Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -3 8 -2 -4 -6 -1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.88 0.89 2 N -1 -3 4 -2 -4 2 -2 -3 2 -5 -5 -2 0 -5 -2 5 -1 -5 -4 -4 3 0 23 0 0 11 0 0 4 0 0 0 3 0 1 55 0 0 0 0 0.94 0.99 3 T 2 -4 -4 -2 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -1 -3 0 -2 6 1 1 -5 -4 -3 18 0 0 2 0 1 0 1 0 3 6 0 2 2 46 12 7 0 0 0 1.01 1.07 4 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 0 -1 -5 -4 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 96 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1.53 1.11 5 H -4 -3 6 4 -6 4 0 -4 5 -6 -6 -1 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 0 38 24 0 19 5 0 13 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 1.11 6 E -2 0 2 7 -6 -2 2 -1 -3 -6 -6 1 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 3 6 8 59 0 0 9 4 0 0 0 8 0 0 0 3 0 0 0 0 1.17 1.15 7 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -2 -3 -3 -5 -3 7 -6 -5 -4 -1 8 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0 0 0 0 58 0 2.04 1.17 8 K -1 -1 -3 -2 -5 6 2 -4 -1 -1 -1 1 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 2 4 2 0 1 0 45 11 0 1 3 4 7 0 0 0 4 2 0 0 15 0.77 1.17 9 K -3 4 2 -3 -5 -2 -2 -4 -3 -4 -3 5 -3 -5 -4 0 -2 1 -4 1 1 23 10 0 0 0 0 0 0 0 2 43 0 0 0 5 1 2 0 13 0.85 1.17 10 S -2 -2 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -3 2 -3 -1 -3 -4 3 5 -5 -4 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 1 1 0 25 47 0 0 0 0.92 1.17 11 A 0 4 -2 3 -5 2 4 -3 -2 -5 -5 1 -4 -6 0 -2 -2 -6 -5 -5 8 22 0 15 0 8 29 1 1 0 0 9 0 0 4 2 1 0 0 0 0.72 1.17 12 K 1 -4 1 -1 -5 -4 -2 6 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -4 0 -3 -5 -5 -5 11 0 5 2 0 0 3 70 0 0 0 4 0 0 0 5 0 0 0 0 1.30 1.17 13 T 3 1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 0 -2 -3 0 -4 -4 -1 4 -5 -1 2 29 8 0 0 0 0 0 0 3 4 3 0 2 0 0 2 34 0 2 14 0.61 1.15 14 T -3 1 -3 -3 -5 1 4 -4 -2 -1 -3 -2 2 -3 -4 1 0 7 -3 -2 0 9 0 0 0 6 33 0 1 3 1 0 7 1 0 13 6 17 0 2 0.80 1.15 15 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 6 -5 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 81 0 0 0 0 0 2 0 0 3 1.36 1.24 16 I -2 -2 -4 -5 -4 1 -3 -5 -2 2 3 -4 0 2 -4 -4 -1 -4 1 4 3 3 0 0 0 7 1 0 1 11 28 0 1 7 0 0 3 0 4 29 0.56 1.18 17 K 1 -1 -1 -3 4 -2 -3 -1 4 -3 0 1 -3 -2 1 1 1 -3 -1 0 13 4 2 1 8 1 1 5 11 1 8 8 0 1 7 9 11 0 2 6 0.25 1.07 18 I 0 0 -1 -3 -3 -1 0 -2 2 0 2 -3 0 -3 2 -1 2 -4 -3 2 8 4 2 1 0 3 5 2 6 4 19 1 3 1 10 4 12 0 1 14 0.22 1.07 19 D -1 -2 2 4 -3 -1 -1 -1 0 -2 -2 -1 -1 -4 3 1 0 -4 -3 -3 5 1 11 27 0 3 3 4 2 2 5 3 2 1 13 10 5 0 1 2 0.42 1.04 20 P -1 1 0 0 4 0 -1 0 2 -3 -4 2 -3 -3 0 2 -2 -4 -3 -1 5 9 4 5 8 3 3 8 6 1 1 16 0 1 6 20 1 0 0 4 0.31 1.08 21 A 2 0 0 0 -4 1 -1 0 1 -4 -2 -1 -1 -4 2 4 -1 -5 -4 -3 15 4 5 4 0 6 4 6 3 0 4 2 2 0 9 31 3 0 0 1 0.38 1.15 22 L -2 0 -2 -3 -3 3 -1 -3 2 -1 2 -3 -2 2 2 0 -2 3 0 0 2 5 1 1 0 14 3 2 5 3 24 1 0 8 9 8 2 5 2 5 0.29 1.06 23 K -2 0 -1 -2 -3 1 0 0 -1 -2 0 0 2 -2 1 0 0 -3 3 0 2 5 3 2 0 7 5 8 1 1 11 7 6 1 8 8 7 0 12 7 0.16 1.05 24 I -1 1 -2 -2 -3 0 -2 -2 -2 0 0 2 1 -3 4 0 2 -4 -3 1 4 8 2 2 0 4 1 2 1 6 8 11 4 1 19 8 11 0 1 9 0.29 1.03 25 K -2 2 -3 -3 -4 0 0 -1 -3 -2 0 4 0 -3 0 -1 1 4 -3 -1 2 10 1 1 0 2 6 5 0 1 9 33 2 0 5 3 8 7 0 5 0.45 1.09 26 T 0 -2 -1 -3 -4 5 1 -3 0 -1 -1 -1 -1 -3 -2 2 1 -4 -3 1 6 1 2 0 0 28 7 1 2 3 7 3 1 1 1 15 10 0 0 11 0.40 1.04 27 K -3 2 -2 -3 -4 -1 2 -2 -3 -2 1 3 -3 -1 1 -2 -3 4 2 -3 1 13 1 0 0 2 17 3 0 3 13 19 0 3 7 1 0 5 9 1 0.39 1.03 28 K 0 0 2 1 -4 0 2 -1 0 -2 -3 3 0 -4 -1 0 -1 -1 -4 -2 6 5 10 9 0 4 12 5 2 3 3 22 2 0 3 7 3 1 0 4 0.27 1.03 29 V 1 -2 -1 -4 -3 -1 -3 -1 -1 0 1 -2 2 0 -1 -1 1 -1 -3 4 11 2 3 0 0 3 0 4 2 2 14 1 6 3 3 5 9 1 0 32 0.31 0.98 30 N 1 1 4 -1 -4 -2 -2 2 -3 -3 -3 -2 1 -4 -2 2 -1 -5 -4 -1 13 10 24 2 0 0 1 14 0 1 2 1 5 0 1 18 3 0 0 4 0.43 0.99 31 T -1 -3 2 2 -4 -2 -1 -1 -3 -3 0 -3 0 -4 -4 4 3 -5 -1 -3 2 0 9 13 0 1 3 4 0 0 11 0 3 0 0 35 16 0 2 1 0.49 1.02 32 A 3 -3 -3 -2 -3 1 0 -3 -3 2 -1 -2 -2 -3 -2 -1 1 -4 -3 3 31 0 0 2 0 6 6 1 0 11 5 2 0 0 2 2 11 0 0 20 0.36 0.87 33 D 0 -1 -1 2 -4 1 6 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 7 1 1 11 0 5 56 5 0 2 2 3 0 0 0 2 2 0 0 2 0.81 0.86 34 Q -3 0 -1 2 -5 2 6 -2 2 -3 -3 2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -3 0 3 2 8 0 8 56 2 5 1 2 11 0 0 0 0 0 0 0 1 0.91 0.89 35 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.93 0.87 36 A 6 -3 -4 -4 -2 -3 -1 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -1 94 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.30 0.87 37 N 1 4 1 -2 -4 1 0 0 0 -2 -3 3 -3 -5 -4 -1 0 -5 -4 -2 13 21 7 1 0 7 5 8 2 3 1 21 0 0 0 2 6 0 0 3 0.38 0.87 38 R -2 5 -2 -3 -5 2 -2 -4 2 -4 -1 4 -3 -4 -4 -2 -1 -5 -2 -3 3 38 1 0 0 9 0 0 5 0 6 32 0 0 0 1 2 0 1 2 0.83 0.87 39 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.93 0.87 40 T 0 -1 0 0 -3 -1 3 -2 -2 0 -2 0 -1 -3 -2 2 1 -3 -3 -1 9 2 5 3 0 1 23 2 0 5 3 6 2 1 1 21 8 0 1 5 0.27 0.68 41 R 1 4 -1 0 -2 2 1 -2 -1 -2 -2 1 -2 -2 -2 -1 1 -2 -2 -1 13 23 3 4 1 8 10 3 1 2 3 9 1 1 2 4 9 0 1 4 0.27 0.57 42 N -1 -1 4 1 -2 -1 2 -1 0 -2 -1 0 -2 -2 -2 2 -1 -2 -2 -1 4 2 26 6 1 2 15 4 2 2 6 4 1 1 2 14 2 0 1 5 0.32 0.56 43 K 0 3 -1 -2 -2 0 1 -2 -2 -2 -1 3 -2 -2 -1 0 2 -2 -2 -1 6 14 3 2 1 4 8 2 1 2 5 24 1 1 3 4 15 0 1 5 0.28 0.58 44 G -2 2 -2 -1 -3 0 4 2 -2 -2 -3 2 -2 -3 -1 -2 -2 -3 -3 -3 2 12 1 1 0 2 31 19 1 3 2 16 1 1 3 2 1 0 1 1 0.47 0.67 45 L 0 -2 -2 0 -2 -1 -1 -2 -2 0 2 -1 -1 0 2 0 2 -2 -2 0 8 2 2 5 1 2 2 3 1 5 20 5 1 3 11 6 18 1 1 5 0.16 0.53 46 P -1 -1 2 0 -3 0 0 -2 -2 -2 2 -2 -1 -2 4 1 0 -3 -2 -2 4 2 11 5 0 4 7 2 1 1 23 1 1 1 18 10 7 0 1 2 0.29 0.65 47 F -3 -4 -4 -4 0 -4 -4 -4 -3 -1 2 -4 1 7 -4 -4 -3 -1 1 -1 1 1 0 1 2 0 1 1 0 1 22 1 3 61 1 1 1 0 2 3 1.15 0.78 48 T -1 -3 2 4 -3 -2 -1 -3 -1 1 -3 -2 -3 -4 -3 1 4 -4 -3 0 5 0 10 25 0 0 2 0 1 9 0 0 0 0 0 9 29 0 0 7 0.51 0.76 49 C -1 -4 -3 -4 9 -3 -4 -3 -4 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -1 3 -3 -3 -2 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 0 0 1.49 0.33 50 K -3 3 -3 -3 -4 3 -2 -4 -2 -2 1 2 4 -2 -4 -3 -3 7 -2 -2 0 17 0 0 0 17 0 0 0 0 17 17 17 0 0 0 0 17 0 0 0.68 0.56 51 A 6 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 4 -1 -5 -4 -3 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 2 0 0 0 1.14 1.04 52 F -5 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -2 -2 -6 -2 9 -6 -5 -5 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 2.32 1.05 53 V 0 -3 3 0 -2 2 -2 -4 6 -1 0 -3 1 -4 -4 -1 -2 -5 0 0 7 0 17 6 1 10 1 0 24 4 11 0 4 0 0 3 2 0 2 7 0.53 1.05 54 F -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -5 2 -3 -3 -5 -3 6 -6 -4 -4 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 34 0 0 0 0 62 0 1.91 1.05 55 D -3 -1 5 4 -5 1 1 -4 4 0 -3 -3 -4 -5 -4 -2 1 -5 -2 -2 1 3 26 27 0 5 7 0 10 6 1 0 0 0 0 1 9 0 1 2 0.70 1.05 56 K -3 3 -2 -3 -5 1 2 -4 3 -4 -2 3 1 -4 -2 1 -3 4 -3 0 0 17 1 0 0 7 14 0 7 0 3 18 4 0 1 13 0 5 0 8 0.48 1.05 57 A 0 -1 1 -3 -4 2 -2 -4 0 -1 -4 5 -1 -5 1 2 -1 -5 -4 -1 9 2 6 0 0 9 0 0 3 3 0 38 2 0 7 15 3 0 0 4 0.55 1.05 58 R -2 0 3 3 -5 -2 2 -2 0 -3 -4 0 -2 -5 -4 3 0 -3 -4 -2 2 6 17 18 0 0 14 2 2 1 1 6 1 0 0 23 4 0 0 2 0.53 1.05 59 K -3 3 -1 -3 -5 5 -1 -2 4 -2 -1 3 -3 -4 -3 -3 -1 -5 -2 -1 0 15 1 0 0 33 2 3 10 3 7 17 0 0 1 0 3 0 1 5 0.65 1.05 60 Q -1 2 -3 -1 -5 4 1 2 0 -2 -2 2 -3 -5 -4 -1 0 -5 -4 0 5 13 0 3 0 19 10 15 2 2 3 13 0 0 0 3 5 0 0 7 0.38 1.05 61 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.13 1.05 62 L -3 0 -3 -4 -5 5 -1 -3 5 0 0 1 0 -3 -4 -3 -3 5 1 1 0 3 0 0 0 30 3 2 13 4 10 8 2 0 0 1 1 8 4 11 0.61 1.05 63 W -3 -4 -4 -5 -1 -4 -5 -5 2 2 4 -4 0 -1 -5 -3 3 7 -2 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 5 9 43 0 1 1 0 0 21 15 0 3 0.87 1.05 64 F -1 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 0 5 -4 4 1 -5 0 -2 0 -1 -1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 63 0 11 4 0 7 1 1 1 3 0.88 1.05 65 P 3 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -1 -4 -5 -5 -2 -4 -5 6 3 -1 -5 -5 -4 23 1 0 2 0 0 0 5 0 0 0 2 0 0 40 26 2 0 0 0 1.07 1.05 66 F 0 -3 -4 -1 -5 -2 3 -2 -3 -4 -3 -2 -3 5 -5 -1 -4 9 0 -2 7 1 0 2 0 1 22 3 0 0 1 2 0 24 0 5 0 28 2 2 1.09 1.05 67 N -3 -3 6 3 -4 -3 -2 -3 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -4 -1 4 -6 -4 -1 0 0 49 14 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 29 0 0 5 1.13 1.05 68 S -1 2 -1 -3 -4 5 -2 -1 -1 -5 -5 -2 -3 -5 -4 4 1 -5 -4 -4 4 14 1 0 0 26 0 5 1 0 0 0 0 0 0 41 8 0 0 0 0.80 1.05 69 M -2 0 3 0 -5 -1 -2 -4 5 -4 -1 4 2 2 -4 -3 -3 3 1 -4 2 4 15 5 0 2 0 0 13 0 5 28 6 8 0 0 0 5 5 0 0.60 1.13 70 S -1 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -1 -3 -2 -4 -2 0 -3 -3 5 5 -5 -4 -3 3 1 1 0 0 0 2 3 0 2 0 1 3 1 0 43 39 0 0 0 0.90 1.13 71 S 1 -1 1 -1 -4 -1 2 0 2 -4 -3 -2 -4 -3 4 2 0 -5 -4 0 10 2 6 3 0 2 14 6 5 0 3 1 0 1 19 16 5 0 0 7 0.37 1.13 72 G -2 -2 2 -3 -4 -1 -3 5 5 -3 -2 -3 -2 -4 1 -1 -1 -4 -2 -2 2 1 9 1 0 3 1 41 15 1 4 0 1 0 8 5 3 0 1 3 0.69 1.11 73 V 2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -1 -4 3 0 -4 -1 -3 -4 -2 3 -5 -4 4 15 0 0 0 0 0 0 5 0 18 6 0 1 0 0 2 18 0 0 32 0.60 1.11 74 K -3 3 -3 0 -4 4 1 -3 -1 1 1 1 0 1 -4 -3 -1 -2 -3 0 1 16 0 5 0 19 7 2 1 8 13 8 2 6 0 0 3 1 0 6 0.34 1.13 75 K -3 4 -3 -3 -4 -1 -2 -4 -3 -1 2 2 1 0 -4 0 -1 -4 -3 0 1 29 0 1 0 1 2 0 0 3 23 12 4 5 0 7 4 0 0 7 0.47 1.12 76 E -3 3 -3 -2 -5 4 2 -3 2 -4 -2 2 2 -2 -4 -2 -3 -1 2 -4 0 19 0 2 0 24 11 2 6 0 3 15 7 2 0 2 0 1 7 0 0.65 1.16 77 F -1 5 0 -4 0 2 -1 -2 3 -4 -1 0 2 0 -2 0 0 -5 -2 -4 5 34 3 0 2 9 3 3 8 0 5 5 6 4 2 6 5 0 1 0 0.51 1.18 78 G -2 -2 5 4 -2 -3 -2 -1 0 -3 -5 -1 -5 -5 -4 3 0 -6 -5 -5 1 1 35 26 1 0 0 3 2 1 0 3 0 0 0 22 4 0 0 0 0.93 1.18 79 H 1 -2 -2 -4 -4 -4 -3 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