Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 F -6 -6 -7 -7 -6 -6 -7 -7 -3 -4 -4 -6 -4 8 -7 -6 -6 3 7 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 0 3 32 0 2.36 1.93 2 E -1 -1 -1 3 -7 2 6 -5 -2 -6 -6 1 -3 -5 -5 0 0 -7 -4 -3 5 3 2 16 0 8 43 0 1 0 0 7 1 0 0 6 6 0 1 2 0.88 1.99 3 T -1 -2 2 -1 -4 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -1 0 -4 -2 1 6 -3 -2 -2 5 2 10 3 0 3 2 3 1 2 5 4 3 1 2 9 40 0 1 3 0.58 2.00 4 V -2 1 -3 -5 -3 1 -2 -6 4 1 -1 2 -1 0 -3 -4 -2 -5 2 4 4 7 1 0 1 5 3 0 9 7 4 14 1 3 1 1 3 0 7 28 0.48 2.02 5 N -2 2 0 -2 -4 2 0 -4 -1 -3 -3 4 -3 -6 1 -1 3 -6 -4 -2 3 9 4 2 0 8 6 1 2 1 2 25 1 0 6 5 21 0 0 3 0.52 2.01 6 P -3 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -6 4 4 -5 0 -1 3 -4 -3 -6 -3 3 2 0 0 0 0 1 1 1 0 18 40 1 2 2 12 1 1 0 1 17 0.86 2.03 7 L 0 -5 -4 -5 -2 -2 -4 -4 0 1 1 -3 0 5 -5 -4 -2 -2 6 2 10 0 1 1 1 2 1 1 2 7 13 1 2 18 0 1 2 0 25 12 0.72 2.03 8 K 0 0 0 2 -6 2 2 -3 -1 -5 -5 4 -4 -5 1 1 0 -7 -4 -4 8 5 4 10 0 7 12 2 2 1 1 25 0 0 7 10 5 0 0 1 0.48 2.03 9 V 4 0 -3 -1 -5 1 0 -2 -4 -4 -5 4 -3 -5 1 -1 -2 -3 -3 -4 34 4 1 3 0 5 5 3 0 1 1 28 1 0 6 4 2 0 1 1 0.67 2.04 10 G -2 -4 3 3 -5 -3 -1 6 -2 -7 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -3 -5 -5 2 1 13 15 0 1 4 53 1 0 1 3 0 0 1 4 1 0 0 1 1.11 2.03 11 K 0 -1 -2 2 -6 4 4 -4 -1 -4 -5 2 -2 -5 -4 -1 0 -6 -2 -3 7 2 1 12 0 20 26 1 1 1 1 11 1 0 1 4 7 0 2 2 0.64 2.03 12 E 1 -2 -3 -1 -4 0 2 -4 -2 0 -2 1 -2 -2 3 0 1 -3 -2 3 10 2 1 3 0 4 12 1 1 5 4 7 1 2 14 6 9 0 1 17 0.27 2.04 13 F -3 -4 -7 -6 -3 -4 -4 -6 -6 4 3 -5 0 2 -4 -5 -3 -5 -1 5 2 1 0 0 0 1 1 1 0 21 26 1 2 9 1 1 1 0 2 31 0.87 2.02 14 A 2 -2 -1 1 -3 -1 0 3 -2 -3 -3 0 -3 -4 -1 0 1 -2 -3 -1 17 2 3 7 1 3 6 24 1 1 2 6 1 1 3 7 9 1 1 6 0.31 2.02 15 S -2 0 0 0 -4 2 3 -4 -1 -4 -5 2 -3 -5 0 1 3 -3 -1 -3 3 4 4 6 0 10 20 1 1 1 1 11 1 0 4 9 19 0 2 2 0.46 2.00 16 E 2 -3 -4 -5 -3 0 -1 -4 -1 3 1 -2 0 -2 0 -2 -2 -1 -3 3 19 1 1 0 1 5 5 1 1 18 11 3 2 2 4 2 2 1 1 21 0.40 1.99 17 P -2 4 -1 0 -4 0 1 -4 0 -4 -4 3 -3 -5 5 0 -1 -6 -1 -4 3 18 3 4 0 4 8 1 2 1 1 19 1 1 22 6 3 0 2 1 0.62 2.01 18 V -3 -4 -6 -4 -5 -6 -5 -7 -2 3 0 -5 -1 -3 -6 -4 -3 -2 -5 7 2 1 0 1 0 0 1 0 1 15 7 1 1 1 0 1 1 1 0 68 1.40 2.00 19 W -1 -1 -1 -2 -1 -1 0 -4 0 -2 -2 1 -2 1 -3 0 0 9 3 -1 5 4 3 2 1 3 5 1 2 2 4 9 1 5 2 8 6 24 9 4 0.68 2.02 20 F -3 0 1 -1 -3 -1 -1 3 1 -4 -1 4 2 0 -5 -2 -3 -5 1 -4 1 4 7 4 1 2 5 19 3 1 7 27 6 4 0 2 1 0 6 1 0.47 2.02 21 G -1 -4 -3 -3 -3 -4 -5 7 -3 -5 -5 -4 -3 -6 -5 -1 -4 -2 -4 -5 5 1 1 1 1 1 0 79 1 1 1 1 1 0 0 5 1 1 1 1 1.69 2.01 22 D 0 -1 -1 2 -3 1 3 -4 -3 -2 -3 3 -1 -4 -3 0 1 -3 -4 0 9 3 3 12 1 6 17 1 1 2 2 18 2 1 1 6 8 0 1 7 0.35 2.05 23 S 1 0 -1 -1 -1 3 3 -2 -1 -3 -4 3 -2 -4 -1 1 0 -2 -3 -1 9 4 3 4 1 11 16 3 1 2 2 18 1 1 3 8 6 1 1 4 0.32 2.05 24 D -1 -1 2 4 -6 0 2 -1 0 -4 -2 2 -3 -4 0 0 -1 -2 -4 -4 5 4 9 20 0 4 14 4 2 1 5 13 1 1 5 8 4 1 1 1 0.37 2.05 25 R -2 -1 1 -1 -2 2 3 -3 1 -3 -4 2 -1 -1 -4 2 3 -2 1 -2 3 3 5 2 1 7 16 1 3 2 2 10 2 2 1 12 20 1 4 3 0.35 2.04 26 A -1 -6 -4 -4 -2 -6 -4 -4 -6 2 1 -6 -1 0 -6 -4 -2 -1 -2 6 4 0 1 1 1 0 1 1 0 10 12 0 1 3 0 1 2 1 1 59 1.08 2.02 27 S 0 -1 1 1 -2 1 0 0 -2 -3 -4 3 -1 -3 3 1 0 -2 -3 -2 8 4 6 8 1 5 5 8 1 1 1 18 1 1 13 10 5 1 1 3 0.29 2.01 28 L 0 -6 -6 -6 1 -3 -4 -3 -6 2 4 -5 0 -1 -2 -4 -2 -1 -1 3 9 0 0 0 3 1 1 3 0 10 36 0 2 3 2 1 2 1 2 20 0.58 2.00 29 G 0 -1 -2 -4 -2 -1 -1 4 -2 -1 -2 0 -1 -1 -3 -1 0 -5 1 3 7 4 2 1 1 3 4 25 1 4 3 5 1 2 1 4 6 0 5 17 0.26 1.99 30 V 2 -2 -2 -5 0 -2 -2 -1 -1 0 0 -2 0 1 2 0 1 -5 0 2 15 3 2 0 2 2 2 4 2 6 8 2 2 5 9 7 10 0 4 12 0.11 2.08 31 D 2 -1 0 1 -5 0 1 0 0 -2 -2 1 0 -1 0 -1 0 -6 -1 -2 15 3 5 7 0 5 8 6 3 3 5 8 3 3 6 5 6 0 3 3 0.05 2.09 32 K -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 33 D 0 -4 1 6 -4 -2 0 -2 -5 -5 -5 -2 -6 -5 3 1 -1 -7 -5 -4 9 1 6 37 0 2 6 4 0 0 1 2 0 1 15 8 4 0 0 1 0.77 2.24 34 V -1 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -4 3 2 -4 0 3 -4 -3 -1 -3 0 4 4 1 1 0 0 2 1 2 0 16 19 1 2 10 1 2 3 0 3 25 0.53 2.24 35 Y -1 -1 0 -2 -3 -2 -1 -2 -1 -2 -2 -1 -1 0 -3 3 1 2 4 0 5 4 4 3 1 2 4 3 2 2 3 4 1 3 2 20 9 2 14 8 0.24 2.22 36 L -1 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -3 4 2 -4 2 1 -5 -4 -1 -1 0 4 6 1 0 1 1 0 1 1 1 17 20 1 5 6 1 1 3 1 3 28 0.61 2.22 37 T -1 -5 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -4 0 3 -4 1 -1 0 0 5 -1 -2 1 4 0 1 1 1 0 1 1 0 4 23 1 3 2 4 6 30 1 2 9 0.50 2.20 38 I -3 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -3 3 3 -4 2 -1 -6 -4 0 -1 -2 4 2 1 1 1 0 1 2 1 1 16 29 1 5 2 0 1 5 1 2 28 0.72 2.15 39 P -2 -1 -2 -2 -3 -1 -1 -4 -1 -3 -2 2 -4 -4 7 -1 -1 -6 -4 -4 3 3 2 2 1 3 4 1 2 2 4 14 0 1 49 5 3 0 1 1 1.11 2.12 40 R -1 4 0 -2 -4 -1 -1 -3 0 -2 -3 5 -3 -4 -2 -2 -2 -6 -3 -1 4 21 4 2 0 1 3 2 3 2 2 37 1 1 2 3 3 0 1 5 0.69 2.22 41 G -1 -1 1 0 -3 -2 0 6 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -4 -1 -1 -6 -3 -4 4 3 7 6 1 2 5 52 1 1 2 2 1 1 1 4 4 0 1 1 0.84 2.22 42 R 0 1 0 1 -3 3 3 -1 -1 -3 -4 1 -1 -3 -3 1 -1 1 -3 -3 8 6 3 7 1 13 19 4 1 2 2 8 1 1 1 8 4 2 1 2 0.27 2.23 43 M 1 0 0 0 -3 0 1 0 0 -2 -2 1 0 -1 -2 1 0 -2 1 -2 11 5 5 5 1 5 8 8 2 2 5 9 2 3 2 9 6 1 5 3 0.05 2.21 44 K 0 -1 1 3 -3 0 1 0 -1 -2 -4 3 -2 -4 0 0 -1 -2 -3 -3 9 3 7 13 1 4 10 8 1 2 2 16 1 1 5 8 3 1 1 2 0.22 2.22 45 D -2 1 3 3 -3 2 2 -2 -1 -4 -4 3 -3 -4 -3 0 -2 -2 -3 -3 3 8 14 17 1 7 10 4 1 1 2 15 1 1 2 6 3 1 1 2 0.40 2.20 46 L -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -5 4 3 -3 2 -1 -3 -2 -1 -2 1 2 4 1 2 2 1 2 2 2 0 19 26 2 4 3 2 3 3 1 5 14 0.40 2.19 47 K -3 0 -1 -1 -6 2 2 -4 0 0 -3 4 -2 -3 -2 0 1 -1 -2 0 2 5 3 3 0 9 10 1 2 6 2 25 1 1 2 6 9 1 1 7 0.34 2.21 48 A 2 -1 -3 -3 -2 0 -1 -3 -2 0 -3 0 1 -1 1 -1 2 -1 0 1 19 4 1 1 1 3 3 2 1 6 2 7 4 3 6 5 13 1 3 11 0.18 2.19 49 S -2 2 0 -1 -6 2 3 -2 0 -2 -3 3 -2 -3 -2 1 2 -1 -3 -1 3 9 4 3 0 8 16 3 2 2 3 14 1 1 2 9 12 1 1 5 0.27 2.18 50 Y -2 -1 -3 -3 -1 -2 -1 -4 -1 3 1 -2 2 2 0 -2 -1 1 2 3 4 3 1 1 1 2 4 1 1 17 12 3 4 7 5 2 4 2 7 17 0.27 2.19 51 V -2 -1 0 1 0 1 1 -3 0 1 -2 0 0 0 -2 -1 1 -6 -1 3 3 3 4 6 2 7 10 2 2 8 4 6 2 4 2 4 9 0 2 20 0.20 2.20 52 L -2 -1 -1 -1 1 0 0 -2 1 1 2 -1 1 0 -2 -1 -1 3 2 1 3 3 3 3 2 4 7 3 3 7 16 4 4 4 3 4 4 3 6 8 0.06 2.20 53 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 54 S -1 -1 1 0 -2 1 2 -3 -1 -3 -2 2 -2 -3 3 0 0 0 -1 -2 6 2 6 4 1 7 14 2 1 2 3 13 1 1 15 6 5 1 2 3 0.25 1.86 55 S -2 -2 1 2 -5 1 1 0 -2 -2 -4 2 -5 -3 3 0 0 -1 -2 -2 3 2 7 9 0 6 8 7 1 2 2 14 0 1 15 7 5 1 2 4 0.25 1.90 56 E -2 -1 -1 1 -2 0 2 -1 -1 -1 -3 1 -2 -1 3 0 -1 -1 -1 -1 3 3 3 9 1 4 14 6 2 4 2 7 1 3 14 8 3 1 2 5 0.16 1.71 57 L -1 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 3 4 -2 0 -1 -2 -3 -2 2 -1 2 5 3 2 2 0 2 2 0 1 15 35 3 2 2 2 2 2 3 2 13 0.41 1.69 58 H -2 0 0 -1 -1 0 3 -3 -1 -1 -2 3 -1 -2 -1 0 1 0 -1 -1 3 4 3 3 2 4 16 2 2 4 5 19 2 2 3 7 9 2 2 4 0.18 1.64 59 A 3 -3 0 2 -4 0 -3 0 -4 -1 -2 1 0 -1 0 0 0 2 0 -1 28 0 4 10 0 4 0 6 0 3 4 8 3 3 5 5 5 3 3 3 0.21 1.29 60 P 0 -3 -3 -3 -4 -3 1 0 3 -4 -5 0 -4 -5 6 1 1 -5 -4 -4 7 0 0 1 0 0 8 7 7 0 1 6 0 0 39 11 10 0 0 1 0.86 1.26 61 L -2 -2 -6 -6 1 -1 -6 -7 -6 5 1 -2 1 0 -6 -5 -2 -5 0 4 3 3 0 0 3 3 0 0 0 28 12 3 3 3 0 0 3 0 3 29 0.69 1.81 62 Q 2 0 1 -2 -1 2 1 -2 0 -2 -3 3 -1 -2 -2 -1 0 0 -1 -2 15 4 6 2 2 8 10 2 2 2 2 17 2 2 2 5 5 2 2 3 0.17 1.81 63 K 1 2 -2 -2 -6 1 0 -3 -4 -2 -3 5 -1 -6 -1 -1 -2 1 -1 -2 10 9 2 2 0 6 6 2 0 3 3 33 2 0 3 3 3 2 2 3 0.39 1.81 64 N -2 -2 1 0 -6 -2 -2 6 0 -6 -6 -2 -1 -6 -5 -2 -1 -6 -2 -6 2 2 5 5 0 2 3 61 2 0 0 2 2 0 0 2 4 0 2 0 1.06 1.72 65 Q -1 -1 -2 3 -3 6 2 -4 -2 -4 -4 -1 -2 -3 -5 -1 0 -6 -1 -2 5 3 1 16 1 31 14 1 1 1 1 2 1 1 0 4 6 0 2 3 0.59 1.70 66 V 0 1 -3 -3 -3 2 1 -4 0 -1 -3 3 -1 -4 1 -1 0 -6 -3 2 7 6 1 1 1 8 10 1 2 4 2 16 1 1 8 4 5 0 1 15 0.21 1.70 67 V -1 -2 -5 -6 1 -2 -3 -6 0 4 1 -5 1 -1 -5 -4 -2 1 0 4 5 2 0 0 2 2 2 0 2 23 12 0 3 2 0 0 2 2 3 26 0.45 1.44 68 G 1 -5 -4 -5 3 -5 -5 6 -5 -5 -2 -5 -5 -6 -5 0 -4 -5 -6 -5 9 0 0 0 6 0 0 65 0 0 6 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.20 1.44 69 T -2 0 2 -1 0 0 2 -3 0 -2 -2 2 0 -2 -4 0 2 1 -1 -2 3 6 11 3 2 5 14 2 2 2 3 11 2 2 0 5 13 2 2 3 0.14 1.42 70 I 0 -3 -5 -5 0 -2 -5 -3 -5 2 3 -3 2 -1 -5 -1 -2 1 -1 2 8 2 0 0 2 2 0 2 0 13 27 2 6 2 0 6 2 2 2 16 0.33 1.49 71 N -3 1 0 -1 -2 1 2 -4 -1 2 -3 1 0 -2 -5 -1 1 0 -2 2 1 7 4 3 1 6 13 1 1 10 2 10 2 2 0 3 10 1 2 14 0.17 1.70 72 F -2 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -5 4 1 -6 0 2 -4 -4 -3 1 3 4 3 0 0 0 1 0 0 1 0 20 12 0 2 9 1 1 1 2 11 28 0.66 1.70 73 Q -3 0 -2 -3 -2 1 -2 -4 -2 0 -1 2 1 -1 -3 1 2 1 4 0 2 5 1 1 1 6 3 1 1 5 7 11 4 2 1 10 13 2 12 6 0.16 1.70 74 L -2 -1 -2 -1 1 -1 -2 -4 -1 1 3 -1 0 -1 -2 -2 -2 -1 2 1 3 4 2 4 2 3 3 1 1 6 29 4 2 2 2 3 2 1 8 11 0.18 1.77 75 D -1 -2 4 5 -6 -1 1 2 -1 -6 -5 -1 -3 -6 1 -1 -3 -7 -3 -5 4 2 17 29 0 2 8 17 2 0 1 3 1 0 7 3 1 0 1 1 0.70 1.77 76 G -3 -4 1 3 -6 -3 0 6 -5 -5 -6 -2 -6 -6 -3 -2 -3 -6 -4 -5 1 1 7 18 0 1 6 56 0 1 1 2 0 0 1 2 1 0 1 1 1.17 1.76 77 K -3 1 1 -1 -4 3 3 -3 0 -4 -2 5 0 -4 -4 -2 -1 -3 -3 -2 2 6 5 3 0 10 19 2 2 1 4 32 2 1 1 2 4 0 1 3 0.59 1.80 78 T -2 -2 0 -1 -3 0 2 -2 -3 1 1 0 -2 -1 1 -1 1 -3 -3 2 3 2 4 4 1 3 14 3 0 8 12 6 1 2 8 4 9 0 1 15 0.18 1.83 79 I -1 -3 -4 -2 -3 -2 -1 -5 -6 5 2 -3 0 -3 -2 -2 -1 -3 0 3 4 1 1 3 0 2 4 1 0 27 18 2 2 1 2 3 3 0 3 21 0.52 1.85 80 E 3 1 -1 -2 -2 1 -1 2 -1 -1 -1 1 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