Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 3 -3 0 -2 -2 -2 -2 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 4 -1 -4 -3 -3 37 0 3 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 43 0 0 0 0 0.66 0.48 2 Q 0 1 -2 -2 -4 3 1 -3 -2 -4 -4 4 -3 0 2 0 1 -4 -3 -3 9 6 0 0 0 15 8 0 0 0 0 33 0 5 11 4 10 0 0 0 0.50 0.61 3 T -1 2 0 -1 -3 -1 -1 -3 -1 -3 -4 4 -3 -4 -3 3 1 -5 -3 -1 2 9 3 3 0 0 1 0 1 0 0 36 0 0 0 32 8 0 0 5 0.53 0.59 4 K -1 2 2 -2 -5 2 2 -3 -2 -5 -4 5 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 3 7 12 0 0 10 16 0 0 0 1 47 0 0 0 5 0 0 0 0 0.76 0.73 5 V -2 -3 0 -1 -4 -3 -2 -1 3 -3 -3 -1 0 0 5 1 3 -5 -3 0 0 0 4 3 0 0 2 5 8 1 0 3 3 5 28 11 22 0 0 7 0.56 0.80 6 L -4 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.96 7 L -1 -4 -2 -4 -1 -3 -2 -5 -4 -3 2 -1 -3 -5 7 -3 -3 -5 -5 -4 3 0 2 0 2 0 2 0 0 0 20 4 0 0 68 0 0 0 0 0 1.66 1.00 8 D -1 -4 4 7 -5 -2 0 -3 -3 -2 -5 -3 -5 -5 -4 0 -2 -6 -5 -5 7 0 17 63 0 0 4 0 0 2 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 1.27 1.02 9 I -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -4 4 2 -5 0 5 -5 -4 -2 -3 2 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 26 15 0 1 30 0 0 2 0 5 18 0.86 1.04 10 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 0 -5 2 8 -6 -5 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 6 88 0 0 0 0 0 0 1.97 1.04 11 T -1 1 0 -1 -2 1 1 -3 2 -3 -2 -1 -3 -5 -4 2 4 -5 -4 0 3 6 3 3 1 7 11 1 5 0 4 2 0 0 0 18 30 0 0 7 0.44 1.04 12 G -1 -4 1 0 -5 -4 -3 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -1 -4 -5 -5 -5 4 0 6 6 0 0 1 81 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.57 1.04 13 V -2 -3 -2 -5 6 -4 -4 -5 -1 2 1 2 3 -3 -5 -4 -3 -5 -4 4 2 0 2 0 17 0 0 0 2 9 10 14 7 0 0 0 0 0 0 37 0.74 1.04 14 R -3 4 -1 -3 0 -1 0 -3 3 -2 -4 4 -3 -5 -4 0 2 -5 -4 1 0 20 3 0 2 1 4 1 7 2 0 25 0 0 0 7 12 0 0 14 0.52 1.04 15 L -2 -5 -5 -6 2 -5 -5 -6 -5 4 2 -5 3 5 -5 -4 -3 -3 -2 2 3 0 0 0 4 0 0 0 0 25 21 0 6 27 0 0 0 0 0 14 0.84 1.04 16 Y -1 -4 -4 -5 1 -2 -3 -5 3 -2 0 -4 -2 6 -5 -4 -4 -1 6 0 4 0 0 0 4 2 2 0 9 0 7 0 0 39 0 0 0 0 26 8 1.04 1.01 17 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -5 4 5 -5 -1 1 -5 -5 -3 -4 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 20 59 0 0 6 0 0 0 0 1 11 1.01 1.08 18 P -2 -4 1 1 -5 -3 0 -3 4 -4 -2 -3 -4 -3 5 0 -3 -4 4 -1 2 0 7 8 0 0 6 2 11 0 4 0 0 0 32 6 0 0 17 5 0.79 1.08 19 P -1 -1 2 3 -5 -2 1 2 -3 -5 -4 1 -1 -1 3 0 -1 -5 -4 -2 5 3 9 16 0 0 10 18 0 0 1 9 2 4 13 5 3 0 0 2 0.38 1.08 20 S -1 -1 0 4 -4 -2 2 0 -3 -3 -3 -1 -4 -3 -4 3 1 -5 -4 -4 2 2 4 27 0 0 14 8 0 1 3 2 0 1 0 26 8 0 0 0 0.56 1.06 21 T -1 -4 -1 -3 0 -3 0 -4 0 1 0 -4 -2 3 -2 -1 2 -4 -1 4 4 0 4 1 2 0 8 0 2 8 6 0 0 12 2 5 12 0 2 32 0.38 1.05 22 P -3 -2 0 1 -5 3 2 -4 -3 -5 -5 3 -4 -5 5 1 -1 -5 -2 -3 0 0 5 8 0 13 13 0 0 0 0 16 0 0 29 9 4 0 2 2 0.75 1.06 23 D 0 -2 1 5 -5 -1 3 -3 -3 -5 -2 1 -4 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -4 7 1 6 42 0 2 20 1 0 0 4 10 0 0 2 4 0 0 0 0 0.78 1.04 24 F -1 5 -1 -4 -4 -1 -3 -4 0 -1 -2 -1 -1 4 -4 -2 -3 -3 4 -2 5 39 3 0 0 2 0 0 2 4 2 1 2 19 0 2 0 0 14 2 0.76 1.02 25 S 0 4 0 2 -5 -2 1 -1 -2 -5 -5 3 -4 -5 -4 1 -1 1 -4 -4 8 25 4 12 0 0 10 4 1 0 0 18 0 0 0 11 4 2 0 0 0.52 1.02 26 R -1 2 -2 -1 0 0 0 -3 -2 -3 1 4 2 -1 -4 -3 1 -4 -1 -2 4 11 2 4 2 4 6 1 1 0 14 30 6 2 0 0 10 0 2 2 0.37 1.02 27 L 0 -5 -5 -6 0 -4 -5 -5 -2 2 5 -5 2 -2 -5 -4 -3 2 -3 -1 10 0 0 0 2 0 0 0 1 8 70 0 4 0 0 0 0 3 0 1 0.99 1.04 28 R -2 4 0 -3 -2 1 2 -4 1 -1 -2 3 -3 -4 -4 -1 0 1 -1 -1 2 27 4 0 1 5 14 0 3 4 2 18 0 0 0 3 7 2 3 6 0.46 1.02 29 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 1.92 1.04 30 Y -3 -4 -4 -5 -1 -4 -2 -5 1 -1 -1 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 2 0 0 0 2 0 2 0 2 3 6 0 0 4 0 0 0 0 79 0 1.79 1.04 31 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -6 -3 -5 6 1 -5 -1 5 -5 -5 -3 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 50 8 0 0 28 0 0 0 0 0 12 1.11 1.04 32 V -2 -1 -4 -5 -4 -1 -4 -3 -4 5 0 -1 -2 -1 -5 -3 2 -4 0 3 2 3 0 0 0 3 0 2 0 38 7 4 0 2 0 0 13 0 4 23 0.63 1.04 33 A 6 -4 -4 -4 -3 -1 -3 -1 -4 -4 -4 -3 0 -5 -3 -1 0 -5 -4 -2 88 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0 2 0 0 2 4 0 0 0 1.28 1.04 34 F -4 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 3 -3 -1 -4 -3 6 -5 -4 -4 2 8 -3 0 0 2 0 0 3 0 0 6 0 4 0 0 33 0 0 0 2 51 0 1.55 1.04 35 D -2 -2 4 5 -5 -1 -2 4 -1 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 2 2 25 31 0 2 0 33 1 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.04 1.04 36 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -5 4 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.00 1.04 37 D -3 0 1 5 -4 1 3 -3 -2 -2 -4 -1 -3 -4 -3 1 2 -4 -2 -3 1 6 6 34 0 5 17 1 0 2 1 2 0 0 1 8 12 0 1 1 0.62 0.92 38 L -3 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -4 3 3 -4 0 0 -2 -4 0 -4 -1 4 0 0 0 0 3 0 0 0 0 20 28 0 2 3 3 0 6 0 2 30 0.66 0.98 39 V -1 -4 -4 -2 1 -3 1 -5 -1 1 2 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -4 -1 5 4 0 0 3 4 0 11 0 1 6 16 2 0 0 0 5 0 0 2 44 0.53 1.00 40 Q -1 -2 1 1 -4 3 2 -1 2 -4 -4 1 -3 -3 2 1 1 -4 -3 -4 5 0 6 9 0 16 16 4 6 0 1 8 0 1 11 9 7 0 0 0 0.41 0.97 41 E -3 -3 2 4 -5 -1 4 -4 0 -4 -2 -1 -4 -4 -1 1 0 -4 1 -4 0 0 11 22 0 2 33 0 2 0 4 3 0 0 3 10 4 0 5 0 0.63 1.00 42 F -1 -4 0 0 -1 -3 -2 -1 1 -1 0 -3 -1 3 -4 -1 -3 -2 6 -2 4 0 4 6 1 0 2 5 3 4 9 1 1 14 0 5 0 0 36 2 0.65 1.01 43 D -1 -3 1 4 0 0 1 -2 -3 -1 -2 0 5 -4 -2 2 -1 -5 -4 -3 3 0 7 24 2 4 8 2 0 4 1 6 19 0 1 15 2 0 0 1 0.49 1.01 44 M 0 0 2 -1 1 -2 0 -2 -3 -2 0 2 2 -2 -1 1 1 -4 -2 1 8 5 10 2 3 0 7 2 0 1 9 11 6 2 3 12 8 0 1 9 0.13 0.97 45 T 2 -3 0 4 -4 -2 3 -2 -3 -4 -3 1 -4 -5 -1 2 -1 -6 -5 -2 16 0 4 24 0 0 22 2 0 0 2 8 0 0 2 14 4 0 0 2 0.53 1.04 46 S 0 1 1 1 -4 1 2 -1 -1 -4 -3 2 -3 -5 -4 3 2 -5 -4 -2 5 7 7 6 0 5 14 3 1 0 3 12 0 0 0 20 14 0 0 2 0.36 1.03 47 A 4 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 -4 1 -2 -3 -2 -3 -1 -2 -1 -5 -4 4 40 2 0 0 3 0 0 0 0 5 2 0 0 0 3 0 3 0 0 39 0.72 0.99 48 T -2 -3 1 0 -3 -1 -2 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -4 1 7 -5 -4 -3 0 0 7 6 0 3 1 0 0 0 2 0 0 0 0 6 75 0 0 0 1.21 1.04 49 H -4 -3 -1 -4 -5 -1 -3 -5 10 -5 -3 -1 -4 0 -5 -3 -4 -3 4 -5 0 0 1 0 0 2 0 0 72 0 2 3 0 4 0 0 0 0 17 0 1.95 1.04 50 V -1 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 0 -3 0 0 -5 -2 0 -5 -1 5 3 1 0 0 0 0 0 0 0 24 7 1 2 3 0 3 4 0 2 49 0.83 1.04 51 L -1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 2 -5 1 0 -5 -4 -3 -5 -3 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 33 16 0 3 3 0 0 0 0 0 43 0.99 1.04 52 G 3 -4 -3 -3 0 -1 -1 1 2 -3 -3 -2 -3 -4 -4 -1 4 -5 -4 1 26 0 0 1 2 3 3 13 5 0 2 1 0 0 0 3 30 0 0 11 0.50 1.03 53 S 2 0 2 2 0 1 1 -1 -3 -2 -2 -1 -3 -5 -2 3 0 -5 -4 -4 15 4 8 13 2 6 9 4 0 2 3 3 0 0 2 23 5 0 0 0 0.34 1.08 54 R -3 1 0 2 -4 1 0 -2 -3 0 -3 2 1 -4 2 2 -1 -5 -4 -1 0 6 4 14 0 7 6 3 0 7 2 12 4 0 10 15 3 0 0 5 0.29 1.08 55 D -2 -1 1 4 -5 1 4 -1 -1 -5 -5 2 -4 -5 -2 0 -2 -5 -4 -2 3 3 6 23 0 6 27 5 1 0 0 14 0 0 1 5 1 0 0 3 0.61 1.11 56 K -1 -2 0 3 0 0 3 -3 2 -1 -3 3 -4 -5 -4 0 -1 -5 -2 -2 4 1 3 19 2 2 24 2 6 4 2 18 0 0 0 7 3 0 1 3 0.48 1.12 57 N -2 -3 5 0 0 -2 -1 -3 1 -2 -5 1 -4 1 0 2 0 -5 -1 -2 3 0 34 5 2 1 3 1 4 3 0 10 0 6 5 14 5 0 2 3 0.52 1.12 58 P 1 -4 -4 -4 -4 -3 0 -1 -4 0 -1 -2 -3 -5 6 2 0 0 -4 -2 12 0 0 0 0 0 5 4 0 5 7 2 0 0 37 18 6 1 0 2 0.76 1.12 59 A -2 1 3 2 -3 3 0 0 -1 -5 -5 2 -4 -6 -2 1 2 -6 -4 -5 2 6 15 14 1 13 6 8 1 0 0 13 0 0 2 8 11 0 0 0 0.48 1.16 60 A 4 -2 -1 -2 1 -3 -4 -1 -4 -1 2 -2 0 -2 -4 -1 -1 -5 -4 1 45 2 2 3 3 0 0 3 0 2 19 2 2 1 0 2 3 0 0 10 0.49 1.12 61 Q -2 0 -2 -3 -1 3 1 -4 0 0 -2 4 -3 -4 -1 1 1 -5 -4 1 2 4 2 0 1 13 7 0 2 6 3 27 0 0 4 9 7 0 0 11 0.35 1.09 62 Q -2 2 -3 -4 2 0 -3 -1 4 1 0 -2 -2 4 -5 -2 0 -4 -2 2 3 11 1 0 5 5 1 5 10 7 7 2 0 21 0 2 5 0 0 13 0.36 1.13 63 V -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -5 -5 1 1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 7 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 12 0 0 0 0 0 0 0 0 81 1.35 1.13 64 S -2 4 -1 -2 0 1 -3 -3 2 -1 -3 1 -3 -5 -4 2 4 -5 -4 -3 2 20 1 1 2 6 0 1 4 4 1 9 0 0 0 19 28 0 0 0 0.58 1.13 65 P 1 -3 -4 -2 -4 -3 -2 -4 -4 -1 -2 -1 -1 -5 7 0 -2 -6 -5 1 12 1 0 2 0 0 2 0 0 3 3 3 2 0 52 9 1 0 0 10 1.14 1.16 66 E 0 3 2 3 -5 2 3 -2 -1 -5 -3 2 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -5 9 14 8 14 0 8 19 3 1 0 3 14 0 0 0 7 1 0 0 0 0.49 1.15 67 W -5 -5 -6 -7 -5 -2 -5 -5 -1 -5 -4 -5 -4 -1 -6 -5 -5 12 1 -5 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 94 2 0 3.75 1.11 68 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 4 -5 -1 0 -5 -5 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 34 0 0 2 0 0 0 0 0 14 1.15 1.11 69 W -4 -2 -5 -3 -5 0 -1 -5 -1 -1 0 0 -3 1 -5 -3 -4 10 3 -2 0 1 0 1 0 4 5 0 2 3 8 8 0 5 0 2 0 47 11 3 1.58 1.11 70 A 2 -1 1 4 -5 0 3 -4 -1 -4 -3 1 1 -5 -4 0 0 -6 -4 -3 16 2 7 24 0 2 24 0 1 0 2 8 4 0 0 5 4 0 0 1 0.54 1.11 71 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -5 3 -1 -5 -5 -3 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 3 0 0 0 2.21 1.11 72 I -3 -3 1 -4 -4 -4 -5 -4 4 6 -1 -4 1 0 -5 -2 -2 -5 -2 2 0 1 9 0 0 0 0 1 10 51 3 0 3 4 0 4 1 0 1 12 0.83 1.11 73 R 0 4 2 1 -5 1 2 -3 -3 -5 -3 4 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -3 8 25 10 6 0 5 12 1 0 0 2 23 1 0 0 4 0 0 0 2 0.61 1.11 74 K -1 3 3 -1 -5 2 1 -4 -3 -5 -3 4 2 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 5 17 14 1 0 10 9 0 0 0 2 29 5 0 0 5 3 0 0 0 0.62 1.10 75 R -1 4 -2 -3 -5 5 1 1 -3 -5 -5 3 -4 -5 -4 0 -3 -5 -4 -5 4 24 0 0 0 27 9 10 0 0 0 20 0 0 0 7 0 0 0 0 0.80 1.07 76 R -3 5 1 -2 0 2 -2 -4 -3 -5 -4 4 -1 -5 -4 0 0 -5 -4 -3 1 35 8 2 2 10 0 0 0 0 0 29 2 0 0 5 5 0 0 2 0.84 1.07 77 L -4 0 -5 -6 2 -4 -5 -6 -5 1 5 -2 1 1 -5 -4 -2 -4 -3 1 0 5 0 0 4 0 0 0 0 4 66 3 2 5 0 0 3 0 0 9 0.89 1.04 78 V -2 -5 -5 -5 1 -2 -5 -6 -5 3 2 -3 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -3 6 1 0 0 0 3 2 0 0 0 14 21 2 0 0 0 0 0 0 0 57 0.96 0.98 79 A 1 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 7 2 -2 -6 -5 -4 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 18 1 0 0 0 1.76 0.89 80 P 1 -3 -3 -2 -4 -2 1 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 7 -1 0 -5 -4 -3 11 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 70 0 8 0 0 0 1.56 0.44 81 S 1 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 6 1 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0.80 0.25 K Lambda Standard Ungapped 0.1368 0.3241 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1882 0.3174 PSI Gapped 0.0576 0.2670