Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -2 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 4 -3 7 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 37 0 45 0 0 0 0 0 0 14 0.90 0.53 2 R 2 3 -2 -3 -4 4 -1 -3 -3 -4 -4 3 -3 -5 -1 0 2 -5 -4 -2 24 14 0 0 0 22 0 0 0 0 0 20 0 0 2 3 14 0 0 2 0.59 0.84 3 D -2 -3 1 5 -5 2 0 -2 0 -5 -5 -1 -4 -5 1 2 1 -6 -4 -5 1 0 5 40 0 11 5 3 2 0 0 4 0 0 7 16 8 0 0 0 0.75 1.00 4 E -1 -1 1 0 -5 1 2 -4 -1 -4 -4 0 -4 -5 5 2 -1 -6 -4 -4 4 3 6 3 0 7 16 0 1 1 2 5 0 0 30 20 3 0 0 1 0.71 1.11 5 T 2 -1 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -4 -3 -2 4 -2 -5 -2 2 2 -5 -3 1 15 2 1 0 1 2 3 1 0 0 3 31 1 0 2 13 14 0 1 11 0.48 1.20 6 P 0 -3 -2 -2 -2 1 -2 -1 -4 -5 -3 0 -3 -2 7 1 -2 -5 -2 -4 8 1 1 2 1 7 2 4 0 0 3 5 0 2 51 11 2 0 1 0 1.11 1.25 7 L -3 -1 -2 -3 -1 1 -2 -5 -3 0 1 4 1 -4 3 -2 2 -5 -4 1 1 2 2 0 1 6 2 0 0 5 12 27 4 0 14 2 12 0 0 9 0.43 1.18 8 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -3 -6 -1 -2 -2 -5 -3 8 -6 -4 -4 0 6 -3 0 0 0 0 0 0 2 0 1 1 1 0 0 63 0 1 0 1 30 0 1.85 1.28 9 H 1 1 1 -1 -3 3 3 -3 3 -4 -4 1 -3 -4 -4 1 0 -5 -4 -1 11 6 6 2 0 15 22 1 6 0 0 7 0 1 0 11 6 0 0 4 0.47 1.31 10 K -1 -2 -3 -1 -2 -1 4 -3 -3 1 -1 1 -3 -4 0 -2 -1 -5 -4 4 3 1 1 2 1 2 26 2 0 8 6 10 0 0 5 1 3 0 0 29 0.47 1.29 11 G -2 -4 4 2 0 -2 -2 6 -1 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -5 -6 1 0 21 11 2 1 2 59 1 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.29 1.29 12 E -3 -3 -2 3 -6 2 6 -3 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 0 0 17 0 7 70 2 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 1.46 1.30 13 I -3 4 -1 -1 -2 -1 0 -5 -2 -1 -1 5 -1 -5 -2 -1 -1 -5 -3 -3 0 26 3 3 1 2 7 0 0 4 5 33 1 0 2 5 4 0 1 2 0.66 1.34 14 V -1 -5 -5 -6 2 -5 -5 -3 -6 2 0 -5 -2 0 -5 -4 -3 -5 -4 6 5 0 0 0 5 0 0 2 0 10 8 0 0 4 0 0 0 0 0 66 1.14 1.30 15 L -2 -3 -5 -5 -4 -3 -3 -4 -1 0 5 -1 0 1 -4 -3 -4 -4 0 0 2 1 0 0 0 1 2 1 2 2 66 4 1 5 1 2 0 0 2 6 0.86 1.29 16 C 2 -3 -4 -5 9 -4 -4 -1 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 2 20 1 0 0 52 0 0 4 0 0 1 0 0 0 0 1 2 0 0 14 1.52 1.21 17 Y -3 -1 -2 -4 -4 -2 -3 -4 0 -1 -2 0 -1 6 -3 -2 -3 -1 6 0 1 3 1 1 0 2 1 1 2 3 2 7 1 32 2 2 1 0 31 6 0.96 1.19 18 E -2 -2 -2 -1 -4 -1 3 -3 9 -4 -3 -2 -3 -1 -3 -2 -3 1 3 -4 3 1 1 2 0 2 18 1 49 1 2 1 0 2 1 3 1 2 9 1 1.28 1.14 19 P -2 -1 0 -1 1 0 -1 1 2 -2 -2 0 0 -2 4 -1 -1 -2 0 1 3 3 4 4 3 4 4 13 6 2 5 5 3 1 19 5 5 0 3 9 0.24 0.91 20 D -1 -2 0 4 -2 -1 1 0 -2 -1 0 -1 -1 -2 2 -1 -1 -2 0 -1 4 2 4 26 1 3 8 6 1 3 9 4 2 2 10 4 3 1 3 4 0.28 0.87 21 K -1 0 0 -2 -1 1 -1 -1 0 1 -1 0 0 -2 3 1 1 -2 0 -2 4 5 3 2 2 7 5 4 3 8 6 7 2 2 15 12 8 1 3 3 0.16 0.87 22 S -1 0 -1 -1 0 -1 0 0 1 -2 -1 0 0 0 0 1 2 -2 3 -2 5 5 3 3 2 2 7 7 4 2 7 5 2 3 4 13 12 1 10 3 0.11 0.75 23 K -1 0 0 0 -2 0 2 -1 0 -2 -2 3 -2 -2 -1 0 0 -2 0 -2 4 5 5 5 1 4 12 5 2 2 4 23 1 2 3 7 6 1 4 3 0.21 0.68 24 A 2 -3 0 -1 -3 -1 -1 5 -3 -2 -3 -1 0 -3 -2 -1 -1 -3 -2 -2 18 1 5 2 0 3 4 42 0 2 2 3 2 1 2 3 4 0 1 3 0.58 1.05 25 R -2 2 -1 -1 -4 -1 0 1 -1 -3 -2 2 -3 -4 5 -1 -1 -4 -3 -1 1 11 2 3 0 3 5 9 1 1 4 15 0 1 32 3 3 0 1 4 0.61 1.03 26 V -3 -1 -4 -4 0 -2 -2 -4 -4 2 3 -2 1 1 -2 -3 -1 -3 -1 3 1 3 0 1 2 2 2 1 0 12 35 2 3 5 2 1 4 0 2 22 0.50 1.06 27 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -2 -5 -4 4 4 -4 1 1 -2 -4 -1 2 -1 1 1 0 0 0 0 0 2 1 0 26 41 0 3 4 2 1 4 3 2 7 0.70 1.12 28 Y -4 -1 0 -2 1 -4 -4 -5 2 -4 -3 -4 -3 3 -1 -4 -4 4 8 -4 0 3 5 3 3 0 0 0 5 0 0 0 0 8 4 0 0 4 62 0 1.50 1.20 29 T -2 -3 -1 3 -5 -1 5 -2 -3 -2 -3 -1 -4 -2 -1 -2 0 4 -4 -2 3 0 2 19 0 2 41 2 0 3 2 3 0 2 3 2 7 5 0 3 0.68 1.17 30 S 4 -4 -3 -4 2 -3 -3 0 -4 -3 -1 -3 -3 1 1 1 0 -4 -3 0 46 0 0 0 5 0 0 6 0 0 7 0 0 6 6 10 5 0 0 6 0.57 1.11 31 K -3 1 1 -3 -4 2 1 -4 3 1 -3 1 -3 2 -4 0 1 -4 -3 0 1 8 8 0 0 8 8 1 8 8 1 8 0 8 0 8 8 0 0 8 0.20 1.23 32 V -2 -5 -6 -6 5 -5 -6 -6 -6 5 -2 -5 0 -2 -5 -4 -2 -1 -4 5 2 0 0 0 12 0 0 0 0 33 2 0 2 1 0 1 1 1 0 43 1.25 1.70 33 L -4 -3 -4 -5 -4 0 -5 -5 -5 2 5 -2 1 -3 -5 -3 0 -5 -4 2 0 1 1 0 0 4 0 1 0 13 52 2 3 0 0 1 6 0 0 14 0.84 1.66 34 N -2 1 0 4 -5 -1 2 -1 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -5 -4 4 8 5 21 0 2 13 4 1 1 2 35 1 0 1 2 1 0 0 1 0.76 1.69 35 V -1 -1 -3 -5 -1 -2 -4 -5 -2 3 0 -3 0 -1 -4 -1 1 4 -2 4 6 3 1 0 1 1 0 1 1 17 7 2 2 2 0 4 10 6 1 34 0.60 1.68 36 F 0 2 -1 3 -1 2 2 -3 1 -2 -3 1 -2 -2 -4 0 0 0 1 -2 8 11 3 15 1 8 11 1 3 3 2 10 1 2 0 5 5 1 4 3 0.24 1.64 37 E -2 -1 1 -1 -1 0 3 -2 1 2 -1 -2 0 -1 2 -2 0 0 -1 1 2 4 6 4 1 4 17 3 3 12 5 3 3 2 9 3 5 2 2 10 0.18 1.62 38 R 0 1 -2 1 -4 1 0 0 -2 -2 -2 3 -2 -1 -2 0 1 -1 -4 -1 7 9 2 8 0 7 7 9 1 2 3 16 1 3 1 6 10 1 0 5 0.19 1.62 39 R -2 1 1 3 -3 -1 2 -2 -1 -3 -3 4 -2 -5 -2 -1 1 -5 -4 -4 3 8 7 19 1 2 11 3 1 2 2 24 1 0 2 5 8 0 0 1 0.50 1.59 40 N -1 -3 3 4 -4 -1 0 2 -2 -4 -3 -1 -4 -4 3 0 0 -4 -1 -3 6 1 12 22 0 2 7 13 1 1 3 3 0 1 13 5 6 0 3 1 0.44 1.51 41 E -1 -2 -1 1 -4 1 4 0 0 -3 -1 2 -3 -4 0 -1 0 -4 -2 -2 6 2 3 8 0 5 26 7 2 2 7 11 0 1 4 5 7 0 1 3 0.31 1.48 42 H -1 -1 0 3 -1 1 1 -1 2 -2 -1 2 -2 -2 -1 1 1 -3 -1 -2 4 3 4 15 1 5 10 4 4 2 6 13 1 1 3 8 9 0 2 3 0.20 1.37 43 G -1 0 0 -2 -1 -1 -1 4 -2 -2 -1 1 -1 -2 1 -1 -1 5 -3 -2 4 6 4 3 1 3 4 29 1 2 6 10 2 2 7 5 3 7 1 3 0.36 1.35 44 L -1 3 -1 -1 -1 0 1 -1 0 -2 0 3 -1 -2 -2 0 -1 1 0 -1 5 13 3 4 2 4 8 6 2 2 8 18 1 2 2 6 4 2 3 5 0.17 1.22 45 R -1 2 0 0 -1 -1 0 -1 -1 -2 -1 4 -1 -1 -1 0 -1 -3 -2 0 4 12 5 5 1 3 5 5 1 2 6 25 1 3 3 7 4 0 1 7 0.25 1.24 46 F -1 0 -2 -2 -1 1 0 1 1 1 0 -1 -1 1 1 -2 -2 -3 0 1 4 4 2 2 1 7 7 10 3 10 9 4 1 7 8 3 3 0 3 11 0.10 1.22 47 Y -2 -2 -2 -4 -1 -2 -2 -3 2 0 -2 -2 1 2 4 -1 -1 6 1 1 2 2 2 1 1 2 2 2 6 5 4 2 3 9 22 5 3 11 5 12 0.51 1.25 48 E -1 1 -2 0 1 2 2 -2 5 -2 -2 2 0 -2 -3 1 -1 -4 0 0 4 7 1 4 3 10 12 2 14 2 4 11 2 2 1 10 3 0 3 6 0.29 1.27 49 Y -3 -4 -4 -4 1 -3 -4 -4 1 -1 -2 -4 -3 3 -4 -3 -3 5 8 -1 1 1 0 1 3 0 1 1 3 3 3 1 0 13 1 1 1 9 53 3 1.30 1.00 50 K -2 1 -2 -4 -1 -1 -3 -4 0 -1 3 1 0 4 -2 -2 -2 1 3 -2 2 10 2 1 2 3 1 1 2 2 27 10 2 17 2 2 2 2 9 2 0.37 0.99 51 I 0 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 4 1 -4 -1 2 -4 -3 -1 -4 -2 4 8 0 0 0 0 0 1 1 0 27 8 1 0 10 0 1 4 0 0 37 0.72 1.01 52 H -3 1 -2 -3 2 -2 -2 -4 9 -4 -4 -1 -3 0 -4 -1 -3 -4 1 0 1 7 0 0 4 0 0 1 62 0 1 3 0 4 0 3 0 0 3 8 1.46 1.03 53 F -2 -3 -3 -3 5 -3 -3 -3 4 2 1 -3 -2 3 -3 1 -2 -2 3 -2 1 1 1 1 13 1 1 1 13 13 14 1 0 13 1 13 1 0 13 1 0.48 0.68 54 Q -2 -1 4 2 0 2 -1 -3 1 -2 -2 1 0 -2 -1 1 -1 -4 -1 -1 3 2 19 13 2 11 2 1 3 2 5 9 2 2 2 13 3 0 2 4 0.32 1.19 55 G -1 -1 0 -1 -4 -3 -1 6 -4 -4 -4 -1 -4 -4 -1 -1 -3 -4 -4 0 4 4 4 4 0 0 4 58 0 0 1 4 0 0 4 5 1 0 0 8 0.90 1.18 56 W -3 2 -4 -4 -4 -3 -4 0 -3 0 -1 -3 -2 2 -4 -4 -3 10 3 -3 1 11 0 1 0 0 1 7 0 7 7 1 0 8 0 1 1 45 9 1 1.48 0.91 57 R 0 1 2 1 -4 2 1 1 3 -4 -4 1 -4 -4 2 1 -3 -4 -3 -4 9 9 9 9 0 9 9 9 9 0 1 9 0 0 9 9 0 0 0 1 0.36 1.12 58 P 0 1 1 0 3 1 0 -4 3 -4 -4 0 2 -4 1 0 0 -4 2 0 6 6 6 6 6 6 6 0 6 0 1 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.17 1.67 59 S 0 1 1 1 3 1 -3 0 3 -4 -4 1 -4 -4 -4 0 1 -4 2 0 8 8 7 8 7 7 0 8 7 0 1 8 0 0 0 8 8 0 7 8 0.27 1.34 60 Y -4 -4 0 -2 -4 -1 -4 0 2 -4 -2 -4 -3 2 -5 -4 -2 10 4 -4 0 0 5 2 0 3 0 7 6 0 4 0 0 6 0 0 3 48 13 0 1.69 1.05 61 D -4 -3 2 7 -5 -2 1 -3 -3 -4 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -1 0 0 10 73 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 1.48 1.06 62 R -2 4 -1 0 -5 0 5 -3 -3 -1 -4 -1 -4 -4 -4 -3 -1 -5 0 0 2 24 2 4 0 3 40 2 0 4 0 2 0 0 0 0 4 0 4 7 0.69 1.11 63 A -3 -2 -1 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -3 -3 0 -3 -1 -5 -3 -2 11 0 -1 1 2 4 0 2 1 1 0 0 1 1 8 0 1 0 1 2 66 1 5 2.24 1.11 64 V 0 -4 -5 -5 -3 0 -1 -3 -5 3 0 -4 1 -3 -5 -2 -1 -5 -4 6 6 0 0 0 0 4 4 2 0 13 4 0 3 0 0 2 3 0 0 59 0.86 1.11 65 R 1 0 -2 0 -5 -2 -1 -1 -1 -4 -2 -1 -4 -2 6 1 0 -6 -4 -1 10 5 2 6 0 1 3 4 2 0 3 4 0 2 38 9 7 0 0 5 0.69 1.19 66 A 0 -1 -2 0 -2 3 5 -3 0 -3 -3 -1 -1 -3 1 -1 -2 -5 -1 -2 9 3 1 4 1 12 41 2 2 1 3 2 1 1 8 3 2 0 3 2 0.60 1.30 67 T -2 -3 0 5 -1 -1 1 -1 0 -4 -4 0 -2 -5 -3 4 0 -6 -5 -5 1 1 3 31 1 2 10 4 3 1 1 4 1 0 1 32 4 0 0 0 0.73 1.35 68 V -3 6 -1 1 -1 -1 0 -3 2 -4 -3 0 -1 0 -5 -2 -3 -5 0 -3 1 53 2 8 2 1 5 2 5 1 2 4 1 4 0 2 1 0 4 2 0.90 1.42 69 L -3 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 1 0 -5 -5 -3 -5 -3 4 2 0 0 0 2 0 0 0 0 21 36 0 3 4 0 0 0 0 0 32 0.95 1.33 70 L -3 2 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -1 0 5 -3 3 1 -5 -4 -4 -4 1 0 2 11 1 0 0 0 0 0 1 3 56 1 8 6 0 0 0 0 5 5 0.82 1.29 71 K -1 2 -2 -2 -3 -1 2 -3 -1 -5 -5 6 -4 -5 2 -2 -3 0 -4 -4 5 9 1 2 1 1 11 2 2 0 0 50 0 0 12 2 1 1 0 1 0.89 1.31 72 D -2 -2 0 4 -3 -2 -2 -2 2 -1 -1 -3 0 2 0 -2 -3 3 5 -3 2 2 4 21 1 2 1 4 6 4 5 1 3 10 4 2 1 4 22 2 0.54 1.38 73 T -1 -3 5 -1 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -5 -3 1 5 -5 -3 0 5 1 29 2 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 10 38 0 1 6 0.85 1.43 74 E -1 -3 -1 4 -6 -1 5 -3 -2 -4 -4 -1 -5 -6 2 -1 -2 -6 -5 -3 4 0 3 20 0 2 47 1 1 1 1 3 0 0 10 4 2 0 0 2 0.91 1.43 75 E 2 -2 -1 1 -5 -1 6 -3 -2 -3 -4 0 -2 -3 -3 -1 0 -6 -5 -3 16 1 2 6 0 1 49 1 1 2 1 5 1 1 1 3 7 0 0 2 0.79 1.48 76 N -3 -2 8 -2 -5 -1 -2 -1 1 -4 -6 -2 -3 -6 -5 0 -1 -6 -3 -5 2 1 76 0 0 2 1 4 3 1 0 1 1 0 0 5 2 0 1 0 1.62 1.45 77 R -4 5 -3 -5 -1 -1 -3 -6 -1 1 3 2 1 -3 -5 -4 -2 -2 -1 0 0 32 1 0 1 3 1 0 1 6 27 13 3 1 0 0 2 1 2 7 0.68 1.45 78 Q 1 3 -1 -2 -5 4 2 -3 -2 -2 -1 2 1 -4 -4 -2 -1 -5 -3 -2 12 17 2 1 0 21 15 2 1 2 6 11 3 0 0 1 3 0 1 3 0.49 1.46 79 L -4 1 -2 -5 -2 -3 -2 -6 0 1 4 4 1 -1 -5 -4 -3 -5 -3 -1 0 8 2 0 1 0 2 0 3 6 41 26 3 3 0 0 1 0 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