Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 1 -2 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 92 0 2 0 0 0 0 0 0 3 1.48 1.14 2 P -3 -5 -5 -4 -2 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -6 9 -2 -4 -7 -6 -5 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 96 1 0 0 0 0 2.76 1.17 3 S -1 -1 1 0 2 0 -2 0 1 -5 -4 -1 -3 -5 -3 6 -1 -2 -4 -4 3 3 5 4 4 4 2 5 3 0 2 3 1 0 1 59 1 1 0 0 0.77 1.23 4 E -2 -1 -1 3 -6 6 4 -3 0 -6 -5 2 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 3 1 2 18 0 34 26 2 2 0 0 10 0 0 0 1 1 0 0 0 0.96 1.21 5 T -2 -4 -3 -1 -4 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -3 3 -5 -4 -1 7 -5 -4 -2 1 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 8 0 0 0 86 0 0 1 1.57 1.21 6 P -2 -5 -5 -4 -6 -1 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -7 9 -2 -3 -7 -6 -5 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 92 3 1 0 0 0 2.61 1.21 7 A 3 -1 0 -1 -2 0 1 -1 -3 -3 -2 0 -2 -4 3 3 -1 -6 -5 -2 21 3 4 3 1 4 9 5 0 2 3 5 1 1 13 19 3 0 0 3 0.32 1.28 8 P 1 -4 -2 -3 -5 -4 -4 6 -5 -5 -2 -3 -5 -6 5 -1 -2 -6 -6 -5 12 0 2 1 0 0 0 50 0 0 5 1 0 0 25 3 2 0 0 0 1.12 1.28 9 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 1 6 -5 1 -1 -3 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 77 0 2 2 1 0 0 0 0 4 1.18 1.28 10 V -1 4 -3 -3 -3 1 -1 -5 -1 -2 0 5 -1 -5 -4 -3 -2 -5 -4 1 4 20 1 1 0 6 3 0 1 2 8 33 1 0 0 1 1 0 0 11 0.54 1.28 11 E -1 3 0 1 -4 1 2 -3 -1 -5 -4 4 -4 -4 1 -2 -2 0 -1 -4 4 13 3 7 0 4 12 2 1 0 2 28 0 1 8 3 2 1 2 1 0.41 1.28 12 Y -3 -5 -5 -2 -5 -4 -2 -6 -1 0 4 -5 0 1 -4 -4 -4 -2 6 -3 1 0 0 2 0 0 3 0 1 3 44 0 1 5 1 1 0 0 31 0 0.90 1.22 13 R -4 8 -3 -4 -6 -2 -3 -5 -3 -3 -5 0 -4 -5 -5 -4 -4 0 -4 -5 0 90 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1.85 1.22 14 E -2 1 -1 0 -6 2 6 -5 0 -4 -5 3 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -3 -5 3 8 2 4 0 9 47 0 2 1 1 16 0 0 0 1 1 0 1 0 0.84 1.29 15 E -3 0 -1 3 -6 3 5 -4 -1 -4 -4 2 0 -4 -4 -2 -3 -6 -5 -4 1 4 3 14 0 15 33 1 1 1 1 14 2 1 0 2 1 0 0 1 0.66 1.28 16 E -3 -3 -3 3 -6 -1 7 -4 -3 -4 -4 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -4 1 0 0 14 0 1 74 1 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1.40 1.28 17 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 0 6 -3 2 -2 -6 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 86 2 5 0 0 0 0 0 0 0 1.37 1.28 18 K -1 2 -1 -2 -1 1 2 -4 -2 0 -1 3 -1 -3 -4 -1 -2 -3 0 0 4 13 3 2 1 6 15 1 0 5 8 18 1 1 0 4 1 0 3 8 0.22 1.28 19 S 0 -2 4 1 -3 1 1 -3 0 0 -2 -1 -4 -4 -4 1 2 -6 -3 -2 8 2 20 7 1 6 9 1 2 6 4 2 0 0 0 11 13 0 1 2 0.28 1.28 20 L -4 1 -4 -6 -4 -3 -5 -6 -5 1 6 -2 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 -1 0 7 1 0 0 1 0 0 0 7 71 3 1 0 0 0 1 0 0 2 1.00 1.28 21 R -4 8 -3 -4 -1 2 -3 -5 -3 -6 -5 0 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 80 0 0 2 10 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 1.28 22 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 3 0 0 0 0 0 0 92 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.93 1.20 23 N -4 -2 6 6 -5 -2 0 -3 -1 -4 -5 0 -5 -5 -4 0 -1 -6 -5 -5 0 1 34 38 0 0 5 1 1 1 1 6 0 0 0 6 4 0 0 0 1.05 1.20 24 G -2 -3 0 0 -5 -2 -3 7 -2 -5 -5 -4 -5 -5 -3 -2 -4 -5 -5 -4 1 2 4 5 0 2 1 78 1 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 2 1.48 1.20 25 T -1 1 0 0 -2 1 2 -3 0 -2 -3 2 -1 -1 -4 -1 4 -2 -2 -2 5 6 3 4 1 7 15 1 2 2 3 14 2 3 0 3 25 1 1 2 0.34 1.20 26 G -2 -3 -2 -1 -3 -2 0 7 -2 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -5 -5 1 1 1 3 1 2 6 73 1 0 1 2 0 0 1 2 3 0 0 0 1.29 1.20 27 E -1 2 -3 -3 -5 1 4 -4 -3 -1 -2 2 1 -5 2 -1 -1 -5 -4 -1 4 11 0 0 0 4 25 1 0 4 4 11 4 0 10 4 4 0 0 4 0.34 1.40 28 R -4 5 -4 -4 1 0 -3 -5 1 0 1 0 1 0 -1 -1 -3 -4 2 -1 1 33 0 0 3 4 0 1 4 5 11 4 4 4 4 4 0 0 8 4 0.44 1.40 29 K -2 1 -1 -2 -4 2 2 -4 -1 -3 -2 5 1 -4 -3 -3 -2 -4 -4 -2 2 7 2 2 0 9 13 1 1 1 4 40 4 0 1 1 3 0 0 2 0.56 1.22 30 E -1 -2 -2 0 -4 -1 4 -3 -1 -1 0 2 0 -1 1 0 -1 -1 -2 -2 5 1 1 5 0 2 25 2 1 4 8 11 2 2 7 6 4 1 2 2 0.18 1.22 31 Y -2 -4 -2 -2 0 -2 -3 -2 5 -3 -3 -4 -3 2 -3 2 -1 9 2 -4 3 0 1 3 2 2 1 3 12 1 2 1 0 7 2 15 4 25 7 1 0.80 1.22 32 D -4 -3 0 7 -5 -1 3 -4 2 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -3 -5 -4 -5 1 0 3 55 0 2 21 1 5 0 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1.14 1.22 33 R -4 8 -3 -4 -5 -1 -3 -3 -3 -5 -2 1 -1 -5 -4 -2 -4 -5 -4 -5 0 72 0 0 0 2 0 2 0 0 4 7 2 0 0 2 0 0 0 0 1.39 1.29 34 I -1 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 6 -1 -5 1 -1 -5 -4 -1 -5 -4 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 3 2 0 0 3 0 0 35 1.15 1.29 35 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 -2 -1 -3 -2 2 -4 -3 -3 3 9 -2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 7 1 0 3 1 1 1 3 77 1 1.49 0.65 36 D -2 3 0 6 -4 -1 1 -1 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -3 -2 -2 3 -3 -4 3 17 2 56 0 1 7 3 0 1 1 1 0 0 1 1 1 5 0 1 0.92 0.65 37 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -3 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 5 8 -3 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 15 1 1 1 8 66 1 1.45 0.65 38 D 3 -3 1 5 -4 1 0 1 0 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -2 -1 -5 -4 -4 26 0 6 40 0 7 3 9 2 0 1 0 0 0 0 1 3 0 0 1 0.68 0.80 39 V 0 -2 -2 -4 4 -3 -3 -4 0 0 -1 -2 0 0 -1 0 0 -3 4 4 9 2 2 0 9 0 0 1 2 2 3 2 2 4 3 7 5 0 16 29 0.37 0.80 40 Y 0 -3 0 -3 2 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -2 3 -3 -2 -2 5 7 -2 11 1 6 1 5 1 1 1 0 1 2 1 0 9 1 1 1 9 46 1 0.81 0.49 41 N -2 1 6 1 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -3 2 -3 -3 -2 0 1 -4 -3 -3 1 8 47 6 0 1 1 1 0 1 2 12 0 1 1 6 11 0 1 1 0.63 0.49 42 D -2 -2 2 6 -4 -1 3 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 0 1 1 7 55 0 1 17 1 0 1 2 1 0 1 1 1 1 0 1 8 0.82 0.49 43 L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 3 4 -2 0 -1 -2 -2 -2 -2 -2 1 2 1 1 1 0 1 2 2 1 14 57 1 1 1 1 2 1 0 1 8 0.50 0.39 44 G -1 -4 -3 -2 -1 -4 -2 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -3 -1 -4 -2 3 1 0 2 1 0 2 76 0 1 1 1 0 0 1 6 1 1 0 3 1.42 1.20 45 N -3 -2 5 5 -3 -1 2 -3 -2 -3 -4 -1 -1 -1 -3 0 -1 -5 -3 -3 2 2 25 34 1 2 10 2 1 1 2 2 2 3 1 6 2 0 1 2 0.74 1.18 46 P -2 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -2 -3 -4 8 -2 -3 -4 -4 -2 3 2 1 1 2 1 1 2 0 2 5 3 0 1 71 3 1 0 1 3 1.71 1.13 47 D -3 -2 0 7 1 -1 1 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -2 -4 -2 -4 1 2 4 60 3 2 7 5 1 1 2 2 0 1 2 2 2 0 2 1 1.06 1.14 48 K -1 1 -1 0 0 0 -1 -1 -1 -2 -2 5 -2 -2 -3 3 -1 -4 -2 -2 4 6 3 4 2 3 3 4 1 3 5 32 1 2 1 20 3 0 1 3 0.39 1.14 49 S -2 -2 3 3 -2 -3 -2 4 0 -3 -4 -1 -4 -2 -2 0 -1 2 -3 -3 3 2 12 16 1 1 1 34 2 1 2 3 0 2 2 8 3 3 1 2 0.55 1.14 50 E 1 -2 0 0 -4 0 2 0 0 0 -2 1 -1 -4 3 0 -1 -2 -3 0 12 2 5 5 0 4 12 6 2 5 4 7 2 1 16 7 3 1 1 6 0.21 1.12 51 K -1 -1 0 3 -2 0 3 0 0 -4 -4 2 -2 -4 -1 1 1 -4 -4 -4 6 2 4 18 1 4 20 8 2 1 1 13 1 0 2 8 8 0 0 1 0.39 1.17 52 L -3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 4 -2 3 0 1 1 -4 -3 -2 2 4 0 1 1 3 2 1 1 3 3 10 1 31 6 3 6 1 2 2 2 13 7 0.41 1.19 53 A 3 -1 -2 -1 -1 1 0 -2 -4 1 -3 1 -1 -3 0 -1 1 -5 -2 1 30 3 2 4 2 6 6 2 0 7 2 10 1 1 5 3 7 0 1 10 0.26 1.20 54 R -4 8 -3 -4 -5 -2 -1 -1 0 -5 -2 -1 -4 -5 -4 -3 -4 3 -4 -5 0 77 0 0 0 0 3 6 3 0 4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 1.48 1.12 55 P -3 -3 -4 -3 -5 -2 -3 -5 -2 -5 -5 -2 -5 -6 8 -2 -1 -6 -5 -2 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 0 2 0 0 82 2 3 0 0 3 2.16 1.19 56 V -2 -4 -1 -5 -2 -4 -5 -1 -5 4 -1 -3 0 -3 -3 -3 0 -5 -4 5 2 1 3 0 1 0 0 5 0 24 2 2 2 0 1 1 6 0 0 49 0.83 1.19 57 L 1 -4 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 1 6 -4 0 -1 -3 -4 -3 -4 -3 -1 10 0 0 0 2 0 0 0 0 5 73 0 1 1 1 0 0 0 0 2 1.03 1.16 58 G -2 -4 -1 -2 -5 0 -2 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 1 0 2 2 0 5 2 84 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.68 1.20 59 G 0 -3 -2 -1 -1 -3 -4 7 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -3 7 1 2 3 2 0 1 76 1 1 1 2 0 0 1 1 1 0 0 2 1.38 1.11 60 S -1 0 1 -1 -1 0 2 0 0 -4 -2 -1 -3 -3 -1 4 2 -4 -3 -3 4 4 5 3 1 3 14 7 2 1 4 2 0 1 3 32 11 0 0 1 0.36 1.04 61 S 0 0 -2 0 -4 2 0 -2 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