Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T -2 1 1 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 4 0 0 0 1.18 0.58 2 T 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -2 -3 -4 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 91 6 0 0 0 1.07 0.60 3 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.59 0.62 4 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -1 -5 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 2.45 0.62 5 P -2 1 -3 -3 0 -1 -2 -4 -3 -4 -4 3 -4 -5 7 -2 -3 -5 -4 -4 0 9 0 0 3 1 0 0 0 0 0 20 0 0 67 0 0 0 0 0 1.62 0.62 6 S -1 -1 4 1 -3 -2 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 4 3 -5 -3 -3 0 2 21 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 25 0 0 0 0.72 0.62 7 I -2 0 -2 -1 -3 -2 -2 -3 -3 1 -3 0 0 -4 0 0 6 -4 -3 -1 0 5 0 2 0 0 0 0 0 8 0 5 2 0 3 4 71 0 0 0 0.83 0.62 8 V 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 2 0 -3 0 0 -3 1 5 0 -3 0 10 0 1 0 0 0 0 0 0 14 9 0 2 4 0 10 46 1 0 3 0.53 0.66 9 A 5 -3 -3 -2 -2 -3 -3 2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -1 1 -1 -4 -4 -1 67 0 0 2 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 2 9 2 0 0 2 0.80 0.66 10 R -3 8 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -3 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 95 0 0 0 0 0 0 0 2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 0.66 11 S -3 -2 7 0 -4 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -1 -3 -2 -4 0 -2 -5 -1 -4 0 0 82 0 0 0 0 0 0 2 2 3 0 2 0 5 0 0 3 0 1.28 0.66 12 N -2 -4 0 -4 8 -2 -4 -4 -4 3 -2 -4 0 0 -4 -3 1 -4 -3 1 0 0 5 0 43 3 0 0 0 25 0 0 3 4 0 0 9 0 0 10 1.00 0.66 13 F -4 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 3 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 92 0 1.93 0.66 14 N -3 -2 8 1 -4 -2 -2 -2 -1 -4 -5 0 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -2 0 0 88 3 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 3 1.48 0.66 15 V 2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 0 1 -3 -1 -3 -3 1 3 -4 -3 4 17 0 0 0 0 0 0 2 0 3 11 0 0 0 0 10 25 0 0 32 0.47 0.66 16 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.65 0.66 17 R -3 8 -2 -3 1 -1 -2 -4 0 -5 -4 1 -3 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 95 0 0 4 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.66 18 L 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 1 4 -1 -1 5 -4 -2 -2 -2 -1 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 9 40 4 0 29 0 2 1 0 0 7 0.63 0.66 19 P 2 2 -3 -3 -3 -2 -3 1 -3 -2 -2 -2 -1 -1 4 -2 2 -4 -3 -1 19 13 0 0 0 0 0 11 0 2 4 0 1 4 24 0 17 0 0 5 0.47 0.66 20 G -1 -3 -2 -3 -4 -3 -3 7 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 0 0 0 0 0 0 90 0 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.65 21 T 2 -3 -2 -3 1 -3 -3 3 -3 -3 -2 -3 -3 1 -1 0 4 -4 -3 -1 19 0 0 0 3 0 0 26 0 0 4 0 0 7 2 6 29 0 0 2 0.49 0.66 22 P 1 -3 -2 -3 -3 1 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 5 4 1 -4 -1 -3 10 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 36 37 8 0 2 0 0.92 0.66 23 E -2 6 -2 -3 -4 1 1 -4 -2 0 -3 2 1 -4 -1 -1 -1 -4 -3 -3 3 57 0 0 0 3 8 0 0 7 0 10 4 0 2 2 4 0 0 0 0.81 0.66 24 A 1 -3 -2 -1 -3 0 2 1 -3 -4 -3 -2 -3 -2 5 0 0 -4 -3 -3 10 0 0 3 0 4 17 11 0 0 2 0 0 2 35 6 6 0 0 0 0.64 0.61 25 L 0 -1 -2 -1 -3 -3 -2 -4 -4 2 1 0 -1 -2 -4 0 2 -4 -3 3 7 4 2 4 0 0 2 0 0 13 15 5 0 1 0 7 15 0 0 27 0.29 0.66 26 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -1 -5 -3 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 2.56 0.66 27 A 6 -1 -3 -3 0 -2 -3 -2 -3 -1 -3 -2 -2 -4 -3 0 -1 -4 -3 -1 84 4 0 0 1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 4 1 0 0 2 0.95 0.66 28 T 1 2 2 -1 -4 -1 -2 1 -2 -2 -4 3 -3 -4 -3 2 1 -5 -4 -3 10 10 11 3 0 0 0 12 0 2 0 23 0 0 0 20 10 0 0 0 0.41 0.66 29 Y 0 0 -1 -2 -3 -3 -3 -3 -3 1 3 -2 1 1 -2 -2 1 -3 1 1 6 6 4 2 0 0 0 1 0 8 40 1 2 4 2 2 9 0 6 7 0.30 0.66 30 T 0 -3 -2 -3 8 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 4 1 -4 -4 -3 3 0 0 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 5 0 0 0 1.25 0.66 31 G -2 2 -2 0 -4 -3 -1 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -4 -5 -5 0 15 0 4 0 0 3 75 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1.24 0.66 32 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.65 0.66 33 I -2 0 -2 -3 -4 0 0 -4 -3 2 -2 6 -2 -4 -3 -2 0 -5 -3 -2 0 1 0 0 0 2 3 0 0 18 2 69 0 0 0 0 5 0 0 0 0.87 0.66 34 I -3 -4 -3 -5 -3 -4 -4 -5 3 6 2 -4 0 0 -4 -4 -1 -4 -2 1 0 0 1 0 0 0 0 0 8 67 14 0 0 4 0 0 3 0 0 3 0.90 0.66 35 I -3 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -5 5 1 -4 -1 0 -4 -2 1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 2 0 0 0 53 10 0 0 2 0 1 8 0 0 24 0.80 0.66 36 P -1 -1 1 3 -3 0 0 0 -3 -4 -4 -1 -3 -5 0 4 1 -5 -4 -4 0 2 6 19 0 3 5 6 0 0 0 2 0 0 5 43 10 0 0 0 0.57 0.66 37 G 0 -2 -2 -2 -4 -3 -3 6 -3 -4 -4 -1 -4 -4 -3 1 -2 -4 -4 -1 4 2 0 2 0 0 0 68 0 0 0 2 0 0 0 11 2 0 0 7 1.02 0.65 38 A 0 -2 2 -2 1 -2 -2 2 -3 -3 -1 0 -3 -4 0 3 3 -4 -3 -3 6 0 11 0 4 0 0 14 0 0 5 6 0 0 4 24 25 0 0 0 0.40 0.63 39 T -2 0 0 -2 1 0 -1 -2 -2 -3 -3 3 -2 -4 -2 1 4 -4 -3 -1 1 5 5 0 3 4 3 2 0 0 1 25 0 0 0 7 40 0 0 4 0.52 0.61 40 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -3 -3 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 3 0 0 4 0 0 0 0 0 2.40 0.66 41 P -2 -3 -3 -2 -5 -1 -2 -4 -4 -5 -5 0 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 0 0 0 1 0 3 0 0 0 0 0 6 0 0 88 1 0 0 0 0 2.23 0.66 42 G 0 -1 4 0 0 -2 -2 0 -2 -4 -4 0 -4 -5 4 3 0 -5 -4 -4 5 2 22 4 2 0 0 7 0 0 0 6 0 0 25 24 4 0 0 0 0.65 0.66 43 D -2 -3 1 4 -5 -3 -1 5 -3 -5 -5 -3 -4 -5 1 -1 -3 -5 -5 -5 0 0 7 31 0 0 2 49 0 0 0 0 0 0 8 2 0 0 0 0 0.98 0.64 44 Y -4 -1 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -2 -3 -2 4 -5 -4 -3 5 8 -3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 19 0 0 0 8 67 0 1.52 0.63 45 A 0 2 -1 0 -3 -2 0 -3 -3 0 -1 -1 -2 -3 2 1 4 -4 -3 -1 9 14 2 4 0 0 6 0 0 5 6 0 0 0 10 7 34 0 0 2 0.33 0.47 46 N -3 -1 4 -1 -4 -1 -1 -3 8 -4 -4 3 -3 -3 -3 -1 -2 -4 -1 -4 0 0 27 0 0 0 0 0 50 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.44 K Lambda Standard Ungapped 0.1395 0.3244 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1784 0.3170 PSI Gapped 0.0546 0.2670