Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -3 2 -3 -3 -6 2 2 -4 -4 -6 -6 5 -5 -6 -4 4 -3 -6 -5 -5 0 10 0 0 0 8 10 0 0 0 0 39 0 0 0 33 0 0 0 0 1.04 1.54 2 V -5 -6 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -7 7 3 -6 2 0 -6 -6 -3 -6 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 20 0 4 3 0 0 1 0 0 17 1.33 1.69 3 T -3 -4 1 5 -3 -3 -2 -3 -3 -5 -6 -3 -4 -6 -3 4 5 -7 -6 -5 0 1 7 30 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 26 32 0 0 0 1.05 1.74 4 R 0 3 -2 0 -4 0 1 -4 0 -1 -1 4 -3 -5 0 -1 -1 -6 -4 -2 8 14 2 6 0 3 10 1 2 4 6 26 0 0 6 3 5 0 0 3 0.39 1.75 5 E 0 -3 0 3 -6 1 5 -4 -2 -4 -5 2 -4 -7 -4 0 -2 -7 -6 -4 8 1 4 17 0 6 42 1 1 1 1 11 0 0 1 5 2 0 0 1 0.86 1.74 6 E -3 -3 -2 4 -6 2 4 -5 -3 -3 0 -1 0 -3 -5 -3 3 -4 -1 -2 1 1 1 24 0 8 25 0 0 1 10 3 2 1 0 1 16 0 2 4 0.63 1.75 7 V -2 -6 -6 -7 -4 -6 -6 -7 -6 4 2 -6 1 -1 -6 -5 -2 -2 -3 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 19 17 0 3 2 0 0 1 1 1 53 1.17 1.73 8 E 1 3 0 1 -4 1 3 -4 -1 -4 -1 4 -3 -4 -3 -2 -2 -6 -3 -3 11 12 4 7 0 6 20 1 2 1 6 22 1 1 1 3 2 0 1 1 0.47 1.78 9 H -2 3 0 -1 -6 0 -1 -4 7 -5 -4 4 -3 -4 -5 -2 -2 -2 2 -5 3 15 4 3 0 4 4 1 26 1 1 26 1 0 0 2 3 1 6 1 0.90 1.75 10 I -3 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -7 -6 5 3 -6 0 -2 -6 -4 -2 -5 -1 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 30 30 0 1 1 0 1 2 0 3 28 1.03 1.72 11 A 6 -5 -5 -4 -1 -2 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -4 -4 0 -3 -6 -3 -3 71 0 0 1 1 2 9 3 0 1 3 1 0 1 0 4 1 0 1 1 1.15 1.77 12 N -2 3 2 0 -6 1 0 -3 6 -3 -2 3 -2 -3 -5 -1 -2 -1 0 -4 3 14 8 4 0 5 7 2 17 2 5 19 1 1 0 4 2 1 3 1 0.53 1.79 13 L -4 -4 -4 -3 -5 -3 -4 -7 -4 -1 6 -3 0 -2 -6 -4 -3 -5 -2 -2 1 1 1 2 0 1 1 0 0 1 79 2 1 1 0 1 2 0 1 1 1.23 1.79 14 A 6 -5 -3 -5 -1 -4 -1 -2 -5 -3 -3 -4 -2 -3 -4 3 -2 -6 -5 -3 58 0 1 0 1 0 4 1 0 1 3 0 1 1 0 21 1 0 0 1 0.96 1.78 15 R -3 7 -2 -4 -1 -1 -3 -4 1 -5 -1 2 2 -4 -5 -3 -4 -6 -1 -5 2 55 2 1 2 2 1 1 3 0 6 11 6 1 0 1 0 0 2 0 1.08 1.79 16 L -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 4 5 -6 1 -1 -6 -6 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 59 0 2 2 0 0 0 0 0 8 1.22 1.83 17 Q 2 0 0 2 -6 -1 4 -1 0 -5 -5 1 -5 -4 -3 1 -2 -2 -3 -4 16 5 3 12 0 2 23 5 3 1 1 7 0 1 1 11 2 1 1 1 0.38 1.83 18 I -4 -6 -7 -7 -2 -6 -4 -5 -6 3 4 -6 1 4 -2 -4 -3 -1 -2 1 1 0 0 0 1 0 1 1 0 17 41 0 3 14 2 1 2 1 1 10 0.79 1.95 19 S -1 -1 1 3 -2 -2 0 -2 -2 -5 -5 -1 -5 -6 0 3 3 -6 -3 0 4 3 7 16 1 2 5 3 1 0 1 4 0 0 5 20 18 0 1 6 0.37 1.96 20 P -2 -3 1 5 -6 -1 5 -2 -2 -4 -6 -1 -6 -7 2 -1 -2 -7 -6 -4 3 1 5 28 0 2 32 2 1 1 0 3 0 0 9 4 2 0 0 1 0.82 1.97 21 E 0 -1 0 3 -2 1 5 -2 -1 -4 -4 -1 -5 -1 -4 0 -1 -2 -5 -4 9 3 4 17 1 5 32 2 1 1 2 4 0 4 1 6 3 1 0 1 0.51 1.97 22 E -2 0 -1 1 -7 2 6 -3 0 -6 -4 0 -2 -3 -5 -2 -2 -6 -5 -4 3 4 2 7 0 8 54 2 2 0 2 5 1 1 0 2 2 0 0 1 0.97 2.04 23 T 1 -1 -1 -3 -1 -2 0 -4 -2 2 2 1 0 -2 -5 -1 0 -5 -1 2 13 4 3 1 1 2 6 1 1 12 16 7 2 1 0 4 5 0 2 11 0.15 2.00 24 E 0 -1 -1 2 -5 0 4 -2 0 -2 -3 1 0 -2 0 -1 -1 1 -1 -2 9 3 3 12 0 5 22 3 2 2 3 7 3 2 5 4 3 2 2 3 0.21 2.02 25 E 0 1 0 0 1 2 1 -2 1 -2 -2 1 1 -1 -1 0 0 -5 0 -2 7 8 4 6 3 9 10 4 4 3 4 9 3 3 3 6 5 0 3 3 0.07 1.98 26 M -1 0 0 -5 3 1 -4 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 0 6 6 5 0 5 5 0 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 5 5 6 0.14 1.89 27 A 1 -1 -1 -2 1 1 -1 -2 0 0 0 0 1 -1 -2 0 2 -5 -1 0 13 4 3 3 3 7 4 3 3 5 8 6 3 3 3 6 12 0 3 6 0.04 2.13 28 N -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 29 T -3 0 -1 3 -2 5 3 -4 1 -3 -4 0 -2 -3 -5 -2 0 -1 -2 -4 1 4 3 15 1 23 21 1 3 2 1 5 1 1 0 3 5 1 1 1 0.54 1.85 30 L -3 -5 -6 -3 -1 -2 -2 -6 -5 0 5 -5 3 4 -6 -5 -4 2 -1 -1 2 0 0 2 2 2 3 0 0 5 50 0 6 15 0 0 0 2 2 3 0.80 1.74 31 E -1 -1 4 2 -1 0 2 0 0 -3 -4 0 -5 -6 -3 1 0 -6 -5 -3 4 3 19 12 1 3 14 8 2 2 1 5 0 0 1 10 5 0 0 1 0.35 1.73 32 S 0 0 0 3 -5 1 1 -1 -1 0 -3 2 -1 -3 -3 1 -2 -6 -2 0 8 5 5 14 0 6 7 5 1 5 2 11 2 1 1 10 2 0 1 7 0.12 1.72 33 I -1 -5 -1 -1 1 -1 -5 -6 1 6 0 -5 2 1 -6 -2 -1 -5 0 0 4 0 3 3 3 3 0 0 3 39 7 0 5 5 0 4 4 0 3 6 0.56 1.72 34 L -1 0 1 0 3 1 0 -1 -5 0 -1 0 2 1 -6 -1 0 4 -4 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 0.10 1.89 35 D -1 -2 1 4 -2 1 2 1 1 -4 -5 1 -3 -6 -3 0 -1 -6 -3 -4 6 2 7 23 1 6 14 11 3 1 1 8 1 0 1 5 4 0 1 1 0.38 1.83 36 F -1 -3 -1 -3 0 0 -3 -5 3 -1 0 -3 3 4 -5 0 -1 5 4 -1 5 1 3 1 2 5 1 0 7 4 7 2 6 13 0 6 4 7 15 3 0.40 1.72 37 A 1 -5 -2 -5 0 -2 -3 -3 -1 2 -1 -5 5 3 -5 -3 -2 -5 -3 4 11 0 2 0 2 2 2 2 2 10 5 0 14 13 0 2 2 0 0 25 0.50 1.64 38 K 0 -1 0 3 -5 0 4 -2 1 -3 -4 2 -1 -3 -4 0 -2 -6 -5 -3 9 3 4 13 0 4 29 3 4 2 2 10 2 2 0 6 2 0 0 2 0.40 1.64 39 Q 0 1 -1 -2 -1 4 1 -3 -1 -1 -1 2 1 -3 -1 -1 1 -5 -2 -2 9 6 2 2 1 19 7 1 2 5 6 12 3 1 2 3 8 0 1 3 0.19 1.67 40 N 1 -4 2 -4 -4 -4 -4 -4 -4 2 1 -4 4 2 -4 1 1 -4 -3 1 10 0 10 0 0 0 0 0 0 10 10 0 10 10 0 10 10 0 0 10 0.24 1.00 41 D -1 -1 3 3 -2 3 0 -1 0 -1 -2 0 -2 -2 -2 1 -2 -6 -3 -3 4 3 13 15 1 12 6 5 2 4 4 6 1 2 2 11 2 0 1 1 0.26 1.81 42 S 1 -2 0 1 -6 2 5 -2 0 -4 -4 0 -2 -6 -3 0 0 -6 -5 -3 12 2 3 6 0 8 35 3 2 1 1 6 1 0 1 8 5 0 0 2 0.51 1.80 43 A 0 -5 -5 -6 -1 -3 -4 -4 -3 3 2 -4 2 -1 -3 -3 -2 -1 0 5 7 0 0 0 1 1 1 1 1 13 17 1 4 2 2 2 1 1 3 38 0.61 1.77 44 D 2 -2 1 5 0 -1 1 -2 0 -2 -5 0 -5 -6 1 -1 -1 -6 -1 -2 14 2 6 34 2 2 7 3 2 2 0 6 0 0 6 3 3 0 2 4 0.55 1.84 45 T -1 -2 -2 -1 0 -1 0 -1 -1 0 0 -2 0 -2 -2 -1 5 -5 -1 1 5 2 2 3 2 2 5 5 2 6 10 2 2 2 2 3 34 0 2 8 0.37 1.82 46 E -1 -2 0 4 -5 1 3 -1 0 -2 -3 0 -1 -5 0 0 0 -6 -1 -2 6 2 3 23 0 6 17 5 2 2 2 5 2 0 5 8 6 0 2 4 0.36 1.83 47 G -2 -3 2 5 -1 -1 1 3 -1 -3 -4 -2 -2 -5 -1 -1 -2 1 -1 -3 3 2 8 28 1 2 10 20 2 2 2 2 1 0 3 5 3 2 2 2 0.54 1.86 48 V -2 -2 -1 -1 0 -2 -2 -3 -1 3 0 -2 0 -2 -2 -2 -1 -5 -1 5 3 2 3 4 2 2 3 2 2 13 9 2 2 2 2 3 4 0 2 39 0.49 1.94 49 E 0 -1 0 2 -6 0 4 -2 0 -2 -3 0 0 -6 3 -1 -1 -6 -1 -2 7 3 4 10 0 4 27 3 2 2 3 5 3 0 16 4 3 0 2 3 0.46 1.97 50 P 1 -2 -2 0 0 -1 1 -3 -4 -1 -2 -2 0 -1 6 -1 -2 1 0 -1 12 2 2 5 2 3 8 2 0 4 4 2 2 2 34 4 2 2 3 4 0.57 1.89 51 T -1 -3 -2 -1 0 -2 -2 -3 -2 0 2 -2 6 0 -3 -1 3 -5 -1 0 5 1 2 3 2 2 2 2 1 4 16 2 20 4 1 4 19 0 2 7 0.46 2.04 52 Y 1 -2 -1 1 -1 -1 1 -2 0 1 -3 -2 -1 0 -3 2 2 0 2 0 11 2 3 8 2 3 8 3 2 7 3 2 1 4 2 12 14 1 6 7 0.17 2.09 53 H -1 1 1 -2 -1 0 -1 -1 7 -2 -2 -3 -1 -1 -3 2 0 0 1 -3 4 8 7 2 2 5 4 4 23 3 4 1 1 3 1 14 5 1 5 2 0.49 2.09 54 V 1 -3 -2 -2 -1 -2 0 -2 -1 1 -1 -2 2 -2 4 -1 -1 -5 0 3 12 1 2 3 1 2 6 3 1 7 5 3 5 2 18 5 3 0 3 17 0.29 2.06 55 L -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 56 D -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 57 L 0 -1 0 0 1 0 1 -1 2 1 0 -1 3 -1 -1 0 -1 2 0 0 7 3 4 5 3 4 8 5 4 7 10 3 8 3 3 6 4 2 3 6 0.07 2.14 58 Q 0 -1 0 -1 1 1 2 -1 1 -1 -2 0 0 -2 0 1 1 -6 -1 1 7 4 4 3 3 5 13 5 4 4 3 6 2 2 4 10 8 0 2 9 0.09 2.16 59 N -1 -3 6 0 -1 2 -2 -2 -1 -3 0 -2 2 -3 -1 -1 1 -6 -2 -3 5 1 31 6 2 8 3 4 1 2 11 2 4 1 3 4 8 0 2 1 0.46 2.18 60 V -1 2 -1 -2 -1 -2 -2 -3 0 0 -3 1 -2 -1 3 -2 -2 -1 1 3 5 12 3 2 1 2 3 2 2 4 2 7 1 3 12 3 3 1 4 23 0.27 2.17 61 L -3 -2 -4 -6 -2 -3 -4 -4 -3 -1 4 -2 5 3 -3 -3 0 2 -1 -1 1 2 1 0 1 1 1 2 1 2 42 3 12 12 1 2 5 3 2 3 0.69 2.15 62 R -2 6 -1 -2 1 -1 -2 -2 2 -2 -3 -1 1 -1 -2 -2 -4 -6 -1 -2 3 46 3 3 3 3 3 4 4 3 3 3 3 3 3 3 0 0 3 3 0.71 2.00 63 E 0 0 0 2 -6 -1 4 -2 2 -2 -3 0 0 -1 0 -1 -1 -6 0 -2 7 5 4 12 0 3 23 3 4 3 3 6 3 3 5 5 3 0 3 3 0.23 2.06 64 D -3 -2 -1 8 -6 -4 -1 -2 0 -6 -7 -2 -6 -7 -5 -2 -2 -7 -6 -6 2 2 2 74 0 0 3 2 2 0 0 2 0 0 0 2 2 0 0 0 1.66 1.93 65 K -1 -1 0 -1 -1 1 4 -2 -2 1 -2 0 -2 -3 -5 -1 0 -1 -3 2 5 3 4 4 1 6 26 3 1 7 4 5 1 1 0 3 5 1 1 13 0.24 1.91 66 A 0 -3 -2 -2 -2 -2 0 -4 -2 1 -2 -3 -1 -3 3 0 -1 0 -3 4 8 1 2 2 1 2 5 1 1 6 4 1 1 1 15 6 4 1 1 30 0.36 1.92 67 I -1 2 -1 -1 -2 0 1 -1 0 -1 -3 2 -2 -3 -3 -1 3 -1 -2 0 6 10 3 3 1 3 11 5 2 3 3 11 1 1 1 4 19 1 1 6 0.18 1.99 68 K -2 -2 1 2 -2 -1 3 -3 -1 0 -4 0 -2 -2 4 -1 0 -6 -1 -2 4 2 6 9 1 3 19 1 2 5 2 6 1 2 18 5 5 0 2 3 0.31 2.04 69 G -2 -3 0 -2 0 -2 0 3 0 -4 -4 -2 -1 2 0 3 0 2 1 -3 3 2 4 2 2 2 5 18 2 1 1 2 2 8 5 22 6 2 5 2 0.26 2.09 70 I -3 -3 3 2 -1 -1 1 -2 -2 1 3 -3 1 0 -1 -2 -2 0 -2 -2 2 1 11 9 1 2 8 4 1 8 24 1 3 4 3 3 2 1 1 3 0.20 2.11 71 P -2 -1 1 3 2 1 0 -2 -1 -2 -4 -1 -1 -4 2 2 1 -6 -2 -3 3 4 7 15 4 6 5 3 2 3 1 4 1 1 9 13 10 0 2 2 0.23 2.12 72 Q 0 5 -1 -4 -2 3 -3 -5 1 0 -3 1 -3 -4 0 -1 0 -2 -3 0 8 31 3 1 1 11 1 1 3 5 3 8 1 1 4 4 5 1 1 6 0.48 2.13 73 E 0 -3 -1 4 -4 0 6 -3 -2 -5 -5 0 -3 -7 -3 -1 -3 -7 -4 -5 7 1 3 20 0 4 44 2 1 0 1 6 1 0 1 3 1 0 0 1 0.89 2.12 74 L 1 -2 -2 3 -4 2 4 -3 -1 -3 -2 1 -1 -6 -4 -1 -1 -3 -4 -2 12 2 2 14 0 8 25 2 1 1 4 8 1 0 1 3 3 0 1 3 0.39 2.12 75 A 2 -6 -3 -4 -2 -6 -6 -4 -4 4 2 -6 1 1 -6 -4 -2 -2 0 3 18 0 2 1 1 0 0 1 0 20 19 0 3 6 0 1 2 0 3 17 0.55 2.10 76 L -4 -3 -6 -5 -5 2 -4 -7 -4 0 5 -2 3 1 -6 -4 -2 -5 -3 -1 1 1 0 0 0 9 1 0 0 5 57 2 6 4 0 1 2 0 1 3 0.89 2.09 77 K 3 1 0 0 -3 1 1 -3 -2 -4 -3 3 -2 -3 -4 1 -2 -6 -4 -4 25 6 4 4 1 6 8 1 1 1 3 19 1 1 0 11 2 0 0 1 0.37 2.09 78 N -2 -3 7 -2 0 0 -2 -1 1 0 -2 -3 -1 -3 -4 -1 -3 -7 -4 -3 3 1 52 1 2 4 3 5 2 5 5 1 1 1 1 5 1 0 0 2 0.95 2.07 79 A 7 -4 -4 -5 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -2 -1 -5 0 -1 -6 -4 0 74 0 0 0 1 0 1 1 0 1 1 0 1 3 0 7 3 0 0 6 1.32 2.09 80 K -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -5 -5 1 -4 -7 8 -3 -3 -7 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