Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 4 -2 -2 -2 0 -1 -1 0 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 1 0 -3 -2 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.41 0.01 2 G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.08 3 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.45 0.38 4 W -3 -3 -4 -4 4 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -3 2 2 -4 -3 -3 10 4 -2 1 0 0 1 11 0 1 1 0 0 1 1 9 10 0 1 1 45 16 1 1.42 0.40 5 A 3 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 2 5 -4 -3 -1 27 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 17 49 0 0 0 0.64 0.50 6 D -1 1 1 5 -4 1 2 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 -3 -1 1 -5 -4 -4 6 6 5 42 0 6 12 0 0 0 0 11 0 0 0 0 11 0 0 0 0.66 0.54 7 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 1.19 0.59 8 M -1 4 -2 -3 -3 -1 -2 -4 1 0 0 2 0 -3 -3 -1 3 -4 -3 -2 3 31 0 0 0 0 0 0 5 6 9 16 2 0 0 0 27 0 0 0 0.51 0.59 9 Q -2 0 -1 -2 -5 8 0 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 0.62 10 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -1 -4 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 1.56 0.62 11 P -3 1 0 -3 -4 -2 0 -4 -3 -4 -1 -2 -3 -4 7 -2 -3 -5 -4 -4 0 11 5 0 0 0 5 0 0 0 8 0 0 0 71 0 0 0 0 0 1.62 0.62 12 S -2 -1 2 2 -4 -1 1 -1 -2 -4 -4 4 -3 -5 -3 2 1 -5 -4 -4 0 0 8 15 0 0 10 4 0 0 0 36 0 0 0 20 8 0 0 0 0.56 0.62 13 E -2 -2 -2 0 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.55 0.62 14 S -2 0 -2 -3 -4 -2 -2 -3 1 -4 -4 -2 -4 -5 7 2 0 -5 -4 -4 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 64 21 5 0 0 0 1.49 0.62 15 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -2 0 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 86 0 0 0 0 9 0 1.61 0.62 16 V 0 3 -2 -3 -3 2 -2 2 -3 -1 -2 0 -2 -4 0 0 2 -4 -3 0 5 22 0 0 0 13 0 15 0 5 4 2 0 0 5 8 14 0 0 7 0.30 0.62 17 D -1 0 1 5 -4 -2 0 0 -2 -4 -5 0 -4 -5 -3 2 0 -5 -4 -4 5 5 5 47 0 0 3 5 0 0 0 5 0 0 0 21 4 0 0 0 0.73 0.62 18 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -2 -1 -4 -2 8 -5 -4 -4 0 5 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 26 0 1.61 0.62 19 A 2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 1 -3 -1 -2 -4 -2 1 -4 -3 5 19 0 0 0 0 0 0 0 0 14 10 0 0 0 0 0 8 0 0 49 0.63 0.62 20 N -3 -3 3 7 -5 1 1 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 0 0 12 69 0 5 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.20 0.62 21 R -3 7 -2 -3 -5 1 -1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 86 0 0 0 5 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.62 22 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 0 4 -4 0 5 -5 -4 -3 -2 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 0 0 26 0 0 0 0 0 16 0.88 0.62 23 I -3 1 0 -3 -3 2 -2 -4 -2 1 1 -2 2 4 -4 -2 2 -2 2 0 0 9 4 0 0 15 0 0 0 10 12 0 6 19 0 0 14 0 7 4 0.34 0.62 24 K 2 -1 0 1 -4 0 2 -3 -2 -3 -4 4 -3 -4 -3 0 0 -5 -3 -1 22 0 4 6 0 3 14 0 0 0 0 36 0 0 0 5 5 0 0 4 0.48 0.62 25 A 6 -3 -3 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 0 1 -4 -3 -1 84 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 10 0 0 2 0.96 0.62 26 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 3 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -3 3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 38 32 0 0 1 0 0 0 0 0 21 0.73 0.62 27 E -3 4 -1 4 -4 0 4 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -1 0 25 0 27 0 0 33 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 5 0.75 0.59 28 G 3 2 0 -3 -3 1 -2 4 -3 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 30 13 4 0 0 5 0 33 0 0 0 14 0 0 0 1 0 0 0 0 0.60 0.62 29 S 1 0 -1 -1 -3 2 3 0 -2 -3 -3 -1 1 -4 -2 3 -1 -4 -3 -3 12 5 0 0 0 8 25 6 0 0 1 1 4 0 0 34 0 0 0 1 0.46 0.57 30 D 0 -2 2 3 -3 4 -1 0 -2 1 -1 -2 -2 -3 -3 0 -2 -4 -3 0 6 1 9 21 0 25 1 6 0 10 6 1 0 0 1 6 1 0 0 7 0.37 0.65 31 L 2 -3 -4 -4 -1 -3 0 -4 -4 -1 3 -3 2 -3 1 0 0 -4 -3 1 22 0 0 0 1 0 6 0 0 0 38 0 4 0 7 7 6 0 0 10 0.40 0.74 32 P -2 -3 -2 1 -4 -2 1 -1 2 -4 -4 -2 -4 -5 6 0 2 -5 -4 -4 0 0 0 9 0 0 8 4 6 0 0 0 0 0 52 5 14 0 0 0 1.17 0.74 33 P -1 3 -2 -2 -4 3 3 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -5 3 -1 0 -5 -4 -2 5 15 0 0 0 19 26 5 0 0 0 0 0 0 17 4 6 0 0 3 0.60 0.74 34 S 3 -3 -2 0 -3 -1 4 -3 2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 1 3 -3 -3 34 0 0 4 0 0 30 0 5 0 0 0 0 0 0 12 10 5 0 0 0.59 0.74 35 A 4 -4 0 -4 -3 -3 -3 1 -4 -1 -2 -3 3 -3 0 -2 0 -4 -4 3 40 0 4 0 0 0 0 11 0 0 0 0 10 0 5 0 5 0 0 25 0.51 0.74 36 R -3 5 -2 -3 -5 3 -1 -4 1 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -4 0 35 0 0 0 14 0 0 4 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.74 37 A 2 -2 3 2 -3 -2 1 3 -2 -4 -4 0 -3 -4 0 -1 -2 -4 -3 -3 18 1 19 11 0 0 12 23 0 1 1 7 0 0 4 2 1 0 0 1 0.45 0.65 38 P 2 -3 -3 -3 -3 -2 0 -3 -3 0 -3 -2 -2 -2 4 -2 0 8 2 -2 23 1 1 1 0 0 7 1 0 6 1 1 0 0 22 1 5 21 9 1 0.79 0.65 39 V -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 1 3 -3 5 -2 -3 -3 0 -3 -2 4 1 1 1 1 0 0 1 1 0 6 25 1 21 0 1 1 7 0 0 34 0.62 0.65 40 I -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 2 4 -3 0 0 -3 -2 3 -3 -2 1 1 1 1 1 0 0 1 4 0 13 43 1 0 4 1 1 22 0 0 7 0.50 0.65 41 I -2 4 -2 0 -4 2 3 -3 -2 1 0 2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 1 29 1 5 0 9 19 2 0 9 8 13 0 0 1 1 1 0 0 1 0.47 0.65 42 D -2 -2 -1 3 -3 2 1 -1 2 -3 -3 0 -3 -4 -2 1 4 -4 -3 -3 1 1 1 20 0 10 6 5 5 1 1 7 0 0 1 13 28 0 0 1 0.45 0.65 43 C -2 -3 -4 -4 8 -3 -4 -4 -4 -1 4 -3 2 -2 -4 -3 -2 -3 -3 -1 1 1 1 1 35 0 1 1 0 1 49 1 6 0 1 1 1 0 0 1 1.04 0.65 44 F 2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 1 3 -3 -1 2 -3 0 -2 -3 -2 2 24 1 1 1 0 0 1 1 0 5 35 1 0 9 1 6 1 0 0 14 0.41 0.65 45 R -2 3 -3 -3 -3 0 -3 -4 -2 2 0 0 2 2 -3 -3 -2 -2 2 3 1 18 1 1 0 5 1 1 0 15 6 4 5 10 1 1 1 0 9 21 0.36 0.65 46 Q -1 -1 -1 1 -3 6 1 0 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -2 1 0 -3 -3 -3 4 1 1 6 0 54 7 6 0 1 1 1 0 0 1 11 7 0 0 1 0.77 0.65 47 K -2 -1 6 -1 -4 1 -1 0 2 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 1 1 59 1 0 8 1 6 5 1 1 13 0 0 1 1 1 0 0 1 0.94 0.65 48 S 3 -2 -2 -2 4 -2 -2 2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 3 1 -3 -3 0 23 1 1 1 10 1 1 13 0 1 1 1 0 1 1 26 11 0 0 8 0.42 0.61 49 Q -2 -2 6 -1 -3 2 -1 -2 -1 -3 -4 -1 -3 -3 -2 2 -1 -4 -3 -3 1 1 59 1 0 9 1 1 0 1 1 1 0 1 1 19 1 0 0 1 0.95 0.61 50 P 0 1 -2 -2 -3 1 1 -3 1 -3 -3 0 2 -3 5 1 1 -3 -3 -3 6 7 1 1 0 6 9 1 5 1 1 4 6 1 30 12 8 0 0 1 0.52 0.61 51 D 1 -2 1 4 -3 -1 2 0 -2 -2 0 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 0 12 1 7 29 0 1 17 8 0 1 13 1 0 1 1 1 1 0 0 6 0.38 0.61 52 I -2 -3 -3 -3 8 -3 -3 -3 -3 1 -2 -3 -2 -3 -3 -1 3 -3 -3 0 1 1 1 1 48 1 1 1 0 10 1 1 0 1 1 1 23 0 0 7 1.05 0.53 53 Q -2 3 -1 -2 -3 4 0 -3 -1 -3 -3 5 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 1 17 1 1 0 29 1 1 0 1 1 41 0 1 1 1 1 0 0 1 0.77 0.53 54 Q 0 1 -1 -2 -3 3 1 0 -2 -3 -1 2 0 -3 -2 2 0 -3 -3 -2 7 6 2 1 0 18 11 7 0 1 5 13 2 1 1 17 7 0 0 1 0.28 0.53 55 L -1 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 -3 4 3 -3 0 -1 -3 -3 -2 -2 1 1 6 1 1 1 0 1 1 7 0 38 29 1 0 1 1 1 1 0 6 5 0.46 0.53 56 I -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 3 4 -3 4 -1 -3 -3 -2 -3 -2 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 21 49 1 11 1 1 1 1 0 0 8 0.62 0.53 57 R 0 5 1 -2 -3 1 -1 -3 -2 -2 1 2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -2 -2 7 42 7 1 0 5 1 1 0 1 15 15 0 1 1 1 1 0 0 1 0.53 0.53 58 T 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 2 -2 -2 -3 -2 -2 -3 1 1 2 -3 -3 -2 40 1 1 1 0 1 1 18 0 1 2 1 0 1 7 6 17 0 1 1 0.47 0.52 59 A 2 0 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -1 4 -2 1 -1 -3 -2 -2 -3 -2 -1 23 6 1 1 0 1 1 1 0 1 55 1 3 1 1 1 1 0 1 1 0.49 0.52 60 P -2 1 -2 -2 -3 -2 -2 2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 7 -2 -2 -3 -3 -3 1 9 1 1 0 1 1 21 0 1 2 1 0 1 56 1 1 0 1 1 1.19 0.49 61 S 2 -2 -2 -2 -3 1 -2 3 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 4 0 -4 -3 -3 20 0 0 0 0 6 0 24 0 0 4 5 0 0 0 40 2 0 0 0 0.56 0.57 62 T 0 3 -1 -2 -3 -2 -2 0 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -3 1 5 -4 -3 -2 5 21 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 8 58 0 0 0 0.70 0.51 63 L 0 -3 1 1 -3 -2 -2 0 -3 1 3 -3 -1 -2 0 1 -2 -4 -3 0 7 0 8 10 0 0 0 6 0 8 36 0 0 0 6 11 0 0 0 3 0.20 0.49 64 T 1 -2 4 -1 -3 1 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 1 4 -4 -3 -2 14 0 30 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 35 0 0 0 0.58 0.48 65 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 2 3 5 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 30 59 0 0 0 0.81 0.45 66 P -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 2 -2 -1 -2 5 1 -1 -3 -2 1 2 1 1 1 0 1 1 2 0 1 28 1 0 1 29 15 1 0 1 13 0.47 0.35 67 G 1 -2 -1 2 -3 -1 2 5 -2 -3 -3 -2 2 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 11 1 0 12 0 0 15 46 0 1 1 1 7 0 1 1 1 0 0 1 0.57 0.40 68 E -2 -1 -1 0 -4 1 6 -3 -1 -4 -3 0 -3 -4 -2 -1 -2 -3 -3 -3 1 1 0 1 0 0 90 1 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1.12 0.40 69 I 0 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 1 -3 5 -1 -4 -3 -2 6 -2 2 8 0 0 0 0 0 0 0 0 31 12 0 22 0 0 0 0 12 0 14 0.64 0.43 70 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 2 -4 2 -1 -4 -3 -2 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 12 0 5 0 0 0 0 0 0 12 0.86 0.43 71 K -2 4 -1 -2 -4 3 0 -3 3 -4 -4 5 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -2 -4 0 26 0 0 0 15 0 0 9 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.40 72 Y -3 -2 -2 -3 -4 2 -1 -4 6 -3 -3 -2 -2 1 -3 -2 -2 0 7 -3 0 0 0 0 0 16 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0 1.06 0.35 73 V -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 1 -3 0 -2 -3 -2 2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 20 0 0 65 0.55 0.31 74 L 1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 1 4 -3 1 -1 -3 -2 -2 -3 -2 2 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0.52 0.31 75 D -2 -1 0 6 -4 -1 1 -2 -2 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.31 76 R -2 5 -1 -1 -4 1 3 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 43 0 0 0 0 22 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0.73 0.24 77 Q -1 0 -1 0 -4 5 4 -3 0 -4 -3 1 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 52 48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.17 K Lambda Standard Ungapped 0.1357 0.3186 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1737 0.3182 PSI Gapped 0.0532 0.2670