Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P 4 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 6 -1 -2 -4 -3 -2 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0 1.21 0.40 2 K -2 6 -1 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -3 5 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 57 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.41 3 I 0 -3 -3 -4 -2 2 -2 -4 -3 4 1 -2 0 -2 -3 -2 -2 -4 -2 4 5 0 0 0 0 17 0 0 0 31 8 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0.52 0.41 4 Q -2 0 3 -1 -4 6 0 -3 3 -2 -3 0 -2 -4 -3 -1 0 -3 -2 -3 0 0 17 0 0 69 0 0 7 4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0.89 0.41 5 T 1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 2 1 -3 -1 -2 -3 -1 2 -4 -3 4 17 0 0 0 0 0 0 0 0 11 8 0 0 0 0 0 18 0 0 45 0.48 0.41 6 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 85 0 1.52 0.41 7 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 1 -3 4 -2 -1 -3 0 -4 -2 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 20 8 0 17 0 4 0 4 0 0 42 0.55 0.41 8 N -1 -1 3 -1 -3 -1 -1 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -2 5 1 -4 -3 -3 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 62 5 0 0 0 0.66 0.41 9 N -2 -1 5 4 -4 3 0 -2 3 -4 -4 1 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 35 26 0 22 0 0 7 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.42 10 N 0 1 3 2 -4 2 3 -2 -1 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 0 -4 -3 -3 9 4 16 10 0 9 28 0 0 0 0 20 0 0 0 0 4 0 0 0 0.50 0.42 11 V 1 -3 0 -3 2 -3 -3 -3 -4 2 -1 -3 -1 -2 -3 -2 1 -4 -3 5 11 0 5 0 4 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 12 0 0 59 0.54 0.42 12 Y 0 -1 -3 -4 0 -3 -3 -4 1 1 2 -3 -1 2 -4 -2 -1 -1 4 1 9 4 0 0 2 0 0 0 4 10 22 0 0 9 0 2 2 0 24 13 0.36 0.42 13 E -2 -1 1 5 -4 0 4 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 -2 0 -2 -4 -1 -4 0 0 6 36 0 0 42 0 0 0 0 9 0 0 0 5 0 0 2 0 0.81 0.42 14 Q 0 2 1 -1 -4 2 2 2 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 6 9 8 0 0 7 13 15 0 0 0 38 0 0 0 3 0 0 0 0 0.50 0.42 15 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.07 0.42 16 T -2 2 5 -1 -4 1 0 -2 2 -3 -4 2 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -1 0 13 45 0 0 5 4 0 7 0 0 14 0 0 0 3 4 0 0 6 0.60 0.42 17 D 2 -2 3 2 -3 0 0 0 -2 -3 -3 -2 -1 -4 -2 1 2 -4 -3 -1 27 0 16 10 0 4 6 6 0 0 0 0 2 0 0 10 14 0 0 5 0.31 0.42 18 L -3 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -4 6 3 -4 0 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.42 19 V 0 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 0 -3 2 -2 -4 -3 -1 -4 -2 6 5 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 4 0 0 0 0 0 0 83 0.83 0.42 20 T -1 -2 0 3 -4 0 5 -3 -2 0 -3 -1 -3 -4 -2 -1 1 -4 -3 -1 3 0 4 22 0 0 49 0 0 8 0 0 0 0 0 0 12 0 0 2 0.63 0.42 21 I -1 1 0 1 -4 3 3 -3 -1 -2 -3 4 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 5 4 3 8 0 18 28 0 0 4 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0.58 0.42 22 R -2 6 -1 1 -5 1 -1 -3 -1 -4 -4 2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 74 0 10 0 4 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.42 23 K -2 6 -2 -3 -4 1 -1 -3 -2 0 -1 3 -2 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -2 0 57 0 0 0 4 0 0 0 10 4 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.42 24 Q 3 -1 2 -2 -3 5 1 -2 -2 -1 -2 -1 1 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 30 0 12 0 0 36 5 0 0 4 2 0 5 0 0 3 2 0 0 2 0.44 0.42 25 E 0 -2 -1 4 -4 0 5 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 10 0 0 22 0 0 63 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.42 26 G -1 -4 -2 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.42 27 I 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -1 -2 -2 1 -3 -2 0 -1 -4 -3 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 4 0 0 0 0 0 0 3 0.81 0.42 28 E 0 3 1 1 -3 1 0 -1 -1 -3 -3 3 -2 -3 -1 -1 1 -4 -3 -2 10 17 7 9 0 4 3 3 0 0 0 31 0 0 2 0 12 0 0 0 0.34 0.27 29 E -2 -2 0 5 -5 0 5 -3 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 47 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.00 0.28 30 A 3 -1 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -3 0 -2 3 -1 -3 -2 -1 0 -4 -2 2 39 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 29 0 0 0 0 3 0 0 26 0.34 0.28 31 S -1 -1 5 0 -2 -1 -1 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -2 4 1 -4 -3 -3 0 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 4 0 0 0 0.72 0.28 32 L -2 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 2 1 -3 3 5 -4 -2 1 -1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 8 0 15 39 0 0 10 0 2 15 0.50 0.28 33 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0.85 0.28 34 N 1 -2 2 -1 -2 -1 -1 1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 5 0 -4 -3 -3 4 0 13 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0.64 0.28 35 V -1 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -4 -3 3 0 0 0 -2 -3 -2 2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 8 0 0 0 0 19 0 0 47 0.45 0.28 36 S 3 -2 -1 -2 5 -2 -2 2 -3 -1 -3 -2 -2 -3 -2 3 1 -3 -3 -2 34 0 0 0 15 0 0 14 0 3 0 0 0 0 0 26 9 0 0 0 0.45 0.28 37 S 1 -2 0 -1 1 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 2 -4 -3 -2 7 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 16 0 0 0 0.65 0.28 38 M -2 -2 -2 -2 -3 0 2 -3 -2 0 1 -2 7 -1 -3 -2 -2 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.28 39 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 1 5 -3 3 0 -4 -3 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.28 40 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 3 5 -3 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 75 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0.70 0.28 41 E -2 -1 -1 3 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 18 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.28 42 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 4 -3 1 -1 -4 -3 0 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 73 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0.67 0.28 43 G -1 -3 -1 -2 -3 -3 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.28 44 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0.77 0.28 45 R -2 7 -1 -2 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 0.28 46 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 0 -2 -3 -2 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0.78 0.27 47 Y -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 2 -1 -2 -3 -1 2 -4 -2 -2 1 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 12 1.11 0.25 48 M -2 1 2 1 -4 1 5 -3 -1 -4 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 5 12 3 0 0 73 0 0 0 0 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0.77 0.25 49 I 4 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 1 2 -2 0 1 -2 -1 -1 -3 -1 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0 13 23 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0.35 0.23 50 Q -2 2 -1 -1 -4 7 1 -3 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 0 12 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.23 51 Q -2 5 -1 -2 -4 5 0 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 40 0 0 0 49 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.25 K Lambda Standard Ungapped 0.1306 0.3136 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1746 0.3181 PSI Gapped 0.0534 0.2670