Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 1 2 -4 9 -1 -5 -4 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 13 0 74 2 0 0 0 0 0 5 1.86 1.28 2 F -3 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -4 -1 0 -2 -2 7 3 -3 2 1 -4 -1 0 1 0 3 1 0 1 2 1 2 5 1 2 36 13 1 16 8 0 2 5 0.78 1.44 3 S 2 -4 0 1 -3 1 2 -3 -3 0 -4 -2 -1 -4 -2 3 2 1 -2 -2 16 0 5 8 0 6 13 1 0 6 1 2 2 0 2 22 10 2 1 2 0.36 1.52 4 S 1 -2 2 0 -4 2 3 -3 -2 -5 -4 3 -3 -5 -3 1 3 -6 -5 -4 10 1 11 4 0 10 18 1 1 0 1 17 0 0 0 8 16 0 0 1 0.53 1.59 5 P 3 -4 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 0 -5 -3 -3 1 6 -1 -1 -6 -1 -1 26 0 2 2 1 1 2 1 1 5 0 1 0 6 41 4 3 0 2 4 0.97 1.64 6 D -2 -2 2 6 -6 -1 2 -3 2 -4 -4 -1 -4 -5 -2 -1 0 -6 -5 -3 4 2 8 50 0 1 11 1 5 1 1 3 0 0 2 3 5 0 0 2 0.99 1.65 7 H 0 1 -3 -1 -5 2 1 -4 4 0 -1 3 -1 -1 -4 -3 -3 -2 3 0 7 7 1 3 0 8 9 1 10 5 6 22 1 2 0 1 1 1 9 8 0.39 1.74 8 T -3 0 -3 -3 -4 1 3 -5 -1 1 -2 0 -2 -2 -4 0 4 -4 -2 2 1 5 1 1 0 7 18 0 2 9 3 5 1 2 0 6 23 0 1 15 0.44 1.74 9 L -4 -6 -6 -7 -2 -4 -6 -7 -4 4 5 -5 0 -1 -6 -5 -4 0 -2 3 0 0 0 0 1 0 0 0 1 20 51 1 1 2 0 0 0 1 1 21 1.12 1.77 10 D -4 -3 2 8 -7 -3 0 -4 -4 -6 -7 -2 -4 -7 -4 -3 -4 -7 -3 -5 0 1 8 82 0 0 3 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 1 2.02 1.80 11 A 4 -4 -3 -5 5 -4 -3 -1 -4 0 1 -5 0 -3 -5 -2 1 -6 -3 1 35 0 1 0 12 0 1 4 0 6 16 0 2 1 0 1 9 0 1 10 0.63 1.81 12 L -3 5 -3 -4 3 -1 -3 -1 -3 -1 0 1 1 -4 -5 0 2 -3 -4 -1 1 36 0 0 6 2 1 4 0 4 8 8 3 0 0 8 11 0 0 5 0.62 1.81 13 G -2 -3 -1 0 -2 -3 -3 7 -3 -7 -6 -4 -6 -5 -3 -2 -4 -3 -3 -6 1 1 3 5 1 1 1 80 1 0 0 1 0 0 1 1 1 0 1 0 1.68 1.79 14 L -1 -1 -4 -1 -3 0 1 -6 0 -2 4 -1 1 -2 -5 -2 -1 -1 0 -1 5 3 0 3 0 4 9 0 3 1 47 4 4 1 0 3 4 1 3 3 0.53 1.77 15 R 1 2 0 -2 -1 1 -2 -1 0 -2 -1 1 1 -1 1 1 -1 -3 -1 0 11 11 5 2 1 7 2 5 3 3 5 7 3 3 8 11 4 0 2 8 0.12 1.75 16 C -3 -6 -6 -6 11 -6 -7 -4 -6 -3 -4 -6 -5 -5 -4 -3 -4 -1 -5 -4 1 0 0 0 93 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 3.31 1.73 17 P -2 -5 -5 -4 -6 -3 -4 -2 -5 -5 -4 -4 -5 -6 8 -2 -4 -6 -6 -3 3 0 0 0 0 1 0 3 0 0 2 0 0 0 86 2 0 0 0 2 2.48 1.71 18 E -2 -3 -4 -4 -5 1 2 2 -1 1 1 -2 5 0 -5 -3 -3 -1 1 0 2 1 0 1 0 6 13 16 1 9 15 2 16 4 0 1 1 1 4 6 0.42 1.86 19 P -3 -5 -1 -4 -3 -5 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -4 -6 8 -3 -1 -7 -4 -4 2 0 3 1 1 0 0 1 1 1 2 0 0 0 83 1 3 0 1 1 2.33 1.86 20 V -2 -6 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -6 4 3 -5 -1 1 -6 -4 -2 -2 -2 5 3 0 0 1 0 2 1 1 0 21 26 0 1 5 0 1 2 0 1 34 0.87 1.86 21 M -3 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -4 4 4 -4 6 -2 -6 -4 -2 -3 -3 3 1 1 1 0 0 0 1 1 0 21 33 1 19 1 0 1 2 0 1 17 0.97 1.90 22 M -2 3 -1 -2 -6 1 2 -4 -2 -2 0 4 5 -3 -5 -3 -3 -2 -2 -4 3 16 3 2 0 5 13 1 1 2 9 28 14 1 0 1 1 0 1 1 0.67 1.89 23 V 2 -5 -5 -6 1 -5 -3 -4 -6 0 3 -5 0 -2 -3 -2 4 -6 -5 2 18 0 0 0 3 0 1 1 0 4 26 0 2 2 1 2 29 0 0 13 0.69 1.89 24 R 0 3 -2 -3 -6 0 -2 -3 1 -2 -2 6 -2 -2 -5 -2 -3 -6 -1 -4 7 16 2 1 0 4 1 1 4 3 3 48 1 2 0 3 1 0 2 1 0.90 1.96 25 K -2 2 1 -1 -6 2 1 -3 -2 -3 -1 5 -1 -6 -3 -2 -2 -6 -5 -2 2 12 5 3 0 8 10 2 1 1 6 40 2 0 1 2 2 0 0 2 0.72 1.96 26 T 5 0 -1 -4 1 -1 0 -2 1 -3 -2 0 -1 -3 -5 -1 0 -1 -2 -1 44 6 2 1 3 3 6 2 4 1 3 6 2 1 0 3 6 1 2 4 0.53 1.98 27 V -3 -3 -6 -6 -1 -3 -6 -6 -2 4 4 -4 5 -1 -6 -4 -2 -1 -1 1 2 1 0 0 1 1 0 0 1 21 40 1 13 2 0 1 2 1 2 10 0.88 1.96 28 R 1 3 1 2 -2 1 2 -2 -1 -4 -3 3 -1 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -3 10 13 5 11 1 5 15 4 1 1 3 19 1 0 2 5 2 0 0 2 0.41 2.00 29 N 0 0 0 2 -2 2 3 0 0 -3 -4 3 -2 -3 -2 1 0 -6 -3 -3 7 4 5 9 1 7 17 6 2 1 2 16 1 1 2 9 6 0 1 1 0.30 2.02 30 M 0 -2 -1 -2 -1 -2 -2 -1 -1 1 3 -2 6 -1 -2 -1 -1 -5 -1 0 9 2 3 3 2 2 3 5 2 7 26 2 17 2 2 4 3 0 2 6 0.37 1.91 31 Q 0 -1 2 1 0 1 1 -1 0 -2 -3 1 -1 -5 2 0 0 -5 -1 -2 9 3 9 7 2 7 10 5 2 3 3 7 2 0 12 8 6 0 2 3 0.19 1.93 32 P 0 -1 0 1 1 0 1 1 0 -1 -2 0 0 -1 2 0 0 -5 0 -1 8 3 4 7 3 4 9 11 3 3 4 7 3 3 12 7 5 0 3 4 0.11 1.97 33 G -1 -1 0 -1 1 -1 -1 5 1 -2 -3 -1 -4 -1 -1 -1 -1 -5 0 -2 4 4 5 4 3 3 4 42 3 3 3 3 0 3 3 4 3 0 3 3 0.53 1.95 34 E 0 -2 -1 3 -2 4 4 -1 -1 -4 -4 -1 -2 -2 -3 -1 0 -5 -3 -3 7 2 2 18 1 17 27 4 2 1 2 3 1 2 1 3 5 0 1 2 0.58 1.82 35 T -2 1 -3 -2 -1 1 1 -4 -2 3 0 0 -1 -2 -2 -2 1 -1 -2 3 3 7 1 2 1 6 9 1 1 14 7 5 2 2 2 3 9 1 1 24 0.29 1.84 36 L -2 -2 -5 -6 0 -2 -5 -3 -5 3 4 -3 1 0 -5 -3 -2 1 -1 2 2 2 0 0 2 2 0 2 0 14 46 2 3 3 0 2 2 2 2 14 0.71 1.72 37 L -1 1 -2 -2 0 0 4 -1 0 -1 0 0 0 -2 -5 -2 1 1 -1 1 6 7 2 2 2 3 25 5 2 4 8 6 2 1 0 2 10 2 2 10 0.25 1.71 38 I -1 -4 -5 -5 -4 0 -1 -5 2 4 0 -4 2 1 -5 -4 0 -5 -3 4 5 0 0 0 0 5 5 0 5 22 9 0 5 5 0 0 5 0 0 31 0.62 1.57 39 I -2 0 -1 -1 1 0 1 -2 1 1 1 1 1 -1 -1 -2 1 2 0 0 3 4 3 3 3 4 11 3 4 9 13 7 3 3 3 3 8 3 4 7 0.10 1.58 40 A 3 -4 -2 -2 2 -4 -2 -2 -4 -1 0 -4 0 3 -4 0 1 1 0 2 24 0 2 2 5 0 2 3 0 3 8 0 3 11 0 8 10 2 2 13 0.33 1.59 41 D -2 -1 2 5 0 -1 -1 -2 0 -2 -3 -1 0 -5 -5 0 3 -6 -1 -3 3 3 8 34 2 2 2 4 2 2 2 4 2 0 0 7 18 0 2 2 0.64 2.02 42 D -2 -2 2 6 1 -1 1 -1 1 -3 -4 -1 -1 -2 -2 -1 -2 1 -1 -3 3 2 9 42 4 2 7 4 3 2 2 3 2 2 2 4 3 2 2 2 0.73 2.03 43 P 0 -1 0 -2 0 1 1 2 1 -2 -2 0 0 -2 4 0 -1 -6 -2 -2 7 3 4 2 2 6 9 13 3 2 4 5 2 2 19 8 4 0 2 3 0.26 2.01 44 A 1 -2 -1 -1 1 0 2 3 1 -1 -3 -2 -1 -3 -1 1 0 -5 -1 -1 11 2 3 3 3 5 13 20 3 4 3 2 2 1 3 11 6 0 2 5 0.22 2.01 45 T 3 -5 -2 -3 0 -2 -3 -3 -5 -2 -3 -4 -1 1 2 4 1 -5 -4 -1 28 0 1 1 2 2 1 2 0 2 2 0 1 7 11 28 7 0 0 4 0.61 1.98 46 T -1 1 -2 -2 -1 -1 -1 -3 -2 2 1 2 1 -2 0 -2 0 -1 -2 2 6 8 2 2 1 2 4 2 1 11 11 12 3 2 5 3 7 1 1 16 0.18 2.01 47 R -1 2 0 -1 -2 2 4 -3 0 0 -3 2 -1 -4 -3 -1 0 -1 -2 -1 5 12 5 4 1 7 25 2 2 5 3 10 2 1 1 5 5 1 1 5 0.33 2.03 48 D -3 -2 5 6 -6 0 0 -3 -1 -4 -4 -4 -1 -6 -5 -1 -1 -7 -6 -4 2 2 24 48 0 4 4 1 1 1 1 0 1 0 0 4 3 0 0 1 1.22 1.96 49 I -2 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -6 5 2 -6 1 2 -6 -4 -3 -5 -1 4 2 0 0 0 1 0 0 1 0 31 17 0 4 9 0 1 1 0 2 30 0.96 1.87 50 P -1 0 -3 -3 -3 1 1 -3 -3 -2 -3 1 -2 -4 6 -1 0 -2 -3 -2 6 6 1 1 1 6 9 2 1 2 3 9 1 1 38 5 6 1 1 3 0.75 1.90 51 G 3 3 0 0 -3 0 0 -1 1 -3 -2 1 -2 -3 -3 1 -2 -6 -3 -2 25 16 4 4 1 3 7 4 3 2 4 10 1 1 1 9 2 0 1 3 0.34 1.90 52 F -2 -4 -3 -2 -5 -5 -4 -3 -2 -2 0 -4 1 5 -6 0 -3 9 3 -3 4 1 1 2 0 0 1 2 1 2 10 1 4 23 0 8 1 30 8 1 1.28 1.89 53 C 4 -4 -5 -5 8 -4 -4 -3 -5 -1 1 -5 0 -2 -5 -2 -2 -5 -5 0 34 1 0 0 30 1 1 2 0 3 13 0 2 2 0 3 2 0 0 7 1.07 1.86 54 T 0 3 0 0 -4 1 2 -2 -1 -4 -3 3 -2 -4 -3 -1 0 -3 -3 -2 8 17 4 5 0 7 14 3 1 1 2 21 1 1 1 4 5 0 1 3 0.42 1.88 55 F -1 1 1 -1 -3 3 2 -2 0 -2 -2 2 3 0 -4 1 -1 -5 -3 -3 4 6 7 3 1 14 13 3 2 2 5 11 7 5 1 11 4 0 1 2 0.28 1.90 56 M 0 0 1 -1 -3 2 1 -3 2 -3 0 0 3 -3 -5 0 3 -3 -1 -2 9 4 7 4 1 8 8 2 5 1 9 5 7 1 0 7 21 0 2 2 0.29 1.90 57 E -3 -3 0 -1 -4 -2 -2 7 -1 -6 -6 0 -4 -6 -3 -2 -4 -6 -4 -6 1 2 5 3 0 2 3 72 2 0 1 5 0 0 2 2 0 0 0 0 1.44 1.93 58 H -3 -3 3 -1 1 0 -3 -3 8 -3 -2 -2 -2 1 -6 -3 -4 1 4 -3 2 1 13 3 3 3 1 2 38 1 4 2 1 5 0 1 0 2 16 2 1.16 1.94 59 E -1 1 -1 0 -3 2 4 -3 0 -3 -4 2 -2 -5 -1 -1 2 -3 -4 -2 6 7 2 4 0 10 29 2 2 1 2 11 1 0 3 4 12 0 0 3 0.49 1.94 60 L -2 -4 -5 -6 2 -5 -5 -5 -1 2 4 -4 0 2 -3 -4 -3 0 2 3 2 1 1 0 4 0 1 1 2 12 36 1 2 7 1 1 1 1 7 22 0.71 1.88 61 V -2 -3 -3 -3 -3 -2 1 -5 -2 2 3 -2 -1 -3 -4 -2 0 -3 -3 3 3 2 1 1 0 2 10 0 1 10 32 2 1 1 1 4 5 0 0 23 0.53 1.95 62 A 1 -2 -1 1 -1 0 2 1 -1 -2 -3 0 -2 -3 -4 2 -1 0 -2 0 13 2 2 8 1 4 15 10 2 3 3 5 1 1 0 18 3 1 2 6 0.24 1.98 63 K -2 0 -2 -2 -1 3 1 -5 0 2 0 0 0 0 -4 0 1 -1 -2 2 4 4 1 3 1 12 11 0 2 11 9 5 2 4 1 6 8 1 1 14 0.21 1.99 64 E -2 1 -1 1 -4 2 5 -3 0 -2 -4 2 -3 -4 -4 0 0 -3 -3 -1 3 6 2 7 0 7 35 2 2 2 1 12 0 1 1 6 6 0 1 4 0.55 1.99 65 T -1 1 -1 1 -4 2 4 -3 0 0 -2 2 -3 -4 0 -2 1 -4 -4 0 4 6 3 7 0 8 26 2 2 5 4 11 1 1 4 3 7 0 0 6 0.36 1.98 66 D 0 0 0 3 -2 1 4 -1 0 -2 -3 0 -2 -5 -2 0 -1 -6 -4 -1 6 5 4 19 1 5 24 6 2 3 2 5 1 0 2 8 4 0 1 4 0.40 2.00 67 G 0 -3 2 3 -4 -1 2 4 -2 -5 -6 -1 -4 -5 -2 -1 -2 -6 -4 -4 7 1 9 19 0 3 12 33 1 0 0 4 0 0 2 4 2 0 1 1 0.68 2.01 68 L -1 -1 1 3 -4 -1 1 4 -1 -4 -4 0 -4 -5 -1 -1 -1 -6 -3 -4 4 4 7 15 0 2 8 36 1 1 2 5 0 0 3 4 4 0 1 1 0.57 1.98 69 P -1 -1 -1 -1 -1 -1 2 0 1 0 -2 0 -3 -1 0 -2 1 -2 2 2 4 3 2 4 1 3 16 8 4 5 4 6 1 3 4 3 8 0 7 14 0.15 2.00 70 Y -4 -3 -4 -5 -3 -2 -5 -5 2 1 0 -4 -2 5 -4 -3 -1 7 6 -1 1 2 1 1 0 2 0 0 4 7 9 1 1 20 1 2 4 13 27 4 1.05 2.01 71 R -1 4 -2 -4 -1 0 1 -4 3 1 -2 2 -3 -3 -5 0 1 -3 0 1 5 20 1 0 1 3 8 1 7 8 3 11 1 1 0 5 10 0 3 10 0.37 2.02 72 Y 0 -6 -6 -6 -4 -5 -5 -5 2 4 1 -5 -1 5 -6 -4 -3 -2 5 2 7 0 0 0 0 0 0 0 6 19 12 0 1 22 0 1 1 0 17 12 0.87 2.02 73 L -4 0 -4 -5 -4 -2 -3 -6 0 1 2 -1 -1 1 -6 -3 2 5 3 2 1 6 1 1 0 2 2 0 2 8 23 3 1 6 0 2 11 7 12 13 0.51 2.02 74 I -4 -5 -7 -7 -3 -5 -6 -6 -7 7 2 -5 0 -2 -6 -5 -4 -6 -5 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 55 15 0 2 1 0 0 0 0 0 25 1.43 2.00 75 R -3 5 -3 -4 -3 2 2 -5 -3 -4 -4 4 -3 -5 -5 -2 0 -4 -4 -3 1 36 0 0 1 10 15 0 0 1 1 23 1 0 0 2 5 0 0 2 0.99 1.99 76 K -3 4 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -4 -5 -5 7 -3 -7 -4 -3 -4 -6 -5 -4 1 19 0 0 1 0 0 0 0 1 0 76 1 0 0 0 0 0 0 1 1.80 1.97 77 G 3 -5 -4 -5 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -5 28 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.78 1.74 K Lambda Standard Ungapped 0.1414 0.3232 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1703 0.3172 PSI Gapped 0.0521 0.2670