Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 3 3 -4 6 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 28 0 33 0 0 0 0 0 0 22 0.88 0.67 2 S 0 -1 1 1 -3 -1 1 -3 -3 -4 -4 -1 -4 -5 1 5 2 -5 -4 -3 6 2 4 7 0 2 8 0 0 0 0 2 0 0 6 53 10 0 0 1 0.67 0.85 3 L -3 -4 -1 -4 -4 -3 -1 -5 -4 3 2 -4 6 1 -3 -1 2 -4 -3 1 0 0 4 0 0 0 4 0 0 19 18 0 21 7 1 4 15 0 0 7 0.55 0.96 4 T 1 3 0 -1 -4 -1 -1 0 -2 -2 -4 -2 -2 -4 1 3 3 -5 -4 -3 11 16 4 3 0 1 3 8 1 3 0 0 1 1 6 24 18 0 0 1 0.39 0.99 5 N 1 -2 1 -1 -4 2 1 1 -3 -3 -3 3 -3 -4 -1 2 1 -5 -3 -4 12 0 6 2 0 10 9 10 0 1 2 17 0 1 3 15 10 0 1 0 0.33 1.00 6 S -1 -2 -3 0 -4 -3 -2 -4 -4 -4 -4 -2 -2 -2 3 3 2 9 -1 -3 5 2 0 4 0 0 2 0 0 0 0 1 1 1 14 26 13 28 1 1 1.00 1.02 7 S 1 4 -2 1 -4 -2 -2 -2 -3 -3 -5 0 -4 -5 -2 4 0 -5 -4 -4 10 21 0 9 0 1 0 2 0 2 0 6 0 0 1 42 5 0 0 0 0.66 1.04 8 L -3 -5 -3 -2 2 -3 -5 -5 -1 2 4 -5 -1 -1 -3 -2 -2 7 -2 0 2 0 1 3 4 1 0 0 2 13 44 0 0 2 1 3 2 18 0 6 0.84 1.06 9 M -1 4 -2 1 -2 3 0 -2 -3 -5 -4 1 -3 -2 2 1 0 -5 -4 -4 4 27 0 7 1 16 5 2 0 0 1 9 0 2 9 12 5 0 0 0 0.52 1.07 10 P -2 -2 0 1 -4 1 2 -3 1 -3 0 0 0 -4 4 1 -1 -4 -4 -1 2 1 4 7 0 5 12 1 3 1 11 6 3 0 22 14 4 0 0 4 0.37 1.00 11 T -3 1 -2 -1 -4 3 0 -1 0 0 -1 -2 0 4 0 0 -1 -3 -2 1 1 8 1 3 0 15 7 5 2 5 5 2 2 22 4 6 3 0 0 9 0.30 1.01 12 L -2 -1 -4 -4 -4 4 -3 -2 -3 0 2 -2 -1 4 -2 -2 -1 -3 3 -2 3 2 0 0 0 26 0 3 0 6 17 1 1 19 2 2 3 0 12 2 0.56 1.11 13 N -4 -2 2 3 -5 1 -1 -4 7 -1 -3 1 3 -1 -4 -1 -3 -5 -1 -2 0 1 9 20 0 6 3 0 29 3 1 8 8 2 0 4 0 0 2 2 0.77 1.14 14 P -3 -4 -4 1 -5 -3 -2 -3 -1 -5 -2 -3 -4 -5 8 1 -3 -5 -1 -5 0 0 0 7 0 0 2 1 2 0 4 1 0 0 70 9 0 0 3 0 1.74 1.18 15 M 0 -3 -5 -6 -4 -4 -4 -3 -3 -1 3 -5 3 5 -5 -4 -4 -2 5 -2 7 1 0 0 0 0 1 2 0 3 34 0 6 21 0 0 0 0 23 2 0.90 1.26 16 I -4 -4 -5 -5 1 4 -4 -6 -2 4 2 -3 0 0 -5 -4 -3 5 -3 1 0 0 0 0 3 18 0 0 1 29 23 1 1 3 0 0 0 8 0 10 0.77 1.30 17 Q -2 2 0 2 0 2 2 -3 1 -4 -1 2 -2 -5 1 1 -2 -6 -3 -4 2 11 4 13 2 10 16 1 3 0 6 13 1 0 8 9 1 0 1 1 0.40 1.33 18 Q -1 -1 -2 0 -5 2 1 -3 3 -4 -3 0 -3 5 -3 1 -2 4 0 -2 5 3 1 5 0 11 8 2 9 0 1 6 0 28 1 10 2 5 3 2 0.53 1.32 19 L 0 -5 -5 -6 -4 -1 -5 -5 -5 0 5 -5 1 -1 -5 -4 -2 -2 -4 2 9 0 0 0 0 3 0 0 0 3 65 0 2 2 0 0 2 0 0 12 0.96 1.31 20 A 3 -1 -1 2 -4 0 2 -3 4 -3 0 0 -3 -3 -2 -2 -2 -5 -3 -1 31 3 2 14 0 4 11 1 9 0 9 4 0 1 1 2 1 0 0 5 0.40 1.24 21 L 0 -2 1 3 -4 1 2 -3 0 -2 -3 0 -3 3 -3 0 -2 -2 3 -3 7 2 8 18 0 7 12 1 2 2 1 5 0 14 1 7 2 0 9 1 0.38 1.19 22 A 3 1 0 -1 3 0 -3 -1 -2 -1 0 -2 -1 0 -3 0 0 -4 -2 -1 30 7 6 4 5 4 1 5 1 3 9 1 1 5 1 6 6 0 1 4 0.25 1.22 23 I -2 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -5 -4 6 3 -4 2 2 -4 -3 -2 -4 -3 0 2 1 0 1 0 0 2 1 0 45 27 1 4 7 1 2 1 0 0 4 0.87 1.22 24 A 0 3 0 1 -4 2 3 -3 -1 -3 -2 2 -3 -1 -3 -1 -1 -4 -4 -1 7 16 5 7 0 8 23 2 2 1 4 12 0 3 1 3 3 0 0 4 0.39 1.25 25 A 2 -1 1 -1 -4 2 4 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -4 -3 1 0 -4 -1 -2 19 4 6 3 0 7 27 3 1 2 6 3 1 0 0 8 6 0 2 2 0.36 1.23 26 S -1 2 -1 -2 2 -1 -2 -3 2 0 2 -1 0 -3 -4 0 3 -4 -2 0 5 12 3 2 4 2 3 2 5 6 18 2 2 0 1 6 21 0 1 6 0.26 1.21 27 W -2 2 -1 -1 -4 0 -2 0 -3 0 0 0 -2 3 -4 -1 -1 8 -2 -3 2 13 2 3 0 4 2 7 0 5 8 6 1 12 1 4 3 22 0 1 0.64 1.23 28 Q -1 2 -1 -1 -3 3 3 0 0 -2 -1 2 -4 -4 -2 2 -1 -5 -4 -4 3 10 3 2 0 14 18 7 3 3 5 11 0 1 2 15 3 0 0 0 0.36 1.35 29 S 0 4 -1 0 -3 1 0 -1 4 -3 -2 1 -1 -4 -2 1 0 -4 1 -3 8 21 2 5 1 7 6 5 12 1 3 6 2 0 2 9 5 0 5 1 0.36 1.33 30 L -3 -3 -2 -5 -4 -4 -5 -5 0 0 5 -3 -1 3 -2 -2 2 -4 0 -1 2 1 2 0 0 0 0 0 2 3 52 1 1 13 2 2 12 0 3 4 0.73 1.32 31 P -2 -3 2 5 1 0 1 0 2 -4 -2 -3 -3 -5 3 -1 0 -5 -3 -3 3 1 8 29 4 4 8 8 4 0 4 0 0 0 15 3 5 0 1 1 0.54 1.34 32 L -2 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -2 -5 1 5 -4 1 0 -2 -4 -3 3 -3 1 3 0 0 0 1 0 0 3 0 7 64 0 2 3 2 0 1 4 0 7 0.91 1.29 33 K 0 1 -2 -1 -4 3 3 -4 0 -2 -2 1 -3 -2 -4 2 1 -5 -3 0 6 8 1 2 0 12 21 1 2 3 4 8 0 1 0 16 8 0 0 7 0.35 1.32 34 P -1 -1 -3 0 -2 -3 1 -4 -4 -4 -5 -1 -4 -5 7 1 -2 -5 -5 -4 3 4 0 6 1 0 8 0 0 1 1 4 0 0 58 10 2 0 0 1 1.38 1.31 35 Y -2 0 -4 -4 -1 -2 -1 -5 3 0 1 -2 -2 1 -4 1 -3 -3 6 1 3 6 0 0 1 2 4 0 6 6 16 3 0 4 0 11 1 0 27 9 0.51 1.29 36 Q 0 -1 -2 -1 -3 1 1 -4 2 -4 -4 0 -4 -5 6 -1 0 1 -2 -4 8 3 2 4 0 7 8 1 6 1 2 6 0 0 39 4 6 2 1 1 0.81 1.29 37 L -2 -1 -3 -5 3 -4 -3 -5 -5 5 3 -4 -1 -2 -4 -1 -2 -4 -3 2 3 4 1 0 6 0 1 1 0 31 30 0 1 1 0 5 2 0 0 13 0.69 1.26 38 P -1 -3 -1 3 -5 3 -1 -2 -2 -5 -4 -1 -4 -5 6 -1 -3 -5 -4 -4 5 0 2 15 0 16 3 2 1 0 1 2 0 0 46 4 0 0 0 0 1.17 1.26 39 E 1 -2 -1 2 -5 -2 4 -2 -1 -4 -3 -2 -4 -3 3 1 0 0 -4 -3 10 1 2 12 0 1 31 2 2 1 2 2 0 1 16 8 5 2 0 2 0.56 1.31 40 D 0 1 0 3 -5 0 4 3 -3 -5 -5 2 -3 -3 -4 -2 -2 -5 -5 -3 6 6 3 17 0 3 25 19 0 0 0 14 1 1 0 1 1 0 0 2 0.58 1.31 41 L -2 -2 -2 -5 -4 -3 -5 -3 -2 -2 3 -5 1 6 -5 -4 -3 -2 4 -2 4 2 2 0 0 1 0 2 1 0 35 0 2 35 0 0 1 0 13 1 0.98 1.33 42 G 1 1 0 -1 -4 -1 3 2 -3 -4 -1 0 -4 -5 -4 2 0 -5 -4 -3 9 7 4 3 0 2 20 15 0 0 6 6 0 0 0 19 7 0 0 1 0.37 1.29 43 Y -1 1 1 -4 -1 0 -1 -4 2 -2 -2 -3 -3 2 -4 2 0 -3 6 -3 5 9 8 0 1 4 4 1 5 2 3 0 0 9 0 18 4 0 25 1 0.54 1.29 44 V 1 1 -1 -3 0 1 -2 -5 -4 2 -2 3 5 -3 -4 -2 -3 -5 -1 2 11 8 2 1 2 5 1 0 0 14 2 20 14 1 0 2 0 0 2 14 0.43 1.32 45 E -1 -1 -2 0 -4 0 5 -4 0 0 -2 -1 -1 -3 -4 0 1 -4 1 2 3 3 1 5 0 4 36 0 2 5 2 4 1 1 0 6 8 0 6 13 0.45 1.26 46 G 1 -3 -2 -2 3 -3 -2 4 -1 -4 -4 -2 -4 -1 -1 4 -2 -5 -3 -3 11 1 1 1 5 1 1 33 1 0 1 2 0 2 3 31 1 0 1 2 0.67 1.27 47 R -1 2 1 -1 -4 0 0 -3 3 -2 -1 2 1 -2 -1 -1 3 -5 -3 -1 4 12 7 4 0 4 6 2 7 3 5 14 4 1 3 5 17 0 0 3 0.26 1.26 48 L 1 1 -1 -1 -4 -2 1 0 -3 -2 2 -1 -1 -1 -4 0 0 -3 3 0 11 9 4 4 0 1 8 7 0 1 20 3 1 1 0 7 6 0 10 6 0.16 1.19 49 E -1 0 0 1 -4 0 3 3 1 -2 -4 2 -4 -5 -4 0 -3 -5 -4 -3 5 5 3 9 0 3 21 27 3 2 1 12 0 0 0 6 0 0 0 1 0.50 1.20 50 G 0 0 0 2 -5 -2 -1 4 -3 -5 -5 3 -4 -4 -4 1 -2 -5 -1 -5 7 6 4 14 0 1 2 33 0 0 0 17 0 1 0 11 1 0 3 0 0.61 1.28 51 E -2 2 1 2 -2 0 3 1 -2 -5 -5 3 -4 -5 -1 1 -2 -5 -4 -4 3 11 7 11 1 4 19 9 1 0 1 19 0 0 3 8 2 0 0 1 0.47 1.27 52 K 0 3 2 -1 -5 0 0 -1 -1 -5 -5 4 -4 -4 1 -1 -2 -5 -4 -4 9 17 10 4 0 3 6 5 1 0 0 30 0 0 8 4 2 0 0 0 0.57 1.25 53 L 1 -3 -3 -5 -2 -4 -4 -3 -5 0 3 -4 0 -2 -3 0 2 -5 -1 4 11 1 1 0 1 0 0 2 0 4 29 0 1 1 1 6 13 0 2 27 0.51 1.27 54 V -2 2 -1 -4 -2 1 -1 -4 -4 1 -1 0 -1 1 -4 0 3 1 -1 2 1 10 4 0 1 6 5 0 0 9 5 4 1 6 0 5 21 2 2 18 0.31 1.27 55 I -1 -5 -2 -5 -4 -4 -5 -5 -5 5 3 -5 0 -1 -5 -2 1 2 -4 1 6 0 2 0 0 0 0 0 0 41 24 0 2 2 0 2 11 3 0 7 0.77 1.26 56 E -2 2 1 -1 0 2 4 -3 1 -3 -4 1 -4 -2 -4 0 1 -5 0 -3 3 12 6 2 3 10 30 1 3 1 1 7 0 2 0 6 8 0 3 1 0.47 1.27 57 N 1 -3 6 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 3 -5 -4 3 3 -5 -4 -1 11 0 36 0 0 0 0 0 0 2 1 0 8 0 0 21 17 0 0 4 0.82 1.27 58 R -3 3 -3 0 0 -2 1 -5 1 -2 1 -2 -2 -1 -5 -2 -3 9 1 -2 1 19 1 5 2 1 11 0 3 2 14 1 0 2 0 3 1 26 5 2 0.86 1.27 59 C 3 -4 -4 -5 6 -3 -3 1 -3 -1 1 -4 1 -1 -4 1 -3 -5 -4 0 25 0 0 0 19 1 1 10 0 2 16 0 4 2 0 11 0 0 0 7 0.60 1.25 60 Y -3 -3 -4 -6 2 -4 -5 -3 2 -3 -1 -5 -3 5 -6 -4 -3 6 7 -1 1 1 0 0 4 0 0 2 5 0 5 0 0 24 0 0 2 10 41 4 1.31 1.25 61 Q -2 2 -1 -2 2 6 1 -4 -1 -5 -5 2 -4 -5 -4 1 1 -5 -3 -1 2 10 2 2 4 35 8 0 1 0 0 11 0 0 0 10 9 0 1 4 0.68 1.27 62 T 1 -4 -1 -4 4 -3 -2 2 1 -4 -3 -4 -2 -2 -4 3 3 1 -4 -1 12 0 2 0 10 0 3 16 4 0 1 0 1 2 0 27 16 2 0 4 0.55 1.27 63 P -1 1 -2 2 -5 0 2 -1 -2 -4 -5 2 -4 -6 5 0 -1 -6 -5 -2 4 9 1 10 0 4 12 6 1 0 0 11 0 0 29 7 3 0 0 3 0.63 1.27 64 Q -1 2 -3 -3 -5 2 0 2 0 -4 -1 4 -4 -4 -3 -2 -2 -5 0 -3 6 12 0 1 0 10 6 16 2 0 6 33 0 0 1 1 1 0 3 2 0.54 1.27 65 F -4 -2 -5 -6 -3 -5 -5 -2 1 3 2 -5 0 6 -6 -5 -2 -3 1 0 0 3 0 0 1 0 0 4 4 21 22 0 1 36 0 0 2 0 3 4 0.87 1.23 66 R -2 7 -1 0 -6 -2 -3 -5 0 -2 -2 0 -1 -5 -5 -2 -4 -5 0 -4 2 72 2 7 0 0 0 0 2 3 5 2 1 0 0 2 0 0 4 0 1.33 1.24 67 K -1 3 -3 -4 -5 3 -2 -4 0 -4 2 5 -1 -2 -4 -3 -3 -5 -2 -4 6 15 0 0 0 15 0 0 2 0 19 39 1 1 0 0 0 0 1 0 0.76 1.22 68 M 0 -2 -5 -6 -1 -4 -4 -5 -5 4 3 -5 3 0 -5 -2 -3 3 -2 2 9 3 0 0 1 0 1 0 0 22 31 0 9 4 0 3 0 4 1 13 0.63 1.28 69 H -2 6 -1 -4 -6 0 -3 -5 7 -5 -3 -1 -4 -1 -5 -3 -2 -5 -3 -5 3 56 2 0 0 3 0 0 29 0 2 0 0 3 0 0 2 0 0 0 1.47 1.28 70 L 0 -2 -3 -5 3 -4 -3 -3 0 2 2 -4 0 -1 -4 1 -2 -4 3 1 10 3 1 0 6 0 1 1 2 11 24 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-5 -5 -5 -1 -4 -5 3 -5 0 4 -3 3 -2 -5 -3 -3 -4 -2 1 9 0 0 0 1 0 0 26 0 4 41 1 7 1 0 1 1 0 1 8 0.66 1.18 242 I -1 -4 0 -4 -4 -4 -4 -4 -4 0 -1 -4 -3 -4 6 2 0 -6 -4 3 3 0 4 0 0 0 0 0 0 3 6 0 0 0 35 16 5 0 0 27 0.86 1.14 243 Q -4 -2 4 5 -6 3 2 -3 2 -5 -5 1 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 0 26 37 0 12 14 0 5 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.97 K Lambda Standard Ungapped 0.1363 0.3201 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1695 0.3178 PSI Gapped 0.0519 0.2670