Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -2 -1 -2 2 -5 3 6 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 7 0 14 71 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.60 2 M -3 -1 -4 -5 -4 3 -4 -5 -4 1 3 -3 8 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -1 0 3 0 0 0 15 0 0 0 5 23 0 51 0 0 2 0 0 0 1 1.23 1.12 3 M -2 -2 -5 0 -5 0 -2 -5 -4 0 1 -2 9 -1 -2 -3 -2 -5 -4 -2 2 2 0 6 0 4 2 0 0 4 11 2 59 3 2 2 2 0 0 1 1.28 1.41 4 L -2 -3 0 -4 -5 -1 0 -4 -3 -2 -1 -2 7 0 4 2 1 -5 -3 -3 2 1 4 0 0 3 7 1 1 1 5 1 26 4 18 15 9 0 1 1 0.66 1.47 5 D -1 -3 3 3 -5 0 4 1 1 -4 -4 -1 -3 -5 -2 1 0 -3 -5 -4 4 1 13 14 0 3 24 11 4 1 1 3 0 0 2 12 6 0 0 1 0.51 1.47 6 E -2 -2 1 4 -1 1 5 -3 -2 -6 -4 1 -4 -3 -1 0 -1 -6 -4 -5 3 1 5 24 1 6 34 1 1 0 1 10 0 1 3 5 3 0 0 0 0.72 1.48 7 D -1 -1 1 3 -5 1 1 0 -1 -1 -3 0 -3 -3 1 0 3 -6 -3 -3 4 3 6 19 0 7 8 6 1 4 2 6 0 1 7 5 17 0 1 1 0.34 1.50 8 Y -2 -1 0 3 -4 1 2 -1 -3 -5 -4 2 -2 -4 3 -1 2 -6 -2 -3 3 3 4 17 0 5 12 5 0 0 2 13 1 0 15 3 12 0 2 2 0.42 1.54 9 K -2 1 -2 -2 -6 1 1 -3 -2 -5 -4 6 -1 -6 3 0 -2 -6 -4 -4 2 7 1 1 0 4 7 1 1 0 1 44 2 0 16 8 2 0 0 1 0.84 1.59 10 E -3 -1 1 3 -6 2 3 -3 -1 -5 -5 3 -4 -6 4 -2 -2 -6 -4 -3 2 2 5 17 0 7 19 2 1 0 1 20 0 0 18 2 1 0 0 2 0.69 1.60 11 G -2 5 0 -1 -5 -2 -2 1 2 -3 -3 4 -3 -5 0 -2 1 -6 -5 -3 2 28 4 3 0 1 1 11 4 2 3 22 0 0 5 2 11 0 0 1 0.59 1.60 12 I -3 -6 -6 -7 -2 -5 -6 -7 -6 3 5 -6 3 2 -6 -5 -3 -2 0 2 2 0 0 0 1 0 0 0 0 16 50 0 6 7 0 0 1 1 3 13 1.01 1.71 13 C -1 -5 -5 -6 0 -4 -6 -6 0 3 4 -3 4 2 -6 -3 -4 -2 1 2 4 0 0 0 2 1 0 0 2 16 36 2 10 7 0 2 0 0 4 14 0.73 1.74 14 L -4 -6 -7 -7 -1 -6 -6 -7 -6 4 6 -6 0 -2 -6 -6 -4 -5 -4 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 18 70 0 1 1 0 0 0 0 0 8 1.39 1.76 15 I -4 -6 -6 -6 -3 -6 -6 -7 -6 6 2 -6 1 -1 -6 -5 -3 -5 -3 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 47 18 0 3 2 0 0 1 0 1 27 1.25 1.79 16 D -4 -5 -2 8 -7 -4 -2 -5 -1 -6 -7 -4 -6 -6 -5 -3 -4 -7 -2 -6 1 0 0 95 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2.39 1.80 17 F 2 -3 -4 -5 -5 -2 -5 6 -5 -4 -4 -4 -2 0 -4 -2 -1 -1 -4 -3 15 2 0 0 0 2 0 64 0 1 2 0 1 4 1 3 3 1 1 2 1.23 1.80 18 S -1 -3 4 -2 -5 -3 -3 -3 5 -5 -2 -2 3 -2 -3 4 -1 -5 2 -5 4 0 21 2 0 1 1 1 15 0 4 1 7 2 1 32 2 0 6 0 0.80 1.81 19 Q 2 -3 3 -4 -3 1 -4 0 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 5 -2 -1 0 -4 18 1 12 0 0 5 0 6 1 2 1 0 0 1 1 43 1 1 4 1 0.73 1.79 20 I -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -7 -3 3 5 -6 2 2 -4 -5 -4 -2 4 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0 17 46 0 4 8 1 1 1 0 13 5 0.97 1.94 21 A 3 -3 -5 -5 -2 -3 -5 -3 -5 4 3 -5 3 -1 -5 -2 -2 0 1 0 24 1 0 0 1 1 0 2 0 20 26 0 7 2 0 2 2 1 4 6 0.63 1.87 22 L -4 -1 0 -6 -3 -5 -5 -5 1 0 -2 -4 0 7 -6 -4 -4 0 6 -3 1 3 5 0 0 0 1 1 3 5 2 1 2 43 0 1 1 1 29 1 1.41 1.95 23 S 0 8 -2 -5 -6 -1 -4 -3 -1 -6 -5 0 -3 -3 -3 -1 -3 -6 -2 -5 8 72 1 0 0 2 0 1 2 0 0 4 1 1 1 4 1 0 1 0 1.59 1.98 24 T 5 -1 0 -4 -1 -2 -3 -1 0 -1 -3 -3 -2 -3 -4 2 0 -5 -2 -2 53 4 4 1 1 1 1 3 2 3 2 1 1 1 1 12 5 0 1 2 0.75 1.87 25 A 3 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -4 1 -1 -1 -3 -2 6 -2 -3 -3 1 5 -2 21 2 0 1 1 2 0 1 3 3 6 1 1 32 2 1 1 2 18 2 0.89 1.93 26 L -2 -3 -3 -5 -5 -2 -3 -5 5 -3 -1 -3 3 5 -3 -3 -4 0 6 -3 4 1 1 0 0 1 1 1 13 1 6 1 8 24 1 2 0 1 30 1 1.13 1.94 27 V 5 -3 -1 -3 -4 -1 -3 -2 3 -2 -2 -3 -1 0 1 -1 -2 -5 0 0 47 2 2 1 0 3 1 3 8 2 3 1 2 3 6 3 1 0 3 7 0.64 1.99 28 N 1 -1 2 0 -4 0 -1 -2 -1 -2 1 -2 0 1 -1 0 3 -1 1 -2 10 4 10 6 0 5 3 3 1 2 13 3 2 6 3 6 16 1 4 2 0.17 1.89 29 F 1 -2 1 -3 -2 -2 -3 -3 -1 1 2 -3 2 4 0 -1 -2 -4 2 -2 11 2 7 1 1 2 2 2 1 8 18 2 5 17 6 5 2 0 6 2 0.32 1.98 30 P -1 1 0 -1 -5 -2 -1 -1 -1 -3 -1 2 0 -2 3 1 1 -1 3 -2 6 7 5 3 0 2 4 4 2 2 5 10 2 2 16 10 8 1 8 3 0.24 2.08 31 D -1 -1 2 2 -2 1 -1 0 -1 -2 -3 1 -2 -3 4 1 0 0 -5 -3 5 3 11 12 1 5 4 9 2 2 3 7 1 1 17 9 5 1 0 2 0.31 2.10 32 K -1 0 1 -1 -1 -1 0 3 -1 -2 -1 1 0 -3 2 0 -1 0 -2 -2 6 5 6 4 1 2 5 21 2 2 7 7 2 1 10 8 4 1 2 3 0.18 2.10 33 E -1 1 1 2 -1 1 1 -1 0 -1 -2 0 2 0 1 -1 1 1 -1 -2 4 6 5 11 2 6 9 5 2 4 5 4 5 5 7 4 8 2 2 3 0.11 2.11 34 K -2 1 1 -1 0 0 -1 2 1 0 -1 1 0 -1 1 -1 -1 2 0 -2 4 8 6 4 2 5 4 17 3 6 5 7 3 3 7 4 4 2 3 3 0.12 2.09 35 I -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 36 N -2 -2 5 0 -4 -1 -1 0 1 -5 -5 -1 -3 -5 3 3 2 -6 -3 -3 2 1 27 4 0 2 3 7 3 0 1 3 1 0 12 18 11 0 1 1 0.62 1.86 37 L 2 -2 0 0 -4 -1 0 -2 -1 0 -1 0 -1 -2 -1 0 3 -4 -2 0 19 2 4 5 0 3 7 3 1 5 5 6 1 2 3 6 20 0 1 6 0.24 1.81 38 S 0 -1 2 -1 -4 -1 -2 5 -1 -2 -3 -1 -3 -4 1 0 -1 -4 -4 -3 8 3 9 3 0 2 3 39 2 3 2 4 1 1 6 8 3 0 1 2 0.53 1.61 39 M 2 -2 0 -1 -2 0 -1 -1 -1 1 0 -1 3 -1 -2 -1 2 -2 0 -1 17 2 5 3 1 4 5 4 1 7 11 5 7 3 3 3 11 1 4 4 0.13 1.56 40 V 1 -3 0 -2 -3 -2 -2 0 -1 1 0 -3 0 -1 2 -1 -1 -4 0 3 11 1 5 3 0 2 2 9 2 9 7 2 2 2 12 4 3 0 3 21 0.23 1.65 41 R -1 4 -2 -1 -3 0 -2 -3 -1 -1 0 0 -2 -1 -3 -1 4 -3 1 0 5 19 2 3 0 4 2 2 1 3 8 5 1 2 1 5 23 0 5 8 0.33 1.57 42 H -2 -2 3 -2 -4 0 -2 4 6 -4 -3 -1 -3 -2 -3 1 -1 -2 1 -3 3 1 15 2 0 4 2 26 17 1 2 3 1 2 1 9 4 1 6 2 0.62 1.62 43 L 3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 1 -2 0 1 -3 2 2 -3 -2 1 -1 0 0 23 2 1 1 1 2 2 10 1 5 14 1 6 8 1 2 9 1 3 7 0.28 1.60 44 I -2 -5 -4 -4 3 -4 -4 -4 -4 4 0 -4 0 0 -1 -3 0 -5 -2 5 3 0 1 1 6 1 1 1 0 21 6 1 2 4 3 1 5 0 2 42 0.81 1.72 45 L -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -4 0 1 2 -3 1 4 -4 -3 0 -1 5 -1 3 3 2 1 0 2 1 1 2 6 21 1 3 18 1 2 7 1 20 4 0.59 1.68 46 N -2 -2 4 1 -5 -3 -3 5 -2 -5 -5 -3 -2 -4 -4 0 -2 -2 -4 -3 3 2 21 8 0 1 1 46 1 1 1 1 1 1 0 7 3 1 0 2 0.94 1.77 47 S 0 -4 -2 -5 -4 -4 -4 -2 -3 -2 -1 -4 5 7 -5 -1 0 -1 0 -1 8 1 2 0 0 0 1 3 0 1 3 1 17 44 0 5 7 1 2 4 1.03 1.77 48 I -1 -5 -4 -6 0 -4 -5 -5 -4 3 4 -4 4 1 -5 -3 1 -3 -3 1 5 0 1 0 2 1 1 1 0 18 37 1 9 5 0 1 10 0 0 9 0.70 1.79 49 K -1 4 4 -1 -4 0 -2 -1 -1 -4 -2 2 -2 -3 -4 0 0 0 -2 -4 6 25 18 3 0 4 2 4 1 1 4 12 1 1 0 7 6 1 1 1 0.50 1.72 50 F 0 -1 -1 -3 -3 -2 -2 -2 0 0 -1 0 6 1 -2 2 0 -2 0 -2 6 4 2 1 1 2 2 2 3 6 6 6 23 7 2 15 7 1 3 2 0.40 1.65 51 N -3 -3 0 -3 0 -2 -4 -4 -2 1 5 -3 2 2 -4 -3 -1 -3 0 0 2 2 5 1 2 2 1 1 1 7 49 1 5 7 1 2 5 0 3 4 0.64 1.65 52 V 0 0 1 -3 0 -2 -2 -4 -2 2 3 -2 1 1 -4 -2 -2 1 -1 2 7 5 6 2 2 2 3 1 1 11 26 3 3 6 1 3 3 2 2 12 0.28 1.71 53 K -2 2 0 0 -3 0 1 -3 0 -3 -1 5 -1 -3 -3 -1 -1 -3 -3 -2 3 11 5 6 0 4 9 2 2 1 7 34 2 1 1 4 4 0 1 3 0.49 1.66 54 K 0 0 -2 -1 -4 -1 -2 -4 -2 2 3 1 2 -1 -3 -3 -2 -3 -1 1 7 6 2 4 0 3 2 1 1 12 29 10 5 2 1 1 2 0 2 9 0.32 1.66 55 A -1 -2 -2 -3 -2 -1 -3 -4 0 4 3 -2 1 2 -4 -3 -2 -2 1 1 6 2 2 1 1 3 2 1 2 21 28 2 4 7 1 1 2 1 5 7 0.43 1.64 56 K -1 4 1 1 -4 1 2 -2 -1 -4 -3 4 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -2 -3 5 19 7 7 0 6 12 3 2 1 2 22 1 1 1 4 4 0 2 2 0.46 1.67 57 T -1 1 0 3 -4 2 3 -2 -1 -2 -2 2 -1 -4 -3 0 0 -5 -3 -3 6 6 5 17 0 9 18 3 1 3 4 10 2 1 1 5 7 0 1 1 0.35 1.64 58 L -3 -1 -1 1 -2 1 3 -4 3 -1 0 -2 -1 2 -2 -2 -1 -1 3 -1 2 4 2 9 1 5 23 1 7 4 8 2 1 10 2 3 3 1 9 4 0.35 1.63 59 G -1 2 1 0 -2 3 1 0 1 -3 -4 3 -3 -1 -2 0 -2 -5 0 -3 5 9 7 5 1 12 10 6 3 1 1 19 0 3 2 6 2 0 3 2 0.31 1.67 60 Y 0 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -3 -3 -2 8 -2 -1 -4 2 -3 7 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 0 2 63 2 3 0 7 2 1.53 1.67 61 T -1 -2 0 3 -2 -1 0 -1 -1 -4 -4 -2 -4 -4 2 1 5 -6 -3 -4 4 2 3 17 1 2 7 4 1 1 1 2 0 0 11 11 32 0 1 1 0.59 1.74 62 K -1 1 -1 0 -3 -2 1 -3 8 -5 -3 0 -3 -2 -3 -2 -3 -3 4 -4 5 7 3 5 1 1 7 2 36 0 2 6 1 1 1 3 1 0 15 1 0.97 1.73 63 I -1 -4 -5 -6 -1 -4 -5 -5 -3 4 3 -4 3 1 -4 -4 -2 -2 2 3 5 0 0 0 1 0 0 1 1 23 23 1 7 4 1 1 2 1 7 22 0.71 1.74 64 V 4 -5 -5 -5 -1 -5 -5 -1 -4 3 1 -4 0 0 -4 -2 -2 -3 -3 4 34 0 0 0 1 0 0 4 0 15 10 0 2 3 0 1 2 0 1 24 0.68 1.77 65 L 3 -5 -5 -6 2 -1 -5 -4 -6 2 -1 -5 0 1 -4 -4 -2 -2 -3 5 22 0 0 0 4 3 0 1 0 12 5 0 2 5 1 0 1 1 0 42 0.82 1.77 66 C 4 -5 -5 -5 7 -5 -5 -3 -6 0 -3 -5 -2 2 -4 -3 -1 -5 -4 3 37 0 0 0 21 0 0 1 0 6 2 0 0 8 0 1 3 0 0 20 1.00 1.77 67 I -2 -5 -6 -6 -2 -6 -6 -5 -4 0 0 -5 1 7 -6 -5 -4 6 0 1 3 1 0 0 1 0 0 1 0 5 9 0 3 54 0 0 1 11 1 10 1.42 1.79 68 D -5 -5 -2 8 -7 -1 -1 -4 -3 -4 -5 -4 -4 2 -5 -3 -3 -1 -2 -5 0 0 0 78 0 3 2 0 0 1 1 0 0 9 0 1 1 1 1 0 1.81 1.79 69 N 0 -2 0 3 -2 -2 0 1 0 -2 -1 0 1 -2 -2 1 0 -4 -2 0 8 2 5 18 1 1 6 11 2 2 7 5 3 2 2 10 5 0 1 8 0.18 1.55 70 A 1 -2 -2 2 -3 -3 0 3 1 -4 -3 0 -3 -5 2 1 -1 -5 -2 -2 12 2 1 10 0 1 7 25 4 1 2 6 1 0 9 11 3 0 1 3 0.39 1.72 71 K 0 3 -1 -1 -4 -1 0 0 1 -3 -3 4 -3 -4 -1 0 0 5 -3 -3 8 14 2 4 0 2 6 6 3 1 3 23 1 1 3 6 5 9 1 1 0.41 1.62 72 S 1 2 0 -1 -2 -1 -1 4 -1 -4 -4 1 -2 -3 -1 1 -1 -2 -3 -2 13 12 3 4 1 3 4 26 2 1 2 7 1 1 3 11 3 1 1 3 0.34 1.57 73 G -1 0 2 -2 -3 -1 0 1 0 -2 -4 2 -2 -4 5 0 0 -3 -3 -3 5 5 9 2 1 3 5 10 2 2 2 11 1 1 26 7 7 0 1 1 0.45 1.50 74 Y -1 -3 0 -1 -1 0 0 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -3 1 5 -2 2 0 5 1 4 3 1 5 5 2 1 2 2 2 0 1 1 8 43 0 7 8 0.61 1.60 75 W -4 -2 -4 -3 -5 -3 -2 -5 2 -3 -3 0 -1 7 -4 -3 -3 8 0 -3 1 2 1 1 0 1 3 1 4 1 1 6 1 53 1 1 1 17 2 1 1.47 1.64 76 R -5 8 -4 -5 -7 -1 -3 -5 -3 -6 -5 0 -5 -6 -1 -4 -3 -6 -5 -6 0 91 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 4 0 1 0 0 0 2.18 1.67 77 R -3 2 2 0 -4 -1 -2 -4 7 -3 -3 2 -2 -4 -5 -1 1 -6 -1 0 2 11 11 6 0 2 1 1 26 1 2 12 1 1 0 4 10 0 2 9 0.68 1.75 78 D 0 -1 -1 4 -6 2 5 -4 2 -4 -4 2 -3 -6 -5 -2 -2 -6 -4 -3 8 3 2 19 0 9 32 1 4 1 1 13 1 0 0 2 2 0 0 1 0.73 1.75 79 F 0 -3 -4 -4 -3 0 -1 -5 -3 3 4 -1 3 0 -6 -3 -2 -1 -2 -1 8 1 0 1 0 5 5 1 0 17 36 4 8 3 0 1 2 1 1 3 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1.86 98 W -2 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 3 2 -3 2 3 -2 -2 -2 4 0 0 4 2 1 2 1 2 4 3 1 15 20 2 4 10 3 3 3 6 3 7 0.28 1.83 99 E 0 0 -1 2 -2 -1 3 -1 -1 -3 -2 0 -2 -3 2 0 -1 -1 -2 -2 8 6 2 9 1 3 21 6 1 2 4 6 1 1 9 6 4 1 2 2 0.20 1.77 100 G 0 0 0 -1 -4 -1 0 1 0 -1 -1 -2 -1 -2 3 -1 -1 0 1 -1 9 5 4 4 0 3 7 10 2 3 7 3 2 1 16 5 4 2 5 5 0.11 1.79 101 Y -1 -2 -2 -3 0 3 -2 -2 0 3 2 -2 1 -1 -1 -1 -1 -3 0 1 5 2 2 2 2 11 3 3 2 15 18 2 3 3 4 4 3 0 3 9 0.19 1.76 102 F -2 1 -1 -2 1 -1 -2 -2 4 -1 0 -1 0 5 -1 -2 -2 2 1 -1 4 7 3 3 3 3 3 3 8 4 9 4 3 21 3 3 3 2 3 5 0.26 2.11 103 E -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 0.05 2.12 104 S 2 -1 -2 -1 0 0 -1 1 -1 -1 -1 -2 1 0 0 0 -1 -1 1 0 17 4 2 3 2 5 4 10 2 4 6 3 4 3 5 7 4 1 6 6 0.07 1.64 105 S -1 -2 -3 -3 -2 4 -2 -3 -3 2 2 -2 1 0 -2 -2 -1 0 -2 0 6 2 1 2 1 22 2 2 1 12 20 2 4 4 2 3 3 1 1 7 0.36 1.73 106 H -1 1 0 -2 -2 -1 0 -2 3 1 0 0 -1 -1 2 -1 -1 0 -1 1 4 7 5 2 1 3 6 3 6 7 8 6 2 3 11 4 3 1 2 10 0.07 1.62 107 K 0 0 -1 0 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