Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -5 1 4 -5 8 2 -6 -5 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 44 0 39 7 0 0 0 0 0 6 1.47 1.64 2 E 1 -2 -2 4 -6 3 4 -4 -2 -5 -6 1 -5 -7 -3 1 -2 -7 -6 -4 11 2 1 19 0 15 29 0 1 0 0 7 0 0 1 12 2 0 0 1 0.76 1.87 3 I -4 -3 -5 -6 -5 -5 -5 -7 -4 5 3 -5 2 -2 -3 -3 2 -6 -3 3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 26 26 1 4 1 2 1 13 0 1 21 0.84 1.96 4 P 0 0 -2 -2 -6 1 0 -4 -4 -1 -1 -1 -4 0 6 -1 1 -4 -4 0 7 6 1 2 0 6 6 1 0 4 5 3 0 4 34 4 7 0 0 7 0.61 2.03 5 V 2 -3 -2 -4 -5 -2 -2 1 -4 2 0 -3 -3 -4 -2 -1 2 -6 -5 3 19 1 2 1 0 2 3 9 0 13 7 1 0 1 2 5 12 0 0 23 0.41 2.05 6 I 3 -4 -5 -3 -5 -4 -4 -4 -1 3 2 -4 2 -2 2 -1 -2 -6 -4 2 21 1 0 2 0 1 0 1 2 15 16 1 4 2 11 5 2 0 0 15 0.48 2.07 7 E -1 -2 1 4 -6 1 4 -1 -3 -5 -4 -1 -4 -5 -3 1 -1 -4 -4 -5 6 1 6 25 0 5 27 5 0 0 2 3 0 1 1 11 4 0 0 1 0.68 2.08 8 P 1 1 -3 -3 -5 -2 -2 -3 -3 -4 -2 -1 -3 -6 7 -1 -3 -4 -3 -2 11 8 1 1 0 2 3 2 1 1 4 4 0 0 53 4 2 0 1 3 1.22 2.08 9 L -1 0 -3 -2 -5 3 1 -4 -2 -3 1 0 -2 -1 -1 2 2 -1 -2 1 6 5 1 2 0 12 9 1 1 1 15 6 1 3 3 13 11 1 1 9 0.22 2.08 10 F -1 -4 -4 -6 -4 -4 -4 -3 -3 2 3 -4 -2 5 -2 -4 -1 4 0 1 5 1 1 0 0 1 1 2 1 9 30 1 0 23 2 1 4 6 2 9 0.70 2.08 11 T -1 0 -3 -2 -2 0 4 -2 -1 -2 -3 0 -2 -4 -4 0 5 -4 -3 0 4 4 1 1 1 3 27 4 1 2 2 4 1 1 1 5 31 0 1 6 0.60 2.10 12 K -1 2 -2 -3 -3 1 -1 -3 -3 -1 0 4 -1 -3 1 -1 1 -3 -4 1 5 10 2 1 1 6 3 2 1 3 11 22 1 1 7 4 9 0 1 10 0.30 2.06 13 V -2 -4 -4 -4 -2 -4 -3 -3 -4 3 4 -4 -1 -2 -2 -4 -2 -3 -4 4 3 1 1 1 1 1 2 2 0 17 35 1 1 1 2 1 2 0 0 27 0.74 2.09 14 T 4 -2 -2 -2 -1 -2 -2 0 1 -2 -2 -2 -3 -2 1 1 1 -1 0 -2 34 3 2 2 1 1 2 8 3 2 5 2 1 2 7 9 10 1 3 3 0.37 2.10 15 E -1 -2 -1 4 -4 -1 3 0 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -2 2 3 -3 -4 -3 4 1 2 21 0 3 19 8 0 1 2 2 0 0 2 16 15 0 1 1 0.55 2.13 16 D -2 -2 0 2 -4 2 0 5 -3 -5 -6 -2 -5 0 0 -2 -2 -2 -2 -5 3 2 4 12 0 8 5 47 1 1 1 2 0 4 5 3 2 1 1 1 0.82 2.14 17 I -1 -4 -3 -3 3 -4 -5 -1 -2 1 3 -5 2 5 -3 -3 -1 -2 1 0 5 1 1 1 5 0 1 5 1 7 25 0 4 25 2 2 4 0 4 6 0.60 2.17 18 P -1 2 0 0 -1 1 0 -1 2 -2 -2 1 -2 -2 2 1 1 -2 -2 -1 5 11 4 4 1 7 5 5 5 2 4 8 1 2 9 12 8 1 2 5 0.15 2.17 19 G -2 -2 -2 -5 -4 -1 -4 4 -1 -3 0 -4 -1 5 -4 -2 -2 7 1 -3 3 3 2 1 0 3 1 29 1 1 8 1 1 21 1 4 2 14 4 1 0.83 2.18 20 A 2 -5 -5 -4 -1 -4 -5 1 0 0 -1 -4 -4 -4 6 -1 1 -5 -5 -1 17 0 0 1 1 0 0 10 2 5 7 0 0 1 39 4 8 0 0 4 0.89 2.19 21 E -3 -1 -2 -1 -5 -1 7 -3 -1 -5 -6 -2 -4 -5 -4 -2 -2 -3 -2 -4 1 2 1 3 0 2 76 2 2 0 1 1 0 1 1 3 2 0 1 1 1.57 2.21 22 G 0 -5 -2 1 1 -4 -4 6 -3 -6 -6 -4 -5 -6 -5 2 -3 -6 -5 -5 7 0 2 7 3 0 0 62 1 0 0 1 0 0 0 15 1 0 0 0 1.32 2.21 23 P -2 -5 -4 -5 -3 -5 -5 -3 -4 2 0 -5 0 -2 7 -4 -3 -4 -5 2 4 1 1 0 1 0 1 2 0 13 9 0 2 1 48 1 1 0 0 15 1.21 2.19 24 V 4 -1 -4 -4 1 -4 -3 -4 0 0 0 -4 -3 -1 -5 -1 1 -3 -2 4 30 4 1 1 3 1 1 1 3 5 8 1 0 2 0 4 7 0 1 26 0.55 2.20 25 F -1 -5 -5 -6 -1 -4 -5 -5 -3 -1 -2 -5 -2 4 -5 -3 -3 10 3 2 6 1 0 0 1 1 1 1 1 4 3 1 1 17 1 2 2 33 10 16 1.43 2.20 26 D -2 -3 0 6 -3 -3 -1 -1 3 -2 -2 -4 -1 0 -4 0 -2 -2 -2 -1 4 1 4 45 1 1 2 5 8 3 4 0 2 4 0 7 2 1 1 4 0.81 2.18 27 K 2 2 -2 -1 -3 -2 0 0 -1 -5 -4 1 -4 -5 5 0 -2 -4 -3 -4 14 10 1 3 1 2 7 8 2 1 1 8 0 0 29 8 2 0 1 1 0.60 2.14 28 N 1 0 2 5 -4 2 2 -2 0 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 -1 -3 -4 -4 10 5 8 29 0 7 13 2 2 1 2 6 1 1 1 7 3 0 1 1 0.56 2.12 29 G -2 -1 -1 -2 -4 0 -2 6 -2 -5 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -1 -2 -4 -4 3 4 3 2 0 5 3 61 1 1 2 3 1 1 1 3 4 1 1 1 1.09 2.00 30 D 0 3 4 1 -2 0 -1 -1 1 -2 -3 0 -2 -3 -3 1 1 -2 -2 -2 7 17 20 6 1 4 3 5 3 2 3 4 1 1 1 8 7 1 1 3 0.35 1.97 31 F -1 -2 -4 -3 -1 -3 -3 -3 -3 2 4 -3 0 0 -3 -2 -1 -1 0 2 5 3 1 1 1 1 2 3 1 10 39 2 2 4 1 3 3 1 4 13 0.48 1.92 32 Y -3 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -1 -1 2 -3 -1 3 -4 -3 -3 7 7 -2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 4 18 1 1 10 1 1 2 13 33 3 1.04 1.90 33 I 0 -3 -3 -3 1 -4 -3 -3 -2 1 1 -3 0 4 -3 -2 -2 4 1 3 8 2 1 2 2 1 2 2 1 7 14 2 2 19 2 3 3 5 4 19 0.42 1.80 34 V 1 -3 -3 -2 0 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 -2 1 2 4 -2 4 9 2 1 3 2 1 2 5 1 3 6 2 1 4 2 11 11 5 1 26 0.32 1.77 35 A 0 -1 1 4 0 -1 1 -1 -1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 2 1 0 -2 -1 6 4 6 19 2 3 8 5 2 2 4 2 1 3 2 16 8 2 1 5 0.24 1.72 36 P -1 0 1 1 -1 1 -1 0 0 0 -1 -1 0 0 1 1 0 0 0 -1 6 5 5 8 1 5 5 8 3 6 6 4 3 4 6 11 5 1 3 4 0.04 1.59 37 E 0 1 1 2 -1 0 1 1 0 -1 -1 0 0 -1 -1 0 0 0 1 -1 7 7 6 10 2 4 8 9 2 3 6 5 2 3 3 6 6 1 4 4 0.06 1.61 38 V 0 0 0 -1 -2 -1 -1 2 1 0 1 -1 0 -1 -1 -1 0 -1 -1 1 8 6 4 3 1 3 4 15 3 6 12 4 2 3 3 5 5 1 2 10 0.07 1.57 39 E 0 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 -1 -1 -1 1 1 -1 -1 2 2 0 8 6 4 5 1 4 5 9 3 5 7 4 2 5 7 5 4 3 7 5 0.05 1.52 40 V 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 0 -1 -1 1 -1 -1 -1 6 2 2 7 4 3 3 1 3 3 5 2 6 7 3 2 6 4 5 4 9 6 16 0.19 1.58 41 N 1 -1 1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 0 0 -1 -1 0 -1 1 3 -1 -1 1 9 3 6 3 1 2 3 6 1 6 8 3 1 4 3 11 19 1 2 8 0.14 1.68 42 G -2 -2 -1 6 -2 -2 -2 2 -1 -3 -3 -1 -2 -1 -3 -1 -2 -2 -1 -2 4 3 2 40 1 2 2 17 2 2 4 3 1 3 2 4 3 1 3 3 0.68 1.94 43 K -1 -1 -1 -1 0 0 -2 -1 -2 5 0 -1 1 -2 -2 -1 1 -1 -1 1 5 4 3 3 2 4 3 4 1 29 7 4 3 2 2 6 8 1 2 8 0.30 1.95 44 P 0 0 -1 -1 -2 0 0 -1 1 -1 -1 0 -1 -2 4 0 -1 0 -1 -1 7 5 3 3 1 4 6 5 4 3 8 6 1 2 21 8 4 1 3 4 0.23 1.92 45 A 1 -1 4 3 -2 0 0 1 0 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -1 0 -1 -3 12 4 18 16 1 4 5 11 2 1 3 3 1 2 2 5 4 1 2 2 0.33 1.99 46 G -1 -1 3 0 -1 -1 -2 5 1 -3 -4 0 -2 -3 -1 -1 -2 -1 -2 -4 4 4 13 5 1 3 2 39 4 2 2 5 1 1 4 4 2 1 1 1 0.58 2.06 47 E -1 5 -1 -1 0 1 0 -2 0 -3 -3 2 -1 -2 -3 -1 1 1 -2 -2 5 30 3 3 2 5 7 3 2 2 2 12 1 2 1 5 10 2 1 3 0.47 2.14 48 I -3 -3 -2 -4 -1 -2 -4 -4 -2 5 2 -4 1 -2 -3 -3 -2 -1 -2 3 2 1 2 1 1 2 1 1 1 36 17 1 3 2 1 1 2 1 1 20 0.74 2.20 49 L -2 -1 -1 -3 0 0 -3 -1 4 0 2 -2 1 2 -3 -2 -1 4 3 1 3 4 3 2 2 4 2 5 9 4 17 3 4 8 1 3 3 6 8 9 0.29 2.20 50 R -1 5 0 -2 0 0 0 -3 0 -2 -3 2 -1 -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 5 31 4 2 2 3 5 2 2 3 3 12 2 2 4 4 4 2 2 4 0.43 2.22 51 I -2 -2 -2 -2 1 -1 -2 -3 1 1 0 -2 1 2 -2 -2 -2 7 3 2 4 3 3 2 3 3 3 3 3 8 8 3 3 6 3 3 3 12 9 12 0.33 2.25 52 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 53 L 1 -1 -2 -1 -2 -2 0 0 -2 -1 0 -2 0 -2 4 -1 -1 1 -1 -1 10 3 2 3 1 2 7 8 1 3 11 2 3 2 22 5 4 2 2 5 0.23 2.22 54 K 1 0 0 3 -1 0 1 0 0 -3 -3 0 -2 -2 1 0 0 -1 -2 -2 11 5 5 17 1 4 9 6 3 2 3 6 1 2 6 6 5 1 1 3 0.15 2.25 55 T -1 -1 0 1 -1 -1 -1 3 -1 -3 -3 -1 -1 -3 -2 1 3 0 -2 -3 5 3 5 8 1 3 4 24 2 2 2 4 1 1 2 9 15 1 1 2 0.28 2.24 56 G -1 0 1 -1 0 0 -1 4 0 -2 -3 0 -1 -2 -2 -1 -1 1 -1 -2 5 4 6 4 2 4 4 32 2 2 3 6 2 2 2 5 5 2 3 3 0.29 2.24 57 K 0 0 0 0 1 1 1 -1 1 -1 -2 1 0 -1 -1 0 0 2 0 0 7 6 4 4 3 7 8 5 3 4 5 7 3 3 4 6 6 3 3 6 0.00 2.22 58 K -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 59 T -1 1 -2 0 -3 0 1 -2 1 -1 -1 0 -2 -3 -2 2 3 1 -3 0 4 7 2 5 1 5 10 4 3 4 6 4 1 1 2 13 20 2 1 5 0.23 2.12 60 V -1 0 -2 -2 -2 0 -1 -3 -1 0 0 -2 -1 1 -1 0 1 0 0 3 6 5 2 2 1 4 5 3 2 5 9 3 1 6 3 8 10 1 3 21 0.17 2.09 61 I -1 -2 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -1 2 1 -2 -1 4 -3 -3 -1 6 1 2 6 3 1 1 1 2 2 4 2 9 12 2 1 16 1 2 4 10 5 15 0.43 2.10 62 C 2 2 -2 0 0 0 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 0 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