Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -3 -4 4 4 -5 3 -2 3 1 -6 -6 -3 -5 -6 -4 3 -3 -6 -5 -6 0 0 19 23 0 15 0 19 3 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0.88 1.39 2 A 2 -4 -2 -1 -2 -3 0 1 -4 -4 -5 -3 -5 -6 -3 4 4 -6 -4 -3 19 0 1 4 1 0 5 11 0 1 0 1 0 0 1 27 27 0 0 1 0.70 1.70 3 M -5 -6 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -5 1 2 -6 7 7 -7 -6 -5 -4 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 20 0 31 41 0 0 0 0 0 1 1.62 1.85 4 Q -2 1 -1 -2 -5 1 1 -5 0 -2 -4 3 -3 -4 -3 0 5 -4 -4 -2 3 8 2 2 0 6 9 0 2 3 1 19 1 1 1 7 32 0 0 3 0.60 1.91 5 L -4 -6 -7 -7 -5 -6 -7 -7 -7 3 5 -6 -1 -1 -5 -6 -4 -6 -3 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 16 51 0 1 2 1 0 0 0 1 28 1.23 1.92 6 T -1 0 -2 -4 -4 -1 0 -4 -1 -1 -4 0 -2 -3 -5 3 6 1 -3 0 3 6 1 0 0 2 5 1 2 3 1 5 1 1 0 18 42 2 1 5 0.70 1.95 7 S -2 -4 -3 -4 2 -4 -4 -4 -5 -3 -5 -4 -4 -5 -3 7 -1 -6 -5 -2 1 0 0 0 3 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 85 2 0 0 3 1.62 1.96 8 Q -1 -2 0 1 -6 0 0 -4 -1 -2 -4 0 -3 -6 5 2 2 -7 -4 -4 5 2 4 9 0 4 5 1 2 2 1 5 0 0 31 13 14 0 0 1 0.68 1.97 9 A 3 -3 -1 5 -3 -2 -1 0 -3 -4 -4 -3 -3 -6 -4 2 -1 -6 -4 -2 27 1 3 31 1 1 4 8 0 1 1 1 1 0 1 13 3 0 0 3 0.70 1.96 10 F -4 -5 -7 -5 -1 -5 -6 -5 -4 4 1 -6 0 7 -5 -6 -4 -1 -1 1 1 0 0 1 2 0 0 1 0 21 12 0 2 48 1 0 1 1 1 9 1.32 1.99 11 S 2 0 -1 0 -4 0 2 0 -1 -2 -4 2 -3 -3 -1 0 2 -6 -5 -1 19 5 3 6 0 5 11 7 1 2 1 10 0 1 4 7 11 0 0 5 0.24 1.98 12 Y -1 -3 4 5 -3 -1 2 -4 3 -5 -6 -2 -4 -3 1 -1 -3 -7 -2 -6 5 1 17 35 1 3 13 1 6 1 1 1 0 1 8 4 1 0 2 0 0.86 1.98 13 G -2 -3 3 -1 -3 -1 -1 6 0 -7 -5 -2 -3 -4 -5 -2 -4 -3 -4 -6 2 1 13 4 1 3 3 64 2 0 1 2 1 1 0 2 1 0 1 0 1.31 1.98 14 R 2 -1 -2 1 -3 2 2 4 -1 -4 -5 0 -3 -5 -5 0 -1 -3 -3 -4 15 3 2 7 1 9 12 27 1 1 1 6 0 1 0 7 3 0 1 1 0.46 1.93 15 P -1 2 -2 -2 -5 1 0 -4 0 -1 0 0 0 1 3 -2 2 -1 0 0 6 10 2 2 0 5 6 1 2 3 8 6 2 5 16 3 11 1 4 8 0.24 1.99 16 I -2 -6 -6 -7 -3 -4 -6 -7 -3 6 4 -4 4 1 -6 -4 -3 0 -3 0 3 0 0 0 1 1 0 0 1 38 35 1 8 6 0 1 1 1 1 4 1.07 1.99 17 P 0 -3 -3 0 -3 -1 -2 -2 -2 -6 -4 -1 -5 -3 8 -1 -2 -6 -3 -5 9 1 1 5 1 2 3 3 1 0 1 3 0 1 59 4 3 0 1 1 1.43 1.99 18 K 1 1 -1 4 -4 0 1 -2 -2 -2 -2 1 -3 -3 0 0 -2 -2 -3 1 13 7 3 20 0 3 9 3 1 2 4 8 1 1 5 6 3 1 1 9 0.24 2.04 19 K 1 3 -2 1 -3 2 3 -3 -1 -2 -4 4 -3 -4 -3 -1 -1 -1 -3 -3 11 14 1 6 1 9 16 2 1 3 2 20 1 1 2 4 3 1 1 2 0.43 2.02 20 Y -2 -4 -1 -5 0 1 -4 -5 5 -4 -3 -4 -1 5 -5 -3 -4 0 7 -4 3 1 3 1 2 8 1 1 14 1 2 1 1 21 1 1 1 1 36 1 1.24 2.02 21 S 2 -2 -2 -4 -2 -2 -3 3 -3 -3 -3 -2 -1 -4 -4 1 5 -6 -4 0 15 2 2 1 1 1 1 24 1 1 2 2 1 1 1 8 30 0 1 6 0.62 1.98 22 C 2 -2 -2 -3 8 -1 -3 1 -1 -3 -2 0 -1 1 -4 -2 -2 -5 1 -3 15 3 2 1 33 3 1 9 2 1 3 6 1 6 1 3 2 0 6 2 0.85 1.98 23 Q 0 1 0 4 -3 0 1 1 2 -4 -4 1 -2 -1 -1 -1 -1 -2 0 -4 6 7 4 22 1 3 10 11 4 1 2 10 1 3 3 4 4 1 3 1 0.32 1.99 24 G -1 -4 -1 -1 -6 -3 -3 7 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -2 -3 -2 3 1 3 3 0 1 2 66 2 1 1 2 1 1 1 4 1 1 1 3 1.19 1.96 25 V 1 0 0 2 0 1 3 1 -1 -3 -4 1 -2 -4 0 -1 -2 -1 -3 -3 12 5 4 12 2 6 16 10 1 1 2 8 1 1 5 4 2 1 1 2 0.22 1.89 26 G -2 -3 6 4 -6 0 -1 1 -1 -3 -4 -2 -5 -3 -2 -1 -2 -6 -2 -3 2 1 36 23 0 3 3 12 2 1 2 2 0 1 2 3 2 0 1 2 0.81 1.82 27 I -2 2 -2 -3 0 -1 -1 -3 1 3 0 -1 0 0 -5 -2 2 -5 0 2 3 10 2 2 2 3 4 2 3 15 9 4 2 4 0 2 11 0 3 14 0.17 1.74 28 S -1 -1 1 -4 0 -1 -2 -2 0 -2 -1 -2 0 1 -1 5 -1 -5 -4 -2 4 4 6 0 2 2 2 2 2 2 6 2 3 7 3 40 3 0 0 2 0.39 1.66 29 P -3 -4 -4 -4 -5 0 -4 -5 -4 0 -1 -4 2 1 7 -1 0 -5 -4 -1 1 0 0 0 0 5 0 1 0 5 5 0 5 5 48 6 5 0 0 5 1.02 1.55 30 P -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.06 2.12 31 L -3 -5 -6 -3 -5 -5 -5 -6 -5 3 5 -3 0 3 -6 -5 -2 -5 -1 1 2 0 0 2 0 0 0 0 0 13 50 2 2 9 0 0 3 0 2 9 0.83 1.84 32 S 1 1 -1 -1 -1 1 2 -3 2 -2 -3 1 -2 -2 -5 2 1 -1 -1 -1 10 7 2 3 1 6 13 1 5 3 2 7 1 2 0 15 9 1 2 5 0.16 1.84 33 F -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -5 -5 3 -1 -5 -1 0 -3 -3 -5 11 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 15 5 0 2 3 2 2 0 52 2 5 1.98 1.80 34 S -2 -1 0 1 -1 0 1 -2 1 -2 -3 0 -1 -1 0 3 2 1 -1 -3 3 3 5 7 2 4 9 3 3 3 2 6 2 3 4 20 11 2 2 2 0.16 2.17 35 D 0 -1 2 1 -5 0 0 3 1 -2 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 2 -1 -2 9 3 9 9 0 4 5 20 3 3 3 4 2 3 3 4 3 2 3 3 0.15 2.09 36 V -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 37 P -2 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -4 -2 -5 -3 -2 -4 -3 7 -1 -1 -5 -3 -3 3 2 3 4 1 1 2 1 1 0 2 2 0 2 58 5 3 0 1 1 1.31 1.75 38 R 2 -2 -1 2 -2 -1 3 -2 -1 -3 -3 1 -2 -3 1 0 -1 -5 -2 -3 17 2 3 10 1 3 21 4 1 1 2 8 1 1 7 6 3 0 1 2 0.25 1.84 39 E -1 -2 1 2 -5 -1 2 4 -1 -3 -4 0 -2 -3 -1 -1 -2 0 -3 -2 5 2 7 10 0 2 13 30 2 1 2 5 1 1 3 3 2 1 1 3 0.35 1.81 40 A 2 -4 -1 -2 0 -4 -4 -2 -5 -1 -2 -2 0 -5 -1 0 5 -5 -5 0 19 0 2 2 2 0 0 3 0 3 3 3 2 0 3 4 40 0 0 6 0.58 1.69 41 K 1 2 -1 -2 0 1 -1 0 0 -2 -3 4 0 -2 -2 -1 -1 -5 -1 -1 11 8 3 2 2 5 4 6 2 2 3 24 2 2 2 4 4 0 2 5 0.19 1.73 42 S -1 -1 -1 -1 1 1 1 -2 1 -2 0 -1 0 -1 -1 3 0 -4 0 -2 4 3 3 3 3 6 8 4 3 3 8 3 3 3 3 25 4 0 4 3 0.11 1.55 43 L -3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 4 2 1 -4 3 2 -4 -3 1 6 3 1 1 0 0 0 0 0 1 1 9 10 10 1 9 9 0 1 10 9 9 10 0.43 1.01 44 V 3 -1 -3 -1 1 -1 -1 -1 2 -1 -1 -3 1 -1 -4 -1 0 -4 0 1 29 3 0 3 3 3 4 4 5 3 4 0 3 3 0 4 5 0 3 11 0.17 1.27 45 L 1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 2 1 -3 4 3 -3 -3 -3 6 -1 2 12 1 0 1 0 0 1 1 0 12 12 1 11 12 1 1 1 11 0 12 0.38 0.79 46 I -1 0 0 -5 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.11 2.01 47 V 0 -4 1 -4 3 -4 -4 0 3 0 -1 0 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 0 6 0 6 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.13 1.67 48 E -3 -2 -2 3 -1 -1 3 -5 2 -1 -3 -2 -1 2 -2 -1 0 3 3 -2 2 2 2 17 2 3 18 0 5 3 3 2 2 8 2 4 6 3 9 3 0.33 1.78 49 D -3 -2 -1 7 -6 -4 -1 -2 1 -2 -3 -4 -5 -2 -5 -2 -1 3 -5 -3 2 2 3 58 0 0 2 2 3 3 2 0 0 2 0 3 4 3 0 2 1.09 1.82 50 P -2 -1 -1 -1 -5 -2 -2 -2 0 0 -1 -1 1 -2 6 -3 -2 0 1 0 3 3 3 4 0 2 2 3 2 4 6 5 4 2 37 2 3 2 5 6 0.59 1.87 51 D -2 -1 -1 6 -6 -1 0 -2 0 -2 -5 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -6 0 -3 4 3 3 47 0 3 6 3 2 2 0 2 2 3 4 4 3 0 3 2 0.77 2.06 52 V 3 -1 0 -1 0 -2 0 2 2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 0 -2 -5 -1 -2 27 3 5 3 2 2 7 13 5 2 3 3 2 2 3 6 2 0 2 3 0.23 2.04 53 P -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 54 P -2 -1 -1 0 1 -1 -1 -2 0 -1 -1 -1 1 -1 2 0 3 2 -4 0 4 4 3 6 2 3 3 4 3 4 7 4 3 3 9 8 16 3 0 7 0.10 2.16 55 S 0 0 -1 -1 3 -1 -1 1 0 -1 -2 -1 0 0 2 -1 -2 2 -1 0 9 6 3 4 5 3 4 10 3 4 3 4 3 4 12 4 3 2 3 8 0.07 2.10 56 V 0 -1 0 0 2 -1 -1 -2 1 0 0 0 0 -1 -1 2 0 1 -1 0 9 3 4 5 4 3 4 3 3 5 8 6 2 2 3 16 5 2 2 7 0.03 1.98 57 R 0 0 1 0 -1 0 -1 4 1 -2 -1 -2 -1 -2 0 -1 -1 -4 -1 -2 7 5 6 6 2 4 5 26 3 2 6 3 2 2 5 4 4 0 2 2 0.18 1.86 58 E -1 -1 0 -1 -3 -1 -1 0 0 -2 -2 0 -1 -1 5 0 -1 0 -1 0 5 3 4 3 1 3 5 7 2 3 4 6 2 3 23 6 5 1 2 6 0.23 1.60 59 D -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.06 2.12 60 G -2 1 0 0 3 -1 -1 2 1 -2 -2 -1 2 1 -1 -2 -2 2 1 0 4 8 4 6 5 3 3 17 3 3 4 3 5 5 3 3 3 3 4 6 0.11 2.12 61 L -1 1 0 1 0 -1 -1 1 0 -1 -2 -2 0 0 1 0 2 1 0 -1 5 7 4 7 2 2 4 9 2 4 4 2 2 4 8 8 13 2 3 5 0.05 2.14 62 W -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 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