Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 2 -1 -4 -3 -2 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0.98 0.55 2 A 0 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 0 4 -3 2 -2 2 0 0 -4 -3 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 52 0 5 0 10 8 7 0 0 8 0.52 0.61 3 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 1 2 -4 -1 7 -5 -4 -3 -1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 20 0 0 58 0 0 0 0 1 16 1.05 0.63 4 P 0 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 2.40 0.63 5 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 4 -4 2 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 53 0 3 0 0 0 0 0 0 20 0.85 0.64 6 H -1 -2 2 -3 -3 3 -2 -3 0 2 -2 -2 1 -3 -3 1 3 -4 -3 1 4 0 9 0 0 15 0 0 2 17 0 0 4 0 0 11 26 0 0 11 0.39 0.64 7 A 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 4 -3 -1 -3 -2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -4 -1 31 0 0 0 0 0 0 29 0 5 0 0 0 0 0 30 0 0 0 5 0.64 0.64 8 A 0 3 5 -2 -4 -2 -2 -3 1 1 0 -1 0 -3 -4 -2 -2 2 -3 0 7 19 35 0 0 0 0 0 4 11 10 2 2 0 0 0 0 3 0 7 0.46 0.64 9 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 0 -1 0 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 6 0 0 87 0 0 0 0 0 4 1.56 0.64 10 E -2 2 -2 1 -4 4 4 -4 0 -2 -3 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 0 2 13 0 8 0 21 37 0 2 3 0 0 0 0 0 4 0 0 0 10 0.61 0.64 11 K -2 0 -2 0 -4 -2 -1 5 1 -5 -5 1 -4 -3 -4 -2 0 -3 2 -4 0 4 0 6 0 0 4 59 3 0 0 8 0 0 0 0 6 0 9 0 0.84 0.64 12 D -3 -3 0 8 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.84 0.64 13 F -1 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -3 -1 -1 -4 -2 8 -5 -4 -3 -1 3 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 0 5 8 1.42 0.64 14 L -2 -4 -4 -5 1 -4 -4 -1 2 1 1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 2 0 0 5 6 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0.85 0.64 15 V 0 -3 -4 -3 -3 1 0 -4 -4 0 3 -3 2 -2 2 -2 0 -4 -3 2 7 0 0 0 0 6 8 0 0 3 31 0 5 0 13 2 6 0 0 19 0.36 0.64 16 Q -3 1 -2 -3 -4 5 -1 -4 4 1 1 2 2 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -1 0 6 0 0 0 36 0 0 13 8 18 11 6 0 0 0 0 0 0 2 0.56 0.64 17 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 91 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.13 0.64 18 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 0 0 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 16 0 0 3 0 0 0 0 0 63 0.90 0.64 19 V 3 -4 -3 0 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -4 6 -1 -1 -5 -4 0 31 0 0 5 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 48 2 2 0 0 7 1.08 0.66 20 V -1 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -5 -3 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 1.15 0.66 21 D -3 -3 0 7 -5 -2 1 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 0 -6 -5 -4 0 0 0 87 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 1.55 0.66 22 L -2 -3 -1 3 -3 -2 -1 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -4 0 2 5 -5 -4 -2 0 0 0 22 0 0 3 0 0 3 2 0 0 0 5 13 54 0 0 0 0.77 0.66 23 N 2 -2 0 3 -4 2 4 1 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 19 0 3 22 0 9 30 9 0 0 0 2 0 0 0 3 3 0 0 0 0.58 0.66 24 D -3 -3 4 6 -5 -2 -1 -3 3 -5 -5 -2 -4 0 -3 0 -2 -5 -3 -5 0 0 19 63 0 0 0 0 7 0 0 0 0 5 0 5 0 0 0 0 1.16 0.66 25 S -2 -3 0 -1 -3 -2 -2 -3 0 -3 -3 -2 -3 -4 1 2 6 -4 -3 -2 0 0 2 2 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 7 12 75 0 0 0 1.01 0.66 26 M -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 1 -3 8 -2 -4 -3 -2 3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 2 0 68 0 0 0 0 5 0 14 1.22 0.66 27 D 0 -1 -1 6 -4 -2 2 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -1 1 -1 -5 -4 -4 7 2 0 64 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 3 12 2 0 0 0 1.06 0.66 28 Q 0 -2 -2 -1 -4 5 4 -3 -2 -1 -3 -1 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 0 8 0 0 0 0 35 38 0 0 4 0 0 0 0 0 4 0 0 0 10 0.75 0.66 29 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 4 0 0 0 0 0 0 0 0 85 1.14 0.66 30 A 6 -3 -3 -3 1 -3 -3 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 0 83 0 0 0 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0.96 0.66 31 E 4 0 -2 1 1 1 4 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -2 46 5 0 8 3 4 30 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0.62 0.66 32 K 4 -1 -2 -3 -3 0 -1 -2 -3 -4 -4 5 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -3 43 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 51 0 0 0 2 1 0 0 0 0.84 0.66 33 V 3 -4 -4 -4 5 -4 -4 -3 -4 2 0 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -4 -3 4 32 0 0 0 13 0 0 0 0 13 5 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0.68 0.66 34 A 6 0 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -2 89 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.02 0.66 35 Y 0 -1 -2 0 -4 1 -1 -3 7 -2 -3 -2 -2 -2 -4 -2 -3 -3 4 2 8 2 0 5 0 5 4 1 35 0 0 0 0 0 0 2 0 0 18 20 0.71 0.66 36 H -3 -2 0 -3 -5 -1 -2 -4 10 -5 -4 -2 -3 -3 0 -2 -1 -4 0 -5 0 0 4 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 5 0 5 0 0 0 1.86 0.66 37 C 3 -3 -2 -3 0 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -4 -3 5 1 -5 -3 1 24 0 0 0 2 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 51 6 0 0 14 0.66 0.73 38 V -1 -4 -4 -4 -3 -3 0 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 2 0 0 0 0 0 8 0 0 12 2 0 0 0 0 0 0 0 0 76 0.99 0.73 39 N -2 -4 3 -2 -4 -3 -4 7 -3 -6 -6 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 15 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.58 0.73 40 R -3 7 -2 -4 -5 -1 -2 -4 3 0 -1 1 -2 -3 -4 -3 -3 -4 1 -1 0 67 0 0 0 0 0 0 7 6 8 4 0 0 0 0 0 0 5 3 1.02 0.73 41 R -3 7 -2 -3 -5 1 -2 -4 1 -5 -4 0 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -4 0 90 0 0 0 5 0 0 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.58 0.73 42 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 1 1 -4 -1 -3 -1 -3 -2 -5 -3 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 0 0 0 4 0 0 0 0 80 1.02 0.73 43 A 4 2 -3 -4 -3 -2 -3 -3 3 -3 -1 0 1 -4 4 -2 -1 1 -3 -2 37 13 0 0 0 0 0 0 8 0 6 5 4 0 20 0 2 2 0 2 0.57 0.73 44 P 2 1 -3 1 -4 -2 1 -3 -3 -4 -4 0 -4 -5 6 -1 -2 -5 -4 -4 20 8 0 7 0 0 10 0 0 0 0 5 0 0 47 4 0 0 0 0 1.05 0.73 45 R -3 5 -2 0 -5 4 1 -4 0 -4 -2 2 -3 -4 2 -1 -1 -4 -3 -2 0 34 0 4 0 22 6 0 2 0 5 10 0 0 11 2 2 0 0 2 0.66 0.73 46 E -1 -3 1 3 -5 -2 1 0 -3 -5 -5 -2 -4 -5 7 -1 -2 -5 -5 -4 6 0 6 18 0 0 10 6 0 0 0 0 0 0 53 2 1 0 0 0 1.23 0.73 47 G 2 0 -2 -1 -3 -2 -3 4 0 -3 -4 2 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -1 0 20 5 1 4 0 0 0 37 2 0 0 13 0 0 0 2 4 0 2 9 0.48 0.71 48 V 1 -2 -3 -3 -3 -3 0 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 5 0 1 -5 -1 3 10 2 0 0 0 0 6 0 0 9 0 0 0 0 33 7 7 0 2 23 0.66 0.73 49 M -1 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -4 2 3 0 5 -2 1 -3 -1 -4 -3 2 3 0 0 0 0 0 2 0 0 10 31 8 18 0 9 0 4 0 0 13 0.47 0.70 50 R -2 6 -2 -3 2 1 -1 2 -2 -4 -4 2 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -2 2 56 0 0 5 5 2 17 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 2 0.91 0.73 51 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 1 0 -4 -1 -1 -4 -4 -2 -3 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 8 0 0 0 0 0 0 0 15 75 1.03 0.73 52 R -3 6 -2 1 -4 -1 1 -3 -2 -3 -3 1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 0 1 65 0 9 0 0 8 1 0 0 1 3 0 0 0 1 1 0 0 10 0.97 0.68 53 K -2 5 -2 0 1 -1 -2 -3 -2 -1 -1 2 -2 1 -2 -2 -2 -2 0 2 2 33 1 6 3 1 1 2 0 3 4 11 0 8 1 1 1 0 3 16 0.38 0.59 54 H -3 -2 -1 -3 -4 5 -1 -4 7 -3 1 -1 -2 -1 -3 -2 0 -3 2 -3 0 0 2 0 0 31 0 0 31 0 16 3 0 2 0 0 5 0 7 0 0.77 0.70 55 R -2 -2 2 1 -4 -1 -1 4 2 -3 0 -1 -3 -3 -4 -1 -3 -4 1 -1 0 2 9 7 0 2 4 39 6 0 13 3 0 0 0 3 0 0 5 5 0.44 0.71 56 S 0 -1 2 4 -4 -2 -1 2 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -3 2 0 -4 -4 -4 7 3 10 31 0 0 2 19 0 0 1 0 0 0 0 19 6 0 0 0 0.59 0.70 57 T 1 0 1 2 -4 0 1 4 -3 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -4 -2 10 6 5 10 0 3 10 36 0 0 1 5 0 0 0 4 5 0 0 3 0.46 0.70 58 E -1 2 -2 1 -4 3 4 -4 -2 -3 -4 0 -1 -5 -1 0 1 -5 -4 0 3 13 0 9 0 18 27 0 0 0 0 4 1 0 3 4 10 0 0 8 0.49 0.75 59 L -2 -1 -4 -4 1 -3 0 -4 -4 -1 1 -2 0 4 2 -2 -1 -3 -2 3 1 3 0 0 3 0 7 0 0 0 15 2 2 20 11 2 4 0 0 29 0.40 0.72 60 F -2 -4 -4 1 -4 -1 -4 -5 -3 0 3 -4 3 5 -5 -4 -3 -2 2 -2 3 0 0 9 0 3 0 0 0 3 38 0 8 29 0 0 0 0 7 0 0.69 0.75 61 P -1 -4 -3 2 -4 -3 -1 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -5 8 -2 0 -6 -5 -4 5 0 0 12 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 75 0 6 0 0 0 1.87 0.75 62 R -2 6 -2 1 -4 1 -2 1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 2 0 -1 -4 -4 -4 2 47 0 9 0 6 0 12 0 0 0 0 0 0 10 7 3 0 0 0 0.71 0.71 63 D 0 -3 2 4 -4 -1 2 0 3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 2 -5 -3 -3 8 0 8 30 0 2 11 7 7 0 0 0 0 0 0 12 14 0 0 0 0.54 0.72 64 M 3 -3 -3 -4 0 -2 -1 -3 -3 0 1 -1 7 -3 -3 -1 -1 -4 -3 0 32 0 0 0 2 0 3 0 0 4 8 4 38 0 0 2 2 0 0 4 0.66 0.73 65 T -2 2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 -3 3 -3 -4 -3 0 5 -5 -4 -3 0 14 0 0 0 0 0 2 0 2 0 26 0 0 0 2 55 0 0 0 0.86 0.75 66 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 3 -4 -1 -2 -1 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 26 0 0 0 3 0 0 0 0 55 0.90 0.75 67 A 5 -2 -3 -3 1 -1 0 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 -1 -4 -4 -3 55 2 0 0 3 2 7 15 0 0 0 0 0 0 0 12 3 0 0 0 0.68 0.75 68 E 1 -2 -2 4 -4 2 5 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 15 0 0 27 0 7 43 0 0 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0.86 0.75 69 S 4 0 -2 -3 -3 -2 -3 -2 2 -1 -3 -2 -3 -4 -3 2 2 -4 -3 0 45 6 0 0 0 0 0 0 6 4 0 0 0 0 0 19 13 0 0 8 0.56 0.75 70 G -2 0 0 2 -4 -1 -3 6 -3 -5 -5 -3 0 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -5 0 5 5 13 0 3 0 66 0 0 0 0 4 0 0 3 3 0 0 0 1.06 0.75 71 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 0 2 -5 -4 -1 1 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 31 0 0 11 0 0 4 2 0 12 0.79 0.75 72 N 1 3 -1 -3 -4 2 -1 2 -3 -4 -2 3 -1 -4 2 -2 -3 -4 -1 -2 13 17 2 0 0 11 2 17 0 0 5 19 1 0 9 0 0 0 2 3 0.39 0.75 73 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 1 -5 -5 -1 -4 -5 8 -3 -3 -6 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 3 0 0 92 0 0 0 0 0 2.45 0.75 74 T -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 -1 4 -3 7 1 -4 -3 3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 36 5 0 0 21 0 0 0 0.91 0.75 75 E -3 0 -1 5 -5 4 5 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 3 0 38 0 19 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.75 76 V 0 -3 -3 -4 5 0 -3 -4 5 -3 -3 -3 -3 1 -4 -1 2 7 0 0 8 0 0 0 13 5 0 0 16 0 0 0 0 8 0 2 18 20 2 8 0.79 0.75 77 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 3 -4 0 2 -5 -4 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 28 0 0 10 0 0 0 0 0 38 0.83 0.75 78 D -1 0 -1 5 -5 1 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 5 5 0 30 0 4 57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.12 0.75 79 V 1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -4 4 -1 -4 -1 3 -4 -3 -2 -4 -2 5 12 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 15 0 0 0 0 0 51 0.82 0.75 80 V 0 2 -4 -4 -4 -3 0 0 -3 3 -1 -2 1 3 -4 -3 -3 -3 3 1 7 16 0 0 0 0 8 7 0 21 2 0 3 15 0 0 0 0 12 9 0.38 0.75 81 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -3 -2 -4 -2 6 -5 -4 -4 7 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 0 0 0 16 41 0 1.63 0.70 82 E 0 2 -2 3 5 1 4 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -3 8 11 0 19 17 7 36 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0.72 0.59 83 E -2 -2 -1 4 -5 2 5 -3 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 31 0 9 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.45 K Lambda Standard Ungapped 0.1353 0.3224 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1910 0.3175 PSI Gapped 0.0585 0.2670