Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 0 -2 -2 -5 4 0 -3 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.67 2 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -1 -4 -5 6 5 -1 -6 -5 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 44 46 3 0 0 3 1.32 1.00 3 V -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -3 0 1 1 -2 0 6 -5 -4 -4 -2 4 2 0 0 0 0 0 0 0 2 2 8 15 4 2 38 0 0 0 0 16 15 0.91 1.05 4 K -3 3 -2 -3 -6 -1 -1 -4 1 -5 -5 7 -2 -6 -4 -2 -2 -6 -4 -5 0 12 1 0 0 0 2 0 3 0 0 78 1 0 0 2 2 0 0 0 1.47 1.23 5 Y -4 -4 -5 -6 -2 -2 -5 -6 1 -3 -2 -5 -1 4 -4 -2 -4 -1 9 -4 0 0 0 0 1 2 0 0 2 1 2 0 2 16 1 4 0 0 70 0 1.83 1.28 6 T 0 -4 -1 -3 -4 -3 -3 -2 -4 -2 -5 -2 -4 -5 -2 5 4 -5 -4 -3 5 0 2 0 0 0 0 2 0 3 0 1 0 0 1 56 30 0 0 0 1.07 1.28 7 A 5 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -1 4 -2 -2 -4 -3 0 -4 -1 -2 -4 2 -1 63 0 0 0 1 0 0 4 10 2 3 0 0 4 0 2 1 0 8 3 0.93 1.28 8 A 2 3 0 -2 -5 3 0 -2 0 -4 -3 3 -4 -2 -4 1 -1 0 -4 -4 18 16 3 1 0 13 5 3 2 1 1 19 0 2 0 11 3 2 0 0 0.46 1.28 9 K -1 2 0 2 -5 4 1 -3 1 -5 -5 4 -4 -5 -4 -1 -1 -5 0 -4 6 12 4 12 0 21 6 1 3 0 0 26 0 0 0 2 3 0 3 0 0.66 1.28 10 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -6 -5 -1 6 -5 1 1 -6 -5 -4 1 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 2 5 0 0 0 2 0 0 1.55 1.28 11 H 0 -2 -3 -3 -4 0 1 -4 4 -1 -2 -1 3 2 -4 0 -1 -2 4 0 8 2 0 1 0 3 11 1 11 3 3 4 9 8 0 8 3 0 16 7 0.38 1.26 12 E -3 0 -1 4 -6 0 5 -3 0 -6 -6 4 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -4 1 4 1 28 0 2 36 1 2 0 0 23 0 0 0 1 1 0 0 1 1.01 1.28 13 K -4 2 -1 1 -6 2 0 -4 0 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -5 0 9 1 6 0 9 5 0 2 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 1.31 1.28 14 G -3 -1 -1 -4 -5 -2 -2 7 0 -6 -6 0 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -1 -6 0 3 2 0 0 1 3 80 2 0 0 6 0 0 0 1 0 0 2 0 1.57 1.28 15 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 -1 -3 2 -3 -5 -5 -3 -5 -4 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 32 3 2 4 0 0 0 0 0 0 58 1.29 1.28 16 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 5 5 -5 -1 -2 -6 -5 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 62 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1.27 1.28 17 L -1 -3 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 2 4 -2 0 -3 -5 -4 -1 -5 -2 5 5 1 0 0 0 0 0 0 0 10 37 3 1 0 0 0 2 0 1 39 0.86 1.25 18 D 0 -1 -1 2 -4 -2 4 -1 2 -5 -4 -2 -4 -5 -4 3 -2 -2 -3 -4 6 3 2 11 0 0 34 4 5 0 1 1 0 0 0 28 1 1 1 0 0.69 1.22 19 I -2 -4 -5 -5 0 -4 -3 -5 -4 5 0 -4 4 1 -5 0 -1 7 0 1 3 0 0 0 2 0 2 1 0 30 6 0 9 6 0 7 3 16 3 10 0.84 1.59 20 D 0 -1 2 3 -1 -1 3 -1 1 -4 -4 0 -1 -6 -4 1 0 -6 -5 -3 9 3 8 17 1 2 23 5 3 1 1 6 2 0 0 11 6 0 0 1 0.45 1.68 21 D -2 -1 2 3 -1 0 -1 5 -1 -3 -2 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -2 2 4 9 14 1 5 3 42 2 2 4 2 0 0 0 4 2 0 0 3 0.68 1.61 22 L -2 -5 -2 -3 0 -3 -3 -4 -2 1 3 -5 1 0 0 -4 0 1 4 3 3 0 2 1 2 1 1 1 1 5 29 0 3 4 5 0 5 2 13 21 0.51 1.68 23 Q -1 -2 -1 0 -5 2 -1 -2 -1 -2 -3 -2 2 -5 5 2 0 -6 -5 -2 4 2 3 6 0 8 4 3 2 2 3 2 5 0 29 17 6 0 0 3 0.59 1.74 24 T -1 -1 0 2 -5 1 1 -2 1 -1 -2 0 0 -2 3 0 2 -6 -5 -1 5 4 5 11 0 7 11 3 3 4 3 7 2 2 12 7 11 0 0 4 0.22 1.75 25 N 0 2 2 -2 -5 -1 0 -1 1 -2 -2 2 0 -1 -1 2 0 2 -1 -4 7 12 11 2 0 2 5 4 4 3 4 10 3 2 4 17 6 2 2 0 0.24 1.75 26 Q -1 2 0 0 -5 5 0 -1 4 -5 -2 0 1 -5 -4 0 0 -5 -1 -4 5 10 4 4 0 26 6 6 9 0 4 4 3 0 0 7 6 0 3 0 0.49 1.69 27 F -1 2 -4 -5 -2 -3 -4 -3 -1 -2 0 0 0 6 -4 -2 -1 6 3 -3 6 14 0 0 1 1 0 2 1 2 7 6 3 30 1 3 3 10 10 1 0.72 1.44 28 K -1 2 -2 3 -5 -1 0 1 -4 -2 -3 4 -2 -5 -1 1 -3 -6 -5 -3 5 11 1 15 0 1 6 10 0 2 3 27 1 0 3 12 1 0 0 2 0.46 1.44 29 N -4 1 6 -1 -6 0 -1 0 0 -6 -6 4 -2 -4 -4 0 -2 -6 -2 -5 0 7 36 3 0 3 3 7 2 0 0 27 1 1 0 5 2 0 1 0 0.88 1.46 30 V -1 -3 -5 -6 -4 -5 -5 -3 -2 4 2 -5 1 0 -5 -3 0 0 -2 4 6 2 0 0 0 0 0 3 1 25 16 0 3 3 0 2 5 1 1 33 0.70 1.46 31 T -2 -3 1 2 -4 0 -2 -3 1 1 -1 0 3 0 -3 0 2 -4 3 -1 3 0 8 11 0 5 2 1 4 10 5 6 9 4 1 5 11 0 11 3 0.24 1.20 32 F -4 -5 -1 -5 -4 -5 -5 -3 -4 3 0 -2 0 7 -5 -4 -4 -3 -1 1 0 0 4 0 0 0 0 2 0 19 8 3 2 54 0 0 0 0 0 7 1.16 1.24 33 D -2 -2 0 3 -3 0 4 -2 0 -1 -1 0 -2 1 -2 -1 -1 -2 1 0 2 2 4 14 1 4 25 2 2 4 6 5 1 6 2 4 4 0 5 7 0.28 0.90 34 I -3 -5 -5 -5 -4 -1 -5 -5 -5 6 0 -4 2 2 -5 -3 3 -4 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 48 6 0 5 8 0 0 21 0 3 6 0.91 1.25 35 I -1 -4 -2 -4 0 -2 -4 -2 -4 5 1 0 1 1 -4 1 1 -4 -3 0 5 0 1 0 2 2 0 4 0 32 11 6 4 7 0 11 10 0 0 4 0.40 1.20 36 A 0 -2 -1 -3 -4 -1 -1 -1 -4 -5 -5 -2 -4 -5 4 5 -1 -5 -4 -4 4 2 2 0 0 3 3 5 0 0 0 2 0 0 18 58 2 0 0 0 0.98 1.24 37 T -1 -2 -3 -2 6 -3 -3 1 -4 -2 -3 -3 1 -4 -4 4 3 -4 -2 -3 4 2 0 2 17 0 0 11 0 2 2 0 4 0 0 31 21 0 2 0 0.71 1.20 38 E -3 -3 2 5 -5 -2 3 -2 1 -5 -3 0 -4 -5 2 -1 -3 -5 -3 -3 2 1 11 33 0 0 20 2 3 0 3 6 0 0 11 4 0 0 1 2 0.71 1.24 39 D -2 0 -1 2 -5 2 5 -3 2 -2 -2 0 -1 -5 -4 -1 0 -5 -4 0 2 4 2 11 0 10 36 2 6 2 3 5 2 0 0 4 5 0 0 6 0.55 1.23 40 V 1 -3 0 -3 -4 -2 -4 -2 -2 0 -2 -2 -1 -3 4 -1 0 -5 -4 4 14 1 5 1 0 2 0 2 1 5 1 2 1 1 21 5 4 0 0 34 0.59 1.27 41 G -3 -5 -3 -4 -5 -4 -3 7 -5 -6 -3 -4 -5 -1 -5 -2 -4 -5 -5 -6 0 0 0 0 0 0 2 90 0 0 3 0 0 3 0 2 0 0 0 0 1.88 1.29 42 I -2 -1 -2 -1 -2 -1 -3 -5 -2 3 -1 1 -2 -3 -5 -1 2 -5 -4 4 1 4 2 3 1 3 1 0 1 19 4 11 0 1 0 3 13 0 0 34 0.54 1.29 43 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 0 -1 -6 1 8 -6 -5 -5 3 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 3 81 0 0 0 3 6 1 1.99 1.29 44 D -2 -1 0 2 -3 1 3 -4 -1 0 -2 0 -2 -3 -4 1 3 -6 -4 -1 2 4 4 10 1 5 23 0 2 7 4 5 1 1 0 12 17 0 0 3 0.39 1.29 45 V -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 6 1 -5 0 -1 -6 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 1 0 48 11 0 1 2 0 0 0 0 0 37 1.29 1.39 46 R 0 1 -1 0 -2 1 5 -4 0 -2 -5 2 -4 -1 -4 1 0 -6 -4 -2 7 8 3 3 1 4 38 1 2 3 0 11 0 3 0 8 6 0 0 2 0.57 1.39 47 S 4 -4 0 -4 -1 -3 -3 2 -5 0 1 -3 1 -4 -3 1 -1 -5 -5 1 37 0 6 0 1 1 1 13 0 4 12 1 4 0 1 9 2 0 0 8 0.47 1.39 48 K -1 1 2 -4 -2 -1 -2 -1 3 -3 -2 4 -4 0 -4 2 1 -5 -1 -3 4 8 8 0 1 2 1 4 8 1 4 27 0 4 0 15 9 0 2 1 0.42 1.39 49 F -2 -1 1 -2 -5 -2 0 -3 -3 0 0 -3 -1 5 -5 0 0 -1 4 -2 3 4 7 3 0 1 6 2 0 6 10 1 1 29 0 7 5 1 12 3 0.50 1.39 50 L -1 0 -3 -5 -5 -3 -4 2 0 -1 2 1 6 -2 -1 -2 -2 -5 -4 -2 5 6 1 0 0 1 0 19 3 2 22 10 21 2 3 3 1 0 0 2 0.50 1.39 51 G -1 -2 1 0 -5 -4 -4 6 2 -3 -4 0 2 -5 -1 -1 -3 -6 -5 -2 3 2 5 5 0 0 0 54 5 2 2 5 5 0 4 3 1 0 0 3 0.86 1.39 52 V 0 0 0 -5 -4 -1 -3 -3 -2 4 -1 0 1 -3 -5 -2 0 0 -2 4 7 5 4 0 0 2 1 2 1 25 3 5 3 1 0 2 6 2 1 30 0.48 1.39 53 E 0 0 -1 0 -5 2 2 -4 -2 -4 -3 -1 -1 -5 4 2 1 -6 -5 -1 9 4 3 6 0 11 15 1 1 0 3 3 1 0 19 14 7 0 0 4 0.45 1.39 54 M 0 -4 1 0 -5 1 0 0 -4 0 -1 0 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 0 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.10 1.67 55 E 2 -2 -3 0 -5 -1 4 2 -4 -2 -2 -1 -4 -2 2 -1 -1 -5 -3 -3 19 1 0 5 0 2 29 13 0 2 5 3 0 2 8 3 4 0 1 2 0.43 1.32 56 K -2 1 0 0 -5 0 0 0 2 -2 -4 3 -4 -3 -2 2 3 -5 -3 -3 2 7 5 4 0 4 6 7 6 3 1 17 0 1 2 17 16 0 1 1 0.34 1.33 57 V 2 -4 -3 -2 1 -1 1 -3 -2 1 -1 -4 3 2 -5 0 0 -5 -2 2 19 0 1 2 3 2 10 1 1 7 4 0 8 8 0 8 7 0 1 18 0.30 1.33 58 Q -3 0 0 4 -5 4 3 -4 -2 -4 -3 0 -1 -6 -2 0 1 -1 -5 -3 1 5 5 21 0 19 22 0 1 1 2 5 2 0 1 5 8 1 0 2 0.61 1.33 59 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 3 5 -5 2 0 -6 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 49 0 3 3 0 0 0 0 0 28 1.09 1.33 60 N -2 3 0 2 -2 0 1 -4 4 -3 -3 3 -4 -5 2 0 1 -6 -2 -2 2 15 4 11 1 3 8 0 10 1 2 15 0 0 9 5 9 0 1 3 0.43 1.33 61 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 2 3 -4 4 2 -5 -4 -3 5 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 32 0 14 9 0 0 0 7 10 14 0.68 0.67 62 Q 0 -2 1 4 -4 4 3 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 7 0 7 22 0 27 18 0 0 0 0 0 0 0 0 7 11 0 0 0 0.65 0.67 63 D -3 -2 0 6 -5 0 2 -2 2 -4 -1 1 -4 -4 -3 -1 -3 -5 -1 -4 0 0 3 53 0 3 11 3 5 0 7 9 0 0 0 4 0 0 3 0 0.81 0.72 64 L -1 -4 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 1 5 -4 2 1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 7 0 0 0 4 0 0 0 0 6 74 0 5 4 0 0 0 0 0 0 0.92 0.72 65 L -3 -4 -5 0 -3 -4 -4 -5 -5 0 6 -4 0 1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 88 0 0 5 0 0 0 0 0 0 1.13 0.79 66 Q 0 0 1 0 -5 5 4 0 0 -5 -4 0 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 10 3 6 3 0 31 28 7 2 0 0 5 0 0 0 4 2 0 0 0 0.65 0.79 67 M 3 0 -3 -2 -1 -1 0 -3 -3 -2 2 0 4 -1 -4 -1 -1 -4 -1 -2 29 5 0 2 1 2 5 0 0 0 27 7 13 1 0 3 2 0 2 0 0.37 0.79 68 Q -2 0 -1 -1 -5 7 0 -4 0 -4 -1 0 -2 -5 -2 -1 -3 -4 -3 -4 1 2 1 2 0 73 3 0 2 0 8 3 0 0 1 4 0 0 0 0 1.19 0.83 69 Y -2 -2 -2 -4 -1 3 -2 -3 0 -4 -3 0 -3 5 -5 0 -3 1 6 -4 3 1 1 0 1 13 2 2 2 0 0 5 0 28 0 9 0 1 32 0 0.87 0.94 70 E -1 -1 4 2 -1 0 5 -4 -1 -2 -3 0 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -1 -2 4 2 19 9 2 3 45 0 1 2 2 3 0 0 0 2 0 0 2 4 0.72 0.94 71 G -1 -3 5 0 -5 -1 -1 5 2 -6 -6 -1 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -5 3 0 29 3 0 2 4 43 6 0 0 4 0 0 0 5 1 0 0 0 0.93 0.96 72 V -2 2 1 -3 -2 1 1 -4 4 1 -3 2 0 -4 -4 -1 0 -5 -1 3 2 11 7 0 1 6 10 0 11 7 0 11 2 0 0 4 5 0 2 21 0.33 0.96 73 A 2 -1 0 -1 -4 4 1 -4 1 -3 -2 0 -2 -5 3 0 1 -5 -4 -2 16 3 5 3 0 22 7 0 4 1 3 6 1 0 13 7 8 0 0 2 0.43 1.06 74 V -1 -2 -2 -4 -1 -1 0 -4 0 0 -1 -1 -2 3 -4 2 3 -4 1 2 5 2 2 0 1 3 7 1 2 6 6 3 1 12 0 14 17 0 4 16 0.26 1.06 75 M -4 -3 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -4 2 4 -4 7 1 -5 -4 -2 -3 2 1 0 1 0 0 1 0 0 0 0 10 34 0 31 4 0 0 2 0 7 9 0.92 1.07 76 K -2 -2 2 4 -5 -1 1 -3 -2 -3 -4 3 -2 -5 0 0 2 -6 -4 -2 2 0 10 24 0 1 10 1 1 1 1 19 1 0 5 7 15 0 0 2 0.53 1.07 77 M -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 2 4 -4 5 0 -5 -1 -3 -4 -2 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 10 48 0 18 3 0 4 0 0 1 13 0.86 1.04 78 F -2 -3 -1 -2 1 -3 -3 -2 -3 0 0 -3 -1 7 -4 -3 -3 -2 1 -1 2 1 4 3 3 1 1 4 0 6 9 2 1 55 1 2 1 0 2 3 0.90 0.90 79 D -2 -3 1 5 -6 -2 4 2 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 2 0 7 36 0 0 35 14 0 0 0 3 0 0 0 4 0 0 0 0 1.00 1.06 80 K -2 1 -1 0 -5 1 -2 5 -3 -5 -2 3 -1 -4 -4 -1 -2 -4 2 -3 2 8 2 4 0 5 1 41 0 0 4 17 2 0 0 4 1 0 8 1 0.62 1.08 81 V 4 -4 -5 -5 2 -4 -4 -4 -5 1 0 -3 4 -3 -4 -3 -3 -5 -4 4 36 0 0 0 5 0 0 0 0 7 7 1 14 0 0 0 0 0 0 29 0.75 1.06 82 K -2 2 -1 -3 -3 1 1 -4 -3 -4 -3 5 -1 -5 -4 -1 2 -5 -4 0 2 8 3 0 1 6 9 0 0 0 2 44 1 0 0 2 14 0 0 8 0.67 1.06 83 V -2 -5 -5 -6 0 -5 -5 -5 -5 1 4 -5 2 4 -5 -4 -3 -3 -2 3 2 0 0 0 2 0 0 0 0 6 37 0 5 20 0 0 0 0 0 27 0.83 1.04 84 N -3 -2 7 4 -1 -2 -2 -2 2 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -2 -6 -4 -5 2 1 62 20 1 0 0 1 5 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.32 1.02 85 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -5 1 1 -4 -1 -1 -5 -2 1 -5 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 1 0 4 12 0 0 2 0 2 8 0 0 69 1.01 1.03 86 N -2 -2 7 0 -5 0 0 -2 -2 -5 -5 0 -4 -5 1 0 0 -6 -4 -3 2 1 62 3 0 5 4 1 0 0 0 5 0 0 6 6 4 0 0 1 1.11 1.04 87 L -3 -2 1 -4 -2 -3 -1 -3 -1 -1 4 2 5 -1 -2 -3 -3 -4 -3 -2 1 1 7 0 1 0 5 2 1 1 44 15 15 1 2 1 1 0 0 2 0.57 1.07 88 L -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 0 5 -5 1 4 -5 -3 2 -4 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 2 57 0 3 16 0 1 14 0 0 3 0.84 1.05 89 I -2 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 6 4 -5 2 -2 -5 -4 -3 -5 -4 2 2 0 0 0 1 0 0 0 0 45 38 0 5 0 0 0 0 0 0 8 1.04 1.03 90 Y 1 -2 -1 -1 -5 2 -3 -1 7 -4 -4 -3 -3 4 -4 -3 -3 1 4 -4 16 1 3 4 0 9 0 3 30 0 0 0 0 16 0 0 1 2 14 0 0.85 1.03 91 L -4 -4 -5 -5 -4 3 -3 -6 -1 -1 5 -4 2 2 -5 -4 -2 -3 1 -1 0 0 0 0 0 13 1 0 1 0 62 0 3 10 0 0 1 0 6 2 0.87 1.00 92 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 4 -5 2 -1 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 39 0 4 1 0 0 0 0 0 6 1.13 1.00 93 N -4 -3 7 -2 -5 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -1 2 4 -5 -2 -2 -4 1 -4 0 0 62 0 0 0 0 1 0 0 0 3 6 20 0 0 2 0 6 0 1.24 0.99 94 K -3 4 -2 -3 -5 1 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 18 0 0 0 4 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.95 K Lambda Standard Ungapped 0.1397 0.3220 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1907 0.3171 PSI Gapped 0.0584 0.2670