 1 0 3 8 0 2 78 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 1 1.38 0.98 5 A 6 -4 -1 -1 -3 -3 -1 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -3 84 0 3 3 0 0 4 1 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 1.16 1.00 6 V -1 -1 -4 -5 -4 1 -4 -5 -4 4 2 0 1 -3 -4 -3 -3 -5 -4 4 4 3 0 0 0 6 0 0 0 26 19 6 3 0 0 1 0 0 0 28 0.58 1.03 7 K 0 4 -2 -1 0 4 2 -2 1 -4 -2 3 -1 -4 -3 -2 -2 -4 -4 -4 7 23 0 3 2 19 12 2 3 0 3 21 1 0 0 1 1 0 0 0 0.61 0.99 8 K 1 4 -2 -3 -4 2 1 -3 1 -4 -4 5 0 -4 -3 -1 -3 -4 -3 -4 13 24 0 0 0 9 7 0 4 0 0 37 3 0 0 2 0 0 0 0 0.76 0.99 9 E -1 -1 -2 4 -5 -1 6 -4 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 3 3 0 23 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.32 0.99 10 A 2 1 -3 -3 -4 1 0 -2 1 -3 2 2 2 -3 -2 -2 -1 -4 -3 -1 22 9 0 0 0 8 6 2 3 0 19 14 7 0 1 1 3 0 0 3 0.30 0.99 11 E 2 0 -1 1 -5 0 5 -4 -3 -5 -4 1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -3 22 5 2 5 0 1 51 0 0 0 1 9 0 0 0 2 0 0 0 1 0.86 1.04 12 L -1 -4 -6 -6 0 -4 -5 -6 -5 -1 6 -5 1 0 -1 -4 -3 -4 -3 0 5 0 0 0 2 0 0 0 0 0 83 0 1 3 3 0 0 0 0 3 1.17 1.04 13 D -4 -3 2 7 -6 -2 4 -2 0 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 10 61 0 0 24 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 1.09 14 K 3 1 0 1 -4 1 1 -4 1 -3 -3 2 0 -5 -4 0 1 -5 -4 -2 25 6 4 6 0 5 10 0 3 1 2 16 3 0 0 5 11 0 0 2 0.37 1.19 15 Y 2 1 -1 -4 -4 2 -2 -4 1 -1 1 0 0 0 1 -1 1 -4 3 -2 20 6 3 0 0 8 1 0 4 3 14 5 2 3 6 3 8 0 11 2 0.25 1.19 16 L -4 -5 -6 -5 -4 -4 0 -6 -5 5 5 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 6 0 0 37 56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 1.19 17 E -1 2 0 1 -5 -1 5 2 -3 -2 -4 -2 -4 -4 -4 -1 -1 -5 -2 -1 5 10 3 7 0 2 41 14 0 3 0 0 0 0 0 4 4 0 2 5 0.58 1.13 18 C 0 2 1 -3 0 3 1 -3 2 -4 -2 2 0 -4 -3 2 -1 -4 -3 -1 8 11 5 0 2 13 8 0 5 0 3 12 3 0 0 20 3 0 0 5 0.35 1.12 19 R -2 5 -3 -3 -5 -1 -1 -4 2 0 -1 4 3 -4 1 -3 -1 -5 -3 -3 2 35 0 0 0 2 2 0 6 6 5 23 7 0 7 0 3 0 0 0 0.71 1.13 20 V 0 -4 -3 -4 -3 -3 -4 1 -4 3 0 -3 3 -3 -4 -3 2 -4 -3 4 9 1 0 1 0 0 1 11 0 21 8 1 7 0 1 1 12 0 0 28 0.50 1.00 21 E 0 2 -2 0 4 0 1 -1 -3 0 -3 3 1 -4 -3 -1 1 -4 -3 -1 8 11 0 4 10 4 8 5 0 5 1 19 4 0 1 4 9 0 0 4 0.30 1.00 22 E 1 -2 2 2 -3 2 2 1 -2 -3 -3 2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 1 12 1 12 12 0 12 12 12 0 1 1 12 0 0 1 1 1 0 0 12 0.32 0.79 23 I -2 -2 -5 -5 -4 -4 -3 -5 -5 5 3 -4 3 0 -5 -3 -2 -4 -3 2 2 2 0 0 0 0 2 0 0 41 24 0 8 3 0 2 2 0 0 14 0.81 1.08 24 I -2 -3 -5 -5 5 -4 -5 -5 -1 3 3 -4 3 2 -5 -4 -2 -3 1 2 2 1 0 0 13 0 0 0 2 21 25 0 7 10 0 0 1 0 5 12 0.69 1.08 25 K 2 0 2 2 -5 3 4 -3 -3 -5 -5 1 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -3 17 5 11 11 0 14 28 1 0 0 0 7 0 0 0 4 1 0 0 1 0.60 1.10 26 G -1 -1 1 2 -5 2 3 3 -3 -5 -3 1 -1 -5 -4 2 -3 -5 -5 -3 2 2 5 9 0 8 19 26 0 0 2 7 1 0 0 17 0 0 0 2 0.52 1.10 27 V 1 -4 -2 1 1 -1 1 -4 -4 1 0 -2 3 2 1 0 -1 -4 -3 1 14 0 2 10 3 2 10 0 0 7 7 2 9 10 6 6 4 0 0 9 0.22 1.10 28 P -1 -4 -2 -3 -5 -1 0 0 -4 -3 -4 -2 -4 -2 7 -1 1 -5 -4 -2 4 0 2 0 0 2 6 7 0 1 0 1 0 2 58 3 9 0 0 4 1.28 1.07 29 D -3 -2 -1 6 0 -1 3 -3 -3 -5 -4 -2 -5 -5 -4 2 -1 -6 -5 -5 0 1 0 50 3 2 21 1 0 0 1 0 0 0 0 19 3 0 0 0 1.08 1.07 30 L -1 -4 -3 -5 -1 -4 -5 -5 -4 1 5 -2 1 2 -5 -4 -1 -4 0 0 5 0 1 0 1 0 0 0 0 4 62 2 2 10 0 0 4 0 3 6 0.82 1.08 31 V -1 -2 3 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -1 0 -3 -2 -1 0 1 -1 -5 -1 3 5 1 19 1 0 1 3 4 0 1 11 0 0 2 4 13 2 0 2 29 0.34 1.08 32 H -1 1 -1 -1 -4 0 1 -3 4 -1 -3 -1 -3 0 -4 1 3 0 4 -3 4 6 3 3 0 3 11 1 11 3 2 3 0 3 0 8 20 1 17 0 0.43 1.08 33 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 3 1 -5 1 -1 -5 -4 -3 -5 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 19 13 0 3 2 0 0 0 0 0 62 1.12 1.08 34 M -2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 1 3 -4 7 4 -5 -4 -3 -3 -2 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 6 32 0 35 16 0 0 0 0 0 8 1.06 1.08 35 R -2 5 -1 -3 -3 3 0 -3 4 -2 -4 2 -2 -4 -4 1 0 -1 -1 -4 1 30 2 0 1 13 4 1 12 3 0 14 0 0 0 9 5 1 2 0 0.65 1.08 36 T 0 -1 2 -1 3 -1 -1 -3 -1 1 -2 -2 2 -1 -2 1 3 -5 -2 1 7 3 9 3 7 2 4 2 1 8 2 2 5 3 1 8 22 0 1 9 0.23 1.08 37 L -3 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 2 -2 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 83 0 5 0 0 0 0 0 0 7 1.26 0.97 38 A 4 -2 0 -2 -1 0 -1 -2 0 -2 -3 0 2 -4 -3 2 -1 -5 -4 -1 47 1 5 1 1 5 2 1 2 1 0 6 6 0 0 17 1 0 0 2 0.56 0.95 39 S 0 0 2 2 -4 0 1 -1 -3 -3 -4 -2 -1 -4 -2 3 1 -1 -2 -3 8 6 9 11 0 5 8 3 0 2 1 1 2 0 1 30 11 1 1 1 0.38 0.95 40 E -2 -2 -2 3 -5 1 6 -3 -3 -4 -2 -1 1 -2 -3 -2 -1 -5 -4 -4 2 1 0 18 0 6 55 1 0 0 5 2 4 2 0 1 4 0 0 0 0.91 0.94 41 N -2 -2 4 4 -5 -1 2 -2 -1 -4 -2 -1 -2 -2 -3 2 -1 -5 -3 -3 1 1 23 24 0 2 15 3 1 0 5 2 1 2 1 17 2 0 1 2 0.58 0.97 42 I -3 -5 -1 -4 -4 -4 -2 0 0 6 1 -4 3 0 -5 -3 -2 -4 -3 0 0 0 3 0 0 0 2 10 3 59 8 0 7 3 0 1 2 0 0 2 0.83 0.97 43 P -2 -3 -3 0 -5 -1 0 -2 -1 -4 -2 -3 3 -5 7 -2 -1 -5 -4 -4 1 1 0 6 0 2 7 3 2 0 3 0 10 0 60 1 3 0 0 0 1.39 0.97 44 S -2 -2 4 3 -5 -1 -2 3 0 -5 -4 -3 -1 -5 2 0 -2 -5 -2 -5 1 2 23 17 0 3 0 28 3 0 2 0 2 0 10 8 2 0 1 0 0.65 0.97 45 L -1 -4 -5 -5 -4 0 -4 -5 -4 0 5 -4 -1 1 2 -4 -3 -4 0 -2 5 0 0 0 0 5 0 0 0 2 69 0 0 7 10 0 0 0 3 0 0.90 0.97 46 P -3 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -4 0 -3 -4 -5 8 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 90 0 0 0 0 0 2.44 0.97 47 P -3 -2 -4 -4 2 0 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -1 -3 -6 -5 -4 0 2 0 0 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 84 4 0 0 0 0 2.24 0.97 48 G -2 -4 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -5 -1 -4 -4 -5 2 -3 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 83 0 0 7 0 0 0 10 0 0 0 0 0 1.59 0.97 49 G -1 -4 -3 -3 -4 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -4 0 -1 -5 -5 -2 4 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 7 5 0 0 3 1.52 0.97 50 E -2 -4 -2 -2 -4 -3 0 6 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -1 0 0 0 1 0 0 7 81 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 6 1.42 0.89 51 L -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -1 3 5 -5 3 2 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 21 63 0 6 7 0 0 0 0 0 2 1.02 0.93 52 A 3 -3 0 0 0 0 -1 0 5 -3 -3 -3 -3 -1 0 0 -1 -4 3 -2 29 0 5 6 2 5 2 5 16 1 1 0 0 2 4 4 4 0 10 3 0.41 0.93 53 S 3 -3 0 -3 5 -3 -3 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -5 -3 5 0 -5 -4 -3 24 0 4 0 14 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 51 4 0 0 0 0.92 0.93 54 K -3 1 -2 -3 -5 -1 -1 -4 -3 -4 -2 7 -1 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 91 2 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.90 55 R 1 6 -3 -2 0 2 -2 -4 -1 -4 -4 1 -3 -3 -4 -2 -2 -4 2 -3 13 55 0 2 2 9 0 0 1 0 0 5 0 1 0 1 1 0 8 2 0.91 0.95 56 N 1 -3 2 0 0 -2 -2 0 1 -3 -3 -2 -3 -4 0 3 3 -5 -2 -2 13 0 10 4 2 1 1 8 4 1 1 1 0 0 4 25 21 0 1 3 0.41 0.95 57 V -3 -4 -4 -5 3 -4 -4 -5 -4 2 1 -1 -1 3 -4 -3 1 -3 1 4 0 0 0 0 6 0 0 0 0 9 15 5 0 13 0 0 8 0 5 38 0.61 0.94 58 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 1 -4 1 -2 -5 -4 -1 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 8 0 3 0 0 0 2 0 0 13 1.21 0.92 59 E 1 -2 -2 0 -4 0 6 -4 -2 -1 -4 -2 -1 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -2 12 0 0 4 0 2 66 0 0 5 0 0 2 0 1 4 2 0 0 1 0.97 0.92 60 A 3 0 2 0 -4 2 3 -1 -3 -4 -4 1 -3 -5 -3 1 -1 -5 -4 -3 26 4 9 4 0 8 20 4 0 0 0 9 0 0 0 11 3 0 0 0 0.45 0.92 61 V 3 -2 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -4 3 -1 -3 1 0 -4 -2 0 -4 -3 4 24 2 0 0 0 0 3 0 0 19 2 0 3 4 0 2 4 0 0 37 0.59 0.91 62 Y -4 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -5 -1 -1 1 -4 -2 5 -5 -4 -3 0 8 -2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 4 12 0 0 20 0 0 0 0 60 0 1.40 0.85 63 N -1 1 4 -1 0 2 -1 -3 3 -4 -4 3 -3 -3 -3 2 -2 -4 0 -4 2 9 24 2 3 8 2 0 6 0 0 19 0 1 0 17 1 0 4 0 0.53 0.86 64 R -3 5 -1 -1 -5 3 3 -4 -1 -5 -3 3 -3 -5 -2 -2 -3 -5 -4 -4 1 34 1 2 0 16 17 0 1 0 3 22 0 0 1 2 0 0 0 0 0.84 0.89 65 L -1 -3 -5 -5 -3 -4 -3 -5 0 0 5 -3 0 1 -5 -1 -3 0 -3 0 4 1 0 0 0 0 1 0 2 2 74 1 1 4 0 4 0 1 0 3 0.86 0.87 66 N -3 2 5 -1 6 -1 -3 -4 3 -1 -2 -1 -3 1 -4 -2 -3 -4 1 -3 0 13 35 3 20 2 0 0 7 3 3 2 0 6 0 0 0 0 6 0 0.77 0.84 67 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 -3 -3 -5 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 94 0 0 0 0 0 2.48 0.75 68 Y -3 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -3 8 -3 -3 -2 -2 1 -3 -2 -3 -1 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 3 0 0 0 0 37 0 1.22 0.32 K Lambda Standard Ungapped 0.1339 0.3125 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1905 0.3175 PSI Gapped 0.0583 0.2670