Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 4 -4 2 -3 -4 -3 -3 3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 4 -2 -5 -5 -4 32 0 11 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 0.88 1.12 2 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 6 -6 -1 -1 -6 -5 -3 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 74 0 0 2 0 0 1 0 0 5 1.38 1.46 3 T -2 -1 -3 1 -3 1 5 -3 -4 -2 1 0 0 -5 -4 -1 2 -6 -4 -2 3 3 0 6 1 6 39 1 0 2 15 4 2 0 0 4 12 0 0 2 0.57 1.49 4 D 0 -1 2 5 -4 1 2 -2 -3 -5 -6 1 -3 -6 -4 2 -1 -6 -5 -5 9 3 8 32 0 5 15 3 0 0 0 8 0 0 0 14 2 0 0 0 0.69 1.51 5 L -4 -5 -6 -6 -4 -3 -6 -7 -6 5 5 -4 0 -1 -6 -5 -4 -5 -4 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 31 52 1 2 2 0 0 0 0 0 11 1.18 1.52 6 P -2 -2 -1 2 -6 -1 3 -5 -1 -6 -6 1 -5 -6 6 1 -2 -6 -5 -5 2 2 3 10 0 2 20 0 1 0 0 7 0 0 40 9 2 0 0 0 1.06 1.54 7 G -3 -5 -1 -3 -6 -3 -2 7 -2 -5 -6 -3 -4 -6 -5 -2 -4 -6 -4 -5 1 0 3 1 0 1 2 87 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.86 1.57 8 V -3 -6 -3 -6 -4 -4 -6 -6 -6 5 0 -5 3 -3 -6 -4 -3 -6 -4 5 1 0 1 0 0 1 0 0 0 33 8 0 6 1 0 1 0 0 0 49 1.25 1.57 9 G -2 -5 1 0 -6 -3 -1 7 -3 -7 -6 -3 -6 -6 -4 -1 -2 -6 -6 -5 2 0 5 5 0 0 4 74 0 0 0 1 0 0 0 4 2 0 0 0 1.48 1.60 10 P 0 3 -3 -2 -5 0 2 -2 -2 -2 -5 0 -5 -5 6 -1 -2 -6 -4 -4 9 14 1 2 0 5 12 2 1 3 1 4 0 0 40 5 1 0 0 1 0.89 1.58 11 S 3 -2 -1 -1 -5 -1 0 -2 2 -2 -3 3 -3 -4 -4 1 2 -6 -4 0 26 2 3 3 0 2 5 3 5 1 2 18 0 0 0 9 11 0 0 8 0.39 1.59 12 T -3 2 -3 1 -5 -3 -4 -5 -3 2 1 0 2 -2 -5 -2 5 -5 0 -1 2 13 0 9 0 0 0 0 1 11 11 6 5 1 0 2 33 0 4 3 0.54 1.59 13 A 6 0 -3 -5 -4 -2 -3 -2 -5 0 -2 -3 0 -4 -4 -1 -2 -6 -5 0 66 6 1 0 0 1 1 2 0 7 4 1 2 1 0 2 1 0 0 5 0.96 1.56 14 E -1 2 0 2 -4 1 4 -4 -2 -4 -5 3 -2 0 -4 -2 -2 -5 0 -4 5 12 3 13 0 5 29 1 1 1 1 16 1 5 0 2 2 0 3 1 0.59 1.57 15 K 0 4 -1 -2 -6 0 -2 -4 0 -2 -3 6 -3 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -2 7 20 2 2 0 2 1 0 2 3 3 49 0 0 0 2 3 0 0 3 0.91 1.55 16 L -5 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 6 -6 1 -1 -6 -6 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 91 0 2 1 0 0 0 0 0 1 1.65 1.55 17 V 1 4 -3 -4 -5 -1 0 -3 0 0 1 2 1 -2 -4 -2 -2 1 1 0 13 21 1 1 0 2 5 2 2 5 15 12 3 1 0 2 2 2 5 6 0.30 1.55 18 E 0 -1 0 3 -5 1 5 -3 -3 -4 -3 1 -4 -6 -3 0 -2 -6 -5 -4 10 3 4 17 0 5 40 2 0 1 2 6 0 0 1 6 2 0 0 1 0.72 1.52 19 A 5 1 1 -4 -3 -2 -2 -2 1 -4 -2 1 -2 -4 -4 0 -1 -6 -3 -3 54 8 6 0 0 1 2 2 4 1 3 7 1 1 0 6 3 0 1 1 0.74 1.57 20 G -2 -3 -1 -3 -4 -2 -3 7 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -3 -3 -4 -4 -3 1 1 2 1 0 2 1 79 2 1 1 2 0 0 1 1 1 0 0 2 1.54 1.37 21 Y -5 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -6 -2 4 -1 -4 -1 6 -5 -5 -3 -3 5 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 22 3 1 1 38 1 0 1 0 22 9 1.27 1.56 22 I -2 0 0 2 2 -1 2 1 4 -3 -3 1 -4 -2 -3 0 1 -5 0 -3 3 4 5 14 4 2 12 11 9 2 3 8 0 2 1 6 10 0 3 2 0.28 1.56 23 D -2 -3 -1 1 -4 -3 -2 -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 4 6 -6 -5 -3 1 1 2 9 0 1 1 2 0 0 0 1 0 0 0 37 46 0 0 1 1.13 1.55 24 F -2 -2 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -6 3 3 -4 0 1 -2 -4 -3 -5 0 5 2 3 0 0 1 0 0 1 0 16 28 1 2 4 3 1 1 0 3 36 0.80 1.56 25 M 0 1 -3 1 -6 1 6 -3 -4 -4 -3 1 3 -5 -3 -2 -2 0 -3 -5 7 7 1 7 0 6 48 2 0 1 2 6 7 0 1 2 1 1 1 0 0.81 1.61 26 K 2 0 -1 4 -2 -1 1 0 -1 -4 -5 1 -5 -6 -4 2 -2 -6 -3 -4 20 4 2 25 1 2 7 6 2 1 1 10 0 0 0 17 2 0 1 1 0.54 1.62 27 I -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -7 -6 5 4 -6 0 -1 -6 -5 -4 -5 -4 3 0 0 0 2 0 0 0 0 0 33 40 0 2 2 0 0 0 0 0 21 1.14 1.60 28 A 6 0 -4 -5 -4 -1 -3 -3 0 -1 -1 0 -2 -1 -4 -1 -2 -5 -2 -1 60 6 0 0 0 2 1 1 2 4 6 5 1 3 0 3 1 0 2 4 0.79 1.60 29 T 1 -1 2 0 -5 0 2 -2 0 -2 -2 -1 1 0 -2 -1 1 -5 2 1 10 3 9 6 0 3 13 2 2 1 3 3 4 4 2 4 10 0 8 11 0.19 1.60 30 A 6 -3 -4 -5 2 1 -3 -3 -3 -4 -3 -3 0 -2 -4 0 1 -2 -1 -2 62 1 0 0 4 6 1 1 1 0 2 1 2 1 0 5 8 1 2 2 0.93 1.60 31 T -2 -2 1 2 -1 -2 -1 0 -4 -5 -4 -1 -3 -6 2 4 3 -6 -5 -4 2 1 6 12 1 1 4 5 0 0 1 2 1 0 12 33 16 0 0 1 0.62 1.60 32 V 1 0 -5 -4 -5 0 0 -4 -3 0 -2 2 -1 -3 5 -3 -2 -6 -3 3 10 4 0 1 0 3 5 1 1 5 4 11 1 1 29 1 2 0 1 20 0.60 1.60 33 G 1 0 -1 3 -6 0 3 -1 0 -3 -4 3 -3 -1 -4 0 -1 -6 -3 -3 11 5 2 16 0 2 21 4 2 1 1 19 1 3 1 7 3 0 1 2 0.44 1.60 34 E -1 -2 -2 4 -3 1 5 -4 0 -3 -5 0 -1 -4 -4 -2 -1 -3 -3 -3 4 1 1 23 1 4 46 1 2 1 1 5 2 1 0 1 4 0 1 2 0.91 1.59 35 L -4 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 2 6 -3 1 -1 -6 -6 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 78 2 2 2 0 0 0 0 0 5 1.42 1.60 36 T 4 -2 -3 -4 1 -2 -1 -3 -2 0 -1 -1 3 -3 -4 2 1 -5 -3 1 32 2 1 0 3 2 4 1 1 4 6 4 9 1 0 16 7 0 1 8 0.44 1.58 37 D 1 0 1 2 -3 2 4 -3 -2 -4 -3 1 -3 -6 -4 0 0 -2 -5 -3 10 5 7 11 1 8 27 2 1 1 3 9 1 0 0 7 6 1 0 2 0.46 1.59 38 I 0 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -5 -3 5 0 -1 -1 -4 -5 -2 -1 -2 -3 4 10 1 1 1 1 1 2 0 1 31 8 4 1 0 0 2 4 1 1 31 0.69 1.58 39 E 2 0 -2 0 0 -1 2 -4 -2 -2 -2 3 -3 -4 2 -1 1 -6 -1 -1 18 4 1 6 2 2 14 1 1 2 3 19 1 1 10 3 8 0 3 4 0.33 1.60 40 G -3 -3 -1 1 -6 -1 1 6 -4 -6 -5 -2 -2 -6 -5 -2 -3 -6 -4 -6 1 1 2 8 0 2 9 69 0 0 1 2 1 0 0 1 1 0 1 0 1.37 1.60 41 I -4 -3 -4 -6 -4 -4 -6 -4 -6 6 2 -4 1 2 -6 -4 -2 -5 -4 2 1 1 1 0 0 1 0 1 0 52 14 1 3 7 0 1 2 0 0 14 1.06 1.57 42 S -1 -3 -1 0 -5 -3 -2 5 -2 -6 -6 -3 -5 -6 0 4 0 -6 -5 -5 3 1 3 4 0 1 2 45 1 0 0 1 0 0 5 30 5 0 0 0 0.98 1.58 43 E -1 -1 0 1 -6 0 6 -4 0 -2 -2 1 -3 -4 0 -1 -2 -6 -2 -3 4 3 4 8 0 2 47 1 2 3 4 6 1 1 6 4 2 0 2 2 0.70 1.60 44 K 2 -1 -1 1 -5 1 2 -1 -2 -2 -3 3 -3 -6 -2 2 -1 -1 -4 -2 19 2 2 6 0 6 12 5 1 2 2 20 0 0 2 14 4 1 0 2 0.36 1.63 45 A -1 2 -2 -3 -5 1 -2 -4 -2 -2 0 3 -1 -4 -5 0 4 -6 -3 -1 4 12 2 1 0 5 1 1 1 2 11 21 1 1 0 5 28 0 1 3 0.52 1.63 46 A 6 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -3 -1 -2 -4 -2 -3 -4 -1 -2 -6 -5 1 78 0 0 0 1 0 0 1 1 3 3 0 1 1 0 2 1 0 0 9 1.28 1.60 47 A 2 2 0 1 -3 2 3 0 0 -3 -2 1 -1 -5 -4 0 -1 -6 -4 -1 15 9 3 9 0 10 16 6 2 1 5 8 2 0 0 6 3 0 0 4 0.28 1.63 48 K -1 2 -1 2 -6 1 1 -3 -2 -5 -5 5 -3 -6 -4 -1 0 -6 -2 -4 4 12 3 11 0 5 8 2 1 0 1 41 1 0 0 4 6 0 1 0 0.76 1.65 49 M -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -4 2 -1 -6 -4 -3 5 -2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 55 20 1 5 2 0 1 1 7 1 4 1.23 1.62 50 I -3 -3 -4 -5 -3 -2 -5 -5 -1 6 1 0 1 -2 -5 -3 -1 -5 0 2 1 1 0 1 0 2 0 1 2 51 11 7 3 1 0 2 3 0 3 11 0.88 1.57 51 M 1 0 1 0 -4 2 3 -3 -3 -4 -2 1 4 -4 -3 0 -1 -5 -3 -3 14 6 6 5 0 9 22 2 0 1 3 9 10 0 1 6 4 0 1 1 0.39 1.58 52 G 4 -1 0 -3 -3 2 2 0 -2 -2 -2 -1 -4 -5 -4 1 -1 -3 -2 -3 36 3 5 1 0 9 15 5 1 2 4 3 0 0 0 9 3 0 2 1 0.47 1.58 53 A 6 -4 -4 -5 -1 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -1 -4 -1 -3 1 -4 -1 79 0 0 0 1 1 1 1 0 2 4 0 1 3 0 2 0 2 0 3 1.27 1.56 54 R -1 7 -1 -4 -3 3 -2 -2 -2 -4 -3 1 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -5 5 54 2 0 0 11 2 3 1 1 3 7 2 0 1 4 2 0 2 0 1.02 1.56 55 D -1 1 2 3 -5 1 3 -3 -2 -5 -4 4 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -3 5 6 10 14 0 6 18 1 1 0 2 28 1 0 0 4 2 0 0 2 0.62 1.51 56 L 1 -2 -5 -5 -3 -1 -3 -5 2 3 3 0 2 0 -5 -1 -3 -5 1 -1 13 2 0 0 0 3 1 0 4 18 31 6 5 3 0 4 1 0 5 3 0.47 1.53 57 C 3 -4 -5 -4 5 -4 -2 -4 -5 0 3 -1 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -4 3 26 0 0 1 11 0 3 1 0 3 26 4 0 0 0 2 1 0 0 22 0.65 1.51 58 D -4 -3 2 5 -3 -1 1 0 0 -6 -6 1 -4 -5 3 -3 -3 6 -3 -5 0 1 8 34 1 2 10 7 2 0 0 8 0 0 14 0 1 11 0 1 0.89 1.45 59 L -3 -3 -5 -3 -1 -5 -4 -3 -5 4 1 -4 5 4 -5 -4 -3 -4 -3 3 2 1 0 1 1 0 1 2 0 26 12 1 17 15 0 0 1 0 0 20 0.78 1.33 60 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -7 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.18 1.17 K Lambda Standard Ungapped 0.1358 0.3150 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2002 0.3167 PSI Gapped 0.0613 0.2670