Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 -2 -1 -4 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 2 2.74 1.58 2 N -2 0 2 1 -3 2 1 -5 6 -2 1 -1 -4 -5 -1 -2 -1 -1 -1 -1 4 6 9 8 1 9 11 0 18 3 14 2 0 0 3 2 4 1 2 5 0.38 1.63 3 L -4 -5 -3 -4 -5 -4 -4 -6 -5 2 3 -5 -1 7 -6 -4 -4 2 1 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 9 26 1 1 45 0 1 0 2 4 6 1.16 1.65 4 D 2 -2 5 5 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -6 -3 -4 -6 -2 0 1 -7 -6 -3 19 2 24 32 0 0 2 1 0 2 0 1 0 0 2 5 8 0 0 1 0.87 1.79 5 S 0 -3 -3 0 -3 -3 -3 -1 7 -5 -5 -3 -5 -5 5 1 -1 -6 1 -3 7 1 1 5 0 1 1 5 27 0 0 1 0 0 32 10 3 0 5 2 1.11 1.83 6 Y -3 2 -2 4 -6 -4 -2 -4 4 -4 -4 -4 -5 -1 -4 -3 -3 1 7 -3 2 12 1 28 0 0 1 1 9 0 1 0 0 1 1 1 1 2 37 2 1.20 1.84 7 E 0 -2 -2 -2 -5 -3 -4 3 0 0 -4 -3 1 -5 3 1 4 -6 -4 0 8 3 2 2 0 1 0 20 3 5 1 1 3 0 13 9 24 0 0 6 0.49 1.88 8 R 0 3 -3 1 -5 0 3 -1 1 -3 0 -2 1 -1 -2 -1 -2 -2 -4 -2 8 18 0 9 0 3 20 6 3 1 11 1 4 3 3 5 2 1 0 2 0.33 1.84 9 T 0 -1 -2 3 2 -3 -2 -3 -1 1 0 -4 -1 -2 -1 -1 2 0 2 1 6 3 2 16 4 1 3 2 2 7 8 0 2 2 4 5 14 1 7 11 0.23 1.92 10 G 4 -3 -2 -3 -3 -4 -5 4 -3 -4 -2 -4 -4 -6 1 0 -2 -6 -5 -1 38 1 1 1 0 0 0 32 1 1 4 0 0 0 7 5 3 0 0 5 0.83 1.96 11 L 1 -5 -4 -3 -5 -3 3 0 -5 -2 4 -4 0 -3 -3 -4 -3 -5 -4 2 13 0 0 1 0 0 17 8 0 1 39 0 2 1 1 0 2 0 0 13 0.61 1.97 12 R 1 4 -2 3 -6 0 1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -5 2 -2 -1 -5 -5 -3 12 25 2 14 0 4 10 5 1 1 5 1 0 0 12 2 4 0 0 2 0.50 2.01 13 V 1 -2 -4 -5 -3 -4 -5 -4 -4 0 5 -4 0 0 -2 -2 0 -3 -4 2 12 3 1 0 0 1 0 1 0 5 48 0 2 3 2 3 5 0 0 13 0.68 2.03 14 S 5 -5 -5 -4 4 -5 -4 -2 -5 -2 -2 -5 -3 -5 -2 1 -1 -1 -5 3 49 0 0 1 9 0 0 2 0 2 4 0 0 0 2 8 3 1 0 18 0.92 2.06 15 L 1 -3 -2 -5 -2 0 -2 -5 -3 1 4 -5 0 -3 -6 -4 -1 -5 -4 3 10 2 2 0 1 4 2 1 1 5 46 0 1 0 0 0 4 0 0 19 0.73 2.08 16 D 1 -2 0 7 -4 -3 1 -3 -4 -6 -5 -4 -5 -6 -4 -1 -2 -4 -5 -4 12 2 3 60 0 1 9 1 0 0 1 0 0 0 0 5 2 0 0 1 1.34 2.09 17 L -4 -5 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -6 -2 6 -6 0 5 -6 -6 -4 -3 -2 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 71 0 2 21 0 0 0 0 1 2 1.56 2.12 18 V 2 -4 -6 -5 -3 -5 -5 -5 -5 2 3 -5 0 -4 -5 -4 -3 -6 -5 5 15 1 0 0 0 0 0 1 0 10 27 0 1 0 0 1 1 0 0 43 1.02 2.10 19 N -1 -4 8 -1 -5 -3 -3 -2 -2 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -2 -2 -7 -4 -5 6 0 80 2 0 0 1 2 0 0 2 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1.96 2.08 20 I 0 -1 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -3 -5 -4 2 7 -4 -4 -2 8 3 0 1 0 0 1 1 0 0 3 0 0 0 0 12 66 0 0 2 1.34 2.07 21 A 2 2 -4 -1 -4 -2 1 0 -1 -1 1 -3 -1 -3 -3 -2 0 1 -2 1 19 11 1 3 0 2 8 8 2 3 16 1 2 1 1 3 5 2 1 10 0.21 2.00 22 T 0 1 -2 1 -3 -2 0 -1 2 -3 -3 -3 -2 -3 3 -1 3 5 -2 0 8 6 1 9 1 1 6 5 4 1 3 1 1 1 13 4 16 8 1 6 0.36 1.91 23 P 0 1 0 0 -3 -2 0 0 1 0 0 -3 -1 -4 4 -1 -2 0 -1 0 8 7 4 6 0 2 6 8 3 6 10 1 1 1 18 4 3 2 2 7 0.20 1.82 24 G 1 1 -2 3 -2 -2 1 3 -1 -1 -3 -2 -4 -4 -1 -1 -1 0 -3 0 13 7 1 14 1 2 10 22 1 3 3 1 0 1 3 4 4 1 1 7 0.29 1.82 25 S 0 3 -1 2 -4 0 3 0 1 -3 -2 -1 -1 -3 0 0 0 3 -2 -2 6 14 2 9 0 4 16 6 3 1 5 3 2 1 6 6 6 4 1 3 0.25 1.85 26 R -1 5 -2 0 -4 -1 0 2 1 -3 -2 -1 -3 -3 0 -1 -2 0 -3 0 6 28 2 5 0 2 7 13 4 1 4 2 1 1 6 5 3 1 1 7 0.38 1.85 27 R 0 3 -2 0 -3 -1 -1 2 2 -1 0 -1 -2 -2 1 -1 -1 -2 -1 -1 9 14 2 6 1 3 5 16 5 4 9 3 1 2 6 4 4 1 2 4 0.16 1.86 28 G 0 -1 -2 5 -4 -2 1 4 -2 -3 -2 -3 -4 -4 -1 -1 -1 -1 -3 -3 6 3 1 28 0 2 8 28 1 1 4 1 0 1 3 4 4 1 1 2 0.60 1.86 29 T 0 3 -2 1 -2 0 0 -1 0 -2 -1 -1 -3 -4 -1 0 2 1 -3 0 9 14 2 9 1 4 7 5 2 3 7 3 0 1 4 7 12 2 1 7 0.16 1.86 30 P 0 1 -3 0 -3 -2 -1 -2 -2 -2 2 -2 -2 0 4 -1 -2 -2 -2 -1 8 7 1 6 1 1 5 4 1 2 22 2 1 4 23 4 3 1 1 4 0.37 1.88 31 H 0 0 -2 2 -4 0 2 -2 3 -2 -1 -2 -2 -1 1 -2 1 0 -1 1 7 6 2 11 0 4 12 3 8 2 6 2 1 3 6 3 9 1 2 10 0.17 1.95 32 T -1 -2 -1 5 -5 -2 2 -2 -2 -3 -2 -3 -4 -4 -1 0 2 -3 -4 -2 5 2 2 37 0 1 15 3 1 1 4 1 0 1 4 8 12 1 1 3 0.67 1.98 33 G 0 2 -2 0 -3 -2 -1 1 -1 -3 2 -2 -1 0 2 -1 0 0 -2 -1 9 10 2 6 1 2 4 11 1 1 20 2 1 4 12 4 5 1 1 4 0.19 1.96 34 G 1 0 -3 -1 -2 -3 0 0 -2 0 4 -3 -1 -1 -1 -2 -2 3 -3 -2 12 4 1 4 1 1 7 8 1 4 36 1 1 3 3 3 3 4 1 2 0.34 1.99 35 C 2 0 -2 2 -3 0 0 0 -1 -3 -2 -2 -3 -4 1 0 1 0 -4 -2 20 5 1 13 1 5 6 8 2 2 3 2 1 1 7 8 10 2 0 3 0.25 2.00 36 V 0 0 -2 2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 1 -3 -3 -2 -2 1 3 4 -3 0 9 5 2 13 0 1 3 5 1 2 14 1 1 1 2 9 17 6 1 7 0.28 1.99 37 I 1 -1 -4 1 -2 -2 -3 -2 -3 0 1 -4 -1 -2 4 -3 0 -2 -2 2 11 4 1 7 1 2 2 3 0 6 16 1 1 2 20 2 5 1 2 14 0.36 2.05 38 E 3 1 -2 4 -5 1 3 -1 0 -4 -4 -2 -4 -6 -2 -1 -1 -2 -4 -3 24 6 1 19 0 5 21 4 2 1 1 1 0 0 2 4 4 1 0 2 0.55 2.06 39 D 2 1 -3 4 -5 1 0 1 -3 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -1 -2 7 -4 -2 18 7 1 20 0 6 6 9 1 1 3 1 1 2 1 4 3 16 0 3 0.64 2.07 40 L 1 -1 -5 -4 -1 -3 -4 -3 -3 0 5 -5 0 -1 -4 -3 -2 -2 -2 2 11 3 0 1 1 1 1 2 1 3 51 0 1 3 1 2 2 1 1 14 0.73 2.07 41 H 2 3 -1 1 -4 -1 1 0 2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 0 -1 -3 0 18 19 2 7 0 3 7 6 6 2 5 2 1 1 1 5 6 1 1 6 0.27 2.08 42 D 3 2 -2 4 -3 0 2 -1 -1 -3 -2 -2 -4 -4 -3 0 -1 -1 -4 -1 22 10 1 19 1 5 12 5 1 1 5 1 0 1 1 6 4 1 0 4 0.38 2.08 43 L 0 -1 -4 -4 0 -3 -3 -2 -1 -1 1 -4 -1 3 -4 -3 -4 10 0 0 10 3 1 1 2 1 2 3 2 3 14 1 1 11 1 2 1 33 2 7 1.13 2.03 44 L 0 -1 -5 -3 1 -3 -2 -1 -3 -1 4 -3 0 2 -2 -4 -3 1 -1 1 7 3 0 1 2 1 3 5 1 3 45 2 2 8 2 1 2 2 2 8 0.52 2.03 45 K 2 3 -1 1 -5 -1 1 1 1 -3 0 -2 -2 -4 -1 -1 -1 -4 -4 0 17 16 3 7 0 3 9 9 3 1 9 2 1 0 3 4 4 0 0 7 0.23 2.08 46 D 2 2 -2 2 -5 0 2 1 0 -4 -2 -2 -3 -5 0 -1 0 -4 -3 -1 15 11 2 12 0 4 15 10 3 1 5 2 1 0 4 5 5 0 1 6 0.25 2.10 47 D 1 1 0 2 -2 0 0 -1 5 -4 -2 -3 -1 -1 0 0 0 2 -1 -2 14 7 5 10 1 4 7 4 13 1 5 1 1 3 4 7 5 3 2 4 0.25 2.11 48 P 1 0 -3 -1 -4 0 1 4 -1 -3 -1 -3 -3 -2 3 -1 -3 -3 -4 -2 10 4 1 3 0 4 8 32 2 2 6 1 1 2 15 3 2 0 1 3 0.49 2.10 49 A 1 -1 -3 -2 -3 0 0 0 -2 -1 2 -4 -1 1 0 0 -1 4 0 0 13 4 1 2 0 4 6 8 1 4 19 1 1 6 5 7 4 5 3 6 0.17 2.07 50 S 2 0 -3 1 -3 -1 -1 0 -1 -2 -1 -3 -1 -2 1 0 2 3 -3 0 18 5 1 8 0 2 4 6 2 2 6 1 2 2 8 8 15 4 1 8 0.23 2.06 51 V 2 1 -2 0 -4 -2 -2 1 -1 -2 1 -3 -1 -4 2 -1 -1 -1 -4 2 15 7 2 6 0 1 3 12 2 2 14 1 2 1 9 4 5 1 0 12 0.19 2.08 52 A 2 3 -3 1 -2 -2 1 1 -2 -3 -2 -2 -4 -2 2 0 -1 -3 -4 -1 20 14 1 8 1 2 8 11 1 2 4 1 0 2 11 7 3 0 0 5 0.31 2.08 53 Q 1 4 -3 1 -3 1 2 -1 1 -3 -3 -2 -4 -3 2 0 0 3 -3 -2 11 19 1 7 1 5 12 5 3 2 3 1 0 1 11 6 5 4 1 2 0.33 2.06 54 L 2 -1 -4 -1 1 -3 -2 -2 -3 0 3 -4 -1 -1 0 -2 -1 -5 -4 2 19 3 1 4 3 1 3 3 1 5 25 1 1 3 5 2 4 0 0 16 0.32 2.06 55 G 1 1 -2 2 -4 -1 -2 2 -1 -4 -3 -2 -3 -3 -1 1 4 -4 -4 -2 13 8 1 9 0 3 2 16 1 1 3 2 0 1 4 9 22 0 1 2 0.37 2.07 56 D 2 0 -2 3 -5 -1 3 0 -1 -4 -3 -3 -4 -4 3 -1 0 -5 -5 -3 14 4 1 18 0 3 18 7 1 1 3 1 0 1 16 4 5 0 0 2 0.48 2.08 57 D 3 2 -3 3 -4 0 2 0 1 -4 -3 -2 -2 -4 -1 0 -1 -4 -3 -2 23 11 1 14 0 4 11 8 4 1 3 2 1 1 3 6 3 0 1 3 0.35 2.07 58 H 0 -2 -2 5 0 0 2 0 1 -3 -2 -3 -2 -3 -2 -1 -1 3 -3 -2 7 3 1 32 2 5 15 6 4 2 4 1 1 1 2 4 4 3 1 3 0.52 2.02 59 V 1 -1 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -1 -1 4 -4 -1 -1 0 -2 -1 -2 -3 2 11 4 1 3 1 1 2 2 1 3 40 1 1 2 5 3 3 1 1 14 0.46 2.01 60 E 2 2 -2 2 -4 0 2 -1 -1 -3 -2 -2 -4 -4 0 -1 1 -5 -4 -1 20 9 1 13 0 4 15 6 1 1 4 2 0 1 5 3 8 0 0 4 0.32 2.03 61 G 3 3 -3 1 -3 1 2 1 -1 -4 -1 -2 -3 -5 -3 -1 -1 -2 -4 -3 24 14 1 8 1 7 11 11 1 1 6 2 0 0 1 4 3 1 0 1 0.36 2.07 62 F 3 -4 -5 -2 -3 -4 0 -4 -4 0 3 -5 0 1 -4 -3 -2 -2 -4 2 23 1 0 2 0 0 7 1 0 4 31 0 2 6 1 1 2 1 0 15 0.53 2.09 63 V 0 6 -4 -4 -3 -1 -3 -4 2 0 2 0 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 0 10 37 0 1 0 2 1 1 5 5 20 4 0 0 1 1 3 0 0 7 0.68 2.11 64 E 3 2 -3 1 -6 1 4 -1 0 -4 -4 -1 -4 -5 -3 0 0 -4 -5 -3 21 12 1 8 0 5 25 5 2 1 1 2 0 0 1 5 6 0 0 2 0.50 2.11 65 L 1 -2 -5 -3 -4 -1 -1 -5 -3 -1 4 -3 -1 1 -4 -2 -1 2 -3 2 12 2 0 1 0 3 4 1 1 2 44 1 1 5 1 2 4 3 1 12 0.58 2.12 66 A 2 7 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -4 -3 -1 -2 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 0 18 60 0 0 0 1 0 1 0 1 7 0 1 0 0 1 1 0 0 8 1.30 2.11 67 R 0 4 -3 2 -5 0 4 -1 0 -5 -3 -1 -5 -6 -3 -1 -1 -4 -4 -3 9 22 1 11 0 3 28 6 2 0 3 3 0 0 1 4 4 0 0 2 0.59 2.12 68 L 4 3 -3 -1 -1 0 0 -2 2 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 -1 -2 -4 -2 33 14 1 4 1 5 7 3 5 1 7 1 0 1 0 7 4 1 0 3 0.42 2.11 69 L -1 -2 -6 -7 -3 -5 -5 -6 -6 3 5 -5 0 0 -6 -4 -1 0 -4 2 4 3 0 0 0 0 0 0 0 13 54 0 2 3 0 1 3 1 0 13 0.97 2.11 70 H -1 7 -3 0 -4 -2 -1 -2 3 -4 -4 -2 -4 -1 -5 -4 -3 2 2 -4 5 56 0 5 0 1 4 4 6 1 2 1 0 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