Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -4 0 5 -5 0 1 -4 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 5 -2 -6 -5 -5 0 0 3 33 0 4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 52 0 0 0 0 1.25 1.55 2 S 2 -4 0 5 -5 -2 2 -2 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 2 1 -7 -6 -5 19 0 4 36 0 1 12 2 0 1 0 0 0 0 0 17 7 0 0 0 0.88 1.72 3 F -3 -5 -5 -7 -6 -5 -6 -6 -5 -3 -2 -6 -3 9 0 -5 -4 -1 0 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 86 5 0 0 0 1 1 2.25 1.81 4 T -3 -1 -2 -3 -4 6 -1 -5 -2 -5 -4 -3 -3 7 -5 -2 0 -4 -1 -4 2 4 2 1 0 32 4 0 1 0 0 1 0 43 0 2 6 0 1 0 1.26 1.90 5 R -3 5 -3 -3 -4 6 0 -4 -1 -3 -3 2 -3 -5 -4 -3 -4 -3 -4 -3 1 32 1 1 0 39 4 1 1 2 3 9 1 0 0 1 1 0 0 2 1.15 1.91 6 Q -2 4 -2 -2 -4 5 2 -4 -1 -2 -2 3 -2 -5 -4 -2 -2 -3 -4 -4 3 19 2 2 0 26 14 1 1 2 4 18 1 0 0 2 2 0 0 1 0.75 1.92 7 V 2 3 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -1 -1 -2 1 -1 -4 -4 0 -1 -6 -4 4 16 15 1 1 0 2 3 1 2 2 2 9 1 0 0 6 3 0 0 34 0.55 1.94 8 L -1 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -3 2 1 -3 0 -2 -4 -3 -2 -1 -1 6 4 1 1 1 1 1 2 2 1 10 13 1 1 2 1 2 2 1 2 52 0.82 1.58 9 W -4 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -2 -3 0 -4 -3 0 -6 -4 -3 11 5 -4 1 3 1 1 1 2 2 1 1 1 10 1 1 2 0 1 1 55 15 1 2.21 1.87 10 K 0 2 1 2 -4 4 3 -3 1 -4 -4 1 -3 -5 -5 -1 0 -3 -4 -4 9 10 5 11 0 17 19 1 3 1 2 9 1 0 0 4 6 0 0 1 0.51 1.97 11 L 4 -2 -4 -4 -1 0 1 -3 -1 1 1 -3 -1 -1 -4 -2 0 -3 -1 1 36 2 1 0 1 4 8 2 1 8 11 1 1 2 0 3 6 0 2 10 0.42 1.96 12 L -2 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -7 -4 2 5 -5 2 -3 -5 -5 -2 -3 -3 3 4 0 0 0 1 0 0 0 0 8 58 0 5 1 0 0 3 0 1 17 1.04 1.95 13 K 0 4 -2 -3 2 2 -1 -4 0 -2 2 0 1 -3 -3 -1 -1 -3 -3 -3 8 25 2 2 5 10 3 1 2 2 20 5 3 1 1 5 4 0 1 1 0.42 1.94 14 V 1 1 1 0 -3 3 2 -2 0 -4 -2 3 -3 -4 -4 0 2 -3 -2 -4 11 8 6 5 0 11 12 3 2 0 5 15 1 1 0 6 12 0 1 1 0.34 1.93 15 V -4 -6 -5 -6 -2 -6 -6 -7 -4 7 -1 -6 0 -4 -4 -4 -2 -6 -5 3 1 0 1 0 1 0 0 0 1 72 4 0 2 0 1 1 2 0 0 16 1.65 1.91 16 K -2 -3 -4 -3 -6 -3 -2 -2 -3 -5 -5 -2 -4 -5 8 -3 -3 -7 -6 -5 2 2 1 1 0 1 3 3 1 0 1 2 0 0 79 2 2 0 0 1 2.18 1.96 17 F 0 1 -4 -5 0 -3 -1 -5 0 -3 -3 -1 -1 2 2 -2 -2 1 7 -2 9 8 1 0 2 1 4 0 1 1 2 3 2 9 9 3 2 2 39 3 0.87 1.96 18 G -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 7 -3 -6 -6 -4 -6 -6 -5 -2 -4 0 -6 -5 2 1 1 1 1 1 1 87 1 0 0 1 0 0 0 1 1 1 0 1 1.95 1.89 19 E -1 2 -2 -1 -1 3 4 -3 1 -4 -5 3 -1 -3 -4 0 0 -3 -2 -4 4 10 2 2 1 12 28 2 3 1 1 15 2 1 1 6 7 0 2 1 0.57 1.93 20 V -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -4 -2 0 -1 -3 -2 -3 -1 -2 6 -2 -3 3 2 2 1 1 1 2 1 1 1 4 5 1 1 1 3 2 47 1 1 23 0.86 1.92 21 I 1 3 -3 -4 1 -2 -3 -4 -2 1 -1 -2 2 -3 -5 -1 3 2 -2 2 11 17 1 1 3 1 1 1 1 9 6 2 5 1 0 4 16 2 2 17 0.40 1.90 22 S -2 -3 -1 -1 -1 -3 -3 -3 -2 -4 -5 -4 -3 -4 -2 4 6 -2 -2 -2 2 1 2 3 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 2 36 42 1 1 2 1.00 1.89 23 Y -4 -5 -3 -6 -2 -5 -5 -4 0 -3 -1 -5 -4 0 -4 -4 -3 1 9 -1 1 0 1 0 1 0 0 1 1 1 5 0 0 1 1 1 1 1 79 4 2.15 1.89 24 S 1 0 -2 -3 -2 1 -2 4 -2 -4 -3 2 -2 -4 -2 0 0 -2 -3 -4 10 5 1 1 1 6 2 35 1 1 3 13 1 1 2 8 5 1 1 1 0.51 1.93 25 H 0 0 -2 4 -2 4 4 -2 0 -2 -4 -1 -1 -3 -5 -2 -2 0 -3 -3 7 4 1 19 1 19 24 3 2 3 2 2 2 1 0 3 3 1 1 1 0.60 1.90 26 L -3 -5 -6 -6 -1 -1 -3 -6 -2 5 3 -5 1 -1 -3 -4 -3 1 -1 2 1 0 0 0 1 3 2 0 1 35 30 0 2 2 2 1 1 2 2 13 0.85 1.87 27 A 6 -2 -5 -5 1 -4 -2 -1 -5 -2 -3 -2 -4 -5 -4 0 -2 1 -1 -2 68 2 0 0 3 0 2 3 0 2 3 2 0 0 0 5 2 2 2 2 1.10 1.92 28 A 1 4 -1 -1 0 1 2 -2 0 -2 -2 2 0 -2 -5 -2 -1 1 -1 -2 12 18 3 4 2 7 13 3 2 3 4 11 3 2 0 3 4 2 2 3 0.28 2.09 29 L 0 2 -1 -1 1 1 -1 -2 1 -1 1 2 4 -1 -2 -2 -1 2 0 -2 9 10 3 3 3 6 4 4 3 4 12 10 9 3 3 3 3 3 3 3 0.15 2.14 30 A -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 31 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 32 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 33 P -1 0 -1 -1 1 -1 -1 -1 1 -2 -2 0 0 -1 6 -1 -1 2 -1 -2 4 4 3 3 3 3 4 4 3 3 4 5 2 3 32 4 3 2 3 4 0.47 2.20 34 A -1 2 1 -1 1 1 -1 1 2 -1 -2 1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 5 12 6 4 3 5 4 11 4 4 4 9 3 3 3 4 4 2 3 4 0.08 2.20 35 A 3 -1 0 -1 1 -1 -2 0 2 -2 -2 -2 0 -1 -1 2 -1 2 0 -2 23 3 4 4 3 3 3 6 4 2 4 3 3 2 4 14 3 2 4 3 0.15 2.27 36 T -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 -4 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 0.07 2.12 37 A -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 0.05 2.01 38 A 3 -1 -1 -1 1 -1 -1 -2 0 0 -2 -2 0 -1 -1 1 1 2 -1 -1 24 3 3 4 2 3 5 3 2 4 4 3 2 3 3 9 8 2 2 5 0.12 2.14 39 V 0 -4 -3 1 4 -3 0 0 -4 1 0 -4 3 2 -4 0 1 -4 -3 0 8 0 0 8 7 0 8 8 0 8 8 0 7 7 0 8 8 0 0 8 0.15 1.34 40 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 0 5 5 0.04 2.01 41 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 42 A 4 -1 -1 -5 3 -1 -2 -2 1 0 -2 -4 1 -1 -5 -1 -1 2 0 0 39 3 3 0 5 3 3 3 3 5 4 0 3 3 0 3 3 3 3 6 0.43 2.08 43 L -2 -2 2 -2 5 -5 -3 -3 -1 0 3 -2 4 -4 -6 -3 -2 -5 -1 1 3 2 10 2 12 0 2 2 2 4 28 2 11 0 0 2 2 0 2 9 0.49 2.07 44 S 1 1 2 -2 0 -2 -2 4 3 -3 -3 1 -1 -2 -5 0 -2 1 -1 -3 10 7 8 2 2 2 2 27 6 2 2 8 2 2 0 7 2 2 2 2 0.33 2.03 45 G -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 46 N -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 47 P -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 48 V -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 49 P -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 50 I -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 51 L -1 -1 1 1 1 0 0 -1 1 1 0 0 0 0 -2 -2 -1 2 0 0 6 4 8 8 2 4 5 4 4 6 10 5 3 4 3 3 4 2 3 7 0.01 2.23 52 I -2 -3 -3 -3 0 -3 -3 -3 1 4 1 -2 -1 -2 -1 -3 0 0 -1 4 3 2 2 2 2 1 2 2 3 20 13 2 1 2 3 2 5 1 2 27 0.42 2.04 53 P 0 1 1 1 3 1 -3 0 3 -4 -1 -3 -3 1 1 0 0 -5 -3 0 7 7 7 7 7 7 0 7 7 0 7 0 0 7 7 7 7 0 0 7 0.19 1.45 54 C 2 -1 -4 -1 8 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -4 1 0 -5 0 -1 6 0 -1 15 4 0 4 27 0 0 4 0 0 4 0 3 4 0 8 4 12 4 4 0.79 1.47 55 H -3 -2 -2 -3 -4 1 -2 -3 8 -3 -3 -2 -2 2 2 -2 -3 5 4 -3 1 1 1 1 0 8 1 1 42 1 1 1 0 8 10 1 1 7 14 1 0.98 0.63 56 R 0 5 -2 -2 -3 1 -1 -3 3 -3 -3 1 2 -3 -3 1 -2 -3 -2 -3 7 42 1 1 0 7 1 1 7 1 1 8 7 1 1 14 1 0 0 1 0.60 0.63 57 V -1 -3 -3 -4 1 -3 -3 -1 -4 2 1 -3 1 -2 -3 -1 0 -4 -3 5 4 1 1 1 4 1 1 4 0 10 11 1 4 0 1 4 4 0 0 49 0.54 0.71 58 V -2 -2 -4 -2 0 -2 -2 -3 -1 3 2 -2 0 -1 -2 0 -1 -4 -1 4 2 2 0 2 2 2 2 2 2 19 18 2 2 2 2 7 2 0 2 29 0.39 0.99 59 Q 0 3 3 -1 -1 -1 -2 3 0 -3 -3 0 -1 -2 2 0 -1 -4 -1 -4 6 17 14 4 1 2 2 20 2 1 2 5 2 2 10 5 3 0 2 0 0.37 1.17 60 G 3 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -3 2 -2 -1 -2 4 0 -1 -2 -2 24 4 2 1 1 2 2 4 2 2 2 12 1 3 1 28 5 1 1 2 0.39 1.34 61 D -2 -2 3 5 -2 0 -1 0 0 -1 -4 1 -2 -3 -2 2 -1 -5 -3 -3 3 2 11 28 1 5 2 8 2 4 1 8 1 1 2 13 4 0 1 1 0.44 1.42 62 L -2 -2 -2 -3 -2 -3 -4 7 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 0 -3 -3 1 2 2 1 1 1 1 73 1 1 4 3 1 2 1 1 1 1 1 2 1.31 1.53 63 D 1 2 -1 -1 -2 1 0 1 -1 -3 -3 2 -1 -2 -3 2 1 -2 -2 -2 11 10 2 3 1 5 7 12 2 1 3 10 1 2 1 17 8 1 1 2 0.23 1.59 64 V -3 -4 -4 -3 -2 -4 -4 -3 -2 3 5 -2 1 -1 0 -4 -2 -2 -3 1 2 1 1 2 1 1 1 3 1 16 49 2 3 2 4 1 3 1 1 8 0.68 1.67 65 G 0 -2 -2 -3 -1 -3 -3 5 -2 -2 -4 -3 -3 -3 -2 2 3 -1 -2 -1 6 2 1 1 1 1 1 38 1 2 1 1 1 1 2 13 18 1 2 5 0.64 1.70 66 G -2 -2 1 -2 -3 -2 -2 6 -1 -4 -3 0 -3 0 0 -1 -2 -1 -1 -4 2 2 6 2 1 2 2 53 1 1 3 6 1 4 5 4 2 1 2 1 0.81 1.70 67 Y -1 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -2 1 -3 -3 -3 -3 4 -2 -2 -3 0 8 -2 6 3 1 2 1 1 1 4 3 1 1 1 1 15 3 3 2 1 47 2 1.11 1.72 68 E 3 3 -1 -2 -2 -2 -2 2 2 -3 -4 -1 -1 1 -1 1 -1 -2 -3 -2 23 16 3 2 1 1 3 14 5 1 1 3 2 7 3 9 3 1 1 2 0.35 1.79 69 G 0 -3 -2 0 -2 -3 -2 5 0 -4 -3 -3 -3 -1 0 -2 -2 7 1 -4 6 2 2 5 1 1 3 41 2 1 3 1 1 2 6 3 2 14 5 1 0.81 1.81 70 G -2 -3 -2 -1 -3 -3 -3 6 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -1 0 -3 -2 -4 -5 3 2 2 4 0 1 1 67 2 0 1 3 1 1 3 5 2 1 1 1 1.25 1.85 71 L 0 -1 -3 -2 -3 -2 0 -3 -3 1 3 -2 -1 -1 2 -1 1 2 -2 1 8 3 1 2 1 2 6 2 1 9 25 2 1 2 9 4 8 3 1 11 0.25 1.88 72 A 1 0 0 3 -4 0 3 -1 0 -2 -4 -1 -3 -4 0 -1 0 3 -3 -2 12 4 5 18 0 4 21 4 2 2 2 4 0 1 4 3 5 3 1 3 0.37 1.92 73 V -1 4 -2 -2 -3 -1 1 -5 -3 1 1 0 2 -3 -4 -2 0 -1 -1 1 6 26 2 2 1 2 8 0 1 9 11 5 4 1 1 2 7 1 2 11 0.37 1.93 74 K -4 0 -3 -4 -4 5 -1 -4 -3 -5 -5 7 1 -6 -4 -3 -4 -6 -4 -5 1 4 0 0 0 25 2 1 0 0 0 59 3 0 0 1 0 0 0 1 1.46 1.94 75 E 0 5 -3 -2 -3 3 1 -4 -1 -1 -2 2 -2 -5 -4 -2 -2 -4 -3 -2 9 32 1 2 1 13 10 1 1 4 5 12 1 0 1 2 3 0 1 3 0.62 1.95 76 W 2 3 -2 -2 -3 2 1 -4 -1 -2 -2 1 -1 1 -4 -2 -1 6 1 -3 19 13 1 2 0 8 8 1 1 2 3 9 2 5 0 3 4 12 4 1 0.46 1.96 77 L -2 0 -5 -7 -3 -4 -5 -6 -4 0 6 -3 3 -3 -6 -5 -4 -3 -3 -2 3 5 0 0 1 0 0 0 0 5 74 2 6 1 0 1 0 0 0 1 1.27 1.95 78 L -5 -1 -7 -7 -3 -4 -6 -7 -3 1 6 -5 -1 -3 -6 -5 -4 -3 -3 -2 0 4 0 0 0 1 0 0 1 6 85 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1.56 1.95 79 A 2 3 -1 1 -4 1 4 -1 -2 -3 -3 1 -2 -5 -5 -1 -1 -3 -4 -3 15 13 3 6 0 5 29 5 1 1 3 7 1 0 0 4 4 0 0 2 0.48 1.97 80 H 2 1 -2 -2 -4 -1 0 -3 5 0 2 -1 0 0 -5 -1 -3 4 -1 -2 16 8 2 3 0 3 5 2 12 4 22 3 2 4 0 4 1 5 2 2 0.36 1.96 81 E -4 -4 -4 0 -7 -1 8 -4 -4 -7 -7 -2 -6 -7 -5 -4 -4 -7 -6 -5 0 0 0 4 0 0 94 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 2.18 1.93 82 G 1 -1 0 -4 -3 -1 -3 6 -3 -6 -6 0 -4 -6 -5 -1 -4 -6 -6 -4 10 4 4 0 1 3 1 63 0 0 0 6 0 0 0 3 0 0 0 1 1.23 1.90 83 H 2 0 -1 -4 -4 -1 -3 -2 -1 2 -3 -2 -2 -4 -5 -1 -2 -4 -3 5 16 6 3 1 0 3 2 3 1 12 1 2 0 1 0 4 1 0 1 41 0.63 1.89 84 R -1 3 1 0 -4 2 2 -4 3 -2 -2 2 -2 -4 0 -1 0 -4 -2 -1 5 17 6 6 0 7 13 0 6 3 5 10 1 0 5 4 5 0 2 4 0.31 1.84 85 L -1 -4 -5 -7 -2 -4 -5 -6 -4 2 2 -4 2 6 -3 -3 -3 -3 -1 3 5 1 0 0 1 0 0 0 0 11 20 1 4 29 1 2 1 0 2 21 0.82 1.90 86 G 1 -2 2 3 -4 -1 0 3 -1 -4 -5 0 -4 -5 -3 2 -1 -6 -3 -4 9 2 11 14 0 2 6 24 2 1 1 4 0 0 1 17 4 0 1 1 0.50 1.81 87 K -2 4 -2 0 -5 3 3 -3 -3 -6 -5 4 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -5 4 20 2 5 0 14 17 2 0 0 0 29 0 0 1 4 2 0 0 0 0.82 1.75 88 R -4 7 -3 -4 -6 4 -2 -5 -3 -6 -5 4 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -5 -6 0 54 0 0 0 18 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 1.57 1.50 K Lambda Standard Ungapped 0.1377 0.3199 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1561 0.3174 PSI Gapped 0.0478 0.2670